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利用PCR技術(shù)鑒定河豚魚的探索

2019-10-31 08:35:22江瑞寧萬苾馨蘇新華竇向梅
生物學(xué)通報(bào) 2019年1期
關(guān)鍵詞:烤魚離子模板

江瑞寧 萬苾馨 蘇新華 竇向梅

(北京市十一學(xué)校 北京 100039)

河豚魚是我國沿海地區(qū)的傳統(tǒng)美食,但是部分河豚魚有劇毒,食用后會(huì)引起中毒甚至死亡[1]。我國水產(chǎn)品管理辦法規(guī)定禁止銷售野生捕撈的河豚魚。但是我國沿海地區(qū)河豚魚資源豐富,大量捕撈的河豚魚通過各種非法途徑混入市場,例如將野生捕撈的河豚魚去除頭和皮,作為其他的魚種銷售,或?qū)⒑与圄~制成烤魚片等各種魚類制品,進(jìn)入市場銷售。這些去除形態(tài)學(xué)特征的河豚魚,使消費(fèi)者無法辨認(rèn),致使部分消費(fèi)者誤食有毒河豚魚,從而引起中毒甚至死亡。據(jù)不完全統(tǒng)計(jì),2005—2016年間在我國福建、上海、浙江、山東、江蘇等地即發(fā)生了8起因食用烤魚片引起的TTX 中毒事件,造成14人中毒、5人死亡,死亡率高達(dá)36%,嚴(yán)重危害消費(fèi)者的健康和生命安全。

傳統(tǒng)的河豚魚鑒定主要依賴魚類樣品外部的形態(tài)特征,不適用于魚類制品中河豚魚成分的鑒定。本研究利用PCR 技術(shù),擴(kuò)增河豚魚特定靶基因DNA 片段,實(shí)現(xiàn)魚類制品中河豚魚成分的鑒定,防止消費(fèi)者誤食含有河豚魚成分的魚類樣品,保護(hù)消費(fèi)者身體健康。

1 材料與方法

1.1 材料

1.1.1 樣品采集 河豚魚樣品由福建水產(chǎn)研究院提供,并經(jīng)過專家鑒定??爵~片樣品采自北京超市。

1.1.2 儀器與試劑 凝膠成像儀(美國Bio-Rad)、DNA 電泳儀(北京市六一儀器廠)、基因擴(kuò)增儀(美國MJ Research)、高速離心機(jī)(德國Eppendorf)、微量可調(diào)移液器(德國Brand)、渦旋振蕩器(德國IKA)、電子天平(瑞士Mettler)、微量核酸分析儀(美國NANO200)。

海洋動(dòng)物組織基因組DNA 提取試劑盒、TAE緩沖液(50×TAE Buffer)、100bp DNA ladder、dNTP Mixture(10mM each)、Gene Red 核酸染料均購自天根生化公司;PCR Nucleotide Mix 和GoTaq Flexi DNA Polymerase 購自Promega 公司。

1.1.3 引物[2]:引物由北京英駿生物技術(shù)有限公司合成。

上游引物:5′-CCT ATG GCG TGA AAA ACC AC-3′

下游引物:5′-ACA AGA CCG ACG CTC TGA AT-3′

1.2 方法

1.2.1 河豚魚基因組DNA 提取 按照海洋動(dòng)物組織基因組DNA 提取試劑盒(DP324)說明書提取DNA。100μL TE 洗脫DNA,-20℃保存。

1.2.2 PCR 反應(yīng)體系的優(yōu)化

1)退火溫度對(duì)PCR 反應(yīng)結(jié)果的影響。采用溫度梯度PCR 反應(yīng),選擇PCR 反應(yīng)的最佳退火溫度。溫度范圍設(shè)定為42~68℃之間。PCR 反應(yīng)體系的配制見表1。PCR 反應(yīng)參數(shù)見表2。

表1 PCR 檢測的反應(yīng)體系

表2 PCR 檢測反應(yīng)參數(shù)

2)鎂離子濃度對(duì)PCR 反應(yīng)結(jié)果的影響。在確定了最佳退火溫度后,改變PCR 反應(yīng)體系(表1)中鎂離子的濃度,使鎂離子的終濃度分別為0mmol/L、0.5mmol/L、1.0mmol/L、1.5mmol/L、2.0mmol/L、2.5mmol/L、3.0mmol/L、3.5mmol/L、4.0mmol/L、4.5mmol/L、5.0mmol/L、5.5mmol/L,分別做PCR 反應(yīng),確定最佳鎂離子的濃度。

