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基于PCR-RFLP技術的苯硫脲嘗味的群體遺傳學分析*

2015-09-09 09:45:44王曉博
關鍵詞:基因型受試者產(chǎn)物

王曉博,楊 麗

(內(nèi)蒙古大學)

0 引言

苯硫脲(phenylthiocarbamide,PTC)是一種白色結晶狀化合物,由于含有N-C=S基團,呈苦澀味[1].人類對苯硫脲的嘗味能力具有顯著的遺傳學特征[1],人 PTC苦味的嘗味能力由7號染色體上(7q35-7q36)的一種苦味味覺感受器基因TAS2R38決定,該等位基因符合孟德爾遺傳性狀,屬于常染色體不完全顯性遺傳,可以采用閾值法測定苯硫脲的嘗味敏感性[2-4].絕大多數(shù)嘗味者與味盲者的區(qū)別在于三處單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms,SNPs).味盲者的PTC編碼區(qū)有五個限制性內(nèi)切酶Fnu4H1的識別位點(識別序列5'- GC↓NGC–3'),如果是嘗味者,則其第785位SNP恰好形成了一個額外的Fnu4H1識別位點(GCTGC).因此可以利用這個SNP造成的限制性位點多態(tài)性,設計引物,克隆該基因,酶切電泳確定并驗證基因型[5].

1 調(diào)查對象與實驗材料

1.1 調(diào)查對象

受試者為在校大學生,年齡為20~23歲,共120人,其中男生40人,女生80人.

1.2 實驗材料

1.2.1 基因型檢測材料

受試者用滅菌牙簽刮取口腔上皮細胞,用于提取目的基因;PCR引物委托上海生工生物技術有限公司合成,預期擴增產(chǎn)物303bp;

上游引物:hPTC Forward5’-aactggcagaataaagatctcaatttat-3’

下游引物:hPTC Reverse5’-aacacaaaccatcacccctatttt-3’

1.2.2 試劑和工具酶

苯硫脲 (PTC)結晶,dNTPs,Tris堿,Na2EDTA·2H2O,蛋白酶K,溴化乙錠,瓊脂糖,100 bp DNA ladder Marker,滅菌超純水等,Taq DNA聚合酶,限制性內(nèi)切酶Fnu4H1等.

1.3 方法

1.3.1 試劑的配制

稱取苯硫脲結晶與超純水制成濃度梯度依次為 1/1500、1/3000、1/6000、1/12000、1/24000、1/48000、 1/96000、 1/192000、 1/384000、1/768000、1/1536000、1/3072000、1/6144000 的14種PTC溶液,標號1~14,過濾滅菌;另取蒸餾水作為第15號液.

1.3.2 PTC 嘗味能力的測定

用滴管滴3~4滴14號液于受試者舌根部,讓其嘗味,之后用蒸餾水做同樣試驗;受試者若不能準確鑒別兩種溶液的味道,則用13號溶液重復試驗,(按濃度遞增以此類推)直至能明確鑒別出PTC的苦味為止;當受試者鑒別出某一號溶液時,用此號溶液重復嘗味3次,若結果相同時,則記錄此時的濃度等級號,若受試者直到1號液仍嘗不出苦味,則其嘗味濃度等級定為<1號.

1.3.3 人口腔上皮細胞總DNA的提取

在1.5 mL滅菌離心管中加入200 μL緩沖液Chelex;受試者用無菌牙簽輕刮口腔腮內(nèi)側(cè),刮下來的細胞在緩沖液中漂洗;加2 μL蛋白酶K,蓋蓋顛倒混勻,56℃水浴30 min;冷卻室溫,渦旋振蕩器渦旋振蕩混勻10 s;離心機13200 rmp瞬時離心10 s;沸水浴中煮沸8 min;渦旋振蕩器渦旋振蕩混勻20 s,離心機13200 rpm離心3 min;基因組DNA于4℃保存?zhèn)溆?

