石志剛++馬婷慧++萬如++李彥龍++王亞軍
摘要:利用核糖體內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(ITS)條形碼序列,對枸杞雜交育種種內(nèi)雜交種進行早期篩選研究。采用改進的十六烷基三甲基溴化銨(CTAB)法提取枸杞葉片DNA,利用合成的特異引物對其DNA中的nrDNA ITS區(qū)進行擴增、克隆,對目的片段進行測序分析。結(jié)果表明:以寧夏枸杞種內(nèi)的品種寧杞1號、寧杞2號、白花枸杞作為父母本,選配雜交組合,基于ITS條形碼序列對其種內(nèi)雜交育種產(chǎn)生的雜交后代進行聚類分析,分析雜交后代與父母本的親緣關(guān)系與差異,對其雜交后代進行早期篩選。由結(jié)果可知,基于ITS條形碼序列可以作為早期篩選雜交育種后代的方法之一,對建立分子標記輔助育種技術(shù)、縮短育種周期具有重要意義。
關(guān)鍵詞:枸杞屬;ITS序列;DNA測序;篩選;雜交育種
中圖分類號: S337;S567.1+90.351文獻標志碼: A文章編號:1002-1302(2017)06-0138-02
枸杞是我國重要的“藥食同源”功能型特色植物資源,經(jīng)濟、生態(tài)、社會效益顯著[1]。寧夏是枸杞的原產(chǎn)地和主產(chǎn)區(qū),截至2015年年底,寧夏枸杞種植規(guī)模達到5.71萬hm2,占全國種植總面積的42.5%;枸杞干果產(chǎn)量13萬t,占全國總產(chǎn)量的48%;年出口量6 500 t,出口額7 000萬美元,占全國出口量的65%,出口額的58%;枸杞生產(chǎn)總值突破50億元。寧夏地區(qū)自20世紀60年代就已經(jīng)開展枸杞新品種育種工作,目前寧夏農(nóng)林科學(xué)院自主選育出寧杞1號、寧杞2號、寧杞3號、寧杞5號、寧杞6號、寧杞7號、寧農(nóng)杞9號等10余個新品種,國內(nèi)科技工作者也選育出柴杞1號、蒙杞1號、精杞1號等新品種。但是枸杞育種在整體上與其他作物育種相比,還存在許多不足和缺陷,主要體現(xiàn)在以下幾點:(1)實用生產(chǎn)型品種相對偏少,在生產(chǎn)中大面積推廣應(yīng)用的品種僅有寧杞1號、寧杞4號、寧杞5號和寧杞7號等4個新品種,并且其用途相對單一,不能很好地適應(yīng)枸杞產(chǎn)業(yè)多元化發(fā)展的方向;(2)育種手段相對單一,育種周期長、速度慢。近年來,分子標記技術(shù)發(fā)展很快,對于深入了解植物基因的多態(tài)性、有針對性地選擇親本、對雜種后代進行早期鑒定等方面,都能提供更為有效的判斷依據(jù),從而提高育種效率[2]。通過群體選優(yōu)、雜交育種、細胞融合等技術(shù),建立多樣化育種理論體系和技術(shù)體系,培育多用途的枸杞新品種,對于提升枸杞產(chǎn)業(yè)的研究水平和枸杞產(chǎn)業(yè)可持續(xù)發(fā)展意義重大。本研究以枸杞雜交育種親本和雜交品系為試驗材料,通過對其種內(nèi)雜交育種產(chǎn)生的雜交后代進行基于核糖體內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(ITS)條形碼序列的聚類分析,分析雜交后代與父母本的親緣關(guān)系與差異,以期對其雜交后代進行早期篩選。
1材料與方法
1.1試驗材料
以寧夏枸杞種內(nèi)的品種寧杞1號、寧杞2號、白花枸杞作為父母本,以通過種內(nèi)雜交育種產(chǎn)生的雜交后代05-04-17-b、05-04-31-b、05-06-27-b、05-38-36、05-31-01、05-32-31作為試驗材料,材料名稱、來源等見表1。
1.2試驗方法
