陳光，王階

DNA甲基化在中醫(yī)藥研究中的應(yīng)用＊

陳光1,2，王階1＊＊

（1.中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院廣安門醫(yī)院北京100053；2.北京中醫(yī)藥大學(xué)研究生院北京100029）

DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)的經(jīng)典調(diào)控機(jī)制，可調(diào)控轉(zhuǎn)錄水平。目前其在中醫(yī)領(lǐng)域的研究主要包括證候相關(guān)生物標(biāo)志物的初步研究，即探討特定疾病的證候與特定基因甲基化的相關(guān)性，以及藥物分子作用機(jī)制研究，即探討中醫(yī)藥干預(yù)對(duì)特定基因甲基化程度變化及甲基化相關(guān)酶的影響。目前認(rèn)為，甲基化調(diào)控具有遺傳性、可塑性，并在整個(gè)基因組均有分布，可以適應(yīng)中醫(yī)證候動(dòng)態(tài)演變與中醫(yī)整體干預(yù)的研究特點(diǎn)。但目前的研究在證候相關(guān)生物標(biāo)志物的方法學(xué)方面有待完善，在甲基化機(jī)制方面有待功能學(xué)驗(yàn)證的深入研究。甲基化在詮釋中醫(yī)先天遺傳因素與后天環(huán)境影響對(duì)疾病與證候發(fā)生發(fā)展方面，甲基化與RNA層面的相互作用在探索中藥干預(yù)機(jī)制方面，以及甲基化證候生物標(biāo)志物在人群的證候篩查、疾病證候分型、藥物敏感性的預(yù)測(cè)方面，均有廣闊前景。

DNA甲基化中醫(yī)藥證候機(jī)制

表觀遺傳學(xué)是研究基因的核苷酸序列不發(fā)生改變的情況下，基因表達(dá)的可遺傳的變化的一門遺傳學(xué)分支學(xué)科。從分子角度，表觀遺傳學(xué)是在同一基因組上建立并將不同基因表達(dá)（轉(zhuǎn)錄）模式和基因沉默傳遞下去的染色質(zhì)模板變化的總和[1]。表觀遺傳學(xué)建立于對(duì)意外發(fā)現(xiàn)現(xiàn)象的理解，其機(jī)制具有遺傳性和可塑性。DNA甲基化就是表觀遺傳中的典型現(xiàn)象之一。本文就DNA甲基化的基本研究方法及在中醫(yī)藥領(lǐng)域研究中的應(yīng)用進(jìn)行綜述。

1 DNA甲基化基礎(chǔ)

1.1 DNA甲基化基本概念

在哺乳動(dòng)物中，DNA甲基化是由甲基轉(zhuǎn)移酶（DNA methyltransferase，DNMT）所催化，以S-腺苷甲硫氨酸（S-adenosylMethionine，SAM）作為甲基供體，將甲基主要轉(zhuǎn)移到CpG雙核苷酸序列的胞嘧啶第五號(hào)碳原子上，也有少量轉(zhuǎn)移到如CHG、CHH等非CpG的胞嘧啶上。

甲基化DNA在復(fù)制過程中，DNA會(huì)出現(xiàn)半甲基化狀態(tài)，而DNMT1負(fù)責(zé)DNA復(fù)制中的甲基化維持，UHRF1負(fù)責(zé)識(shí)別半甲基化的DNA，并招募DNMT1。因?yàn)閺?fù)制過程中DNMT1功能的缺失，則出現(xiàn)DNA被動(dòng)的去甲基化現(xiàn)象。而主動(dòng)的去甲基化過程可能的方式主要包括：糖苷酶特異識(shí)別5 mC，切除后進(jìn)一步被BER通路修復(fù)為C；存在脫氨酶特異識(shí)別5 mC，C變成T后形成GT錯(cuò)配；NER通路直接切掉5 mC；5 mC通過氧化作用將甲基氧化成羧基，再通過脫羧酶的脫羧作用達(dá)到去甲基；水解作用直接去掉甲基基團(tuán)[2]。其中，氧化方式中TET蛋白發(fā)揮著重要作用，而TET1則富集在TSS附近和CGI上，是該區(qū)域維持低甲基化的機(jī)制之一。因此，可見DNA甲基化處于甲基化和去甲基化的動(dòng)態(tài)過程中，在復(fù)制過程中存在遺傳性，但在動(dòng)態(tài)變化中又具有可塑性。

