東南大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計學(xué)系(210009) 潘俊霞 王詩遠 楊嘉瑩 羅 櫟 劉 沛

疫苗臨床試驗中,為了保證數(shù)據(jù)的準確性和完整性,在統(tǒng)計分析前需進行盲態(tài)核查。但盲態(tài)核查工作量較大,單純?nèi)斯げ僮骱馁M大量人力和時間,還會核查不全面,導(dǎo)致數(shù)據(jù)質(zhì)量低,統(tǒng)計結(jié)果遭受質(zhì)疑。SAS因其強大功能為解決這些問題提供了有力工具。SAS宏程序的使用能將程序編得更高效且便于維護,重復(fù)執(zhí)行SAS程序明顯提高了工作效率和質(zhì)量[1]。利用在SAS中調(diào)用excel參數(shù)表的方式實現(xiàn)盲態(tài)核查批量操作,再利用SAS/AF(applications facility,AF)模塊將復(fù)雜代碼屏蔽而僅通過界面點擊式操作實現(xiàn)盲態(tài)核查結(jié)果自動化輸出,降低SAS使用門檻,規(guī)范且高效完成盲態(tài)核查工作。本文以開發(fā)疫苗臨床試驗盲態(tài)核查自動化輸出軟件為例,運用SAS 9.4中的AF模塊結(jié)合SAS宏程序構(gòu)建特定功能的AF界面,從而實現(xiàn)盲態(tài)核查結(jié)果可視化自動化輸出。

原理與方法

1.盲態(tài)核查內(nèi)容及SAS宏程序的實現(xiàn)

在疫苗臨床試驗中,需要核查的內(nèi)容多且繁瑣,根據(jù)數(shù)據(jù)庫中變量類型將可能出現(xiàn)的問題歸納為三大類,分別是單變量核查(缺失值、極端值和重復(fù)值等)、多變量邏輯核查(入選排除標準、年齡分組、是否超窗、變量前后信息是否匹配等)和匯總變量核查(合并用藥、合并疫苗、不良反應(yīng)等)。根據(jù)數(shù)據(jù)庫中變量類型及可能出現(xiàn)的問題,我們設(shè)計出4個主要的SAS宏程序以實現(xiàn)上述盲態(tài)核查過程。分別是縱向列表變量轉(zhuǎn)置成橫向數(shù)據(jù)的宏程序,單變量核查宏程序,多變量邏輯核查宏程序和匯總變量核查宏程序，依次為% TransForm( )、% SingleVar()、% Logic( )和% IndexCheck( ),當然此處4個宏里面還套用了其他宏程序,此處不再贅述。

2.SAS宏與excel結(jié)合實現(xiàn)結(jié)果自動化、批量輸出

SAS 宏利用%macro開始一個宏,同時給出這個宏的名字,如:%macro SingleVar;用%mend 語句結(jié)束一個宏,其后給出宏的名字,如%mend SingleVar。調(diào)用這個宏只需要用%SingleVar()語句,括號內(nèi)的變量稱為宏參數(shù),可在調(diào)用宏時指定參數(shù)值[2-3]。而為了實現(xiàn)上述宏程序且便于批量對宏參數(shù)進行賦值,可以在SAS中利用其與excel的結(jié)合,將宏參數(shù)寫入excel中并在調(diào)用時對其賦值,該過程主要可通過在SAS中使用以下X命令來實現(xiàn):

OPTIONS XWAIT XSYNC;

X "&ParOut..xlsx";

OPTIONS NOXWAIT NOXSYNC;

OPTIONS后的選項XWAIT 表示在執(zhí)行時保持DOS命令窗口打開,NOXWAIT 則表示關(guān)閉DOS窗口;XSYNC表示在外部應(yīng)用excel執(zhí)行完之后再返回SAS中,NOXSYNC則表示外部應(yīng)用執(zhí)行完后不返回SAS。上述語句的主要功能是在SAS運行過程中打開&ParOut.位置下的excel參數(shù)表,在excel中填寫完相應(yīng)參數(shù)值,然后關(guān)閉excel繼續(xù)回到SAS中運行后續(xù)程序。此法能實現(xiàn)SAS與excel的無縫銜接,更是實現(xiàn)盲態(tài)核查結(jié)果自動化、批量輸出的關(guān)鍵。

3.SAS/AF模塊實現(xiàn)可視化

SAS/AF模塊是SAS母體下一個可用于實現(xiàn)可視化過程的工具。利用SAS/AF中框架(frame)可以對顯示界面進行控制,利用SCL語言(SAS component language/SAS screen control language,SCL)則可對界面的性質(zhì)以及運行過程進行控制[4]。當然配合SAS宏程序的使用可以使AF界面實現(xiàn)更多功能,比如可以將上述宏程序整合到AF界面中,制作一個用于盲態(tài)核查的完整界面,以實現(xiàn)無需復(fù)雜編程,只點擊屏幕和填寫excel參數(shù)表即可實現(xiàn)盲態(tài)核查結(jié)果自動化和可視化輸出的功能[5]。

