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途徑優(yōu)化強化枯草芽胞桿菌合成肝素前體

2017-07-01 18:50張琳培王浩周正雄堵國成陳堅康振
生物工程學報 2017年6期
關鍵詞:芽胞前體枯草

張琳培,王浩,周正雄,堵國成,陳堅,康振

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途徑優(yōu)化強化枯草芽胞桿菌合成肝素前體

張琳培1,2,王浩1,2,周正雄1,2,堵國成1,2,陳堅1,2,康振1,2

1 江南大學工業(yè)生物技術教育部重點實驗室,江蘇無錫 214122 2 江南大學生物工程學院,江蘇無錫 214122

張琳培, 王浩, 周正雄, 等. 途徑優(yōu)化強化枯草芽胞桿菌合成肝素前體. 生物工程學報, 2017, 33(6): 936–945.Zhang LP, Wang H, Zhou ZX, et al. Optimization of heparosan synthetic pathway in Bacillus subtilis 168. Chin J Biotech, 2017, 33(6): 936–945.

肝素前體是化學酶法合成肝素的起點,肝素前體的微生物高效合成具有重要意義。在已構建的產(chǎn)肝素前體的枯草芽胞桿菌((1.71±0.08) g/L) 中,分析了UDP-葡萄糖醛酸 (UDP-GlcUA) 途徑中關鍵酶基因 (、、) 以及UDP-乙酰氨基葡糖 (UDP-GlcNAc) 途徑中關鍵酶基因 (、、) 的過量表達對肝素前體產(chǎn)量及其分子量的影響。在此基礎上,通過共表達、、、和基因,搖瓶中肝素前體產(chǎn)量提高至(2.89±0.11) g/L,分子量為(75.90±1.18) kDa。通過在3 L發(fā)酵罐中進行補料分批發(fā)酵,肝素前體的產(chǎn)量最終積累到(7.25±0.36) g/L,分子量為(46.66±2.71) kDa,為工業(yè)化生產(chǎn)肝素奠定了基礎。

肝素前體,枯草芽胞桿菌,途徑優(yōu)化,產(chǎn)量,分子量

肝素 (Heparin,HP) 作為一種高度硫酸化的糖胺聚糖[1],在胚胎發(fā)育、免疫應答、病毒或細菌感染及細胞分化等方面發(fā)揮重要作用[2],臨床上也可作為抗凝與抗血栓藥物[3]。肝素主要通過動物提取法獲得[2,4],然而該方法存在種間疾病感染[5]和過硫酸軟骨素污染[6-7]等風險,且提取過程往往造成環(huán)境污染[3]。另外,通過化學法也可從頭合成低分子量的肝素[8],但因原料昂貴、步驟繁多和產(chǎn)量極低等缺點難以進行大規(guī)模制備[9-10]。近年來,以肝素前體為合成起點進行硫酸化的化學酶法逐漸受到研究者的重視[1,11],因此,在微生物中實現(xiàn)肝素前體的高產(chǎn)成為了重要環(huán)節(jié)。

肝素前體 (Heparosan) 由葡萄糖醛酸 (GlcUA) 和N-乙酰氨基葡糖 (GlcNAc) 通過β-1,4和α-1,4糖苷鍵交替連接形成[12-13],在大腸桿菌K5和多殺巴斯德菌中天然存在[14-15]。此外,Zhang等在.BL21 (DE3) 中實現(xiàn)了肝素前體的高效異源合成[16],而我們團隊通過共表達來自K5的與合酶基因,首次在食品級微生物枯草芽胞桿菌中獲得了肝素前體[5],有效避免了致病性菌株生產(chǎn)肝素前體的風險。