1.2 DNA甲基化調(diào)控功能

DNA的甲基化修飾使DNA結(jié)合蛋白的部位——DNA雙螺旋凹槽的外形發(fā)生改變，從而導(dǎo)致其與DNA結(jié)合蛋白的結(jié)合能力降低，影響識(shí)別轉(zhuǎn)錄因子，從而調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄[3]。另外，DNA甲基化也可結(jié)合蛋白，通過影響結(jié)合的蛋白，從而對(duì)轉(zhuǎn)錄進(jìn)行調(diào)控。

不同區(qū)域的DNA甲基化的功能不盡相同，TSS和啟動(dòng)子區(qū)甲基化與基因的轉(zhuǎn)錄抑制相關(guān)；在gene body上的甲基化則與轉(zhuǎn)錄剪接有關(guān)；重復(fù)序列、異染色質(zhì)區(qū)域和轉(zhuǎn)座子的轉(zhuǎn)錄抑制、基因組的穩(wěn)定性有關(guān)；涉及基因印記則與X染色體失活有關(guān)。

在人的生命中存在兩次重大的去甲基化過程，一次發(fā)生在形成成熟配子的過程中，一次發(fā)生在胚胎發(fā)育受精卵分化為干細(xì)胞的過程中，前者為了重新建立印記，而后者為了減弱印記，建立新的印記。

一些疾病與DNA甲基化密切相關(guān)，如X連鎖的MeCP2突變導(dǎo)致Rett綜合征，X連鎖的紅綠色盲以及癌癥。異常的低甲基化導(dǎo)致原癌基因的過度表達(dá)與異常的高甲基化導(dǎo)致抑癌基因被沉默都可能是癌癥發(fā)生的機(jī)制之一。

可見，DNA甲基化的調(diào)控方式在基因組中分布廣泛，發(fā)揮的功能多樣，又在胚胎發(fā)育過程中帶有先天的印記。

1.3 DNA甲基化研究方法

在DNA甲基化的現(xiàn)代研究方法中，基于LC-MS/ MS液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜分析5 mC/5 hmC的含量，可以確定總甲基化相對(duì)比例，但無法定位；針對(duì)特定位點(diǎn)的經(jīng)典亞硫酸鹽測(cè)序方法是金標(biāo)準(zhǔn)。對(duì)于芯片檢測(cè)或測(cè)序方法而言，分為基于抗體、標(biāo)記等親和富集的方法（如MeDIP-seq）和BS處理單堿基分辨率的方法，前者對(duì)通量要求不很高，適合全基因組范圍篩查，同時(shí)分辨率也受到限制，而后者又分為全基因組測(cè)序和RRBS，全基因組BS測(cè)序?qū)y(cè)序深度要求較高，而RRBS則集中在富含CpG的區(qū)域，降低了測(cè)序成本。

另外，Hairpin BS-seq可以同時(shí)測(cè)兩條鏈的甲基化，從而計(jì)算甲基化在復(fù)制過程中保留有效率。而TAB-Seq的特點(diǎn)則在于可以區(qū)分hmC，亞硫酸鹽處理原理的檢測(cè)則不能區(qū)分5mC和5-hmC。在研究過程中，可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的目標(biāo)不同，選擇不同的方法或方法組合。

2 中醫(yī)藥領(lǐng)域DNA甲基化研究現(xiàn)狀

2.1 中醫(yī)藥相關(guān)組學(xué)研究背景

目前中醫(yī)藥在基因組學(xué)和后基因組學(xué)領(lǐng)域的研究主要涉及早期大量的SNP的GWAS研究、轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究（早期以mRNA差異表達(dá)譜為主，最近以研究miRNA、lncRNA、circRNA為熱點(diǎn)）、表觀遺傳學(xué)（以DNA甲基化為主）以及最新個(gè)別的研究腸道微生物相關(guān)的宏基因組學(xué)。

