于雪婧、鄒彤、張恩毅綜述,楊杰孚審校
長(zhǎng)鏈非編碼核糖核酸與心血管疾病
于雪婧、鄒彤、張恩毅綜述,楊杰孚審校
長(zhǎng)鏈非編碼核糖核酸(lncRNA)是一類長(zhǎng)度大于200 nt的非編碼核糖核酸(RNA),它參與多種細(xì)胞生命活動(dòng)和疾病的進(jìn)展。由于科學(xué)技術(shù)的飛速發(fā)展,高通量測(cè)序以及微陣列技術(shù)的成熟,lncRNA在心血管領(lǐng)域的研究中具有極大潛力。目前,lncRNA在心肌梗死、心肌缺血再灌注損傷、心力衰竭、高血壓等疾病中均有涉及和研究報(bào)道。lncRNA也是一類重要的生物標(biāo)志物,對(duì)于心血管疾病的診斷、治療及遠(yuǎn)期預(yù)后的評(píng)估發(fā)揮重要作用。lncRNA的出現(xiàn),為心血管疾病的診療帶來(lái)希望。關(guān)于lncRNA參與心血管疾病的深入機(jī)制,還有待進(jìn)一步研究。
綜述;心血管疾病;長(zhǎng)鏈非編碼核糖核酸
長(zhǎng)鏈非編碼核糖核酸(long noncoding RNA,lncRNA)是一類長(zhǎng)度大于200 nt幾乎沒(méi)有翻譯功能的核糖核酸(RNA)[1]。近年發(fā)現(xiàn),lncRNA參與多種生命活動(dòng)及疾病的進(jìn)展,例如細(xì)胞的增殖與凋亡、細(xì)胞周期、基因印記、細(xì)胞分化及排列、真核細(xì)胞的生長(zhǎng)和發(fā)育,腫瘤、心血管疾病、神經(jīng)退行性病變及代謝性疾病的進(jìn)展。隨著高通量測(cè)序技術(shù)和微陣列技術(shù)的快速發(fā)展,lncRNA的研究正在如火如荼地進(jìn)行著,它也不斷地向人類揭示著其重要的生物學(xué)功能。
lncRNA是一個(gè)廣義的名詞,它包含增強(qiáng)子RNA,小核仁RNA,基因間轉(zhuǎn)錄片段以及正義和反義的轉(zhuǎn)錄片段[2]。由于lncRNA種類和功能繁多,大體將其分為五類:順式lncRNA、反式lncRNA、雙向lncRNA、基因間lncRNA和內(nèi)含子lncRNA。總體來(lái)說(shuō),lncRNA的表達(dá)低于蛋白編碼基因的表達(dá)[3],但lncRNA具有更高的細(xì)胞特異性[4]。lncRNA的基因座非常類似于信使核糖核酸(mRNA),但編碼lncRNA的基因更傾向位于基因內(nèi)含子中,這樣可以減少共轉(zhuǎn)錄剪接的效率[5]。比起進(jìn)化中傳統(tǒng)的重復(fù)序列,lncRNA面臨著更高的選擇壓力,因?yàn)閱?dòng)lncRNA表達(dá)的啟動(dòng)子面臨著很高的選擇壓力[5]。lncRNA可通過(guò)順式或反式作用調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄。lncRNA不需要在細(xì)胞核和胞漿中穿梭。它可以作為支架(scaffold)結(jié)合多種蛋白從而發(fā)揮生物學(xué)功能[6],它還可以形成一個(gè)錨定點(diǎn),通過(guò)征集或扣押某些蛋白因子,參與核酸序列的合成和重構(gòu),從而調(diào)節(jié)不同的生命活動(dòng)[2]?,F(xiàn)有研究證明lncRNA還可以作為微小核糖核酸(microRNA)海綿吸附microRNA,從而調(diào)控細(xì)胞的生命活動(dòng)[7]。
心肌梗死是全世界人口的主要死因之一。根據(jù)《中國(guó)心血管病報(bào)告2013概要》的數(shù)據(jù)顯示,目前我國(guó)每年新發(fā)心肌梗死250萬(wàn)例[8]。現(xiàn)有研究發(fā)現(xiàn),microRNA-539可以抑制抗增殖蛋白2(prohibitin 2, PHB2)的功能,PHB2是一種抑制線粒體裂變和凋亡的蛋白,在正常心肌細(xì)胞中大量表達(dá),并且維持細(xì)胞線粒體的穩(wěn)態(tài)。心臟凋亡相關(guān)lncRNA(cardiac apoptosis-related lncRNA,CARL)可作為microRNA海綿吸附microRNA-539,從而解除microRNA-539對(duì)PHB2的抑制作用,為心肌梗死和心肌細(xì)胞凋亡的治療提供了新的方向[9]。
