馮其庸著有《曹雪芹家世新考》、《論庚辰本》、《夢邊集》、《漱石集》、《秋風集》等專著二十余種，并主編《紅樓夢》新校注本、《紅樓夢大詞典》、《中華藝術百科大辭典》等書。

他還在研究中國文化史，古代文學史、戲曲史、藝術史等方面做出了成就，研究了中國大西部的歷史文化藝術，著有考證絲綢之路和支架取經之路的大型攝影圖冊《瀚海劫塵》，獲得學術界的高度評價。馮其庸還擅于書法和繪畫，書法宗二王，畫宗青藤白石。所作書畫為國內外所推重，被譽為真正的文人畫。