解夢 印麗萍 婁玉霞 郭水良
摘 要: 分別以小立碗蘚(Physcomitrella patens)和水稻(日本晴亞種)(Oryza sativa spp.japonica)為標樣,用流式細胞術(shù)分別測定了中華蓑蘚(Macromirium cavaleriei)、鈍葉蓑蘚(M.japonicum)和缺齒蓑蘚(M.gymnostomum)3種蘚類植物的DNA C-值,由此建立了應(yīng)用流式細胞術(shù)測定蓑蘚屬植物DNA C-值的方法,討論了影響蘚類植物DNA C-值測定結(jié)果的因素.最后討論了苔蘚植物DNA C-值變異式樣、系統(tǒng)發(fā)育和分類學(xué)意義,以及今后有關(guān)蘚類植物DNA C-值研究中值得關(guān)注的幾個方向.
關(guān)鍵詞: 蓑蘚; 流式細胞術(shù); DNA C-值; 蘚類植物
中圖分類號: Q 949.1文獻標志碼: A文章編號: 1000-5137(2019)02-0188-09
0 引 言
DNA C-值指一個物種配子核中沒有復(fù)制時的DNA含量(單位:pg).與DNA C-值密切相關(guān)的概念是基因組的大小,后者指配子中單組染色體的DNA含量[1].
真核生物細胞核的DNA由編碼DNA和非編碼DNA兩部分組成,后者占核DNA總量的絕大部分,是細胞染色體構(gòu)架的主體[2-3].真核生物不僅通過細胞核中編碼DNA的表達,也通過核DNA 本身質(zhì)量及體積的物理作用來影響表型.因此,物種的核DNA含量有重要的生物和生態(tài)學(xué)意義[4].
被子植物DNA C-值的研究已經(jīng)取得了一系列成果,發(fā)現(xiàn)其在不同種類間存在巨大的差異[5],并具有進化和系統(tǒng)發(fā)育上的意義[6].DNA C-值能夠用于雜交種識別和一些疑難種分類處理[7-8].KRAAIJEVELD [9]發(fā)現(xiàn)DNA C-值與被子植物某些分類群的物種多樣性有關(guān).隨著DNA C-值變大,物種滅絕的風險會增加[10].在被子植物的有些類群中存在 DNA C-值的種下變異,這可能與它們對生境的適應(yīng)有關(guān)[11].人們已經(jīng)在部分被子植物中發(fā)現(xiàn)DNA C-值與海拔高度、緯度、經(jīng)度、氣溫、雨量之間呈現(xiàn)出相關(guān)性[12-13],因而具有生態(tài)適應(yīng)意義.目前已測定了約7542種被子植物的DNA C-值[14],約占被子植物種數(shù)的3%.
RESKI等[15]運用流式細胞術(shù)測定了小立碗蘚(Physcomitrella patens (Hedw.) B.S.G.)野生型和突變株的核DNA含量,這是最早有關(guān)苔蘚植物DNA C-值的報道.TEMSCH等[16]用碗豆(Pisum sativum)為內(nèi)標,運用福爾根染色法測定了奧地利30種泥炭蘚屬(Sphagnum L.)植物的DNA C-值,發(fā)現(xiàn)其中26種為單倍體,4種為二倍體,單倍體種的DNA 1C-值為0.392~0.506 pg;二倍體種的DNA 1C-值(沒有復(fù)制時的配子中的DNA含量)為0.814~0.952 pg;并發(fā)現(xiàn)組內(nèi)的DNA 1C-值變異大于組間.RENZAGLIA等[17]應(yīng)用福爾根顯微分光光度計法測定了17種苔蘚植物精子的DNA 含量,發(fā)現(xiàn)短角苔(Notothylas orbicularis)和黃角苔(Phaeoceros laevis)的DNA 1C-值最低,分別是0.17 pg和0.26 pg;在苔類中DNA 1C-值從Blasia pusilla的0.49 pg到Pellia epiphylla的4.05 pg,發(fā)現(xiàn)在測定的苔蘚植物中,DNA C-值大小與染色體數(shù)目沒有相關(guān)性,但是與精子的體積呈正相關(guān).VOGLMAYR[18]測定了138種蘚類植物的DNA C-值,發(fā)現(xiàn)DNA C-值最小的是苞領(lǐng)蘚屬(Holomitrium)的H.arboreum,DNA C-值為0.17 pg,最大的是小萼苔屬(Mylia Gray)的M.taylorii,為7.97 pg.到目前為止,有7篇論文共報道了232種苔蘚植物的DNA C-值[19],約占苔蘚植物種數(shù)的1%.