另有研究顯示,用小鼠心肌梗死模型的心肌組織進(jìn)行RNA測(cè)序,發(fā)現(xiàn)許多差異表達(dá)的lncRNA主要參與心臟生成和病理性重構(gòu),用寡核苷酸介導(dǎo)的敲減法發(fā)現(xiàn)這些差異表達(dá)的lncRNA主要調(diào)控心臟結(jié)構(gòu)蛋白的表達(dá)[10]。氯吡格雷是心肌梗死的常規(guī)用藥之一,目前許多機(jī)制尚不明確。有研究在棕櫚酸誘導(dǎo)人臍靜脈內(nèi)皮細(xì)胞凋亡的模型中,給予氯吡格雷后可減輕棕櫚酸誘導(dǎo)的臍靜脈內(nèi)皮細(xì)胞的凋亡。通過(guò)運(yùn)用RNA微陣列的方法比較氯吡格雷處理組和對(duì)照組lncRNA的表達(dá)譜發(fā)現(xiàn),HIF1 α反義核糖核酸-1(HIF1 alpha-antisense RNA-1,HIF1A-AS1) 在氯吡格雷組顯著發(fā)生變化,通過(guò)小干擾RNA(small interfering RNA, siRNA)抑制該lncRNA后可減少棕櫚酸誘導(dǎo)的細(xì)胞凋亡并促進(jìn)內(nèi)皮細(xì)胞的增殖;研究者還發(fā)現(xiàn),HIF1A-AS1是通過(guò)線粒體凋亡通路引起內(nèi)皮細(xì)胞的凋亡。說(shuō)明氯吡格雷可以通過(guò)抑制lncRNA HIF1A-AS1而減少棕櫚酸誘導(dǎo)的臍靜脈內(nèi)皮細(xì)胞凋亡,這為氯吡格雷治療心肌梗死又闡述了一條新的機(jī)制[11]。另一研究顯示,microRNA-188-3p可通過(guò)調(diào)節(jié)靶基因自噬相關(guān)蛋白7(autophagy related protein 7, ATG7)抑制細(xì)胞自噬和心肌梗死,而lncRNA促自噬因子 (autophagy promoting factor, APF)可通過(guò)調(diào)控microRNA-188-3p從而影響ATG7介導(dǎo)的細(xì)胞自噬和心肌梗死,這為心肌梗死的診斷和治療提供了潛在的靶點(diǎn)[12]。
許多研究證明,心肌缺血再灌注損傷(ischemia reperfusion injury, I/R)會(huì)導(dǎo)致心肌細(xì)胞的壞死和凋亡[13,14]。細(xì)胞壞死受到Fas相關(guān)蛋白死亡結(jié)構(gòu)域(Fas-associated protein with death domain,F(xiàn)ADD)的調(diào)控。研究發(fā)現(xiàn)FADD是受體結(jié)合的絲氨酸蘇氨酸激酶3(receptor interacting serine/threonine kinase 3,RIP3)誘導(dǎo)壞死過(guò)程的抑制劑。FADD亦可通過(guò)抑制RIPK1/RIPK3復(fù)合體的形成對(duì)細(xì)胞壞死起負(fù)調(diào)節(jié)作用。在壞死過(guò)程中FADD所受的調(diào)控依賴于細(xì)胞種類和刺激種類[15]。調(diào)控FADD的形式多樣,比如磷酸化、泛素化[16]。
I/R導(dǎo)致心肌細(xì)胞凋亡主要通過(guò)外源性細(xì)胞凋亡途徑和線粒體凋亡途徑。FADD在外源性細(xì)胞凋亡中,通過(guò)與細(xì)胞凋亡蛋白酶-8(Caspase-8)前體結(jié)合后,引發(fā)多聚化和自我剪切激活,活化的Caspase-8激活Caspase-9,從而啟動(dòng)外源性細(xì)胞凋亡。而在線粒體途徑中,低氧、氧化應(yīng)激均可以導(dǎo)致線粒體外膜釋放促凋亡蛋白至胞漿中,導(dǎo)致細(xì)胞色素C和凋亡蛋白酶激活因子1(apoptotic protease activating factor 1, APAF1)結(jié)合,導(dǎo)致Caspase-9活化,切割Caspase-3和Caspase-7前體,進(jìn)而引起細(xì)胞凋亡[17]。
一項(xiàng)研究證明,在H2O2處理大鼠H9C2胚胎心肌細(xì)胞誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡和壞死的模型中,F(xiàn)ADD表達(dá)下調(diào),而RIPK 1/ RIPK 3 復(fù)合體形成增多;而當(dāng)過(guò)表達(dá)FADD時(shí),RIPK 1/ RIPK 3 復(fù)合體形成減少。說(shuō)明FADD確實(shí)對(duì)細(xì)胞壞死起到負(fù)調(diào)控作用。同時(shí)該研究證明,microRNA-103/107可以抑制靶基因FADD的表達(dá),降低microRNA-103/107可以減輕心肌壞死程度。lncRNA H19可以通過(guò)降低microRNA-103/107的豐度從而抑制心肌細(xì)胞的壞死[15]??梢?jiàn),lncRNA在I/R中也發(fā)揮重要作用。
