曲俊杰　黃羽　盧江　魏征　尹玲

摘要：【目的】分析香蕉基因組的密碼子組成及使用偏好性，探討影響密碼子偏好性形成的主要因素，為提高香蕉外源基因的表達水平及轉基因抗病育種提供參考?！痉椒ā恳韵憬痘蚪M的36242條高置信蛋白編碼基因CDS序列為研究對象，運用CodonW 1.4.4統(tǒng)計分析香蕉基因組的密碼子組成及使用參數，確定最優(yōu)密碼子，并分析密碼子使用參數間相關性?！窘Y果】從香蕉基因組數據中篩選獲得36242個高置信蛋白編碼基因CDS序列，平均長度為1035 bp，GC含量為3.0%～75.8%，其中低于20.0%的僅13個序列，全基因組中GC總含量為50.4%；同義密碼子第3位出現G或C的頻率為52.9%，比出現A或T的頻率高。香蕉基因組的有效密碼子數（ENC）介于20.0～61.0，平均為50.7；共有17個最優(yōu)密碼子，其中有15個密碼子的第3位是G或C；基因編碼區(qū)的長度和ENC存在正相關，隨著基因編碼區(qū)長度的增加，對以G或C結尾的密碼子使用偏好性逐漸降低，且編碼區(qū)長度為400～600 bp的基因具有較高的基因表達水平?！窘Y論】香蕉基因組中多數基因的密碼子使用偏好性較弱，但少部分基因具有強偏好性，偏好使用以G或C結尾的密碼子，且偏好性受核苷酸組成、基因突變及自然選擇等因素的影響。

關鍵詞： 香蕉；基因組；密碼子偏好性；最優(yōu)密碼子

中圖分類號： S668.1 文獻標志碼：A 文章編號：2095-1191（2017）01-0014-06

Abstract：【Objective】In order to provide reference basis for improving expression level of exogenous genes in banana and breeding disease-resistant banana， codon composition and usage bias of banana genome were analyzed， and the factors affecting codon usage bias were studied. 【Method】A total of 36242 high-confidence protein sequences in banana genome were used as data source. Codon composition and usage parameters were analyzed to determine optimal codons using CodonW 1.4.4， then correlation between usage parameters were analyzed. 【Result】CDS sequences of 36242 high confidence protein coding genes were selected from Banana Genome Database， their average length was 1035 bp. GC content of these genes ranged from 3.0% to 75.8%， with the average of 50.4% for whole genome. But there were only 13 sequences with GC content being less than 20.0%. Occurrence frequency of G or C in the third position of synonymous codon was 52.9%， which was higher than that of A or T. The effective number of codon（ENC） of banana genome ranged from 20.0 to 61.0， with the average of 50.7. A total of 17 optimal codons were found from banana genome， 15 of which the third position of synonymous codon was G or C. Furthermore， length of gene coding regions was positively correlated with ENC. In other words， the longer gene coding region was， the weaker usage bias of codons ending with G or C was. And genes with length of 400-600 bp showed higher expression level. 【Conclusion】The codon usage bias for most of genes is weak in banana genome， but a few of genes show stronger codon usage bias， and prefer codons ending with G or C. Meanwhile， the codon usage bias of banana genome is affected by some factors like composition of nucleotides， mutations， natural selection etc.