苔蘚植物中配子體占優(yōu)勢,又有原絲體、雙鞭毛精子、無維管束等有別于被子植物的性狀,在生態(tài)分布、繁育和傳播方式、生活型等方面也與被子植物不同.因此,苔蘚植物中DNA C-值的變異式樣,及其生態(tài)適應(yīng)、地理分布、分類學(xué)和進化學(xué)上的意義肯定也有別于被子植物,要闡明這些問題,需要在更多的苔蘚植物類群中測定DNA C-值.
本文作者以3種蓑蘚屬植物為對象,分別應(yīng)用日本晴(Oryza sativa ssp.japonica,DNA 1C-值約為0.4 pg)和小立碗蘚(Physcomitrella patens,DNA 1C-值約為0.5 pg)為外標,應(yīng)用流式細胞術(shù)測定了它們的DNA C-值,旨在闡明兩種不同測定方法的結(jié)果差異,建立苔蘚植物DNA C-值測定的方法.
1 蓑蘚屬3種植物的DNA C-值測定
1.1 實驗材料
中華蓑蘚(M.cavaleriei Card.& Thér.)、缺齒蓑蘚(M.gymnostomum Sull.& Lesq.)、鈍葉蓑蘚(M.japonicum Dozy & Molk.)是中國東部地區(qū)常見的3種蓑蘚屬植物,分別采自福建永安天寶巖保護區(qū)、浙江嵊山福善寺旁公路邊、浙江臺州九峰公園.憑證標本存放于上海師范大學(xué)苔蘚植物標本室.
實驗采用兩種標樣作對比,其中小立碗蘚采自云南昆明宜良縣,日本晴由上海市出入境檢驗檢疫局提供.
1.2 實驗方法
1.2.1 細胞核分離緩沖液
應(yīng)用流式細胞術(shù)測定DNA C-值時主要使用以下幾種核分離緩沖液:
LB01緩沖液:15 mmol·L-1 Tris,2 mmol·L-1乙二胺四乙酸二鈉(Na2EDTA),0.5 mmol·L-1 spermine (精胺).4HCl,80 mmol·L-1 KCl,20 mmol·L-1NaCl,15 mmol·L-1 β-mercaptoethanol(β-巰基乙醇),0.1% (體積分數(shù)) TritonX-100,去離子水定容至200 mL,pH=7.5[20].
Arumuganathan & Earle 緩沖液:9.53 mmol·L-1MgSO4·7H2O,47.67 mmol·L-1 HEPES,6.48 mmol·L-1二硫蘇糖醇(DTT),25 g·mL-1 (質(zhì)量濃度) Triton X-100,去離子水定容至200 mL,pH=8.0[21].
Marie′s nuclear isolation 緩沖液:50 mmol·L-1葡萄糖,15 mmol·L-1 NaCl,5 mmol·L-1 Na2EDTA,50 mmol·L-1檸檬酸鈉,0.5% (體積分數(shù)) Tween20,50 mmol·L-1HEPES,0.5%(體積分數(shù))β-巰基乙醇,去離子水定容至200 mL,pH=7.2[22].
Otto 緩沖液:100 mmol·L-1檸檬酸,0.5% (體積分數(shù))Tween20,去離子水定容至200 mL,pH≈2.3[23].
Galbraith 緩沖液:45 mmol·L-1 MgCl2,30 mmol·L-1檸檬酸鈉,20 mmol·L-1 MOPS(4-丙磺酸基嗎啉)和1 g·mL-1 (質(zhì)量濃度) Triton X-100,去離子水定容至 200 mL,pH=7.0[24].
其中 LB01緩沖液、Arumuganathan & Earle 緩沖液和 Marie′s nuclear isolation緩沖液的制備步驟較多,且含有對人體有害成分,故選用Otto緩沖液和Galbraith緩沖液,置于4 ℃冰箱保存?zhèn)溆肹25].