心力衰竭是心血管疾病的終末階段,也是構(gòu)成世界范圍的主要死因之一。在心力衰竭的進(jìn)展過(guò)程中,一些胎兒型基因表達(dá)增加,一些成人型基因表達(dá)降低,這種基因表達(dá)紊亂導(dǎo)致心肌重構(gòu)[18]。心肌肥厚是心力衰竭的結(jié)構(gòu)改變,也是心力衰竭的治療靶點(diǎn)。目前國(guó)內(nèi)一些學(xué)者通過(guò)檢測(cè)腦鈉肽和內(nèi)皮素-1的濃度預(yù)測(cè)心力衰竭患者心血管事件的發(fā)生[19]。然而,lncRNA不僅參與心力衰竭的發(fā)展,它還作為預(yù)測(cè)心力衰竭患者心血管事件發(fā)生的標(biāo)志物之一。研究表明,循環(huán)中的lcnRNA uc022bqs.1與心力衰竭患者遠(yuǎn)期心血管死亡事件具有顯著相關(guān)性[20]。另有研究表明,運(yùn)用微陣列技術(shù)發(fā)現(xiàn),在血管緊張素Ⅱ刺激的肥大心肌細(xì)胞中,microRNA-489顯著降低;而在心肌細(xì)胞中過(guò)表達(dá)microRNA-489可以減輕血管緊張素誘導(dǎo)細(xì)胞肥大效應(yīng)。一種名為心肌肥厚相關(guān)因子(cardiac hypertrophy related factor, CHRF)的lncRNA,可作為microRNA海綿結(jié)合microRNA-489并降低其表達(dá),從而抑制microRNA-489對(duì)其靶基因骨髓分化初反應(yīng)蛋白基因88(myeloid differentiation primary response gene 88, Myd88)的負(fù)調(diào)控作用,促進(jìn)心肌肥厚的進(jìn)程[21]。另一項(xiàng)研究通過(guò)對(duì)22例心力衰竭患者和5名正常人心肌組織進(jìn)行高通量測(cè)序后發(fā)現(xiàn),在84 793個(gè)轉(zhuǎn)錄本中,13 019個(gè)轉(zhuǎn)錄本來(lái)自于蛋白編碼基因,2 085個(gè)轉(zhuǎn)錄本為lncRNA,1 064個(gè)轉(zhuǎn)錄本是假基因。在這些lncRNA中,48個(gè)lncRNA在心力衰竭患者的心肌組織中表達(dá)發(fā)生了顯著變化[22],說(shuō)明lncRNA參與了心力衰竭的發(fā)展。
研究顯示,lncRNA參與高血壓相關(guān)基因的調(diào)控,這些高血壓相關(guān)基因包括內(nèi)收蛋白(adducin,ADD3),鈉尿肽(natriuretic peptide A,NPPA),三磷酸腺苷鈉鉀轉(zhuǎn)運(yùn)體a亞基(ATPase Na+/K+transporting subunit alpha 1,ATP1A1),利尿鈉肽受體2(natriuretic peptide receptor 2, NPR2),細(xì)胞色素P450家族17亞家族成員1(cytochrome P450 family 17 subfamily A member 1,CYP17A1),乙酰輔酶A合成酶中鏈家族成員3(acyl-CoA synthetase medium-chain family member 3,ACSM3),溶質(zhì)運(yùn)載蛋白家族14(solute carrier family 14, SLC14A2)等[22]。血管緊張素Ⅱ可以促進(jìn)動(dòng)脈粥樣硬化和高血壓的發(fā)生。研究發(fā)現(xiàn),血管緊張素Ⅱ可以調(diào)控lncRNA的功能,用小RNA干擾技術(shù)敲除lnc-Ang362后可以減少血管平滑肌細(xì)胞的增殖[23]。慢性血栓栓塞是引起嚴(yán)重肺動(dòng)脈高壓的病因之一。研究顯示,通過(guò)微陣列技術(shù)發(fā)現(xiàn),來(lái)自于慢性血栓栓塞性肺動(dòng)脈高壓患者肺動(dòng)脈的內(nèi)皮細(xì)胞和正常人的肺動(dòng)脈內(nèi)皮細(xì)胞中,有185個(gè)lncRNAs表達(dá)發(fā)生顯著變化,進(jìn)一步分析證實(shí)464個(gè)調(diào)節(jié)型的啟動(dòng)子樣的lncRNAs,它們和臨近的mRNA重疊。