品種結(jié)構(gòu)單一，后備品種缺乏。東盟國家香蕉品種繁多且齊全，中國僅有四大品種類群20 多個品種，種質(zhì)資源創(chuàng)新不足、品種優(yōu)勢不明顯；主栽品種為巴西蕉和威廉姆斯蕉，隨著無性繁殖代數(shù)的增加，品種有退化趨勢。二是技術(shù)集成度不高，各單項技術(shù)之間的集成配套研究很欠缺，未形成綜合生產(chǎn)體系。

標準化栽培普及率低，基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)滯后。中國蕉農(nóng)在香蕉肥水管理、病蟲害防治等方面存在一定盲目性，生產(chǎn)成本高、產(chǎn)量低、產(chǎn)品市場競爭力不強。尤其是香蕉生產(chǎn)機械化應用程度低。中國每年時常發(fā)生的災害性天氣都給香蕉生產(chǎn)帶來極大影響，產(chǎn)業(yè)抗風險能力弱。中國香蕉產(chǎn)業(yè)難以實施精細化管理，生產(chǎn)效率低。

香蕉銷售渠道需要拓寬，傳統(tǒng)銷售方式受到挑戰(zhàn)。受災害性天氣影響和與國內(nèi)國外香蕉同時上市等不利因素影響，中國香蕉運銷阻塞，價格下跌影響了蕉農(nóng)積極性。疏通運銷渠道需要政府各部門及社會多方力量的緊密合作。

隨著互聯(lián)網(wǎng)及物流業(yè)的快速發(fā)展，網(wǎng)購逐漸成為購物新方式，香蕉交易也由實物交易向虛擬市場轉(zhuǎn)變，物流配送成為新趨勢，這些都會對香蕉保鮮技術(shù)和營銷方式提出新的挑戰(zhàn)。

產(chǎn)業(yè)組織化程度低，沒有完全發(fā)揮品牌效應。中國香蕉種植以農(nóng)戶種植和公司基地種植為主。除少數(shù)龍頭企業(yè)在整個產(chǎn)業(yè)鏈布局外，大部分香蕉種植企業(yè)縱向一體化程度較低，香蕉產(chǎn)業(yè)在各個環(huán)節(jié)難以獲利。企業(yè)間不能實現(xiàn)強強聯(lián)合，沒有發(fā)揮品牌效應，香蕉市場競爭無序。這種分散的經(jīng)營組織模式很難形成規(guī)模供給，蕉農(nóng)與收購者之間沒有形成信息共享，一旦遇到自然風險和市場風險，常常處于被動地位。