張瑩華,馬勇杰
(天津醫(yī)科大學腫瘤醫(yī)院腫瘤細胞生物學實驗室,國家腫瘤臨床醫(yī)學研究中心,乳腺癌防治教育部重點實驗室,天津市“腫瘤防治”重點實驗室,天津市惡性腫瘤臨床醫(yī)學研究中心,天津300060)
乳腺癌是女性發(fā)病率最高且異質(zhì)性很強的惡性腫瘤,嚴重威脅著女性的身心健康[1]。因此探究與乳腺癌預后相關(guān)的基因?qū)ζ渲委熡泻艽笠饬x。Intersectin1(ITSN1)是一種細胞銜接蛋白,主要參與網(wǎng)格蛋白介導的內(nèi)吞、肌動蛋白細胞骨架重排、細胞信號傳導等生物學過程[2]。除此之外,ITSN1還參與多種疾病的發(fā)生發(fā)展。研究表明,敲低ITSN1-S可促進肺內(nèi)皮細胞的增殖[3-4]。ITSN1參與神經(jīng)母細胞瘤和膠質(zhì)母細胞瘤的發(fā)生發(fā)展[5-6]。ITSN1在唐氏綜合征、阿爾茨海默病和亨廷頓病中異常表達[7]。然而,目前關(guān)于ITSN1在乳腺癌中的研究較少,僅有兩篇文章報道ITSN1在乳腺癌中的作用,其中也不涉及ITSN1在乳腺癌各亞型中的研究。2015年的一項研究首次報道ITSN1和ITSN2存在于乳腺癌細胞的侵襲性突起中,并且與WIP相互作用,這可能有助于侵襲性偽足的形成,促進細胞侵襲和轉(zhuǎn)移[8]。2017年,有研究發(fā)現(xiàn)CR16和ITSN1在乳腺癌細胞中相互作用,可以增加ITSN1與F-肌動蛋白絲的結(jié)合,這可能在肌動蛋白細胞骨架重塑和細胞侵襲中發(fā)揮重要作用[9]。以上結(jié)果表明,ITSN1在乳腺癌中可能主要通過調(diào)控細胞骨架重塑和細胞侵襲/轉(zhuǎn)移影響細胞存活,對于ITSN1在其中發(fā)揮的具體功能還不是很清楚。為此,本研究利用數(shù)據(jù)庫預測ITSN1對乳腺癌患者預后的影響,期望能夠進一步闡明ITSN1在乳腺癌中可能發(fā)揮的功能。
1.1 Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫 Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫(http://kmplot.com/analysis/)包含了乳腺癌樣本基因mRNA表達水平的數(shù)據(jù)及樣本來源病例的臨床預后相關(guān)信息。運用此數(shù)據(jù)庫,筆者分析了ITSN1 mRNA表達水平與乳腺癌患者預后的關(guān)系,所用探針I(yè)D為35776-at。對3 955例患者進行無復發(fā)生存(recurrence free survival,RFS)分析,1 402 例患者進行總生存(overall survival,OS)分析,這些樣本來源于該數(shù)據(jù)庫中保存的33個GSE,E-MTAB-365和E-TABM-43??偵嫫诙x為從疾病確診日期到最后一次隨訪日期或患者死于乳腺癌的日期,無復發(fā)生存期定義為從開始用藥到乳腺癌患者最早出現(xiàn)局部復發(fā)、遠處轉(zhuǎn)移或者死亡的時間。病例根據(jù)ITSN1 mRNA中位表達水平分成高表達組和低表達組,分別比較兩組乳腺癌患者預后的情況。ITSN1 mRNA的中位表達水平為635,高表達組為2 908,低表達組為108。運用COX回歸分析方法計算兩組病例之間的預后風險比(hazard rations,HRs)和95%置信區(qū)間,同時計算log-rank P值,P<0.05認為有統(tǒng)計學差異。
進行總生存分析的乳腺癌病例(n=1 402)來自以下數(shù)據(jù)庫:E-MTAB-365(n=537),E-TABM-43(n=37),GSE11121(n=200),GSE12093 (n=136),GSE12276(n=204),GSE1456(n=159),GSE16391(n=55),GSE16446 (n=120),GSE16716 (n=47),GSE17705(n=196),GSE17907(n=54),GSE18728(n=61),GSE19615 (n=115),GSE20194 (n=45),GSE20271(n=96),GSE2034(n=286),GSE20685(n=327),GSE20711 (n=90),GSE21653 (n=240),GSE2603(n=99),GSE26971(n=276),GSE2990(n=102),GSE31448 (n=71),GSE31519 (n=67),GSE32646(n=115),GSE3494(n=251),GSE37946(n=41),GSE41998(n=279),GSE42568(n=121),GSE45255(n=139),GSE4611(n=153),GSE5327(n=58),GSE6532(n=82),GSE7390(n=198),GSE9195(n=77)。
進行無復發(fā)生存分析的病例(n=3 955)來以下自數(shù)據(jù)庫:E-MTAB-365(n=537),E-TABM-43(n=37),GSE11121 (n=200),GSE12093 (n=136),GSE12276(n=204),GSE1456(n=159),GSE16391(n=55),GSE16446 (n=120),GSE16716 (n=47),GSE17705(n=196),GSE17907(n=54),GSE18728(n=61),GSE19615 (n=115),GSE20194 (n=45),GSE20271 (n=96),GSE2034 (n=286),GSE20685(n=327),GSE20711 (n=90),GSE21653 (n=240),GSE2603 (n=99),GSE26971 (n=276),GSE2990(n=102),GSE31448 (n=71),GSE31519 (n=67),GSE32646(n=115),GSE3494(n=251),GSE37946(n=41),GSE41998 (n=279),GSE42568 (n=121),GSE45255 (n=139),GSE4611 (n=153),GSE5327(n=58),GSE6532(n=82),GSE7390(n=198),GSE9195(n=77)。
1.2 GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)數(shù)據(jù)庫 GEPIA數(shù)據(jù)庫(http://gepia.cancer-pku.cn/)包含的內(nèi)容很豐富,可尋找差異基因和相似基因,分析腫瘤病人的生存情況,探索兩個基因在腫瘤及正常組織中的表達相關(guān)性。利用該數(shù)據(jù)庫,筆者分析了基因ITSN1和HER2在乳腺癌中的表達情況。該數(shù)據(jù)庫中保存了TCGA和GTEx兩個數(shù)據(jù)庫的樣本信息,本研究利用其中的1 085例乳腺癌患者和291例正常對照組進行分析。
2.1 ITSN1 mRNA表達水平與乳腺癌患者總?cè)巳侯A后的關(guān)系 首先,通過Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫分析發(fā)現(xiàn)ITSN1 mRNA高表達的乳腺癌患者具有更好的(P=1.3e-07)無復發(fā)生存(圖 1B),但不影響患者(P=0.44)的總生存(圖1A)。
圖1 ITSN1 mRNA表達水平與乳腺癌患者總?cè)巳篛S、RFS的關(guān)系Fig 1 Relationship between ITSN1 mRNA expression level and OS,RFS in breast cancer patients
2.2 ITSN1 mRNA表達水平與不同HER2狀態(tài)乳腺癌患者預后的關(guān)系 根據(jù)不同HER2狀態(tài)對乳腺癌患者分類,ITSN1mRNA的表達量主要影響患者的無復發(fā)生存。ITSN1mRNA的低表達提示HER2陽性(P=0.007 2)乳腺癌患者更好的無復發(fā)生存(圖2C),ITSN1mRNA的高表達提示HER2陰性(P=9e-05)乳腺癌患者更好的無復發(fā)生存(圖2D)。但無法預測患者的總生存,HER2陽性(P=0.69),HER2 陰性(P=0.14)(圖2A、2B)。
