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解析新時(shí)代下的高性能計(jì)算

2015-08-12 22:23:21
中國(guó)信息化周報(bào) 2015年27期
關(guān)鍵詞:華大基因數(shù)據(jù)類型占地面積

超算TOP500是基于Linpack基準(zhǔn)測(cè)試評(píng)定的全球500臺(tái)最快的超算系統(tǒng)性能榜單,自1993年起每年7月、11月發(fā)布兩次,是反應(yīng)各國(guó)超算的發(fā)展?fàn)顩r和產(chǎn)業(yè)發(fā)展趨勢(shì)的重要參考。

中國(guó)超算的發(fā)展速度贏得了世界的關(guān)注,國(guó)際超算權(quán)威專家、TOP500的發(fā)起人之一Hans Werner Meuer 博士用“big shocker”極具震撼力來(lái)形容中國(guó)超算的發(fā)展。就在近日,國(guó)際TOP500組織在德國(guó)舉行的2015年國(guó)際超級(jí)計(jì)算機(jī)大會(huì)上發(fā)布全球超級(jí)計(jì)算機(jī)500強(qiáng)最新榜單,中國(guó)“天河二號(hào)”以每秒33.86千萬(wàn)億次的浮點(diǎn)運(yùn)算速度第五次蟬聯(lián)冠軍。

談到超級(jí)計(jì)算機(jī),相信大家都不太陌生,它能夠提供超高的性能,其一般主要應(yīng)用于科學(xué)計(jì)算、工程模擬、動(dòng)漫渲染等領(lǐng)域,這些應(yīng)用大多屬于計(jì)算密集型的應(yīng)用。而云計(jì)算則是在近兩年隨著互聯(lián)網(wǎng)發(fā)展起來(lái)的新興計(jì)算,其依靠著靈活的擴(kuò)展能力主要應(yīng)用于社交網(wǎng)絡(luò)、企業(yè)it建設(shè)和信息化等數(shù)據(jù)密集型、I/O密集型的領(lǐng)域。

在橡樹(shù)嶺國(guó)家實(shí)驗(yàn)室有一個(gè)研究設(shè)施SNS(散裂中子源),它構(gòu)建于2006年,曾引爆過(guò)世界上最強(qiáng)的材料中子束,幫助物理學(xué)家和化學(xué)家了解材料內(nèi)部結(jié)構(gòu)是如何形成的。

SNS產(chǎn)生了大量數(shù)據(jù),它們需要被徹底分析。而科學(xué)家們相信,他們可以利用深度學(xué)習(xí)算法快速識(shí)別數(shù)據(jù)類型,提升分析能力。識(shí)別數(shù)據(jù)類型可是深度學(xué)習(xí)的專長(zhǎng)。

但問(wèn)題是,對(duì)于科學(xué)模擬來(lái)說(shuō),每次產(chǎn)生700TB數(shù)據(jù)似乎太正常不過(guò)了,不過(guò)這比美國(guó)國(guó)會(huì)圖書館所有信息加起來(lái)的量還要大。

應(yīng)用方面,高性能計(jì)算機(jī)可稱得上是行業(yè)應(yīng)用的強(qiáng)力助手。中石油川慶鉆探地球物理研究所計(jì)算所所長(zhǎng)鄧亞力在接受本站記者采訪時(shí)表示:作為新一代的數(shù)據(jù)中心,在石油勘探應(yīng)用方面最受關(guān)注的重點(diǎn)依然是性能。此次中石油部署的PMDC集裝箱數(shù)據(jù)中心也表現(xiàn)優(yōu)異。其采用了標(biāo)準(zhǔn)的20英尺集裝箱,借助現(xiàn)代化物流可快速部署至全球任何地區(qū)。同時(shí),采用高密度設(shè)計(jì),使PMDC的占地面積很小,僅相當(dāng)于同等性能數(shù)據(jù)中心占地面積的1/4。

據(jù)華大基因高性能計(jì)算研發(fā)主管王丙強(qiáng)博士介紹,GPU多流處理器架構(gòu)以及超高的顯存位寬和頻率能夠帶來(lái)巨大的性能提升,在基因研究方面普遍可以帶來(lái)10-20倍左右性能提升,如果說(shuō)DNA上有一個(gè)點(diǎn)發(fā)生的基因突變,僅計(jì)算那一部分大概就可以提升70多倍。原來(lái)在華大基因自己高性能計(jì)算平臺(tái)上做,大概要好幾年才能算完,后來(lái)轉(zhuǎn)移到到天河一號(hào)A上去,用超級(jí)計(jì)算機(jī)加上NVIDIA Tesla GPU加速,只要5個(gè)多小時(shí)就能完成。

HPC用戶需求外,更重要提創(chuàng)造并吸引眾多新領(lǐng)域的用戶。

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