Key words： banana； genome； codon usage bias； optimal codon

0 引言

【研究意義】香蕉是芭蕉科（Musaceae）芭蕉屬（Musa）植物，生長于熱帶和亞熱帶地區(qū)，大多數國家和地區(qū)將其作為水果，少數落后地區(qū)亦作為主食。我國香蕉總產量位居世界前三（劉海清和方佳，2010）。由于絕大多數香蕉品種具有不育性和多倍性，很難通過傳統(tǒng)的雜交育種方式進行品種改良，因此轉基因技術是香蕉育種的有效手段。2012年，人類完成了小果野蕉（Musa acuminata）的全基因組測序工作，繪制了523 Mb的基因組圖譜，并從中預測出36549個基因（DHont et al.，2012），為研究香蕉基因表達和密碼子使用特點打下了基礎。密碼子是遺傳信息從堿基序列到氨基酸序列傳遞的基本單位，是連接DNA和蛋白質的橋梁。編碼同一種氨基酸的所有密碼子稱為同義密碼子，因此密碼子具有簡并性，但編碼不同生物蛋白質時簡并密碼子的使用也有一定規(guī)律性，稱為密碼子的使用偏好性（CUB），其中被優(yōu)先使用的密碼子稱為最優(yōu)密碼子（Marashi and Najafabadi，2004）。根據密碼子偏好性，對目的基因的密碼子進行優(yōu)化，使盡可能多的最優(yōu)密碼子參與外源基因的表達，也使轉基因技術更易被操控，對利用轉基因技術進行香蕉品種改良具有重要意義。【前人研究進展】近年來，通過優(yōu)化密碼子以提高外源基因在宿主細胞中表達水平的研究報道較多（Soohyun et al.，2012；Stephen et al.，2013；Zelasko et al.，2013；李麗莎等，2016），如通過密碼子優(yōu)化可提高蘇云金芽胞桿菌（Bt）cry1Ah基因在轉基因玉米（李圣彥等，2011；余桂容等，2015）和轉基因水稻（周宗梁等，2012）中的表達量，也可提高蝎毒鎮(zhèn)痛活性肽基因BmK AngM1在畢赤酵母（楊金玲等，2012）中的表達量。上述研究結果表明，從宿主細胞對密碼子使用偏好性入手，通過使用最優(yōu)密碼子的方法可明顯提高轉基因的成功率?！颈狙芯壳腥朦c】目前，香蕉品種選育已成為世界性的難題，雖然香蕉的遺傳轉化體系已成功建立（May et al.，1995；Acereto-Escoffié et al.，2005；吳靜等，2007；Maziah et al.，2007；Tripathi et al.，2008），但轉化率低且受品種基因型限制等問題仍未解決（Huang et al.，2007），鮮見有關香蕉密碼子使用偏好性的文獻報道?！緮M解決的關鍵問題】以香蕉基因組的36242個高置信蛋白基因編碼信息為研究對象，分析其密碼子的使用情況，明確香蕉對密碼子的使用偏好性，以期通過密碼子優(yōu)化提高外源基因尤其是抗病基因在香蕉中的表達水平，為香蕉轉基因抗病育種和品質改良提供參考。

1 材料與方法

1. 1 數據來源

從香蕉基因組數據庫（http：//banana-genome.cirad.fr/

content/download-dh-pahang）下載獲得高置信蛋白基因CDS序列。為最大程度降低取樣誤差，編寫Java程序并利用其篩選出堿基總數是3的整數倍且轉錄合成的mRNA含起始密碼子和終止密碼子的CDS序列。

1. 2 密碼子組成和偏好性分析

利用CondonW 1.4.4（http：//codonw.sourceforge.net/）統(tǒng)計分析香蕉基因組密碼子的使用情況；對密碼子進行整體評價，主要包括同義密碼子第3位上4種堿基的出現頻率（A3s、G3s、C3s、T3s）、全基因組的GC含量，芳香族氨基酸比例（Aro）等；采用同義密碼子的相對使用度（RSCU）、密碼子適應指數（CAI）和有效密碼子數（ENC）3個指標對密碼子偏好性進行評價，其中RSCU和CAI的計算參照Sharp和Li（1987）的方法，ENC的計算參照Wright（1990）的方法。

1. 3 最優(yōu)密碼子確定

采用高表達優(yōu)越密碼子分析法（Stenico et al.，1994）確定最優(yōu)密碼子，具體操作為：首先計算所有基因的ENC和RSCU，并對其進行排序，取前1764個（5%）和后1764個（5%）基因數據，組成高表達組和低表達組。比較兩個組的RSCU，當二者的RSCU差值>

0.3，且在高表達組中RSCU>1，在低表達組中RSCU<1，可確定該密碼子為最優(yōu)密碼子（Duret and Mouchiroud，1999），并計算最優(yōu)密碼子數目與總密碼子數目之比，即為最優(yōu)密碼子使用頻率（FOP）。最后，利用SPSS 18.0繪制ENC和GC3s之間的關系圖，并對密碼子組成與偏好性相關參數進行相關性分析及差異顯著性分析。

2 結果與分析

2. 1 香蕉基因組的密碼子組成分析

從下載的原始數據中篩選獲得36242個高置信蛋白編碼基因CDS序列，平均長度為1035 bp。分析結果（表1）顯示，CDS序列的GC含量為3.0%～75.8%，其中低于20.0%的僅13個序列，全基因組的GC含量為50.4%；同義密碼子第3位出現G或C的頻率為52.9%，比出現A或T的頻率高。同時，對密碼子第3位的堿基類型進行統(tǒng)計分析，結果顯示，C和G的出現頻率分別是33.6%和32.9%，而T和A的出現頻率分別為31.5%和26.2%。