圖2 ITSN1mRNA表達水平與不同HER2狀態(tài)乳腺癌患者預后的關(guān)系Fig 2 Relationship between ITSN1 mRNA expression level and prognosis of breast cancer patients in different HER2 status
2.3 ITSN1 mRNA表達水平與各亞型乳腺癌患者預后的關(guān)系 進一步分析看到,ITSN1 mRNA的低表達預示Her-2擴增型乳腺癌(P=0.008 5)更好的總生存(圖 3 C),而在 luminal A(P=0.17),luminal B(P=0.49),基底細胞型(P=0.24)乳腺癌中沒有這種預測價值(圖3 A、3 B、3 D)。
圖3 ITSN1 mRNA表達水平與各亞型乳腺癌患者OS的關(guān)系Fig 3 Relationship between ITSN1 mRNA expression level and OS of breast cancer patients
ITSN1 mRNA的表達水平與乳腺癌患者的無復發(fā)生存有一定關(guān)系。ITSN1 mRNA的高表達預示luminal A(P=0.000 46),luminal B(P=5.7e-05)乳腺癌患者更好的無復發(fā)生存(圖4 A,4 B),而在Her-2擴增(P=0.12),基底細胞型(P=0.64)乳腺癌中沒有這種預測價值(4 C、4 D)。
圖4 ITSN1 mRNA表達水平與各亞型乳腺癌患者RFS的關(guān)系Fig 4 Relationship between ITSN1 mRNA expression level and RFS in breast cancer patients
2.4 ITSN1 mRNA表達水平與不同淋巴結(jié)狀態(tài)乳腺癌患者預后的關(guān)系 根據(jù)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的情況對乳腺癌患者分類,筆者發(fā)現(xiàn)ITSN1 mRNA的高表達提示淋巴結(jié)陰性(P=0.003 4)乳腺癌更好的總生存(圖5B),淋巴結(jié)陽性(P=0.045)乳腺癌更好的無復發(fā)生存(圖5 C)。但無法預測淋巴結(jié)陽性患者的總生存(P=0.93)(圖5 A)和淋巴結(jié)陰性患者的無復發(fā)生存(P=0.45)(圖5 D)。
圖5 ITSN1mRNA表達水平與不同淋巴結(jié)狀態(tài)乳腺癌患者預后的關(guān)系Fig 5 Relationship between ITSN1 mRNA expression level and prognosisof breast cancer patients in different lymph node status
2.5 基因ITSN1和HER2在腫瘤中的表達情況 ITSN1 mRNA的低表達在HER2陽性/擴增型乳腺癌患者中提示更好的預后,而在其他患者中ITSN1 mRNA的高表達提示更好的預后,這說明HER2在ITSN1 mRNA預測乳腺癌預后方面發(fā)揮重要作用。為此筆者分別比較了基因ITSN1和HER2在多種癌癥中的表達。兩種基因在數(shù)十種癌癥中的表達既有升高也有降低,HER2在乳腺癌中的表達升高,ITSN1在乳腺癌中的表達降低(圖6 A、6 B)。這提示ITSN1在不同腫瘤中可能具有不同的功能,與腫瘤的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。
在乳腺癌(BRCA)中,通過對1 085例乳腺癌患者和291例正常對照組分析,箱式圖分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)HER2基因的表達高于正常乳腺組織(圖6C),ITSN1基因的表達低于正常乳腺組織(圖6 D),差異均有統(tǒng)計學意義。
