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應(yīng)用QIAamp DNA Investgator Kit試劑盒提取牙齒DNA

2015-09-19 06:45:28泉州市公安局刑偵支隊楊穎峰孫琳琳
海峽科學 2015年11期
關(guān)鍵詞:離心管無水乙醇分型

泉州市公安局刑偵支隊 程 沖 楊穎峰 孫琳琳

牙齒 DNA含量較骨骼少,但是牙齒外層由牙釉質(zhì)和牙本質(zhì)包裹,能夠抵抗外界環(huán)境的影響,使得 DNA不易被降解,而且牙齒易于提取、包裝。因此,在一些白骨化案件中,牙齒的 DNA檢驗經(jīng)常用于尸源認定。近日,本文作者采用了QIAamp DNA Investgator Kit試劑盒提取牙齒DNA,獲得了較好的結(jié)果。

1 材料與方法

1.1 樣本

本實驗室日常受理的牙齒12份。

1.2 儀器和試劑

9700 型擴增儀(AB公司);3130XL型測序儀(AB公司);QIAamp DNA Investgator Kit(Qiagen公司);Identifiler Plus試劑盒(AB公司)。

1.3 方法

1.3.1 牙齒DNA的提取

(1)取牙齒1顆,用清水洗凈表面,用手術(shù)刀片刮去牙齒表層及污垢物,再用無水乙醇泡洗1次去除殘余的水分,用濾紙拭干。將牙齒放入砸牙器中用錘子砸成粉末,取100mg左右牙粉置于1.5mL離心管中。(2)加入360μl Buffer ATL和 20μl 20mg/mL PK,20μL 1mol/L DTT,56℃孵育過夜。(3)離心管快速離心后,加入300μl Buffer AL,混勻后,70℃孵育10分鐘。(4)13000rpm離心1分鐘,取上清液600μL轉(zhuǎn)移至新的1.5mL離心管中,加入150μL無水乙醇,混勻后快速離心 10秒。(5)吸取上清液 750μL轉(zhuǎn)移至 QIAamp MinElute柱中,8000rpm離心1分鐘,再分別用700μL Buffer AW1、Buffer AW2、無水乙醇 8000rpm 離心 1分鐘洗滌QIAamp MinElute柱膜。(6)無水乙醇洗滌后,13000rpm離心3分鐘,取出QIAamp MinElute柱置于新的1.5mL離心管中,打開蓋子,室溫干燥10分鐘。(7)將30μL Buffer ATE加到柱膜的中央,蓋上蓋子,室溫孵育5分鐘,13000rpm離心1分鐘,收集流出液4℃保存?zhèn)溆谩?/p>

另取牙粉100mg按照參考文獻[1]中方法提取牙齒DNA,4℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.3.2 DNA擴增及產(chǎn)物檢測

采用Identifiler Plus試劑盒在9700型擴增儀進行PCR擴增,擴增體系為 10μL,DNA 模板為 1μL,擴增參數(shù)參照Identifiler Plus試劑盒操作手冊。取上述 PCR擴增產(chǎn)物經(jīng)3130XL型測序儀電泳,結(jié)果用GeneMapper ID v3.2軟件進行分析,獲得等位基因分型圖譜。

2 結(jié)果

2.1 QIAamp DNA Investgator Kit試劑盒法與參考文獻[1]中方法結(jié)果比較

本文中,12例牙齒經(jīng)不同提取方法檢驗均全部得出了一致的檢驗結(jié)果。兩種方法均采用Qiagen公司生產(chǎn)的硅膜法提取純化DNA,比較不同提取方法的檢驗結(jié)果,QIAamp DNA Investgator Kit試劑盒提取牙齒DNA操作簡單快捷,較常規(guī)的牙齒提取法節(jié)省時間,無需脫鈣,且文獻[1]中牙齒提取方法由于牙齒消化后需要純化的體系較大,文獻[1]中牙齒消化液與PBI溶液要按體積比1:5混勻,一般混合液能達到3mL左右,需多次離心才能過濾完全部混合液,而QIAamp DNA Investgator Kit方法只需 1次離心就能全部過柱完牙齒消化液。由于過柱次數(shù)少,在理論上減少了交叉污染的可能。同時,經(jīng)檢驗結(jié)果對比發(fā)現(xiàn),兩種方法提取牙齒DNA在峰高、平衡性方面無顯著差異。

2.2 案例檢驗應(yīng)用

2015年×月×日,我市某地發(fā)現(xiàn)一具經(jīng)過高壓鍋蒸煮的頭骨,送檢頭骨上牙齒2顆。牙齒采用本文方法提取DNA,并進行STR分型檢驗,結(jié)果成功獲得STR分型(圖1),為本案尸源認定提供了重要依據(jù)。

圖1 經(jīng)過高壓蒸煮的牙齒STR分型

3 討論

QIAamp DNA Investgator Kit試劑盒法提取牙齒DNA的優(yōu)勢:(1)檢材需求量少,僅需100mg牙粉即可滿足檢驗需求。(2)牙粉無需脫鈣處理。(3)牙粉消化液體積小,僅需1次離心即可全部過柱完。(4)離心次數(shù)少,不存在重復利用離心管,減少交叉污染。實驗結(jié)果顯示,兩種方法檢出率一致,但QIAamp DNA Investgator Kit試劑盒法在操作過程更具有優(yōu)勢。

綜上所述,QIAamp DNA Investgator Kit試劑盒提取牙齒DNA操作簡單,無需特殊儀器,成功率高且提取成本低廉,能滿足實際檢案的需求。

[1] 凃政,劉志芳,陳松,等.牙齒的 DNA 提取及 STR 分型研究[J].刑事技術(shù),2007,196 (5): 9-11.

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