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煙草電壓依賴陰離子通道NtVDAC1.1的電子克隆及生物信息學(xué)分析

2016-01-11 09:33武兆云張小全楊鐵釗王紅
山東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2015年11期
關(guān)鍵詞:生物信息學(xué)分析基因克隆煙草

武兆云 張小全 楊鐵釗 王紅

摘要:為研究電壓依賴陰離子通道(VDAC)基因在煙草根系分泌有機酸的作用,進而為了解該基因的功能和應(yīng)用提供基礎(chǔ),以擬南芥AtVDAC1(NM_110994)為搜索序列,應(yīng)用電子克隆技術(shù)得到一條煙草VDAC基因全長cDNA,命名為AtVDAC1.1。生物信息學(xué)分析表明該基因全長為1018 bp,有著完整的開放閱讀框,編碼276個氨基酸。進化關(guān)系及同源性分析表明,NtVDAc1.1與其他物種的VDAc有著較高的相似性,其中與茄科植物馬鈴薯三個膜孔蛋白有著很高的一致性(0.768~0.902)。功能分析顯示,NtVDAC1.1為膜孔蛋白,參與了陰離子的轉(zhuǎn)運、陰離子轉(zhuǎn)運調(diào)節(jié)和跨膜運輸。二級和四級結(jié)構(gòu)分析均表明,NtVDAC1.1含有a-螺旋和B-折疊。氨基酸位點分析表明,該蛋白具有多種類型的修飾位點,其中的磷酸化位點說明該基因與信號轉(zhuǎn)導(dǎo)有關(guān),對陰離子通道活性具有調(diào)節(jié)作用。

關(guān)鍵詞:煙草;電壓依賴陰離子通道;基因克??;生物信息學(xué)分析

中圖分類號:S572:Q781 文獻標(biāo)識號:A 文章編號:1001-4942(2015)11-0005-07endprint

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