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綿羊偽狂犬病病毒的分離鑒定及其gD基因序列分析

2018-09-10 01:31:32齊新永鞠厚斌葛菲菲楊德全周錦萍
關(guān)鍵詞:核苷酸狂犬病毒株

齊新永,鞠厚斌,葛菲菲,劉 健,楊德全,周錦萍,王 建

(上海市動物疫病預(yù)防控制中心,上海 201103)

偽狂犬病病毒(Psudorabies virus,PRV)屬于皰疹病毒科,但與其他皰疹病毒不同,其宿主范圍廣,包括牛、山羊、綿羊、豬、貓、狗等家畜和經(jīng)濟(jì)動物如狐、貂等35種動物。豬是偽狂犬病病毒的自然宿主和最常見的易感動物,仔豬主要以嘔吐、腹瀉、體溫升高、呼吸困難、神經(jīng)癥狀為特征,成年豬以流產(chǎn)、死胎、繁殖障礙為特征。除豬以外,其他動物都表現(xiàn)發(fā)熱、奇癢及腦脊髓炎的典型癥狀。目前偽狂犬病已經(jīng)發(fā)展成為一種世界范圍內(nèi)的疫病,每年給養(yǎng)豬業(yè)所造成的經(jīng)濟(jì)損失高達(dá)幾十億美元。2011 年以來,我國部分地區(qū)爆發(fā)豬偽狂犬病疫情,許多豬場免疫 Bartha-K61 疫苗后仍頻繁爆發(fā)此病[1-3]。對此次疫情的流行株研究發(fā)現(xiàn),病毒的抗原性已發(fā)生了較大變異,流行株的主要保護(hù)性抗原基因 gB、gC、gD 和 gE 基因與以前報(bào)道的毒株相比發(fā)生了基因插入、缺失或點(diǎn)突變,被認(rèn)為是 PRV 變異株,并被劃分為基因 II 型譜系[4-6]。與傳統(tǒng)毒株相比,變異株對豬的致病力和在豬群中的傳播能力明顯增強(qiáng)[7]。其中g(shù)D糖蛋白為病毒增值所必需,介導(dǎo)病毒與靶細(xì)胞的穩(wěn)定結(jié)合,參與病毒感染的吸附和穿入過程[8],同時(shí)gD糖蛋白也是 PRV 主要的免疫原性蛋白,能刺激動物機(jī)體產(chǎn)生中和抗體,gD基因序列的變化可能會導(dǎo)致其功能結(jié)構(gòu)上的變化。本研究以上海市郊區(qū)某羊場發(fā)現(xiàn)的1例疑似綿羊偽狂犬病病例,對該疑似病例進(jìn)行了病毒分離鑒定,并對分離株gD基因進(jìn)行PCR擴(kuò)增、測序和核苷酸序列分析,旨在了解上海市綿羊偽狂犬病病毒的毒株來源和分子生物學(xué)特性,為羊偽狂犬病的防控奠定基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 病料樣品采集與處理 采集上海市郊區(qū)某羊場的病死羊腦組織,用滅菌剪刀剪碎,按1∶5的比例加入滅菌PBS,研磨后反復(fù)凍融3次,5000×g離心15 min,上清液保存在 -70℃?zhèn)溆谩?/p>

1.2 主要細(xì)胞和試劑 BHK-21細(xì)胞株由上海市動物疫病預(yù)防控制中心保存;豬偽狂犬病病毒單抗由中國動物疫病預(yù)防控制中心饋贈;FITC-兔抗鼠IgG購自北京鼎國昌盛生物技術(shù)有限責(zé)任公司;豬偽狂犬病病毒熒光定量PCR檢測試劑盒購自北京生科尚科技有限公司;pMD18-T Vector載體和感受體 E.coli JM109由本中心保存;Taq DNA 聚合酶購自大連TaKaRa公司;DNA Marker 和 DNA 提取試劑盒購自天根生化科技(北京)有限公司公司。

1.3 病毒分離與傳代 將保存的上清液解凍后加青霉素、鏈霉素各1000IU,37℃作用1 h后,經(jīng)0.22 μm濾膜過濾除菌。取1 mL 濾液接種于單層的 BHK-21細(xì)胞,盲傳3代,觀察細(xì)胞病變(cytopathic effect,CPE)。