因?yàn)橹嗅t(yī)學(xué)認(rèn)為“證候”是疾病某一階段本質(zhì)變化的體現(xiàn)，并據(jù)此進(jìn)行治療。所以，中醫(yī)很大程度的研究是圍繞證候進(jìn)行的。研究方法基本為根據(jù)疾病和證候的不同組合進(jìn)行分組，通過小樣本量組間比較尋找某一組學(xué)的差異，對(duì)差異再進(jìn)行大樣本量的RT-PCR驗(yàn)證，如果涉及多個(gè)組學(xué)層面，則進(jìn)行共表達(dá)分析，通過生物信息學(xué)推測(cè)與疾病和證候聯(lián)系相對(duì)密切的差異，以及不同層面的上下游關(guān)系和網(wǎng)絡(luò)調(diào)控關(guān)系，并通過動(dòng)物和細(xì)胞實(shí)驗(yàn)進(jìn)行功能學(xué)驗(yàn)證。這類研究往往同時(shí)再進(jìn)行藥物干預(yù)，觀察藥物對(duì)差異基因的影響，以及與患者癥狀、體征以及其他常規(guī)指標(biāo)的相關(guān)性。

前一部分差異的篩選主要目的是尋找證候相關(guān)的生物標(biāo)志物，中醫(yī)的診療本就具有個(gè)體性，而生物標(biāo)志物的研究為中醫(yī)藥實(shí)現(xiàn)現(xiàn)代的精準(zhǔn)醫(yī)療奠定基礎(chǔ)；后一部分聚類差異深入研究主要是為尋找關(guān)鍵調(diào)控節(jié)點(diǎn)及藥物分子靶標(biāo)，為闡明藥物作用機(jī)制及研發(fā)中藥新藥提供思路。其過程中，利用的高通量技術(shù)基本以組合應(yīng)用形式，先用芯片或二代測(cè)序小樣本大范圍篩選，再PCR驗(yàn)證，當(dāng)然隨著單細(xì)胞測(cè)序和三代測(cè)序的發(fā)展，其在中醫(yī)藥研究中的作用也將逐漸發(fā)揮優(yōu)勢(shì)。

2.2 中醫(yī)證候相關(guān)研究

大部分中醫(yī)藥甲基化研究集中在對(duì)于某種特定疾病的證候與甲基化的相關(guān)性進(jìn)行探討。研究可以針對(duì)某特定基因甲基化進(jìn)行研究。如一項(xiàng)急性髓系白血病中醫(yī)證型與ID4基因啟動(dòng)子區(qū)甲基化相關(guān)性研究[4]發(fā)現(xiàn)，各證型患者ID4基因啟動(dòng)子區(qū)甲基化陽性率由低到高依次為氣陰兩虛證＜瘀血痰結(jié)證＜毒熱熾盛證，差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P＜0.05）。對(duì)于中晚期非小細(xì)胞肺癌MGMT基因甲基化表達(dá)與中醫(yī)證型的相關(guān)性研究發(fā)現(xiàn)，肺脾氣虛證、肺陰虛證、氣滯血瘀證、氣陰兩虛證、痰熱阻肺證5種中醫(yī)證型的MGMT啟動(dòng)子甲基化陽性率分別為85.00%、90.00%、15.00%、75.00%、20.00%，經(jīng)樣本間兩兩比較秩和檢驗(yàn)，氣滯血瘀證、痰熱阻肺證兩組與其他各組間均有顯著差異（P＜0.01或P＜0.05）[5]。一項(xiàng)慢性萎縮性胃炎中醫(yī)證型與胃粘膜cmycDNA甲基化水平研究發(fā)現(xiàn)，c-myc基因甲基化率在慢性萎縮性胃炎中醫(yī)各證型間有顯著性差異（P＜0.01），且各證型中c-myc基因甲基化率由高到低依次是胃熱傷陰＞瘀毒內(nèi)阻＞痰濕凝結(jié)＞脾胃虛寒＞氣血雙虧＞肝胃不和[6]。其他一些研究[7-12]的方法則類似。