目前,一些團隊致力于代謝工程改造提高肝素前體產(chǎn)量?;诓溉閯游锾前肪厶堑纳锖铣?,認為UDP-葡萄糖脫氫酶催化的UDP-Glc到UDP-GlcUA的反應為限速步驟[17],Zhang等發(fā)現(xiàn)過表達該酶使產(chǎn)量和分子量均提高[16],而Roman團隊卻在.K5中得到產(chǎn)量降低、分子量不變的不同結(jié)論[18]。Lidholt等還發(fā)現(xiàn)只增加UDP-GlcNAc使肝素前體合成速率降低、分子量減小,但當UDP-GlcUA和UDP-GlcNAc處于平衡時,合成速率與分子量再次增大[19]。雖然肝素前體的生物合成與分子量調(diào)控機制尚不清楚,但兩前體物同合酶的結(jié)合具有競爭關系,因此它們的濃度與比例將成為關鍵因素[17]。

為探究合成途徑中除UDP-葡萄糖脫氫酶以外的其他關鍵酶及代謝流量對產(chǎn)物合成與分子量的影響,并獲得肝素前體的高產(chǎn)菌株,本研究在之前工作的基礎上[5]進行代謝改造,強化UDP-GlcUA途經(jīng)和UDP-GlcNAc途徑中關鍵酶基因的表達,并進一步通過3 L發(fā)酵罐放大培養(yǎng),使肝素前體積累量最終提高至7.25 g/L,分子量為46.66 kDa。

1 材料與方法

1.1 材料

1.1.1 菌種和質(zhì)粒

所用菌株和質(zhì)粒均為本實驗室保存,詳見表1。

1.1.2 酶、引物、DNA marker及相關試劑盒

DNA聚合酶購自寶賽生物 (杭州) 有限公司;DNA marker購自TaKaRa (大連);PCR引物 (表2) 由生工生物工程 (上海) 有限公司合成;質(zhì)粒小量抽提試劑盒購自生工生物工程 (上海) 有限公司。

1.2 培養(yǎng)基

1.2.1 篩選培養(yǎng)基與種子培養(yǎng)基

向LB培養(yǎng)基 (蛋白胨 10 g/L,氯化鈉 10 g/L,酵母粉 5 g/L) 中添加無水硫酸鎂溶液和木糖溶液,使其在培養(yǎng)基中的終濃度分別為1.5 g/L和20 g/L,自然pH。制備固體平板時添加瓊脂20 g/L。

1.2.2 改良發(fā)酵培養(yǎng)基

蔗糖 50 g/L (搖瓶培養(yǎng)) 或15 g/L (3 L罐培養(yǎng)),酵母粉 20 g/L,蛋白胨 2 g/L,硫酸鎂 1.5 g/L,50 mmol/L磷酸鉀緩沖液,pH為7.0[5]。

表1 本文所用的質(zhì)粒與菌株

表2 本文所用的引物

1.3 培養(yǎng)方法

1.3.1 種子培養(yǎng)

挑取生長良好的單菌落接種于含25 mL種子培養(yǎng)基的250 mL三角瓶中,根據(jù)需要添加50mg/mL卡那霉素,37 ℃、200 r/min培養(yǎng)16 h。

1.3.2 搖瓶培養(yǎng)

將種子培養(yǎng)液按10%接種量轉(zhuǎn)接至50 mL (搖瓶容量為500 mL) 改良發(fā)酵培養(yǎng)基中,根據(jù)需要添加50mg/mL卡那霉素,37 ℃、200 r/min培養(yǎng)48 h。在接種后第2 h添加木糖溶液使其終濃度為20 g/L進行誘導。

1.3.3 3 L罐補料分批培養(yǎng)

將重組菌單菌落接種至150 mL (搖瓶容量為500 mL) 種子培養(yǎng)基中,37 ℃、200 r/min培養(yǎng)16 h,將種子培養(yǎng)液按10%的接種量轉(zhuǎn)接至含1.35 L改良發(fā)酵培養(yǎng)基的3 L發(fā)酵罐中,并添加50mg/mL卡那霉素。在接種后第2 h添加木糖溶液使終濃度為20 g/L進行誘導。使用5 mol/L NaOH溶液控制pH為7.0,溫度為37 ℃,攪拌轉(zhuǎn)速在接種后8 h內(nèi)為600 r/min,8 h后為800 r/min,通氣量為2.0 vvm。補料料液為800 g/L的蔗糖母液,當發(fā)酵液中蔗糖濃度低于5 g/L時開始補料,維持殘?zhí)菨舛仍??5 g/L。在8?12 h期間流加速度分別為7.5、7.5、15、10 g/(L?h),此后保持5 g/(L?h) 的流速至發(fā)酵結(jié)束。