1.4 病毒形態(tài)觀察 用移液器吸取解凍的第3代病毒細(xì)胞培養(yǎng)液滴在覆蓋有Formvar膜的銅網(wǎng)上,靜置1 min 左右,用濾紙從銅網(wǎng)的邊緣吸去液體。當(dāng)銅網(wǎng)上的樣品尚未完全干燥時(shí)即行染色,吸取 2% 磷鎢酸水溶液滴在銅網(wǎng)上,約3~5 min。用濾紙吸取染液,干燥后用 JEM-2100電鏡觀察病毒粒子的形態(tài)。

1.5 實(shí)時(shí)熒光定量 PCR 檢測 將出現(xiàn)細(xì)胞病變效應(yīng)(cytopathic effect,CPE)的BHK-21細(xì)胞培養(yǎng)液反復(fù)凍融3次,再將細(xì)胞培養(yǎng)液分裝保存至-70℃?zhèn)溆?,采用PRV熒光定量PCR試劑盒對收獲的細(xì)胞培養(yǎng)液進(jìn)行PRV檢測。

1.6 間接免疫熒光抗體試驗(yàn)indirect(immunofluorescence assay,IFA) 取BHK-21細(xì)胞懸浮液2 mL加入腔式載玻片,于37℃、5%CO2溫箱中培養(yǎng)24 h;棄掉原細(xì)胞培養(yǎng)液,無菌PBS洗3次,再加入1 mL PCR檢測陽性的病毒液,37℃、5%CO2溫箱中作用1 h;吸掉病毒液,加入細(xì)胞維持液繼續(xù)培養(yǎng)24 h,棄掉維持液,再用PBS洗3次,然后用預(yù)冷丙酮固定腔式載玻片上的細(xì)胞培養(yǎng)物,PBS洗滌3次,加入500 μL以1∶100稀釋的豬偽狂犬病病毒單抗,濕盒內(nèi)37℃孵育1 h,再用PBS洗滌3次后同F(xiàn)ITC標(biāo)記的兔抗鼠IgG抗體在37℃ 孵育30 min,最后用PBS洗滌3次,熒光顯微鏡下觀察。同時(shí)設(shè)置加入PBS的細(xì)胞培養(yǎng)物做陰性對照。

1.7 家兔接種試驗(yàn) 將盲傳3代的病毒細(xì)胞液稀釋至5×103.0TCID50/ mL,用于家兔攻毒試驗(yàn)。將家兔分為3組:頸部皮下注射組(3只)、滴鼻組(2只)、對照組(2只)。頸部皮下注射組和滴鼻組接種劑量均為0.2 mL,對照組注射生理鹽水 0.2 mL。攻毒后觀察家兔的發(fā)病情況并做好記錄。

1.8 基因引物的設(shè)計(jì)與合成 根據(jù) GenBank 收錄的PRV Kaplan 株(GenBank登錄號:AJ271966.1),利用引物分析軟件Primer Premier 5.0 設(shè)計(jì)1對的特異性引物擴(kuò)增gD基因。P1:5'-ATTTGAATT CCCCAGGTTCCCATAC-3';P2:5'-CTTGAAGC TTGGCAGAGGTCGTAC-3'。在上下游引物中分別引入 EcoRⅠ和Hind Ⅲ 酶切位點(diǎn),擴(kuò)增產(chǎn)物大小為1579 bp。引物由上海桑尼生物科技有限公司合成。

1. 9 病毒DNA的提取及PCR擴(kuò)增 將分離株接種到BHK-21單層細(xì)胞,當(dāng)細(xì)胞病變達(dá)到約50%時(shí)收集細(xì)胞,參照 QIAGEN 公司病毒核酸提取試劑盒說明提取病毒核酸。利用上述引物擴(kuò)增gD基因片段。反應(yīng)總體積(50μL):P1、P2引物各2 μL,2×GC Buffer25 μL,dNTP12.5 μL,DNA模板7.5 μL,Taq DNA 聚合酶1 μL。反應(yīng)程序:95℃預(yù)變性5 min;95℃預(yù)變性50 s,58℃退火1 min,72℃延伸1.5 min,進(jìn)行30個(gè)循環(huán);72℃延伸10 min。