同時(shí)，也可以對(duì)全基因組進(jìn)行甲基化研究。一項(xiàng)基于全基因組甲基化的乙肝后肝硬化證候研究發(fā)現(xiàn)，HLA-DRB1和ADAMTS9，NUDT1和YES 1，APOA5和PRKCZ等基因的差異甲基化可能分別與濕熱內(nèi)蘊(yùn)證、脾虛濕盛證和肝腎陰虛證的證候有關(guān)[13]。而且，在方法學(xué)上也有基于雙生子進(jìn)行研究[14]。另外，也有一些陰性結(jié)果的研究，如一項(xiàng)研究不同中醫(yī)證型骨髓增生異常綜合征RIZ1、ID4基因甲基化的結(jié)果[15]發(fā)現(xiàn)，RIZ1基因甲基化表達(dá)在不同中醫(yī)證型患者中無明顯差異。

2.3 中醫(yī)干預(yù)機(jī)制相關(guān)研究

在分析證候甲基化差異的基礎(chǔ)上，也有對(duì)甲基化相關(guān)酶以及中醫(yī)藥干預(yù)對(duì)甲基化影響的研究。一項(xiàng)中醫(yī)抗衰老機(jī)理研究[16]發(fā)現(xiàn)，腎健脾方劑能明顯提高生理性腎虛小鼠肝細(xì)胞DNA甲基化酶的活力，具有延緩衰老的作用。一項(xiàng)組蛋白去甲基化酶與腎虛型絕經(jīng)后骨質(zhì)疏松癥的研究[17]發(fā)現(xiàn)，組蛋白去甲基化酶JMJD2A、JMJD2B表達(dá)程度，骨質(zhì)疏松癥患者組明顯低于非骨質(zhì)疏松癥組。

另外一些中藥干預(yù)研究發(fā)現(xiàn)，甲基化可能是一些中藥干預(yù)的作用機(jī)制之一，如穩(wěn)斑湯干預(yù)急性冠脈綜合征痰瘀互結(jié)證血漿血栓調(diào)節(jié)蛋白基因啟動(dòng)子甲基化，治療后較治療前甲基化程度顯著降低；對(duì)于乳腺癌高危人群根據(jù)中醫(yī)辨證給予不同中藥干預(yù)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)血清TRβ1基因甲基化程度治療后較治療前明顯降低；針對(duì)骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞給予補(bǔ)腎中藥提取成分含藥血清干預(yù)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)含藥血清組β-catenin基因甲基化狀態(tài)較其他組有明顯的降低，且組間差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P＜0.05）[18-20]。

3 中醫(yī)藥領(lǐng)域DNA甲基化研究思路與優(yōu)勢(shì)

根據(jù)DNA甲基化調(diào)控機(jī)制的特點(diǎn)，結(jié)合中醫(yī)學(xué)有待研究的科學(xué)問題，其相關(guān)的研究思路可從以下幾點(diǎn)進(jìn)行思考。其一，DNA甲基化調(diào)控是動(dòng)態(tài)的，具有遺傳性與可塑性；而中醫(yī)的證候是動(dòng)態(tài)演變的，而且受體質(zhì)遺傳因素的影響，又在與環(huán)境的相互作用下變化。試想，證候?qū)嵸|(zhì)的生物學(xué)基礎(chǔ)是否一定程度上反映在DNA甲基化這一層面？其二，DNA甲基化的調(diào)控方式在基因組中分布廣泛，而中藥的作用特點(diǎn)是針對(duì)關(guān)鍵調(diào)控節(jié)點(diǎn)發(fā)揮整體調(diào)節(jié)作用，其作用機(jī)制是否與DNA甲基化密切相關(guān)？其三，DNA甲基化作為經(jīng)典的表觀遺傳學(xué)調(diào)控機(jī)制，其能否為中醫(yī)證候的客觀診斷與中藥作用機(jī)制提供新的思路？具體可體現(xiàn)在從分子層面界定證候范圍的生物標(biāo)志物研究，以及從表觀遺傳學(xué)層面闡述中藥作用機(jī)制、探討方劑組分配伍原理的分子機(jī)制研究。