lncRNA NR-036693, NR-027783, NR-033766及NR-001284的表達(dá)都發(fā)生了顯著變化。通過(guò)差異基因的GO分析和信號(hào)通路富集分析發(fā)現(xiàn),這些lncRNAs都與內(nèi)源性刺激引起的炎癥反應(yīng)相關(guān)[24]。另有研究表明,通過(guò)尾靜脈將三七參甙注射到自發(fā)性高血壓大鼠模型中,發(fā)現(xiàn)三七參甙可以降低大鼠的收縮壓并誘導(dǎo)一氧化氮合酶的生成。通過(guò)生物信息學(xué)方法的預(yù)測(cè),在自發(fā)性高血壓大鼠和正常對(duì)照的大鼠血管內(nèi)皮平滑肌細(xì)胞中,運(yùn)用lncRNA AK094457敲除法觀察發(fā)現(xiàn),lncRNA AK094457可以促進(jìn)一氧化氮合酶的表達(dá)和一氧化氮的濃度,說(shuō)明三七參甙可以通過(guò)lncRNA AK094457誘導(dǎo)一氧化氮合酶的生成而起到降血壓的作用[22]。
為研究左心室輔助器械裝置對(duì)心力衰竭患者lncRNA表達(dá)變化的影響,有研究選取8例非缺血性和缺血性的心力衰竭患者,在安裝左心室輔助器械之前和之后取左心室心肌組織,運(yùn)用高通量測(cè)序法,對(duì)該組織進(jìn)行測(cè)序。結(jié)果發(fā)現(xiàn),有37%的mRNA和71%的lncRNA都是來(lái)自于線粒體。和非缺血的左心室組織相比,缺血性心力衰竭和非缺血性心力衰竭分別有679個(gè)和570個(gè)lncRNA具有差異性表達(dá),大約10%的上述lncRNA可以通過(guò)安裝左心室輔助器械而恢復(fù)正常范圍。另外lncRNA的表達(dá)譜差異也可以用于鑒別缺血性與非缺血性心力衰竭[22]。
由于科學(xué)技術(shù)的極速發(fā)展,高通量測(cè)序?yàn)閘ncRNA的研究提供了良好的平臺(tái)。由于lncRNA在心血管疾病發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮重要作用,大量關(guān)于心臟疾病與lncRNA的研究會(huì)接踵而至,它將為心臟疾病機(jī)制的闡述、診斷、治療和預(yù)后評(píng)估提供有利的依據(jù)和重要的手段。
[1] Anderson DM, Anderson KM, Chang CL, et al. A micropeptide encoded by a putative long noncoding RNA regulates muscle performance. Cell, 2015, 160: 595-606.
[2] Batista PJ, Chang HY. Long noncoding RNAs: Cellular address codes in development and disease. Cell, 2013, 152: 1298-1307.
[3] Djebali S, Davis CA, Merkel A, et al. Landscape of transcription in human cells. Nature, 2012, 489: 101-108.
[4] Cabili MN, Trapnell C, Goff L, et al. Integrative annotation of human large intergenic noncoding RNAs reveals global properties and specific subclasses. Genes Dev, 2011, 25: 1915-1927.
[5] Derrien T, Johnson R, Bussotti G, et al. The gencode v7 catalogof human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Res, 2012, 22: 1775-1789.
[6] Wang KC, Chang HY. Molecular mechanisms of long noncoding RNAs. Mol Cell, 2011, 43: 904-914.
[7] Dey BK, Mueller AC, Dutta A. Long non-coding RNAs as emerging regulators of differentiation, development, and disease. Transcription, 2014, 5: e944014.