1.10 gD基因的克隆和測序 回收純化后的 DNA 片段,按照 pMD18-T Vector 載體系統(tǒng)操作手冊的方法連接到載體上,并轉(zhuǎn)化到 E.coli JM109 的感受態(tài)細(xì)胞內(nèi),然后按常規(guī)方法涂含有Amp、IPTG 瓊脂平板上,挑取白色菌落,提取質(zhì)粒。用 EcoRⅠ和 HindⅢ酶切,電泳鑒定陽性重組質(zhì)粒。陽性重組質(zhì)粒送上海桑尼生物科技有限公司進(jìn)行序列測定。

1.11 gD基因的序列分析 應(yīng)用Lasergene v7.1 DNAStar 軟件對分離株的gD基因序列進(jìn)行分析。根據(jù) GenBank收錄的國內(nèi)外經(jīng)典的PRV毒株gD基因的核苷酸序列,以及上海市動物疫病預(yù)防控制中心2010~2015年間分離的PRV毒株gD基因的核苷酸序列構(gòu)建gD基因進(jìn)化樹。本地區(qū)參考毒株上海市動物疫病預(yù)防控制中心2010年以來從臨床病例中陸續(xù)分離鑒定并保存,毒株如下:SH-03-2010、SH-04-2010、SH-13-2012、SH-14-2012、SH-01-2013、SH-04-2013、SH-03-2014、SH-05-2014、SH-01-2015;GenBank 收錄的國內(nèi)外經(jīng)典的PRV毒株:FZ(中國/2005/FJ477296)、Ea(中國/1990/KU315430)、La(中國/年代不詳/ AY174090)、Hubei(中國/1998/AF092447)、Min-A(中國/2002/AY169694)、BJ/RD(中國/2013/KF017274)、HLJ8(中國/2013/KT824771)、HN1201(中國/2012/KP722022)、HNB(中國/2012/KP722022)、ZJ01(中國/2012/KM061380)、JS2012(中國/2012/KP257591)、Becker(USA/年代不詳/JF797219)、Kaplan(Hungary/年代不詳/KJ717942)、Bartha(Hungary/年代不詳/JF797217)、NIA3(United Kingdom/年代不詳/KU900059)、Hercules(Greece/2010/KT983810)、Namyangju(South Korea/1987/GQ325660)、Kolchis(Greece/2010/ KT983811)、Dul34gfp(Germany/年代不詳/JQ809329)、Dul34pass(Germany/年代不詳/ JQ809330)。

2 結(jié)果

2.1 細(xì)胞病變觀察 BHK-21細(xì)胞接種病料12 h后出現(xiàn)空洞,細(xì)胞變圓,24 h出現(xiàn)明顯的拉網(wǎng)病變,48 h細(xì)胞脫落(圖1A)。陰性對照的BHK-21細(xì)胞界限明顯, 大小均一,呈均勻致密的單層(圖1B)。

圖1 BHK-21 細(xì)胞接種病料后出現(xiàn)的細(xì)胞病變(200×)Fig.1 Cytopathic effect of BHK-21 cells inoculated with tissue samples(200×)

2.2 電鏡觀察結(jié)果 將分離株細(xì)胞培養(yǎng)液滴在Formvar膜的銅網(wǎng)上負(fù)染后,在電鏡下觀察到大小約150 nm左右、圓形有囊膜的病毒顆粒(圖2),囊膜表面有呈放射狀排列的纖突,其長度約6 nm 左右。

2.3 間接免疫熒光抗體試驗(yàn)結(jié)果 病料接種BHK-21細(xì)胞,IFA 檢測結(jié)果顯示,細(xì)胞的胞漿和胞核呈現(xiàn)明顯的特異熒光(圖3A),證明病毒液接種細(xì)胞能與 PRV 單抗特異性結(jié)合,進(jìn)一步證實(shí)所分離的病毒為偽狂犬病病毒,并將其命名為SH1311毒株;未接種的BHK-21 細(xì)胞未見綠色熒光(圖3B)。

圖2 病毒粒子的電鏡觀察(Bar=50 nm)Fig.2 The morphology of virus particles under electron microscope(Bar=50 nm)