2. 2 密碼子偏好性分析結果

對密碼子偏好性的評價有多個指標，不同評價指標的計算方法及側重點各有不同。其中，ENC反映了基因編碼時對密碼子的選擇性強弱，其值介于20.0～ 61.0，ENC越小則基因表達對密碼子的使用偏好性越強（Wright，1990；Gupta et al.，2004）。當ENC=20.0時表明一種氨基酸只使用某一個特定的密碼子；當ENC= 61.0時則表明基因對密碼子的選擇性不強，可將ENC= 35.0作為密碼子偏好性強弱的分界點（Wright，1990；Jiang et al.，2008）。本研究分析發(fā)現，香蕉基因組的ENC為20.0～61.0，在36242個高置信蛋白基因CDS中，有632個序列的ENC為20.0～35.0，約占總數的6.5%，有9070個序列的ENC為36.0～61.0，占總數的95.5%，僅有127個序列的ENC為61.0，占總數的1.3%。綜上所述，香蕉對密碼子的使用有偏好性，部分基因對密碼子的使用具有很強的選擇性，也有部分基因對密碼子無偏好性；基因組的平均ENC為50.7，方差為7.1，表明大多數蛋白編碼基因的密碼子使用偏好性較弱。

利用CodonW 1.4.4對36242個高置信蛋白基因進行分析，并以.blk的文件形式保存便于后續(xù)RSCU的計算。RSCU是同義密碼子實際使用數目和使用期望均值間的比值（Sharp et al.，1986；Liu et al.，2004），直接反映密碼子使用偏性。當RSCU=1時，表示密碼子使用是隨機的，無明顯的偏好性，當RSCU>1或RSCU<1，則表示某個密碼子的使用頻率相對于其他同義密碼子更高或更低，存在使用偏好性（Sau et al.，2006）。香蕉基因組對所有氨基酸同義密碼子的偏好性、使用頻率等統(tǒng)計結果如表2所示。RSCU值>1且第3位為A、T、C和G的密碼子數目分別占RSCU>1密碼子總數的18.7%、11.4%、39.1%和30.8%，其中第3位為C的密碼子數目最多，第3位為T的密碼子數目最少，表明香蕉基因編碼時偏好使用以C結尾的密碼子，較少使用以T結尾的密碼子。

CAI是指編碼區(qū)同義密碼子和密碼子最佳的使用匹配程度，其值介于0～1，且與基因表達水平相一致（Gupta et al.，2004）。不同長度香蕉基因的ENC、GC3s和CAI 3個參數值如表3所示，基因的長度或數目和ENC存在正相關，因此，基因編碼區(qū)越長在編碼時隨機利用密碼子的概率越高。此外，CAI和GC3s也存在明顯的正相關，且當基因編碼區(qū)長度（L）為400～600 bp時，CAI和GC3s最大，表明在此長度范圍的基因表達量最大，且偏好使用以G或C結尾的密碼子。

3 討論

隨著物種進化和環(huán)境改變，為了更好地適應生存環(huán)境，各種生物不斷完善其自身的基因表達過程，致使同義密碼子的偏好性因物種而異，與自身的基因特征密切相關。因此，當外源基因轉入到生物體內，其表達過程受密碼子偏好性的影響，易發(fā)生甲基化，可能引起外源基因沉默或基因表達水平過低（Perlak et al.，1990）。而當外源基因同生物體自身基因對密碼子的使用偏好性相似時，外源基因更易表達。

本研究對香蕉密碼子的使用偏好性進行了分析，結果顯示，隨基因編碼區(qū)長度的增加，密碼子的使用偏好性逐漸降低，與水稻（劉慶坡，2005）、大豆（張樂等，2011）和葡萄（續(xù)晨等，2012）等作物基因組密碼子的使用偏好性一致，但與大腸桿菌基因組密碼子的使用偏好性相反，即基因越長密碼子的使用偏好性越大（侯卓成和楊寧，2002）。Moriyama和Poeell（1998）研究發(fā)現，在自然選擇的壓力下縮短表達量高的基因長度對生物體有利，其原因是較長的基因表達時需要消耗較多的能量。由此推測，基因編碼區(qū)長度與密碼子使用偏好性的相關性與進化地位有關。此外，本研究發(fā)現以G或C結尾的密碼子使用頻率最高，且在17個最優(yōu)密碼子中，以G或C結尾的最多（15個），表明香蕉基因組偏好使用G或C結尾的密碼子，與大豆（張樂等，2011）、葡萄（續(xù)晨等，2012）、草菇（蔣瑋等，2014）和赤芝（朱孝軒等，2014）等基因組密碼子的偏好性一致。由ENC和GC3s的散點圖可知，雖然大部分基因符合期望曲線，但也有部分基因偏離該曲線，間接表明除了核苷酸組成外，基因突變和自然選擇等因素也會影響基因表達對密碼子的偏好性選擇，而擬南芥的密碼子偏好主要受自然選擇的影響（Chiapello et al.，1998）。