1.2.2 操作步驟
取樣品和標樣葉片約50 mg,置于塑料平皿中,分別加入1 mL緩沖液,平皿置于冰上.使用鋒利剃須刀片快速將葉片切碎,用孔徑為30 μm的無菌濾網(wǎng)過濾后,濾液置于容積為2 mL的離心管中,離心(1600 r·min-1,5 min),棄上清.直接加200 μL熒光染料PI-Rnase(基因公司 550825),置于4 ℃避光染色20 min.將制備好的經(jīng)染色的細胞核懸液轉(zhuǎn)入標準上樣管中,上機測定[26].同時準備一只裝有2~3 mL次氯酸鈉溶液(有效氯體積分數(shù)為0.5%)的上樣管,用以消毒.每根上樣管結(jié)束測試后都需要用消毒液沖洗.每個實驗都進行3次重復(fù).
1.2.3 待測樣品上機分析測定
測定儀器為美國BD公司生產(chǎn)的FACSCalibur流式細胞儀.經(jīng)PI-Rnase染色的樣品通過流式細胞儀,從附帶軟件CellQuestTM Pro獲取數(shù)據(jù)的散點圖和直方圖,通過ModFit LT軟件顯示直方圖,分析得到樣品的二倍體階段(DIP)G0/G1(DNA靜止期/DNA合成前期)熒光值峰值和G0/G1熒光值峰的變異系數(shù)[27].該系數(shù)值小于3%,表示結(jié)果準確;小于5%,表示基本正確;大于8%,表示結(jié)果不準確[26].峰值及變異系數(shù)均能從ModFit LT軟件上直接讀出.最后通過比較樣品與標樣的G0/G1熒光值峰值來計算核DNA C-值.
計算測試樣品的DNA 2C-值Q(體細胞中的DNA含量,單位:pg):
其中,R為標樣核DNA 2C-值,E為待測樣品的G0/G1熒光值峰值,S為標樣的G0/G1熒光值峰值[28].
1.2.4 實驗方法對蓑蘚屬樣品DNA C-值測定結(jié)果的影響
分別以小立碗蘚為標樣(采用Galbraith 緩沖液),和以日本晴為標樣(采用Otto緩沖液)測定了蓑蘚屬植物的DNA C-值.由于實驗材料的緣故,以日本晴為標樣的方法測定了3種蓑蘚屬的DNA C-值,以小立碗蘚為標樣的方法測定了鈍葉蓑蘚和缺齒蓑蘚的DNA C-值.
1.2.5 實驗結(jié)果
用日本晴為標樣和Otto緩沖液,對3種蓑蘚DNA C-值測定結(jié)果如表1所示,細胞核相對DNA含量直方圖如圖1所示.圖1中,DIP G1,DIP DNA合成后期G2和合成期S對應(yīng)熒光信號強度在x軸上用通道數(shù)(channel)表示,反映了樣品細胞的 DNA 相對含量,y軸對應(yīng)通道內(nèi)出現(xiàn)具有相同光信號特征性細胞核的數(shù)量.
用小立碗蘚為標樣和Galbraith 緩沖液對鈍葉蓑蘚、缺齒蓑蘚DNA C-值測定結(jié)果見表2,細胞核相對DNA含量直方圖見圖2.
2 討 論
2.1 影響DNA C-值測定結(jié)果的因素分析
DNA C-值的檢測方法主要有化學(xué)分析法、Feulgen染色法[29]、復(fù)性動力學(xué)法[30],和近幾年興起的流式細胞術(shù)等4種方法.化學(xué)分析法在20世紀60年代之后就很少使用了;復(fù)性動力學(xué)法在20世紀70年代之后幾乎不再使用了[31];福爾根染色法目前比較常用,但是該方法實驗操作復(fù)雜,結(jié)果不夠穩(wěn)定[32];流式細胞術(shù)是近年來受到重視的測定植物DNA C-值的方法.該方法應(yīng)用了流式細胞儀,綜合性高,涉及激光技術(shù)、計算機技術(shù)、流體力學(xué)、細胞化學(xué)、圖像技術(shù)等多個領(lǐng)域的知識[33],具有測量速度快、測量參數(shù)多的優(yōu)點,可以在1 s內(nèi)測定數(shù)萬個細胞,能夠?qū)ν粋€細胞做有關(guān)物理、化學(xué)特性的多參數(shù)測量,獲得的數(shù)據(jù)能夠進行統(tǒng)計檢驗.流式細胞術(shù)既能夠進行細胞分析,也能夠進行細胞的分選.用流式細胞儀檢測每個細胞核的熒光信號強度,并經(jīng)儀器自動分析,DNA含量與熒光信號成正比關(guān)系.但是,流式細胞儀不同的生產(chǎn)廠家、不同的型號、不同的細胞核懸液,甚至樣品不同的生長時期都可能會影響植物DNA C-值的測定結(jié)果[34].