圖3 接種病料的BHK-21細(xì)胞的IFA檢測(200×)Fig.3 IFA result of BHK-21 cells inoculated with tissue samples(200×)

2.4 熒光定量PCR檢測結(jié)果 對2份BHK-21細(xì)胞培養(yǎng)物進(jìn)行偽狂犬病病毒熒光定量PCR檢測,均呈現(xiàn)陽性信號,見圖4。

圖4 細(xì)胞培養(yǎng)物熒光定量PCR檢測結(jié)果Fig.4 qPCR results of BHK-21 cell cultures

2.5 家兔接種試驗(yàn)結(jié)果 將盲傳 3 代的病毒細(xì)胞液通過頸部皮下注射和滴鼻接種家兔。48 h后均發(fā)病,表現(xiàn)為精神沉郁、食欲減退、呼吸加快,并出現(xiàn)局部奇癢癥狀,用力撕咬接種點(diǎn),引起局部脫毛、皮膚破損出血。嚴(yán)重者出現(xiàn)角弓反張,4~6 h后病兔衰竭死亡。對照組家兔無任何異常表現(xiàn)。

2.6 SH1311 分離株gD基因的擴(kuò)增 以在BHK-21細(xì)胞上培養(yǎng)的SH1311分離株細(xì)胞液所提取的基因組 DNA為模板,進(jìn)行g(shù)D基因PCR鑒定。擴(kuò)增產(chǎn)物大小與預(yù)期片段1579 bp相符(圖5)。

圖5 SH1311分離株gD基因的PCR鑒定Fig.5 PCR amplification for gD gene of SH1311 strain

2.7 gD基因的DNA克隆測序 將PCR擴(kuò)增產(chǎn)物克隆至pMD18-T Vector 載體,對重組質(zhì)粒進(jìn)行EcoRⅠ和Hind Ⅲ 雙酶切鑒定,證明載體插入了目的基因。對重組質(zhì)粒雙向測序結(jié)果顯示,該序列全長1579 bp,包含一個(gè)完整的開放閱讀框,為1209 bp,G+C含量為74.77%,編碼402個(gè)氨基酸組成的多肽。

2.8 gD基因核苷酸序列分析 應(yīng)用Lasergene7.0軟件中的MegAlign將 SH1311分離株和上海市2010~2015年分離的9株 PRV毒株gD核苷酸序列以及 GenBank上已登錄的國內(nèi)外其他21株P(guān)RV的相應(yīng)序列進(jìn)行比對分析。結(jié)果顯示,SH1311分離株與上海市2012~2015年分離的7株 PRV gD 核苷酸序列均為1209 bp,編碼402 個(gè)氨基酸殘基,同源性為99.8%~100%,其中與SH-01-2013株、SH-05-2014株P(guān)RV親緣關(guān)系最近,同源性為100%,但與上海市2010 年分離的2株 PRV相比,在815~821nt的位置插入6個(gè)堿基(2個(gè)氨基酸),同源性只有80.5%(圖6)。與國內(nèi)其他省市分離的毒株如 ZJ01、BJ/RD、Fa、HLJ8、HN1201、HNB、JS-2012、La、Min-A、Hubei、FZ株以及國外的 Becker、NIA3株親緣關(guān)系較近,同源性為 99%~99.9%。除此之外,和其他毒株的親緣關(guān)系都比較遠(yuǎn),同源性為79.9%~80.8%。

圖6 SH1311分離株與參考毒株間 gD 基因的同源性比較Fig.6 Sequence homology of gD gene of SH1311 and other reference strains

2.9 gD基因進(jìn)化樹分析 為進(jìn)一步了解 SH1311分離株 gD 基因的遺傳特性和相互的親緣關(guān)系,利用MEGA7.1對gD基因構(gòu)建了系統(tǒng)進(jìn)化樹(圖7)。結(jié)果顯示,SH1311 分離株與上海市2012~2015年間分離的7株豬偽狂犬病毒以及國內(nèi)JS-2012、HNB、HN1201、HLJ8、BJ/RD、ZJ01毒株屬于同一個(gè)進(jìn)化分支。