1.3.4 PCR擴增PTC基因片段及檢測

PCR產(chǎn)物4℃保存?zhèn)溆?將PTC基因PCR擴增產(chǎn)物電泳檢測,在凝膠成像系統(tǒng)中拍照.1.3.5 PTC基因PCR產(chǎn)物酶切及電泳檢測

將PTC基因PCR產(chǎn)物37℃恒溫Fnu4H1酶切3h或過夜,酶切產(chǎn)物4℃保存?zhèn)溆?分別依次加入 100 bp DNA ladder Marker對照,10 μL PCR產(chǎn)物對照,電泳50 min;凝膠EB染色后,放入凝膠成像系統(tǒng)中拍照.

表1 120名學生PTC嘗味能力測試結果

2 結果與分析

2.1 PTC嘗味能力分布

120名學生PTC嘗味閾值統(tǒng)計結果見表1,圖1、圖2為PTC嘗味能力分布圖.從圖中可以看出,PTC嘗味能力呈雙峰分布,且雙峰性十分明顯,雙峰間的谷底是6號溶液處,故確定第6號液為味盲界限.不能嘗出6號溶液及以上(<6)者為味盲,共檢出 14人,味盲率為11.67%,其中不能嘗出1號溶液的6人,占全部味盲總數(shù)的42.86%,峰值在 <1位置;能嘗出6~14號濃度的為嘗味者,共106人,占88.33%,閾值集中在7~9號濃度范圍內(nèi),峰值在9號處.嘗味者中以7號至10號為嘗味者雜合體,檢出101人;11~14號為純合體,檢出5人.嘗味者平均嘗味閾值(±SD)為7.900±1.6886.

圖1 PTC嘗味能力測試結果(按性別劃分)

圖2 PTC嘗味能力測試結果(按地域劃分)

2.2 性別與PTC嘗味能力的關系

苯硫脲味盲基因存在于7號常染色體上,因此從理論上講,男、女味盲率應該沒有顯著差異,但文獻報道,女性味盲率高于男性[6-7].在收集的資料中,從表1可以看出,40名男生中,嘗味者34人,平均閾值為7.5500±1.0720;味盲者6人,占15%;80位女生中,嘗味者72人,平均閾值為8.075±2.2460;味盲者 8 人,占 10%.女生味盲率(10%)較男生味盲率(15%)偏低,此現(xiàn)象的原因可能與男女兩性舌部的解剖學差異相關,平均而言,女性比男性具有更多的蕈狀味蕾、有更多的味孔,所以女性與男性相比對PTC苦味更加敏感[8-9].此外,男女嘗味者平均閾值的差異,經(jīng)t檢驗,t=1.28 <2.5,無顯著性差異.男女味盲率的差異經(jīng)χ2檢驗,P>0.05,也無顯著意義.這說明,PTC味盲與性別的關系不大.

2.3 不同民族PTC嘗味能力的測定

研究發(fā)現(xiàn)人類苯硫腺嘗味多態(tài)性有種族及民族差異,國內(nèi)曾報告過一些少數(shù)民族的群體資料[10],不同民族人群甚至同一民族在不同地區(qū)對PTC的嘗味能力不同[11].筆者檢測的120人中有蒙古族15人,女生14人,男生僅1人,PTC嘗味能力分布域為7~10號液,分別為1,2,10,2人,平均閾值為8.8667 ±0.7180;味盲率為 0.漢族有105人,男生39人,女生66人.PTC嘗味能力分布在1,2,5,6,7,8,9,10,11,13,分別為 6,1,3,4,30,10,39,7,4,1 人,平均閾值為7.7619 ±2.2362.味盲率為13.33%,經(jīng)t檢驗,t=3.52 >2.5,平均閾值有顯著性差異.味盲率差異極顯著.由此初步可知,蒙古族和漢族PTC嘗味能力有差別.筆者認為蒙古族起源的非均一性和歷史上蒙、漢族長期的基因交流,可能是導致這種情況的重要原因[12].但由于蒙古族樣本容量太小,因此統(tǒng)計結果的可靠性有待進一步確認.