BAINARD等[35]以苔蘚植物為材料開展流式細胞術(shù)測定方法對DNA C-值檢測結(jié)果的影響,發(fā)現(xiàn)緩沖液、熒光染色時間、染色液濃度對測定結(jié)果具有明顯影響.其中,以緩沖液類型和碘化丙啶染色液濃度的影響最大,分別會造成8%和14%的偏差.
方其等[36]以油菜(Brassica campestris)為材料,從標樣、細胞核懸液、樣品生長時期等方面研究了影響DNA C-值檢測的實驗因素.發(fā)現(xiàn)標樣種類和樣品的生長時期對實驗結(jié)果沒有明顯影響,與Galbraith 緩沖液和Otto緩沖液相比,應(yīng)用Tris-MgCl2細胞核懸液能夠得到穩(wěn)定的實驗結(jié)果.本研究結(jié)果證實這兩種緩沖液也能夠獲得比較穩(wěn)定的結(jié)果.
在GREILLHUBER等[19]報道的232種蘚類植物DNA C-值為0.17~7.97 pg,平均值為0.66 pg,其中有135種(約占測定種數(shù)的58%)蘚類植物的DNA C-值為0.3~0.5 pg.本實驗測定的3種蓑蘚的DNA C-值在0.38~0.42 pg之間,而且數(shù)據(jù)的重復(fù)性好,標準誤差大小在0.001~0.020之間.用日本晴和小立碗蘚實驗的結(jié)果基本一致,說明兩種方法均可行.
2.2 蘚類植物DNA C-值研究的意義和展望
現(xiàn)有研究表明:蘚類植物的DNA C-值平均值在0.17~4.05 pg之間,明顯低于被子植物(平均為5.98 pg)[37];蘚類群之間DNA C-值變異幅度低于被子植物.RENZAGLIA等[17]認為蘚類植物的核DNA 含量在進化上受制于其雙鞭毛精子,因為核DNA 含量越大,精子體積越大,其運動能力越弱,越不利于受精作用,被子植物則不受這一因素影響.
苔蘚植物配子體占優(yōu)勢,又有原絲體、雙鞭毛精子、無維管束等有別于被子植物的性狀,在生態(tài)分布、繁育和傳播方式、生活型等方面也與被子植物不同.因此,苔蘚植物中DNA C-值的變異式樣,及其生態(tài)適應(yīng)、地理分布、分類學(xué)和進化學(xué)上的意義肯定有別于被子植物,要闡明這些問題,需要開展以下幾個方面工作.
1) 苔蘚植物約有2萬種,是種數(shù)上僅次于被子植物的高等植物,但是關(guān)于苔蘚植物DNA C-值的研究才剛剛起步,世界范圍內(nèi)僅232種苔蘚植物有DNA C-值的數(shù)據(jù)資料[19],例如木靈蘚科(Orthotrichaceae)、棉蘚科(Plagiotheciaceae)、錦蘚科(Sematophyllaceae)、塔蘚科(Hylocomiaceae)、縮葉蘚科(Ptychomitriaceae)等近半數(shù)科的蘚類植物還沒有任何DNA C-值數(shù)據(jù),而蔓蘚科(Meteoriaceae)、叢蘚科(Pottiaceae)、真蘚科(Bryaceae)等世界性大科僅測定了個別或極少數(shù)種類[17].其次,測定過DNA C-值的種類中,有的采用了結(jié)果不太可靠的Feulgen染色法等.除了葫蘆蘚(Funaria hygrometrica Hedw.)等少數(shù)世界廣布種外,中國苔蘚植物的絕大部分種類沒有DNA C-值的數(shù)據(jù)資料.國內(nèi)也沒有任何有關(guān)苔蘚植物DNA C-值研究的報道.DNA C-值在苔蘚植物的變異式樣如何,是否具有進化和系統(tǒng)發(fā)育上的指示價值,要闡明這些問題,需要系統(tǒng)地測定苔蘚植物的DNA C-值.