4 結論

香蕉基因組中多數基因的密碼子使用偏好性較弱，但少部分基因具有強偏好性，偏好使用以G或C結尾的密碼子，且偏好性受到核苷酸組成、基因突變及自然選擇等因素的影響。

參考文獻：

侯卓成， 楊寧. 2002. 影響鏈球菌屬肺炎球菌基因組密碼子使用的因素分析[J]. 遺傳學報，29（8）：747-752.

Hou Z C， Yang N. 2002. Analysis of factors shaping S. pneumoniae codon usage[J]. Acta Genetica Sinica，29（8）：747-752.

蔣瑋，呂貝貝，何建華，王金斌，吳瀟，武國干，鮑大鵬，陳明杰，張勁松，譚琦，唐雪明. 2014. 草菇密碼子偏好性分析[J]. 生物工程學報，30（9）：1424-1435.

Jiang W，Lü B B，He J H，Wang J B，Wu X，Wu G G，Bao D P，Chen M J，Zhang J S，Tan Q，Tang X M. 2014. Codon usage bias in the straw mushroom Volvariella volvacea[J]. Chinese Journal of Biotechnology，30（9）：1424-1435.

李麗莎，李祥龍，周榮艷，李蘭會. 2016. 山羊酪氨酸相關蛋白1（TYRP1）基因密碼子偏好性分析[J]. 貴州農業(yè)科學，44（3）：113-119.

Li L S，Li X L，Zhou R Y，Li L H. 2016. Analysis of codon bias of TYRP1 gene in Capra hircus[J]. Guizhou Agricultural Sciences，44（3）：113-119.

李圣彥，郎志宏，朱莉，李秀影，張杰，何康來，黃大昉. 2011. 利用密碼子優(yōu)化提高Bt cry1Ah基因在轉基因玉米（Zea mays L.）中的表達[J]. 中國農業(yè)科技導報，13（6）：20-26.

Li S Y，Lang Z H，Zhu L，Li X Y，Zhang J，He K L，Huang D F. 2011. Improvement of Bt cry1Ah gene expression in transgenic maize（Zea mays L.） through codon optimization[J]. Journal of Agricultural Science and Technology，13（6）：20-26.

劉海清，方佳. 2010. 中國香蕉產業(yè)的國際競爭力研究[J]. 農業(yè)現代化研究，31（5）：565-569.

Liu H Q，Fang J. 2010. Research of international competitiveness of banana industry in China[J]. Research of Agricultural Modernization，31（5）：565-569.

劉慶坡. 2005. 水稻的密碼子用法及起始和終止密碼子側翼序列對基因表達的影響[D]. 杭州：浙江大學.

Liu Q P. 2005. Analysis of codon usage bias and eeffcts of sequence pattenrs proximal to translation initiation and termination codons on gene expression in Oryza sativa[D]. Hang-

zhou：Zhejiang University.

吳靜，李瑞珍，徐碧玉，金志強. 2007. 香蕉ACC合成酶反義基因轉化香蕉的研究[J]. 分子植物育種，5（4）：497-501.

Wu J，Li R Z，Xu B Y，Jin Z Q. 2007. Genetic transformation of ACC antisense gene into banana[J]. Molecular Plant Bree-

ding，5（4）：497-501.

續(xù)晨，蔡小寧，錢保俐，賁愛玲. 2012. 葡萄基因組密碼子使用偏好模式研究[J]. 西北植物學報，32（2）：409-415.

Xu C，Cai X N，Qian B L，Ben A L. 2012. Codon usage bias in Vitis vinifera[J]. Acta Botanica Boreali-Occidentalia Sinica，32（2）：409-415.

楊金玲，高麗麗，朱平，侯琦，王芬，于文博，聶濤. 2012. 蝎毒鎮(zhèn)痛活性肽基因BmK AngM1的密碼子優(yōu)化及其真核表達分析[J]. 藥學學報，47（10）：1389-1393.

