1924年2月3日生于江蘇無(wú)錫縣前洲鎮(zhèn)。家貧困，幼年失學(xué)，在家種地，小學(xué)、中學(xué)均未能畢業(yè)?？箲?zhàn)勝利后考入蘇州美專(zhuān)，兩月后又因貧失學(xué)。

1943年畢業(yè)于私立無(wú)錫前洲青城中學(xué)。1943年下半年，馮其庸考上了省立無(wú)錫工業(yè)專(zhuān)科學(xué)校。期間曾得無(wú)錫著名畫(huà)家諸健秋賞識(shí)。1944年7月因貧失學(xué)。1945年抗戰(zhàn)勝利后考入蘇州美專(zhuān)，兩月后又因貧失學(xué)。

1948年畢業(yè)于無(wú)錫國(guó)專(zhuān)。受書(shū)法于王蘧常，后又與劉海粟、朱屺瞻、謝稚柳、唐云、啟功、徐邦達(dá)，楊仁愷、周懷民、許麟廬諸先生游，于書(shū)畫(huà)潛心學(xué)習(xí)。

1949年5月在蘇南行署工作。

1950年任教于無(wú)錫市第一女中。

1954年調(diào)北京中國(guó)人民大學(xué)，歷任講師、副教授、教授等職。

1975年國(guó)務(wù)院文化組成立紅樓夢(mèng)校訂組，任副組長(zhǎng)，主管校注業(yè)務(wù)，前后七年，1982年出書(shū)。

1980年、1981-1982年，兩度赴美在史坦福、哈佛、耶魯、柏克萊等大學(xué)講學(xué)。獲富布賴(lài)特基金會(huì)榮譽(yù)學(xué)術(shù)證狀。

1984年12月由國(guó)務(wù)院、外交部、文化部派往前蘇聯(lián)鑒定列寧格勒藏本《石頭記》，達(dá)成兩國(guó)聯(lián)合出書(shū)協(xié)議。后又歷訪新加坡、馬來(lái)西亞、韓國(guó)作學(xué)術(shù)講演，均獲高度評(píng)價(jià)。

1986年調(diào)任中國(guó)藝術(shù)研究院副院長(zhǎng)。

1996年應(yīng)邀訪問(wèn)德國(guó)、法國(guó)，并在柏林和巴黎考察兩國(guó)所藏敦煌、吐魯番文獻(xiàn)。

1996年11月離休。

1998年5月25日至5月30日，在中國(guó)美術(shù)館舉辦了“馮其庸書(shū)畫(huà)展”。

1998年8月，馮其庸以76歲的高齡，第二次上帕米爾高原，于海拔4700米的明鐵蓋山口，發(fā)現(xiàn)玄奘取經(jīng)回國(guó)的山口古道，此古道為玄奘回國(guó)以后1355年來(lái)的第一次發(fā)現(xiàn)。馮其庸的這一發(fā)現(xiàn)，轟動(dòng)了中外學(xué)術(shù)界。

1998年10月4日至酒泉金塔縣訪漢代雄關(guān)肩水金關(guān)、地灣城。10月5日（舊歷中秋節(jié)）至內(nèi)蒙額濟(jì)納旗訪古居延海、西夏黑水城、漢甲渠候官遺址，對(duì)以上各處都作了詳細(xì)的調(diào)查。

2011年12月，馮其庸榮獲文化部頒發(fā)的“中華藝文獎(jiǎng)”終身成就獎(jiǎng)。

2012年10月，馮其庸獲中國(guó)人民大學(xué)首屆吳玉章終身成就獎(jiǎng)。

2017年1月，22日12時(shí)18分在北京逝世，享年93歲。