圖6 基因HER2和ITSN1在多種腫瘤及對應正常組織中的表達(A,B),兩種基因在乳腺癌及正常乳腺組織中表達的箱式圖(C,D)Fig 6 Expression of genes HER2 and ITSN1 in various tumors and corresponding normal tissues(A,B),box plots of expression of two genes in breast cancer and normal breast tissues(C,D)
ITSN與調(diào)控細胞凋亡的線粒體途徑,促進生存的PI3K途徑,調(diào)節(jié)細胞生長、分化和發(fā)育的RTK、Ras、MAPK途徑等密切相關(guān),這些信號通路的改變都將嚴重影響細胞發(fā)揮正常的功能,更有可能導致各種疾病的發(fā)生。研究表明,過表達ITSN1可以促進成纖維細胞的惡性轉(zhuǎn)化[10]。
HER2基因在多種癌癥中擴增,包括乳腺癌。HER2是重要的乳腺癌預后判斷因子,據(jù)報道,大約15%~25%的患者為HER2陽性乳腺癌[11-12]。cBioPortal數(shù)據(jù)庫中的Network板塊顯示,HER2基因在乳腺癌中的擴增頻率為22.8%,這與文獻報道一致。
筆者發(fā)現(xiàn)ITSN1 mRNA的高表達預示乳腺癌總?cè)巳焊玫念A后,然而,ITSN1 mRNA的低表達卻能夠提示Her-2擴增型乳腺癌患者更長的總生存,HER2陽性乳腺癌患者更長的無復發(fā)生存。對于這種現(xiàn)象,筆者提出了以下幾點猜想:HER2可以通過PI3K-AKT通路間接活化NF-kB,阻斷乳腺癌細胞的凋亡,促進細胞生存[13]。另外,PI3K/AKT通路在HER2陽性乳腺癌中過度激活,這可能引起了患者總生存時間短及抗HER2治療耐藥[14]。ITSN1對PI3KAKT途徑具有調(diào)節(jié)作用,ITSN1與PI3K-C2β發(fā)生相互作用形成復合物,促進AKT的磷酸化并激活下游信號通路,促進細胞生存[15]。有研究報道,ITSN1與PI3KC2β在神經(jīng)母細胞瘤中相互作用,沉默ITSN1可降低細胞生長,過表達PI3K-C2β可逆轉(zhuǎn)ITSN1沉默導致的細胞生長減慢[16-17]。
HER2與ITSN1存在相互作用并參與藥物反應,這可能對腫瘤患者的生存及化療效果產(chǎn)生重要的影響。總之,HER2與ITSN1都可以調(diào)節(jié)PI3K/AKT通路,該通路與細胞增殖、生長、遷移和代謝等多個過程密切關(guān)聯(lián)。至于兩者如何通過調(diào)節(jié)PI3K/AKT或其他信號通路而影響乳腺癌細胞的存活,具體作用機制有待于深入研究和驗證。
筆者進一步通過GEPIA數(shù)據(jù)庫分析,發(fā)現(xiàn)基因ITSN1和HER2在多種癌癥中異常表達,而在乳腺癌中,HER2基因的表達高于正常組織的2.34倍,ITSN1基因的表達低于正常組織的2.34倍。通過對1 085例乳腺癌患者和291例正常對照組的分析,我們發(fā)現(xiàn)ITSN1在乳腺癌中的表達明顯低于正常乳腺組織,HER2在乳腺癌中的表達顯著高于正常乳腺組織。
本研究首次利用Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫在線分析了ITSN1 mRNA的表達量對乳腺癌患者預后的影響,我們發(fā)現(xiàn)ITSN1 mRNA的高表達能夠提示乳腺癌總?cè)巳焊L的無復發(fā)生存(P=1.3e-07),但不影響患者的總生存(P=0.44)。進一步將乳腺癌患者分類,發(fā)現(xiàn)ITSN1 mRNA高表達的luminal A(P=0.000 46),luminal B(P=5.7e-05),HER2 陰性(P=9e-05),淋巴結(jié)陽性(P=0.045)乳腺癌患者具有更長的無復發(fā)生存時間,高表達ITSN1 mRNA的淋巴結(jié)陰性(P=0.0034)乳腺癌患者具有更好的總生存。
總體來說,筆者發(fā)現(xiàn)單一考慮ITSN1 mRNA的表達,高表達組患者的預后好于低表達組。如果患者同時被鑒定為HER2陽性/擴增型乳腺癌,那么他的預后實際上差于低表達組。因此,筆者提出綜合考慮ITSN1和HER2評價乳腺癌患者預后的觀點,為精準預測和精準治療提供新的可參考的理論依據(jù)。