Yang J L，Gao L L，Zhu P，Hou Q，Wang F，Yu W B，Nie T. 2012. Codon optimization of the analgesic peptide BmK AngM1 gene from Buthus martensii Karsch and its eukaryotic expression analysis[J]. Acta Pharmaceutica Sinica，47（10）：1389-1393.

余桂容，曹穎，杜文平，宋軍，陳謙，徐利遠. 2015. 抗蟲耐草甘膦雙價基因表達載體的構建及玉米轉化[J]. 西南農業(yè)學報，28（2）：475-479.

Yu G R，Cao Y，Du W P，Song J，Chen Q，Xu L Y. 2015. Construction of binary vector obtaining insect & herbicide resistance genes and transformtion of maize[J]. Southwest China Journal of Agricultural Sciences，28（2）：475-479.

張樂，金龍國，羅玲，王躍平，董志敏，孫守紅，邱麗娟. 2011. 大豆基因組和轉錄組的核基因密碼子使用偏好性分析[J]. 作物學報，37（6）：965-974.

Zhang L，Jin L G，Luo L，Wang Y P，Dong Z M，Sun S H，Qiu L J. 2011. Analysis of nuclear gene codon bias on soybean genome and transcriptome[J]. Acta Agronomica Sinica，37（6）：965-974.

周宗梁，林智敏，耿麗麗，蘇軍，束長龍，王鋒，朱延明，張杰. 2012. 水稻中cry1Ah1基因密碼子優(yōu)化方案的比較[J]. 生物工程學報，28（10）：1184-1194.

Zhou Z L，Lin Z M，Geng L L，Su J，Shu C L，Wang F，Zhu Y M，Zhang J. 2012. Comparison of codon optimizations of cry1Ah1 gene in rice[J]. Chinese Journal of Biotechnology，28（10）：1184-1194.

朱孝軒，朱英杰，宋經元，孫超，陳士林. 2014. 基于全基因組和轉錄組分析的赤芝密碼子使用偏好性比較研究[J]. 藥學學報，（9）：1340-1345.

Zhu X X，Zhu Y J，Song J Y，Sun C，Chen S L. 2014. Comparative studies on codon usage bias of Ganoderma lucidum based on analysis of genomic and transcriptomic data[J]. Acta Pharmaceutica Sinica，（9）：1340-1345.

Acereto-Escoffié P O M，Chi-Manzanero B H，Echeverría-Eche-

verría S，Grijalva R，James K A，González-Estrada T，Casta o E，Rodríguez-Zapata L C. 2005. Agrobacterium-mediated transformation of Musa acuminata cv. “Grand Nain” scalps by vacuum infiltration[J]. Scientia Horticulturae，105（3-4）：359-371.

Chiapello H，Lisacek F，Caboche M，Henaut A. 1998. Codon u-

sage and gene function are related in sequences of Arabidopsis thaliana[J]. Gene，209：1-38.

DHont A，Denoeud F，Aury J M，Baurens F C，Carreel F，Garsmeur O，Noel B，Bocs S，Droc G，Rouard M，Da Silva C，Jabbari K，Cardi C，Poulain J，Souquet M，Labadie K，Jourda C，Lengellé J，Rodier-Goud M，Alberti A，Bernard M，Correa M，Ayyampalayam S，Mckain M R，Leebens-Mack J，Burgess D，Freeling M，Mbéguié-A-Mbéguié D，Chabannes M，Wicker T，Panaud O，Barbosa J，Hribova E，Heslop-Harrison P， Habas R， Rivallan R， Francois P， Poiron C， Kilian A，Burthia D，Jenny C， Bakry F，Brown S，Guignon V，Kema G，Dita M，Waalwijk C，Joseph S，Dievart A，Jaillon O，Leclercq J，Argout X，Lyons E，Almeida A，Jeridi M，Dolezel J，Roux N，Risterucci A M，Weissenbach J，Ruiz M，Glaszmann J C，Quétier F，Yahiaoui N，Wincker P. 2012. The banana（Musa acuminata） genome and the evolution of monocotyledonous plants[J]. Nature，488（7410）：213-217.

Duret L，Mouchiroud D. 1999. Expression pattern and，surpri-

singly，gene length shape codon usage in Caenorhabdits，Drosophila，and Arabidopsis[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America，96（8）：4482-4487.

