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內(nèi)蒙古東北地區(qū)主要民族Y染色體STR基因座突變率的研究

2019-03-27 12:28劉佳秀孫維克
中國(guó)新通信 2019年22期
關(guān)鍵詞:突變

劉佳秀 孫維克

【摘要】? ? 收集中國(guó)內(nèi)蒙古東北地區(qū)主要民族(漢族和蒙古族)人群17萬份男性共計(jì)10萬個(gè)家族血樣本,統(tǒng)計(jì)24個(gè)Y-STR(DYS448、DYS389II、DYS518、DYS627、DYS19、DYS627、H4、DYS576、DYS456、DYS392、DYS449、DYS437、DYS460、DYS533、DYS391、DYS481、DYS439、DYS570、DYS385ab、DYS438、DYS390、DYS389I、DYS635、DYS393、DYS458)基因座突變情況,并與白人:DYS627、DYS576、DYS518、DYS449、DYS570、DYF387S1ab比較,調(diào)查分析其突變相關(guān)性。

【關(guān)鍵詞】? ? 基因座? ? Y染色體? ? 突變

Y染色體由于其單倍體父系遺傳的特點(diǎn),所以Y染色體的遺傳標(biāo)記代表的是家族遺傳標(biāo)記。其在人類物種的起源、進(jìn)化過程和后期的群體劃分以及現(xiàn)代法醫(yī)學(xué)實(shí)踐,具有非常重要的應(yīng)用研究?jī)r(jià)值。

本研究是采用YfilerTMPlusPCR直接擴(kuò)增試劑盒,對(duì)內(nèi)蒙古東北地區(qū)的17萬名男性個(gè)體進(jìn)行了遺傳突變率調(diào)查,研究在白種人群中快速變異的六個(gè)Y-STR基因座,在中國(guó)群體中是否同樣具有高度突變率,最終根據(jù)結(jié)果評(píng)價(jià)所研究的Y-STR法醫(yī)及社會(huì)應(yīng)用價(jià)值。

一、材料和方法

1.1樣本采集

采集17萬名健康成年男性個(gè)體的末梢血,吸附于采血卡的濾紙上,陰干后常溫保存待檢。

1.2PCR擴(kuò)增

使用BSD-QP型打孔機(jī)(BSD公司,澳大利亞)打取直徑為1.2mm的圓形樣本,使用9700PCR儀(ABI公司,美國(guó))與YfilerPlus復(fù)合擴(kuò)增試劑盒(ABI公司,美國(guó))進(jìn)行PCR復(fù)合擴(kuò)增,PCR擴(kuò)增總體系為10ul。其中包含反應(yīng)混合物4ul,引物2ul,水3ul。熱循環(huán)參數(shù):95℃1min;94℃4sec,61℃1min,60℃22min,共27個(gè)循環(huán);產(chǎn)物4℃保存。

1.3擴(kuò)增片段的電泳與分型檢測(cè)

取擴(kuò)增產(chǎn)物1ul加入甲酰胺與Liz600的混合液中,在3500XL全自動(dòng)遺傳分析儀(ABI公司,美國(guó))進(jìn)行毛細(xì)管電泳,電泳結(jié)果數(shù)據(jù)在GeneMapperID-X軟件進(jìn)行基因分析。

1.4數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析

利用赤峰市《Y-DNASTRs實(shí)戰(zhàn)應(yīng)用平臺(tái)(V1.0)》數(shù)據(jù)庫分析引擎進(jìn)行分析計(jì)算。

二、結(jié)果與分析

2.1結(jié)果

獲取內(nèi)蒙古東北地區(qū)主要民族前7位高突變位點(diǎn)。用赤峰市《Y-DNASTRs實(shí)戰(zhàn)應(yīng)用平臺(tái)(V1.0)》數(shù)據(jù)庫分析引擎,篩選17萬份合格樣本數(shù)據(jù),用同型聚合法,聚合為10萬個(gè)家族,對(duì)10萬個(gè)家族進(jìn)行交叉比較,對(duì)36442個(gè)有家族間變異位點(diǎn)的值進(jìn)行分類求和,檢測(cè)結(jié)果見表1。

2.2分析:

白人中高突變的6個(gè)Y-STR位點(diǎn)與內(nèi)蒙古東北地區(qū)主要民族遺傳高突變位點(diǎn)前7位比較如下:

白人:DYS627、DYS576、DYS518、DYS449、DYS570、DYF387S1ab

內(nèi)蒙:DYS576、DYS627、DYS518、DYS449、DYS458、DYS385ab、DYS570(注DYF387S1ab未做統(tǒng)計(jì)、比較)

2.3結(jié)論:

在DNA的任何區(qū)域內(nèi)都可能發(fā)生突變,在Y-STR基因座上也是如此。Y-STR的突變率明顯高于常染色體且涉及范圍較大,目前,人們對(duì)常用的Y-STR基因座的突變率進(jìn)行了很多的研究。Y-STR突變的分子機(jī)制可能包括復(fù)制滑落或有缺陷的DNA復(fù)制修復(fù)機(jī)制。對(duì)于親代和子代之間的比較就可以對(duì)DNA遺傳標(biāo)記的突變進(jìn)行判斷。一般的突變都涉及一個(gè)重復(fù)單位的獲得或者丟失,例如由于突變,導(dǎo)致DYS576基因座上的等位基因19,在子代表現(xiàn)為18或者20。有關(guān)資料報(bào)道“在中國(guó)漢族人群的782對(duì)父子中發(fā)生41次突變,平均突變率為2.8×10-3,涉及DYS456等13個(gè)基因座,其中突變率最高的是DYS458,為10.4×10-3。突變率較低的是DYS389Ⅰ與DYS635,均為1.2×10-3,DYS393、DYS437、DYS438、DYS448未發(fā)現(xiàn)突變”。

本次對(duì)內(nèi)蒙古東北地區(qū)主要民族36442個(gè)家系進(jìn)行遺傳高突變位點(diǎn)的研究,發(fā)現(xiàn)了DYS576、DYS627、DYS518、DYS449、DYS458、DYS385ab、DYS570等七個(gè)Y-STR基因座具有高突變的特質(zhì),其突變率介于6.48%~10.41%。其中DYS576基因座的突變率最高,達(dá)到10.41%,其次為DYS627、DYS518、DYS449、DYS458、DYS385ab、DYS570。

這七個(gè)高突變Y-STR基因座與美國(guó)白人中高突變的6個(gè)Y-STR基因座有所不同,DYS458的突變率達(dá)到7.51%,DYS385ab的突變率達(dá)到7.47%,DYS570的突變率為6.48%,DYS458、DYS385ab基因座的突變率均高于DYS570的突變率。我認(rèn)為DYS627、DYS576、DYS518、DYS449、DYS570的突變率與民族、人種關(guān)系不大,應(yīng)為人群高突變位點(diǎn)。2001年Kayser和Sajantila觀察了同一父子間2個(gè)Y-STR的突變后建議:在親權(quán)鑒定中只有3個(gè)或3個(gè)以上的Y-STR不同時(shí)方可做出排除的結(jié)論。若在實(shí)際工作中有三個(gè)Y-STR不同,首先應(yīng)先確定是否為高突變位點(diǎn),然后結(jié)合所采用的基因座數(shù)量差異基因座之間的差距步長(zhǎng)(重復(fù)單位相差的數(shù)量),以及兩個(gè)個(gè)體之間的親緣距離等情況綜合考慮,如果有三個(gè)Y-STR均為高突變位點(diǎn)則不能輕易排除,需要增加位點(diǎn)進(jìn)行驗(yàn)證,或者結(jié)合常DNA進(jìn)行驗(yàn)證,慎重作出排除父權(quán)的結(jié)論。

參? 考? 文? 獻(xiàn)

[1]劉亞舉,郭麗紅,石美森等.河南漢族人群27個(gè)Y-STR基因座的突變觀察與分析[J].中國(guó)法醫(yī)學(xué)雜志,2016,31(1):22-26.

[2]JohnMBulter.法醫(yī)DNA分型:STR遺傳標(biāo)記的生物學(xué)\方法及遺傳學(xué)[M].侯一平,劉雅誠(chéng)譯.科學(xué)出版社,2007:

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