1.4 方法

1.4.1 枯草芽胞桿菌的轉(zhuǎn)化及重組子的鑒定

枯草芽胞桿菌的轉(zhuǎn)化采用電轉(zhuǎn)方式,轉(zhuǎn)化后涂布于含50mg/mL卡那霉素的篩選平板,挑選轉(zhuǎn)化子,提取質(zhì)粒進行PCR驗證。

引物見表2。質(zhì)粒pP43-D、pP43-DB、pP43-DBA、pP43-U、pP43-UM、pP43-UMS、pP43-DU和pP43-DU-PBMS分別用引物P43-F/ tuaD-R、tuaD-F/gtaB-R、gtaB-F/pgcA-R、P43-F/ glmU-R、glmU-F/glmM-R、glmM-F/glmS-R、tuaD-F/glmU-R和glmU-F/gtaB-R進行驗證。

1.4.2 菌體生長密度測定

取1 mL發(fā)酵液在12 000 r/min下離心2 min。用蒸餾水重懸菌體,以蒸餾水調(diào)零,利用紫外分光光度計測定波長為600 nm處的吸光值,根據(jù)吸光度有效值范圍 (0.25?0.80) 適當稀釋菌液。

1.4.3 肝素前體的純化與定量檢測

取樣的發(fā)酵液在10 000 r/min下離心5 min分離上清液和菌體。向上清液中加入3倍體積的無水乙醇,混勻后于4 ℃放置1 h。此后在 5 000 r/min下離心10 min,收集沉淀。向沉淀中加入等體積的蒸餾水,于4 ℃放置使沉淀重新溶解,該純化步驟重復3次,獲得肝素前體的水溶液。采用硫酸咔唑比色法定量測定肝素前體,具體參見文獻[20]。利用紫外分光光度計檢測波長為530 nm處的吸光值,根據(jù)吸光度有效值范圍 (0.25?0.80) 適當稀釋樣品溶液。

1.4.4 肝素前體分子量的測定

肝素前體的質(zhì)量平均分子量 (w)、數(shù)量平均分子量 (n) 和多分散性系數(shù)p(p=w/n) 采用高效排阻色譜聯(lián)合多角度激光散射法 (HPSEC-MALLS) 測定。分析條件:流動相為0.1 mol/L的硝酸鈉溶液,采用凝膠色譜柱Ultrahydrogel Linear (300 mm×7.8 mm;Waters Co., Milford, MA, USA),流速0.5 mL/min,柱溫50 ℃,進樣量20 μL,檢測器為多角度激光散射檢測器 (Wyatt Technology DAWN HELEOS,Santa Barbara,CA,USA) 和示差折光檢測器 (Optilab Rex,Wyatt Technology Co.,USA)。

1.4.5 蔗糖的定量檢測

取1 mL發(fā)酵液在4 ℃、12 000 r/min下離心2 min,保留上清液,經(jīng)0.22mm過濾器過濾后,采用HPLC定量檢測蔗糖[5]。分析條件:流動相為乙腈水溶液 (70∶30,/),色譜柱為NH2柱 (4 mm×250 mm),流速1.0 mL/min,柱溫32 ℃,進樣量10 μL,檢測器為示差折光檢測器 (Shimadzu RID-10 A)。

2 結(jié)果與討論

2.1 產(chǎn)肝素前體途徑優(yōu)化重組菌的構建

圖1A中,從葡萄糖到兩種前體物UDP-GlcUA和UDP-GlcNAc的代謝途經(jīng)基因均為.168內(nèi)源性基因[21],但.168缺少以兩種前體物合成肝素前體所需的糖基轉(zhuǎn)移酶基因和[22-23],我們之前已通過基因組整合共表達和,實現(xiàn)了枯草芽胞桿菌生產(chǎn)肝素前體[5]。