枸杞葉片DNA提取參照文獻[3]的方法進行,采用改進的十六烷基三甲基溴化銨(CTAB)方法。PCR擴增引物設(shè)計、擴增程序、反應(yīng)體系及目的片段的克隆參照筆者所在研究組前期的報道[4]。
1.3枸杞雜交育種父母本和雜交后代的親緣關(guān)系分析
采用MEGA 4.0分析軟件對ITS序列進行聚類分析。
2結(jié)果與分析
2.1ITS區(qū)序列長度和變異信息
寧夏枸杞不同品種間雜交種中,整個ITS序列長度變異范圍為559~631 bp,平均為595 bp;整個ITS1序列長度變異范圍為198~252 bp,平均為224 bp;整個5.8SnrDNA序列長度變異范圍都為154 bp;整個ITS2序列長度變異范圍為 207~225 bp,平均為217 bp。ITS區(qū)、分區(qū)長度及G+C含量變異見表2。
寧夏枸杞種內(nèi)不同雜交種植物ITS序列特征如表3所示。整個ITS區(qū)排序后的總長度為631 bp,其中ITS1、5.8S、ITS2排序后的長度分別為252、154、225 bp。將gap(空位)作missing(缺失)處理時,由于5.8SDNA序列過于保守,不適合用作系統(tǒng)發(fā)育分析,因而在本研究中利用ITS1、ITS2區(qū)序列進行統(tǒng)計發(fā)育分析。整個轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(ITS1+ITS2)對位排列后總長度為477 bp,共有173個變異位點,變異位點數(shù)分別為114、59個,占36.3%;保守位點數(shù)304個,占63.7%;有10個信息位點,占2.1%,69個轉(zhuǎn)換位點,15個顛換位點,其中ITS1區(qū)的信息位點所占比例高于ITS2區(qū),而ITS1區(qū)的轉(zhuǎn)換/顛換值高于ITS2區(qū)(表3)。
2.2親緣關(guān)系分析
對ITS區(qū)堿基序列進行聚類分析,從圖1中可以看出親緣關(guān)系與差異。
3討論
05-06-27-b、05-4-31-b、05-4-17-b具有相同的父母本,是寧杞1號×寧杞2號,基于ITS序列分析可知,05-4-17-b父本聚在一起,而其他2個具有父母本的序列特征,從ITS序列可以初步判斷3個雜交種為真雜種。
05-31-01、05-32-31具有相同的父母本,是寧杞1號×白花,基于ITS序列分析可知,05-31-01與母本ITS序列基本一致,初步可以判定它不含父本的基因,是否為雜交后代有待進一步確定;而05-32-31同時具有父母本的序列特征,初步判定其是真雜交后代。
05-38-36是寧杞2號×寧杞1號,基于ITS序列分析,雜種與母本具有完全一致的序列特征,初步可以判定它不含父本的基因,是否為雜交后代有待進一步確定。
枸杞是多年生灌木,成齡期在4年以上,雜交群體的保存目前多采用活體方法,占用大量的土地資源和人力,隨著雜交育種工作的開展,雜交群體的保存和早期鑒定對于提高育種、縮短育種周期尤為重要,亟需通過雜交后代的早期鑒定來克服和緩解龐大的雜交群體規(guī)模所帶來的困難和壓力?;贗TS序列差異,從聚類圖可以初步判斷父母本與雜交后代之間親緣關(guān)系的遠近,而且結(jié)合它們在植物學(xué)性狀、細胞學(xué)性狀、同工酶性狀等方面的差異,可以作為枸杞早期篩選雜交后代的依據(jù)之一。
參考文獻:
[1]石志剛,郭文林,門惠芹. 枸杞不同種質(zhì)的nrDNA ITS序列分析研究[M]. 北京:中國林業(yè)出版社,2012:1-5.
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doi:10.15889/j.issn.1002-1302.2017.06.036