DNA甲基化的特點(diǎn)與中醫(yī)學(xué)問題的相關(guān)性，決定了目前相關(guān)研究存在以下特色及優(yōu)勢(shì)：①中醫(yī)證候處于動(dòng)態(tài)變化過程中，受遺傳與環(huán)境雙重作用影響，而DNA甲基化既具有印記的遺傳性，又受環(huán)境因素改變的可塑性，這就使得其在研究證候的時(shí)間特異性領(lǐng)域中占有了一定的地位，并為治療提供了樂觀的前景；②中醫(yī)的主要思想就是整體觀，而在脊椎動(dòng)物中甲基化CpG在整個(gè)基因組中均有分布，這為研究中醫(yī)藥干預(yù)證候機(jī)制的整體性提供了依據(jù)；③中醫(yī)利用中藥干預(yù)人體的過程是復(fù)雜的，也不僅是多通路、多靶點(diǎn)的簡(jiǎn)單羅列，也許是復(fù)雜系統(tǒng)，而DNA甲基化調(diào)控基因表達(dá)存在影響轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合活性與甲基化結(jié)合蛋白抑制轉(zhuǎn)錄這直接和間接兩種機(jī)制，為研究中醫(yī)藥針對(duì)不同環(huán)節(jié)治療打開了思路[21-23]。

4 問題與展望

研發(fā)真正的分子靶向治療藥物的重要途徑就是發(fā)現(xiàn)生物標(biāo)志物，其中也包括中藥單體藥物的研發(fā)。而生物標(biāo)志物需具備特異性強(qiáng)、靈敏度高、重復(fù)性好、穩(wěn)定性高、取樣無損害等特點(diǎn)，并對(duì)評(píng)估危險(xiǎn)程度以及預(yù)測(cè)治療效果有一定程度的臨床指導(dǎo)價(jià)值。但目前只有很少一部分生物標(biāo)志物真正用于臨床，中醫(yī)證候的生物標(biāo)志物研究尚處于初級(jí)階段，存在很多方法學(xué)的問題，也頗受爭(zhēng)議。

用于中醫(yī)證候診斷的生物標(biāo)志物探索的難點(diǎn)在于：時(shí)間特異性、組織特異性以及正常參考值的確定。目前國(guó)際上較為成熟的生物標(biāo)志物研究方法是利用Cox回歸分析或隨機(jī)森林分析方法，探索血瘀證高風(fēng)險(xiǎn)與低風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)甲基化DNA/mRNA/microRNA/circRNA，訓(xùn)練組用于構(gòu)建風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)模型，測(cè)試組用于驗(yàn)證信度，并擴(kuò)大樣本量對(duì)模型進(jìn)行驗(yàn)證和校正，以進(jìn)一步提高模型的效能。但這種方法還不能完全滿足中醫(yī)學(xué)的研究，隨著統(tǒng)計(jì)學(xué)家在動(dòng)態(tài)模型構(gòu)建方法上的突破，大數(shù)據(jù)時(shí)代思想與技術(shù)的逐步成熟，中醫(yī)生物標(biāo)志物模型的時(shí)空觀特點(diǎn)也將逐步得以實(shí)現(xiàn)。

對(duì)于探索機(jī)制的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究，通過生物信息學(xué)分析構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)僅僅是預(yù)測(cè)的結(jié)果，通過細(xì)胞和動(dòng)物實(shí)驗(yàn)對(duì)生物標(biāo)志物及上下游關(guān)系進(jìn)行功能學(xué)驗(yàn)證則至關(guān)重要，比如運(yùn)用5-Azacytidine（5-Aza）這種甲基化抑制劑培養(yǎng)細(xì)胞造成一系列梯度甲基化程度，同時(shí)檢測(cè)目的基因轉(zhuǎn)錄水平，從而驗(yàn)證甲基化對(duì)該基因轉(zhuǎn)錄的調(diào)控作用[24]。但是值得注意的是，成熟的生物標(biāo)志物也未必就是調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)，而如果希望根據(jù)調(diào)控關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)篩選中藥有效成分或單體作為生物靶向藥物，仍需以確定關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)為前提。

綜上所述，DNA甲基化本身的特點(diǎn)與中醫(yī)的特色有著一種天然而隱約的聯(lián)系，其研究思路也較為廣泛且具有特色，但仍存在諸多問題。以下僅談三點(diǎn)展望：