但是,UDP-GlcUA途徑中的6-磷酸葡萄糖 (Glc-6-P) 和UDP-GlcNAc途徑中的6-磷酸果糖 (Fru-6-P) 還分別參與磷酸戊糖途徑和糖酵解途徑[21],消耗部分原料。同時兩前體物UDP-GlcUA和UDP-GlcNAc既要合成目標產(chǎn)物,也要參與合成細胞壁,供給菌體生長的需要[17],因而制約了肝素前體的積累。為進一步提高肝素前體產(chǎn)量,過量表達合成途徑的關鍵酶基因,強化UDP-GlcUA途徑和UDP-GlcNAc途徑代謝流,使前體物充足。

圖1 肝素前體合成途徑優(yōu)化

將曾構建的8個過表達途徑基因的重組質(zhì)粒 (圖1B,表1) 轉(zhuǎn)化產(chǎn)肝素前體的.E168H[5],經(jīng)PCR驗證,獲得了相應的8株重組菌 (表1),結(jié)果如圖2所示。

圖2 PCR驗證重組枯草芽胞桿菌

2.2 優(yōu)化肝素前體合成途徑基因?qū)Ξa(chǎn)量的影響

將8株重組菌與對照菌.E168H進行搖瓶發(fā)酵,第48 h產(chǎn)量結(jié)果如圖3所示。

從圖3A看出,與對照株相比,單獨上調(diào)基因的表達顯著增加了肝素前體的產(chǎn)量,達到 (2.65±0.13) g/L,證明了UDP-葡萄糖脫氫酶 (編碼) 催化的UDP-葡萄糖 (UDP-Glc) 到UDP-GlcUA的反應為肝素前體合成的一個重要限速步驟[16-17]。進一步過表達和基因上調(diào)UDP-Glc和UDP-GlcUA的供應,產(chǎn)量略有降低,為 (2.32±0.05) g/L,這一結(jié)果可能是由于和基因的共同強化引起Glc-6-P儲量減少,繼而導致UDP-GlcNAc途徑代謝流向UDP-GlcUA途徑轉(zhuǎn)化,使KfiA轉(zhuǎn)運酶獲得UDP-GlcNAc成為限速因素,降低了肝素前體合成的起始速率[18]。同時,兩前體物存在競爭關系,UDP-GlcUA過量時作為競爭抑制劑占據(jù)UDP-GlcNAc與KfiA酶的結(jié)合位點,使產(chǎn)量降低[17]。而進一步強化UDP-GlcUA的上游合成途徑,同時過表達、和基因,產(chǎn)量((2.37±0.02) g/L) 較過表達和時沒有明顯變化,即對肝素前體產(chǎn)量無正向作用,該現(xiàn)象與另一種糖胺聚糖——透明質(zhì)酸的合成調(diào)控一致[24],表明Glc-6-P為磷酸戊糖途徑和糖酵解途徑的關鍵節(jié)點受到嚴格調(diào)控。

圖3 產(chǎn)肝素前體枯草芽胞桿菌的搖瓶培養(yǎng)

對于合成另一前體物的UDP-GlcNAc途徑,單獨上調(diào)基因的表達,肝素前體產(chǎn)量達到(2.06±0.10) g/L,說明UDP-N-乙酰氨基葡糖焦磷酸化酶 (編碼的雙功能酶) 催化的1-磷酸氨基葡糖 (GlcN-1-P) 到UDP-GlcNAc的反應為肝素前體合成的另一限速步驟。然而,過表達和時,產(chǎn)量無明顯變化((1.98±0.04) g/L),說明6-磷酸氨基葡糖 (GlcN-6-P) 的合成受嚴謹調(diào)控。在此基礎上進一步強化基因后,產(chǎn)量恢復到 (2.30±0.22) g/L,這一結(jié)果證明酰胺轉(zhuǎn)移酶 (編碼) 是肝素前體合成的又一重要途徑酶。

