無公害農(nóng)產(chǎn)品認證工作實行縣級工作機構(gòu)→地市級工作機構(gòu)→省級工作機構(gòu)→部中心，各負其責，逐級申報模式。

凡符合無公害農(nóng)產(chǎn)品認證條件的申報主體，可以向所在地縣級無公害農(nóng)產(chǎn)品工作機構(gòu)（以下簡稱“工作機構(gòu)”）提出無公害農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)地認定和產(chǎn)品認證申請，并提交申請書及相關(guān)材料。

縣級工作機構(gòu)。自收到申請之日起10個工作日內(nèi)，負責完成對申請人申請材料的受理工作。符合要求的，由縣級工作機構(gòu)負責人在《無公害農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)地認定與產(chǎn)品認證報告》上簽署推薦意見并加蓋縣級工作機構(gòu)印章，連同申請材料等整套材料報送地市級工作機構(gòu)審查。

地市級工作機構(gòu)。自收到申請材料、縣級工作機構(gòu)推薦意見之日起15個工作日內(nèi)，負責完成對認證申請的預(yù)審工作。受省級工作機構(gòu)委托，并組織地縣兩級有資質(zhì)的檢查員進行現(xiàn)場檢查。符合要求的，由地市級工作機構(gòu)負責人在《無公害農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)地認定與產(chǎn)品認證報告》上簽署審查意見并加蓋地級工作機構(gòu)印章后，連同申請材料、《無公害農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)地認定與產(chǎn)品認證現(xiàn)場檢查報告》等整套材料報送省級工作機構(gòu)。

省級工作機構(gòu)。自收到地市級工作機構(gòu)上報的整套材料之日起20個工作日內(nèi)，負責對申請材料進行登記、編號，登錄有關(guān)認證信息，完成對認證申請的初審工作。包括組織或者委托地縣兩級有資質(zhì)的檢查員進行現(xiàn)場檢查。通過初審的，報請省級農(nóng)業(yè)行政主管部門頒發(fā)《無公害農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)地認定證書》，同時將全套材料報送農(nóng)業(yè)部農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全中心種植分中心復(fù)審。

部直分中心。自收到省級工作機構(gòu)上報的整套材料之日起20個工作日內(nèi)，負責完成對認證申請的復(fù)審工作。必要時可實施現(xiàn)場核查。通過復(fù)審的，將全套材料報送農(nóng)業(yè)部農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全中心審核處。

部中心。自收到部直分中心上報的整套材料之日起20個工作日內(nèi)，根據(jù)認證申請及初審、復(fù)審情況及時報請中心領(lǐng)導(dǎo)審定，組織召開無公害農(nóng)產(chǎn)品認證專家評審會進行評審。提出形式審查意見并組織無公害農(nóng)產(chǎn)品認證專家進行終審。終審?fù)ㄟ^符合頒證條件的，由農(nóng)業(yè)部農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全中心頒發(fā)《無公害農(nóng)產(chǎn)品證書》。