第一，現(xiàn)有研究表明，DNA甲基化的最終結(jié)果遠(yuǎn)遠(yuǎn)不止于控制基因表達(dá)，它擴(kuò)展到基因組印記、X染色體失活，以及染色質(zhì)結(jié)構(gòu)修飾[25]。而基因印跡是一種基因是否表達(dá)由其來自父方或母方?jīng)Q定的現(xiàn)象，通過卵子和精子的形成過程中DNA甲基化精細(xì)微妙的變化而實(shí)現(xiàn)。實(shí)際上，基因印跡是對(duì)來自父方和母方遺傳物質(zhì)的一種選擇，是在先天之精形成過程中適應(yīng)性選擇的機(jī)制之一，為先天之精作用后天的研究提供了思路，從而為詮釋中醫(yī)體質(zhì)對(duì)疾病發(fā)生發(fā)展及證候演變的影響提供了研究基礎(chǔ)[26]。

第二，DNA的甲基化不僅調(diào)控編碼的mRNA的轉(zhuǎn)錄，同時(shí)也作為非編碼RNA的調(diào)控機(jī)制之一。然而有趣的是，非編碼RNA可以通過調(diào)節(jié)DNMT的表達(dá)而調(diào)節(jié)DNA的甲基化，所以非編碼RNA——DNA甲基化兩個(gè)層次的相互作用調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)，可能是中醫(yī)藥干預(yù)作用的連鎖放大效應(yīng)以及反饋平衡機(jī)制之一，可能是中藥作用的關(guān)鍵環(huán)節(jié)之一。

第三，利用高通量測(cè)序或芯片技術(shù)篩選差異甲基化位點(diǎn)及RNA水平差異（mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA）后，對(duì)甲基化與RNA兩個(gè)層面進(jìn)行生物信息學(xué)分析，構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。其后，一方面根據(jù)差異倍數(shù)、統(tǒng)計(jì)學(xué)意義、基因功能注釋結(jié)果，選擇差異基因擴(kuò)大樣本量進(jìn)行驗(yàn)證，構(gòu)造生物標(biāo)志物的證候診斷模型，可應(yīng)用于人群的證候篩查、疾病證候分型、藥物敏感性的預(yù)測(cè)；另一方面，對(duì)構(gòu)建的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行藥物干預(yù)相關(guān)網(wǎng)絡(luò)的臨床試驗(yàn)，以及動(dòng)物和細(xì)胞的功能學(xué)驗(yàn)證，以進(jìn)一步確立調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)，從而從分子層面闡明中藥作用機(jī)制，進(jìn)而可應(yīng)用于篩選中藥有效成分、遴選中藥單體等新藥創(chuàng)制。

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11唐梅森.基于DNA單核苷酸多態(tài)性和甲基化修飾探討早發(fā)冠心病血瘀證的相關(guān)易感基因的研究.湖南:湖南中醫(yī)藥大學(xué)博士學(xué)位論文,2015.

12吳文婷.IL-17RC低甲基化影響葡萄膜炎的機(jī)制研究及中藥治療葡萄膜炎的臨床體會(huì).北京:北京中醫(yī)藥大學(xué)博士學(xué)位論文,2014.

13呼雪慶,蘇式兵.基于全基因組甲基化的乙肝后肝硬化典型證候生物學(xué)基礎(chǔ)觀察.中華中醫(yī)藥雜志,2016,31(5):1868-1873.

14文欽.基于雙生子研究證候差異的甲基化調(diào)控.成都:成都中醫(yī)藥大學(xué)碩士學(xué)位論文,2011.

15玄麗娜.不同中醫(yī)證型骨髓增生異常綜合征RIZ1、ID4基因甲基化異常表達(dá)及臨床意義.山東:山東中醫(yī)藥大學(xué)碩士學(xué)位論文,2012.

16林一萍,陳比特,陳玉春.DNA甲基化酶與中醫(yī)抗衰老機(jī)理的關(guān)系.中國(guó)中醫(yī)藥信息雜志,1999,6(6):18-19.

17唐宏宇.組蛋白去甲基化酶在腎虛型絕經(jīng)后骨質(zhì)疏松癥的表達(dá)分析.廣州:廣州中醫(yī)藥大學(xué)碩士學(xué)位論文,2015.