Gupta S K，Bhattacharyya T K，Ghosh T C. 2004. Synonymous codon usage in Lactococcus lactis：mutational bias versus translational selection[J]. Journal of Biomolecular Structure & Dynamics，21（4）：1-9.

Huang X，Huang X L，Xiao W，Zhao J T，Dai X M，Chen Y F，and Li X J. 2007. Highly efficient Agrobacterium-mediated transformation of embryogenic cell suspensions of Musa acuminate cv. Mas（AA） via a liquid co-cultivation system[J]. Plant Cell Reports，26（10）：1755-1762.

Jiang Y，Deng F，Wang H L，Hu Z. 2008. An extensive analysis on the global codon usage pattern of baculoviruses[J]. Arc-

hives of Virology，153（12）：2273-2282.

Liu Q，Feng Y，Xue Q. 2004. Analysis of factors shaping codon usage inthe mitochondrion genome of Oryza sativa[J]. Mitochondrion，4（4）：313-320.

Marashi S A，Najafabadi H S. 2004. How reliable readjustment is：correspondence regarding A. Fuglsang，“The ‘effective number of codons revisited”[J]. Biochemical & Biophysical Research Communications，324（1）：1-2.

May G D，Afza R，Mason H S，Wiecko A，Novak F J，Arntzen C J. 1995. Generation of transgenic banana（Musa acuminata） plants via Agrobacterium-mediated transformation[J]. Nature Biotechnology，13（5）：486-492.

Maziah M，Sariah M，Sreeraman S. 2007. Transgenic banana Rastali（AAB） with β-1，3-glucanase gene for tolerance to Fusarium milt race 1 disease via Agrobacterium-mediated transformation system[J]. Plant Pathology Journal，6（4）：271-282.

Moriyama E N，Powell J R. 1998. Gene length and codon usage bias in Drosophila melanogaster，Saccharomyces cerevisiae and Escherichia coli[J]. Nucleic Acid Research，26（13）：3188-3193.

Perlak F J，Deaton R W，Armstrong T A，Fuchs R L，Sims S R，Greenplate J T，Fischhoff D A. 1990. Insect resistant cotton plants[J]. Biotechnology，8（10）：939-943.

Sau K，Gupta S K，Sau S，Mandal S C，Ghosh T C. 2006. Factors influencing synonymous codon and amino acid usage biases in mimivirus[J]. Biosystems，85（2）：107-113.

Sharp P M，Li W H. 1987. The codon adaptation index——A measure of directional synonymous codon usage bias，and its potential applications[J]. Nucleic Acids Research，15（3）：1281-1295.

Sharp P M，Tuohy T M，Mosurski K R. 1986. Codon usage in yeast：Cluster analysis clearly differentiates highly and lowly expressed genes[J]. Nucleic Acids Research，14（13）：5125-5143.

Soohyun P，Seung P P，Jinwon L. 2012. Expression of codon-optmiazed phosphoenolpyruvate carboxylase gene from Glaciecola sp. HTCC2999 in Escherichia coli and its application for C4 chemical production[J]. Appllied Bioche-

mistry & Biotechology，167（7）：1845-1853.

Stenico M，Lloyd A T，Sharp P M. 1994. Codon usage in Caenorhabditis elegans：delineation of translational selection and mutational biases[J]. Nucleic Acids Research，22（13）：2437-2446.

Stephen J S，Jeremy D V，Robert M， Li F L，John M，Laszlo Z. 2013. Expression of chicken parvovirus VP2 in chicken embryo fibroblasts requires codon optimization for production of naked DNA and vectored Meleagrid herpesvirus type 1 vaccines[J]. Virus Genes，47（2）：259-267.

Tripathi L，Tripathi J N，Tushemereirwe W K. 2008. Rapid and efficient production of transgenic East African Highland Banana（Musa spp.） using intercalary meristematic tissues[J]. African Journal of Biotechnology，7（10）：1438-1445.

Wright F. 1990. The effective number of codons used in a gene[J]. Gene，87（1）：23-29.

Zelasko S，Palaria A，Das A. 2013. Optimizations to achieve high-level expression of cytochrome P450 proteins using Escherichia coli expression systems[J]. Protein Expression and Purification，92（1）：77-87.

Zhang W J，Zhou J，Li Z F，Wang L，Gu X，Zhong Y. 2007. Comparative analysis of codon usage patterns among mitochondrion，chloroplast and nuclear genes in Triticum aestivum L[J]. Journal of Integrative Plant Biology，49（2）：246-254.

（責任編輯 陳 燕）