[8] 陳偉偉, 高潤(rùn)霖, 劉力生, 等. 中國(guó)心血管病報(bào)告2013 概要. 中國(guó)循環(huán)雜志, 2014, 29: 487-491.
[9] Wang K, Long B, Zhou LY, et al. Carl lncRNA inhibits anoxia-induced mitochondrial fission and apoptosis in cardiomyocytes by impairing mir-539-dependent PHB2 downregulation. Nat Commun, 2014, 5: 3596.
[10] Ounzain S, Micheletti R, Beckmann T, et al. Genome-wide profiling of the cardiac transcriptome after myocardial infarction identifies novel heartspecific long non-coding RNAs. Eur Heart J, 2015, 36: 353-368.
[11] Wang J, Chen L, Li H, et al. Clopidogrel reduces apoptosis and promotes proliferation of human vascular endothelial cells induced by palmitic acid via suppression of the long non-coding RNA HIF1AAS1 in vitro. Mol Cell Biochem, 2015, 404: 203-210.
[12] Wang K, Liu CY, Zhou LY, et al. Apf lncrna regulates autophagy and myocardial infarction by targeting miR-188-3p. Nat Commun, 2015, 6: 6779.
[13] Whelan RS, Kaplinskiy V, Kitsis RN. Cell death in the pathogenesis of heart disease: Mechanisms and significance. Annu Rev Physiol, 2010, 72: 19-44.
[14] Anversa P, Kajstura J. Myocyte cell death in the diseased heart. Circ Res, 1998, 82: 1231-1233.
[15] Wang JX, Zhang XJ, Li Q, et al. MicroRNA-103/107 regulate programmed necrosis and myocardial ischemia/reperfusion injury through targeting FADD. Circ Res, 2015, 117: 352-363.
[16] Lee EW, Kim JH, Ahn YH, et al. Ubiquitination and degradation of the FADD adaptor protein regulate death receptor-mediated apoptosis and necroptosis. Nat Commun, 2012, 3: 978.
[17] Orogo AM, Gustafsson AB. Cell death in the myocardium: My heart won't go on. IUBMB Life, 2013, 65: 651-656.
[18] Papait R, Kunderfranco P, Stirparo GG, et al. Long noncoding RNA: a new player of heart failure?. J Cardiovasc Transl Res, 2013, 6: 876-883.
[19] 劉寧, 劉昊, 王志軍, 等. 腦鈉肽與內(nèi)皮素-1對(duì)心力衰竭患者心血管事件的預(yù)測(cè)價(jià)值. 中國(guó)循環(huán)雜志, 2016, 8: 55-58.
[20] Kumarswamy R, Bauters C, Volkmann I, et al. Circulating long noncoding RNA, LIPCAR, predicts survival in patients with heart failure. Circ Res, 2014, 114: 1569-1575.
[21] Wang K, Liu F, Zhou LY, et al. The long noncoding RNA CHRF regulates cardiac hypertrophy by targeting miR-489. Circ Res, 2014, 114: 1377-1388.
[22] Annilo T, Kepp K, Laan M. Natural antisense transcript of natriuretic peptide precursor a (NPPA): Structural organization and modulation of nppa expression. BMC Mol Biol, 2009, 10: 81.
[23] Leung A, Trac C, Jin W, et al. Novel long noncoding RNAs are regulated by angiotensinⅡin vascular smooth muscle cells. Circ Res, 2013, 113: 266-278.
[24] Gu S, Li G, Zhang X, et al. Aberrant expression of long noncoding RNAs in chronic thromboembolic pulmonary hypertension. Mol Med Rep, 2015, 11: 2631-2643.
2016-05-21)
(編輯:漆利萍)
藥品臨床試驗(yàn)關(guān)鍵技術(shù)及平臺(tái)的研究(bj-2004-732)
100730 北京市,北京大學(xué)第五臨床醫(yī)學(xué)院(于雪婧、楊杰孚);北京醫(yī)院 心血管內(nèi)科(鄒彤)、北京醫(yī)院老年醫(yī)學(xué)研究所 細(xì)胞室(張恩毅)
于雪婧 博士研究生 研究方向?yàn)樾姆款潉?dòng)與非編碼核糖核酸 Email: yuxuejing0927@163.com 通訊作者:楊杰孚 Email: yangjiefu2011@126.com
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A
1000-3614(2017)01-0099-03
10.3969/j.issn.1000-3614.2017.01.024