另外,為了研究同時提高兩條代謝通路流量對肝素前體產(chǎn)量的影響,過量表達了兩個限速酶基因和,產(chǎn)量為 (2.52±0.06) g/L。而同時上調(diào)所有基因、、、和的表達,促使肝素前體的積累量達到最大,為 (2.89±0.11) g/L,提高了69.01%,說明兩前體物UDP-GlcUA和UDP-GlcNAc的比例平衡對加快肝素前體的聚合速度非常有利[17,19]。并且,從圖3B中看出,與對照株相比,重組質(zhì)粒pP43-DU-PBMS的轉(zhuǎn)入并沒有成為菌體生長的負擔,菌體量反而稍有提高,不同于細胞生長和肝素前體合成具有競爭關系的說法[16-17],這可能是由于增大途徑代謝流獲得了充足的UDP-GlcUA和UDP-GlcNAc,在滿足細胞壁形成需要后更多地用于目標產(chǎn)物的合成。

2.3 優(yōu)化肝素前體合成途徑基因?qū)Ψ肿恿康挠绊?/p>

已有報道一些因素如代謝流分布、前體物濃度及比例等對肝素前體的分子量有影響[17-19],因此對上述8株重組菌和對照菌所產(chǎn)肝素前體的分子量進行了MALLS-SEC分析,結(jié)果如表3所示。

過表達和共表達-均使w增大,分別為 (67.70±1.29) kDa和 (71.40±1.82) kDa,說明UDP-GlcUA途徑代謝流的增加對延長肝素前體多糖鏈有利,這不同于在野生菌株.K5中提高UDP-葡萄糖脫氫酶的活性,而肝 素前體分子量未受影響[18],可能是.與.對UDP-GlcUA的合成具有不同的調(diào)控機制。進一步過表達基因?qū)е铝藈的降低((53.65±2.06) kDa),反映出該基因?qū)μ擎溠由煊胸撁嬗绊憽?/p>

過表達和組合過表達、均能明顯促進w的提高((61.12±0.98)?(73.83±1.65) kDa),表明UDP- GlcNAc的濃度與肝素前體分子量存在正相關性,這一現(xiàn)象雖與Lidholt得出的實驗結(jié)論相反[19],但與透明質(zhì)酸的分子量調(diào)控相似[24-26]。

此外,共表達和基因,使w提高至 (58.79±0.80) kDa,而組合共表達時,w達到最大,為 (75.90±1.18) kDa,證明前體物UDP-GlcUA和UDP-GlcNAc的量和比例是除肝素前體合酶固有性質(zhì)和外部環(huán)境以外的影響肝素前體分子量的一大重要因素[17,19]。另外還發(fā)現(xiàn),8株重組菌合成的肝素前體,其多分散性系數(shù) (p,表3) 在1.09?1.42之間,尤其是當前體物平衡時,產(chǎn)物分子量分布范圍更集中 (1.09?1.16),說明可通過途徑優(yōu)化實現(xiàn)更統(tǒng)一分子量的肝素前體的生產(chǎn)。

2.4 發(fā)酵罐分批補料培養(yǎng)的研究

根據(jù)搖瓶發(fā)酵結(jié)果,將重組菌.E168H/pP43-DU-PBMS在3 L發(fā)酵罐中進行放大培養(yǎng)。為保證碳源的充足,實現(xiàn)菌體高密度發(fā)酵,當殘?zhí)呛康陀? g/L時,流加800 g/L的蔗糖母液,維持殘?zhí)菨舛仍??5 g/L之間。結(jié)果如圖4所示,可以看出大量的肝素前體的積累主要集中于菌體生長的穩(wěn)定期,即細胞生長與產(chǎn)物生成非偶聯(lián)。在發(fā)酵64 h時,肝素前體的產(chǎn)量達到最高,為 (7.25±0.36) g/L,是搖瓶水平的2.51倍,此后產(chǎn)量保持穩(wěn)定,相比于之前研究中過表達時重組菌在3 L罐上發(fā)酵72 h時產(chǎn)量達到最高((5.82±0.17) g/L)[5],本菌株表現(xiàn)出了更高的產(chǎn)量和生產(chǎn)強度。產(chǎn)物的w為 (46.66±2.71) kDa (表3),較搖瓶培養(yǎng)時降低,可能因為攪拌槳機械剪切力的作用使糖鏈切斷,但p值1.28卻顯示3 L罐發(fā)酵仍較好地保持了相對集中的分子量分布。