18程修平,宮麗鴻,李楠,等.穩(wěn)斑湯輔助治療對(duì)急性冠狀動(dòng)脈綜合征痰濁血瘀證患者血漿血栓調(diào)節(jié)蛋白基因啟動(dòng)子甲基化的影響.中醫(yī)雜志,2016,57(2)：140-144.

19趙然,李國(guó)樓,張光強(qiáng),等.中醫(yī)辨證干預(yù)對(duì)乳腺癌高危人群血清TRβ1基因甲基化的影響.遼寧中醫(yī)雜志,2015,42(9):1711-1713.

20潘樂.補(bǔ)腎藥對(duì)BMSCs成骨與成脂分化及β-catenin、PPARγ甲基化的影響.陜西:陜西中醫(yī)學(xué)院碩士學(xué)位論文,2014.

21米歇爾·沃爾德羅普.陳玲譯.復(fù)雜.北京:生活·讀書·新知三聯(lián)書店,1998:147,162,320.

22錢學(xué)森,于景元,戴汝為.一個(gè)科學(xué)新領(lǐng)域——開放的復(fù)雜巨系統(tǒng)及其方法論.自然雜志,1991,13(1):3.

23戴汝為.復(fù)雜巨系統(tǒng)科學(xué)——一門21世紀(jì)的科學(xué).自然雜志,1997, 19(4):190.

24 Lu X L,Wang L,Chang S Y,et al.Sonic Hedgehog Signaling Affected by Promoter Hypermethylation Induces Aberrant Gli2 Expression in Spina Bifida.Mol Neurobiol,201553(8):5413-24.

25[美]TollefsbolTO.表觀遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)手冊(cè).上海：上?？茖W(xué)技術(shù)出版社,2007:4.

26沈珝琲.染色質(zhì)與表觀遺傳調(diào)控.北京:高等教育出版社,2006:135-136.

Application of DNAMethylation in Traditional Chinese Medicine

Chen Guang1,2,Wang Jie1
(1.Guang'anmen Hospital,China Academy of Chinese Medical Sciences,Beijing 100053,China;2.Graduate School, Beijing University of Chinese Medicine,Beijing 100029,China)

As a classic regulation method in epigenetics,DNA methylation regulates the process of transcription. Currently,it can be utilized in the field of biomarker discovery for traditional Chinese medicine(TCM)syndromes and the study of finding molecular targets of herbal medicine.The former is mainly about exploring the relationship between specific disease syndrome and specific DNA methylation,while the latter is related to evaluating the influence of TCM methods on the change of DNA methylation and relevant methylation enzyme.It is reported that the information of DNA methylation is inheritable and plastic and covers the whole genome,which makes it possible to study the spatio-temporal changes of TCM syndrome and holistic effects of TCM.However,the methodology of syndrome related biomarker discovery deserves improvement and the functional validation of the mechanism still needs further research.It is promising that DNA methylation may elucidate the influence of both inheritance and environment on the advance of diseases and syndromes,and that the interaction of DNA methylation and RNAs might lighten the mechanism of TCM and DNA methylation biomarkers would be employed for the syndrome screening in the population,differentiation of syndromes and prediction of effectiveness of particular medicine.

DNA methylation,traditional Chinese medicine,syndrome,mechanism

10.11842/wst.2017.06.011

R2-03

A

（責(zé)任編輯：馬雅靜，責(zé)任譯審：王晶）

2017-02-27

修回日期：2017-05-20

＊國(guó)家自然科學(xué)基金委面上項(xiàng)目（81473561）：冠心病血瘀證相關(guān)miRNA表達(dá)的甲基化調(diào)控機(jī)制研究，負(fù)責(zé)人：王階；國(guó)家自然科學(xué)基金委面上項(xiàng)目（81673847）：冠心病血瘀證相關(guān)lncRNA-miRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究，負(fù)責(zé)人：王階；科學(xué)技術(shù)部國(guó)家“重大新藥創(chuàng)制”重大科技專項(xiàng)（2013ZX09301307）：宣痹安痛方藥物研發(fā)，負(fù)責(zé)人：王階。

＊＊通訊作者：王階，本刊副主編，研究員，博士生導(dǎo)師，主要研究方向：中醫(yī)藥防治心血管病、血瘀證與活血化瘀研究、中醫(yī)證候的規(guī)范化研究、中醫(yī)藥防治艾滋病。