3 討論

PRV 是危害豬、羊、牛以及很多野生動物的一種重要病原體,豬是該病毒的主要宿主。多年來,歐美許多國家的養(yǎng)豬業(yè)通過豬場凈化措施已根除了PR,但在我國許多養(yǎng)豬場,PR一直散發(fā)或流行。特別是2011年以來,新發(fā)的PR流行毒株在基因和蛋白水平上發(fā)生了變異,進(jìn)而導(dǎo)致現(xiàn)有疫苗保護(hù)率降低,疫病難以防控。除了豬感染發(fā)病以外,羊偽狂犬病的報(bào)道也逐漸增多[9-12]。本研究對發(fā)病羊的腦組織進(jìn)行病毒分離,分離株通過家兔攻毒試驗(yàn)、IFA和熒光定量 PCR 檢測證實(shí)是偽狂犬病毒,將其命名為SH1311毒株。將該毒株細(xì)胞培養(yǎng)液負(fù)染后在透射電鏡下觀察,病毒粒子符合偽狂犬病病毒的形態(tài)學(xué)特征。對SH1311分離株的gD 基因進(jìn)行測序和序列分析,結(jié)果表明該分離株與上海市2012年以來分離的豬 PRV 毒株的gD基因的同源性最高,為99.8%~100%,其中與SH-01-2013株、SH-05-2014株同源性為100%。而與 2010 年上海市流行毒株相比,同源性只有80.5%。gD 基因進(jìn)化樹顯示,SH1311 分離株與上海市2012~2015年間分離的7株豬偽狂犬病毒以及國內(nèi) JS-2012、HNB、HN1201、HLJ8、BJ/RD毒株屬于同一個(gè)進(jìn)化分支,親緣關(guān)系最近,而與歐美分離的毒株以及韓國的流行毒株都處在不同的分支上。這與gD基因變異具有一定的地域性有關(guān)[13],即距離較遠(yuǎn)的地區(qū)分離到的毒株,核苷酸同源性較低,反之則同源性較高,這也是SH1311 分離株與上海市最近幾年分離的毒株同源性最高的原因之一。

圖7 PRV gD基因進(jìn)化樹分析Fig.7 Phylogenetic analysis of PRV gD gene

利用DNAStar軟件對從上海市2010年以來收集的 PRV 毒株以及GenBank上已登錄的國內(nèi)外其他22個(gè) PRV 毒株gD基因核苷酸序列進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn),gD基因內(nèi)部在802~837 nt 處有一個(gè)C(A)GGCCC重復(fù)高變區(qū),這一區(qū)域被稱為 gD 基因重復(fù)高變區(qū)[14],正是這一重復(fù)高變區(qū)的核苷酸缺失或插入使得PRV gD基因在1194~1215 nt間出現(xiàn)變化,導(dǎo)致編碼的氨基酸為399~405 個(gè)不等。而SH1311 分離株及上海市2012~2015年間分離的7株豬偽狂犬病病毒,與2010年的上海市流行毒株相比,正是在gD 基因重復(fù)高變區(qū)插入了C(A)GGCCC六個(gè)堿基,使它們之間的同源性只有80.5%。研究結(jié)果表明,SH1311 分離株很可能是最近幾年在上海市豬場流行的豬偽狂犬病病毒株。為了進(jìn)一步證實(shí)上述觀點(diǎn),筆者到現(xiàn)場進(jìn)行了流行情況調(diào)查,發(fā)現(xiàn)該羊場與一家豬場相鄰,僅一墻之隔。據(jù)調(diào)查,在綿羊發(fā)病前,相鄰的豬場曾經(jīng)發(fā)生過疫病,目前來看,這種疫病可能是豬偽狂犬病毒傳染給附近的綿羊,引起綿羊發(fā)病。

羊偽狂犬病毒對羊是高度致死性,發(fā)病羊死亡率高達(dá)100%,本研究對 SH1311 分離株的核苷酸序列分析為羊偽狂犬病的防控提供了參考。雖然該病不像豬偽狂犬病危害那樣嚴(yán)重,但因?yàn)榘l(fā)病羊病死率很高,因此獸醫(yī)界需要高度重視并加強(qiáng)對該病的研究,防止野毒在家畜和野生動物之間的傳播。

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