2.4 地理位置與PTC味盲的關系

據(jù)肖春杰[13]等報道,味盲基因在我國分布有明顯規(guī)律,即華南地區(qū)味盲基因頻率最低,而西北地區(qū),尤其新疆北部地區(qū)的味盲基因頻率最高,其差異幅度相當大.PTC嘗味能力在不同地理位置分布見表1.120名大學生中,內(nèi)蒙古籍學生(區(qū)內(nèi))有 72人,味盲者 13人,味盲率18.06%;省外的學生有48人,檢出味盲者1人,味盲率2.08%;區(qū)內(nèi)和區(qū)外的味盲率有顯著的差異性,由于區(qū)外的同學均為東部,而內(nèi)蒙古地處西部,因此,基本說明PTC味盲與地理位置有一定的關系,由于所取的樣本容量太小,不能夠有力的說明東部地區(qū)味盲率要遠比西部地區(qū)低.

2.5 群體的甚因頻率和基因型頻率

由表型判斷,群體共120人,基因型為TT的5人,Tt的為101人,tt的為14人.則群體的基因型頻率為:

TT的頻率為:P2=5/120×100%=4.17%

Tt的頻率為:2pq=101/120×100%=84.17%

tt的頻率為:q2=14/120 ×100%=11.66%

由此,T基因的基因頻率為:P=f(T)=f(TT)+1/2f(Tt)=4.17%+84.17%/2=46.255%,t基因的基因頻率為:q=1-P=1-46.255%=53.745%.

根據(jù)Hardy-Weinberg公式計算出隱性基因t的頻率為

T基因的基因頻率為p=1-q=1-34.15%=65.85%.

χ2值為 =0.17,自由度df=1,當p=0.05,查表得 χ2=3.84 >0.17,統(tǒng)計學認為在 5%顯著水平上差異不顯著,觀察數(shù)與理論數(shù)無明顯差異,即證明本群體處于遺傳平衡,且味盲基因頻率為34.15%,與鄭連斌[14]等測定的內(nèi)蒙古蒙、漢兩族的PTC味盲基因頻率接近,但略微偏高,但低于莊振西[15]等測定的蒙古族、漢族和朝鮮族青少年的味盲基因頻率,更低于白人的基因頻率.

2.6 PTC酶切電泳檢測圖譜分析

對照DNA ladder Marker的指示條帶位置,查看PCR產(chǎn)物和酶切產(chǎn)物的泳道中各有幾條帶.PCR產(chǎn)物預期只有一條約300 bp的帶.酶切產(chǎn)物中如果只有一條與PCR產(chǎn)物同樣位置的帶,說明是tt純合體(303 bp);如果只有兩條帶,一條暗淡,在前方較遠處(64 bp),另一條明亮比PCR產(chǎn)物帶稍靠前(238 bp),說明是TT純合體;如果有三條帶,一條明亮、與PCR產(chǎn)物位置相同,另一條比PCR產(chǎn)物帶稍靠前,還有一條暗淡、在前方較遠處,則說明是Tt雜合體.下面僅展示部分PCR產(chǎn)物和酶切產(chǎn)物的電泳結果(如圖3所示),來驗證前文PTC嘗味的結果.所有對象的基因型都得到PCR-RFLP的驗證,與由表型得到的結果基本一致.

圖3 PCR產(chǎn)物(左)和酶切產(chǎn)物(右)的電泳結果

3 小結

該調(diào)查群體中,味盲基因(t)頻率為0.3415,味盲率為11.67%,比我國平均味盲率8.28%高[16-17],男女生味盲率分別為 15% 和 10%,二者比較差別無統(tǒng)計學意義,這說明,PTC味盲與性別的關系不大.但由于實驗對象來自不同的地區(qū),又屬于不同的民族,通過計算得出PTC味盲與民族和地理位置有關.所有對象的基因型都得到PCR-RFLP的驗證,與由表型得到的結果基本一致,這就排除了由嘗味錯誤所產(chǎn)生的偶然誤差,使結果更可靠.

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