2) 雜交、染色體多倍化、漸變?nèi)含F(xiàn)象在苔蘚植物中比較普遍,造成了苔蘚植物的許多分類學(xué)問題[38].但是,苔蘚植物個體細小,又不像被子植物有非常活躍的根尖和莖尖分生組織,加上苔蘚植物染色體小,因此,影響了苔蘚植物的染色體研究和數(shù)據(jù)積累[39].應(yīng)用流式細胞術(shù)對被子植物部分類群DNA C-值進行測定和倍性分析,成功地處理了多倍體、雜交種的識別和疑難種的分類問題.但是,還沒有在苔蘚植物學(xué)領(lǐng)域開展相應(yīng)的工作,這方面的工作有可能為苔蘚植物系統(tǒng)分類提供新的技術(shù)方法和分類學(xué)性狀.
3) 在被子植物中,DNA C-值在部分類群中有生物地理學(xué)和生態(tài)適應(yīng)上的意義.但是,有關(guān)苔蘚植物DNA C-值數(shù)據(jù)非常缺乏,已有的百余種苔蘚植物的DNA C-值數(shù)據(jù),也由于前人測定方法的差異,樣品采集沒有考慮生境類型、繁育特點和地理分布等因素[18],使一些結(jié)果缺乏可比性,無法進行DNA C-值和生態(tài)、地理分布的相關(guān)分析.因此,需要通過對不同生態(tài)系統(tǒng)和地理區(qū)域的蘚類植物進行DNA C-值的測定,解析苔蘚植物DNA C-值的生態(tài)適應(yīng)和生物地理學(xué)意義,探討應(yīng)用DNA C-值評估苔蘚植物地理分布和生態(tài)適應(yīng)特點的價值.
4) 苔蘚植物的DNA C-值明顯小于被子植物,RENZAGLIA將進化上的選擇因素歸于苔蘚植物的雙鞭毛精子.但是,有相當一部分苔蘚植物既有有性繁殖又有無性繁殖,而且有部分苔蘚植物類群不需要雙鞭毛精子,只通過無性繁殖來繁衍其種群[40].因此,有必要通過研究來探討繁殖方式對DNA C-值的影響,以期檢驗RENZAGLIA觀點的正確性.
5) 內(nèi)多倍化(endopolyploidy)指細胞中的DNA進行了復(fù)制,但是沒有伴隨著核的有絲分裂,結(jié)果形成了植物體組織或器官中細胞的不同倍性水平.BAINARD等[41]測定了46種苔蘚植物的核DNA含量,發(fā)現(xiàn)其中40種蘚類植物普遍存在著不同程度的內(nèi)多倍化現(xiàn)象,而其余6種苔類植物中幾乎沒有出現(xiàn)內(nèi)多倍化現(xiàn)象.本文作者發(fā)現(xiàn)小立碗蘚中存在明顯的出現(xiàn)內(nèi)多倍化現(xiàn)象,但是3種蓑蘚中卻沒有一種有內(nèi)多倍化現(xiàn)象.小立碗蘚是一種重要的分子生物學(xué)模式植物,先前報道該種只有2種倍性現(xiàn)象,但是本文作者測定發(fā)現(xiàn)存在明顯的單倍體、二倍體和四倍體現(xiàn)象.本實驗所采用的小立碗蘚標樣采自云南昆明宜良縣,是否反映了該種是小立碗蘚的一個特殊種群,值得進一步研究.
參考文獻:
[1] SOLTIS D E,SOLTIS P S,BENNETT M D.Evolution of genome size in the angiosperms [J].American Journal of Botany,2003,90(11):1596-1603.
[2] FLAVELL R B.The molecular characterization and organization of plant chromosomal DNA sequences [J].Annual Review of Plant Physiology,1980,31:569-596.
[3] CAVALIER-SMITH T.Eukaryote gene numbers,non-coding DNA and genome size [M]//The Evolution of Genome Size.Chichester,Britain:John Wiley & Sons,1985:69-103.