表3 本研究中肝素前體的分子量

aThe weight-average molecular mass (w);bThe number-average molecular mass (w);cPolydispersity index (p).

圖4 重組菌B. subtilis E168H/pP43-DU-PBMS在3 L罐中的補料分批培養(yǎng)

3 結(jié)論

肝素前體作為一種化學酶法合成肝素的骨架,其產(chǎn)量的提高具有重要意義。在產(chǎn)肝素前體的枯草芽胞桿菌中進行合成途徑優(yōu)化,通過組合過表達UDP-GlcUA途徑和UDP-GlcNAc途徑中的關鍵酶基因,構建了8株重組菌。其中,共表達、、、和基因時,肝素前體的產(chǎn)量最高,搖瓶水平為 2.89 g/L,且分子量為75.90 kDa,說明肝素前體的生物合成與分子量調(diào)控依賴于兩前體物的充足與比例平衡。進一步通過3 L罐補料分批培養(yǎng),肝素前體最終積累至7.25 g/L,分子量為46.66 kDa。本研究為高產(chǎn)肝素前體提供了新策略,并可將此策略應用于強化其他多糖如透明質(zhì)酸、軟骨素等的生物合成。

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(本文責編 陳宏宇)

Optimization of heparosan synthetic pathway in168

Linpei Zhang1,2, Hao Wang1,2, Zhengxiong Zhou1,2, Guocheng Du1,2, Jian Chen1,2, and Zhen Kang1,2

1,,,214122,,School of BiotechnologyJiangnan UniversityWuxiJiangsuChina

Heparosan is the start point for chemoenzymatic synthesis of heparin and it isof great significance to efficiently synthesize heparosan in microorganisms. The effects of overexpressing key enzyme genes of the UDP-glucuronic acid (UDP-GlcUA) pathway (,and) or the UDP-N-acetyl-glucosamine (UDP-GlcNAc) pathway (,and) on the heparosan production and molecular mass were analyzed in the constructed heparosan-producing((1.71±0.08) g/L). On this basis, heparosan production was increased to (2.89±0.11) g/L with the molecular mass of (75.90±1.18) kDa through co-overexpressing the,,,andgenes in shake flask cultivation. In the 3 L fed-batch fermentation, heparosan production was improved to (7.25±0.36) g/L with the molecular mass of (46.66±2.71) kDa, providing the potential for heparosan industrial production.

heparosan,, pathway optimization, production, molecular mass

10.13345/j.cjb.160453

November 18, 2016; Accepted: December 23, 2016

Zhen Kang. Tel: +86-510-85918307; Fax: +86-510-85918309; E-mail: zkang@jiangnan.edu.cn Guocheng Du. Tel: +86-510-85918307; Fax: +86-510-85918309; E-mail: gcdu@jiangnan.edu.cn

Supported by:National Natural Science Foundation of China (No. 31670092), Key Technologies R & D Program of Jiangsu Province, China (No. BE2014607), Program for Chang Jiang Scholar and Innovative Research Team in University (No. IRT_15R26), Natural Science Foundation of Jiangsu Province (No. BK20141107).

國家自然科學基金(No. 31670092),江蘇省科技支撐計劃項目(No. BE2014607),長江學者和創(chuàng)新團隊發(fā)展計劃(No. IRT_15R26),江蘇省自然科學基金(No. BK20141107 )資助。

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