實際應(yīng)用

為了對某流感疫苗臨床試驗數(shù)據(jù)進行盲態(tài)核查,該項目入組2400人,其中3歲以下年齡組1200人,3歲以上年齡組1200人;包含2個CRF庫,其中3歲以下組包含930個變量(2針次),3歲以上組包含551個變量(1針次),變量又分成各種類型,主要包含基本信息、訪視信息、匯總信息。如果手工編程進行核查需要對上千個變量進行單獨的核查,其工作量和復(fù)雜程度不言而喻。為了對上述項目進行盲態(tài)核查并使其結(jié)果能自動化和可視化輸出,可在本軟件中執(zhí)行如下步驟:(1)標準化數(shù)據(jù)入口，(2)縱向列表變量轉(zhuǎn)置，(3)單變量核查，(4)多變量核查(包含匯總變量核查)，(5)盲態(tài)核查結(jié)果報告。具體過程是先對從Epidata或EDC中導(dǎo)出的數(shù)據(jù)進行變量名、變量標簽和值標簽的標準化,并對縱向列表變量數(shù)據(jù)(主要指不良反應(yīng)、合并用藥、合并疫苗等信息)進行轉(zhuǎn)置,繼而對完整數(shù)據(jù)庫進行單變量、多變量、匯總變量的核查,最后將所有的核查結(jié)果進行匯總以excel和RTF格式輸出詢問表和盲態(tài)核查報告。受篇幅所限,此處僅以橫向數(shù)據(jù)結(jié)果輸出界面為例說明SAS/AF與SAS宏的結(jié)合使用。

圖1 疫苗臨床試驗盲態(tài)核查軟件結(jié)果輸出界面

由于目前處于EDC系統(tǒng)和Epidata數(shù)據(jù)庫都在使用的階段,圖1所示橫向數(shù)據(jù)界面代表Epidata數(shù)據(jù)庫,我們也另外設(shè)計了縱向數(shù)據(jù)的界面以適用EDC系統(tǒng)的數(shù)據(jù),此處不再贅述。圖1所示界面運行過程是通過左上方的下拉菜單可以選擇核查次數(shù)和病例報告表(case report form,CRF)的具體值,接下來選擇項目名稱后點擊選中按鈕可在選擇已有數(shù)據(jù)集欄中顯示前面核查界面該項目中產(chǎn)生的所有核查結(jié)果數(shù)據(jù)集,選擇某個數(shù)據(jù)集如:Checkr.Missing后點擊查看按鈕可以在右側(cè)視窗中查看該次核查出現(xiàn)的缺失值的問題,受頁面限制,僅顯示了一半,可水平和豎直滑動視窗進行結(jié)果查看。隨后點擊報告可在規(guī)定的路徑下產(chǎn)生上述單變量、邏輯核查及匯總變量核查有問題的RTF文件,點擊下一步可以將這些RTF單表合并成一份盲態(tài)核查報告,而點擊詢問表則可以產(chǎn)生名為詢問表的excel文件,如圖2所示。部分實現(xiàn)程序如下:

Check:

if display2.selectedItem ne "" then do;

displayTable=display2.selectedItem;

end;

sasdataset1.table=displayTable;

return;

/*以上程序是查看按鈕的SCL語言,把用戶選擇的已有數(shù)據(jù)集中的某個數(shù)據(jù)集賦值displayTable并在右側(cè)視窗中查看該數(shù)據(jù)集*/

Quetable:

submit continue;

%ResultOutput(ParOut=%str(&ROOT.casefile&casenameoutput&cs),type=excel);

endsubmit;

return;

以上程序是詢問表按鈕的SCL語言,它將宏%ResultOutput()寫進submit continue和endsubmit之間即可在SCL中調(diào)用SAS宏,以實現(xiàn)SCL功能的拓展。(宏里面type如選擇word可輸出RTF格式的結(jié)果)。

圖2 盲態(tài)核查結(jié)果顯示(節(jié)選)

討 論

目前已有學(xué)者發(fā)表過臨床試驗盲態(tài)核查的操作過程與常用的SAS宏程序等文章,研究表明盲態(tài)核查工作量大,通過SAS宏程序可提高工作質(zhì)量和效率[1,6]。本文提出的按照變量類型開展盲態(tài)核查的方法與既往報道的研究思路不同。本文不僅限于介紹SAS宏程序的應(yīng)用,還注重SAS與excel結(jié)合實現(xiàn)盲態(tài)核查結(jié)果自動化、批量輸出以及SAS/AF模塊與SAS宏結(jié)合實現(xiàn)可視化呈現(xiàn)的效果,從而在保證核查規(guī)范和提高核查效率的前提下,降低SAS使用門檻。對于不熟悉SAS編程或者希望較快進行核查的實際工作者,可通過界面引導(dǎo)快捷方便地使用本軟件,由此可見該軟件具有實際應(yīng)用價值。

在SAS/AF模塊顯示出其在SAS中的各種優(yōu)勢之后,目前國內(nèi)對其研究依舊較少?？赡艿脑蚴撬源嬖谥嬅娌粔騼?yōu)美等瑕疵使得人們更喜歡用VB或者java等軟件制作界面。不過對于進行臨床試驗的統(tǒng)計工作人員而言,實用較美觀更為重要,因此SAS/AF模塊更值得推崇。一是它與SAS宏程序是無縫連接,軟件出現(xiàn)故障(BUG)的概率小;二是它屬于SAS組件,因此對了解SAS者,相較于學(xué)習(xí)一種新的編程語言,SAS/AF的學(xué)習(xí)時間更短、更容易掌握。