3)DNA 模板對(duì)PCR 反應(yīng)結(jié)果的影響。在確定了最佳退火溫度和最佳鎂離子濃度后,改變PCR反應(yīng)體系(表1)中DNA 模板濃度,依次加入DNA模板量分別為0μg、0.1μg、0.2μg、0.3μg、0.4μg、0.5μg、0.6μg、0.7μg、0.8μg、0.9μg、1.0μg 和1.1μg,確定最佳的模板DNA 加入量。

1.2.3 河豚魚成分PCR 鑒定方法與其他魚種的交叉反應(yīng) 提取市場上常見水產(chǎn)品鯉魚、鯽魚和草魚的DNA,使用河豚魚PCR 鑒定方法進(jìn)行檢測,觀察河豚魚特異性引物是否與這些魚種有交叉反應(yīng)。

1.2.4 烤魚片樣品中河豚魚成分檢測 檢測從市場采集的烤魚片樣品中是否存在河豚魚成分。

2 結(jié)果

2.1 樣品中DNA 提取效果 按照試劑盒操作步驟,提取樣品DNA,用NANO200儀器測定DNA的純度和濃度(表3)。

表3 河豚魚樣品DNA 提取結(jié)果

2.2 退火溫度對(duì)PCR 反應(yīng)結(jié)果的影響 從圖1可見,隨著退火溫度的升高,PCR 反應(yīng)的雜帶逐漸減少,在退火溫度為68℃時(shí),幾乎沒有雜帶出現(xiàn),所以選擇68℃為最佳退火溫度。

2.3 鎂離子濃度對(duì)PCR 反應(yīng)結(jié)果的影響 從圖2可見,當(dāng)鎂離子的濃度低于2.0mmol/L 時(shí),PCR反應(yīng)不能正常進(jìn)行,所以選擇鎂離子的濃度為2.0mmol/L 作為PCR 反應(yīng)的最佳鎂離子濃度。

圖2 鎂離子濃度對(duì)PCR 結(jié)果的影響

2.4 DNA 模板濃度對(duì)PCR 反應(yīng)結(jié)果的影響 從圖3可見,河豚魚DNA 的模板量達(dá)到0.1μg 時(shí),就可以檢測到河豚魚成分。隨著河豚魚DNA 模板量逐漸增加,PCR 擴(kuò)增出的條帶也逐漸變粗和變亮。

圖3 DNA 模板對(duì)PCR 結(jié)果的影響

2.5 河豚魚成分PCR 鑒定方法與其他魚種的交叉反應(yīng) 交叉反應(yīng)是用本實(shí)驗(yàn)所建立的河豚魚PCR 檢測方法,僅能擴(kuò)增出河豚魚魚種的DNA 條帶,而不會(huì)擴(kuò)增出其他常見魚種,例如鯉魚、鯽魚等DNA 的條帶,即通過PCR 檢測,如果在800bp附近出現(xiàn)特異的DNA 條帶,則說明一定有河豚魚的DNA。在本實(shí)驗(yàn)中,提取市場上常見水產(chǎn)品鯉魚、鯽魚、青魚和草魚基因組DNA,進(jìn)行PCR 反應(yīng),實(shí)驗(yàn)結(jié)果見圖4。從圖4可以看出,僅河豚魚的DNA 在800bp 附近出現(xiàn)DNA 條帶,鯉魚、鯽魚、青魚和草魚則無DNA 條帶出現(xiàn),說明本方法具有較好的特異性,與鯉魚、鯽魚、青魚和草魚沒有交叉反應(yīng)。

圖4 河豚魚鑒定PCR 方法特異性研究

2.6 烤魚片樣品的檢測 從市場上隨機(jī)購買烤魚片樣品3份,用PCR 方法進(jìn)行檢測,以河豚魚樣品DNA 作為陽性對(duì)照,以水作為陰性對(duì)照。電泳結(jié)果見圖5。

圖5 烤魚片樣品中河豚魚成分檢測

3 討論

3.1 PCR 最佳反應(yīng)條件的選擇 退火溫度對(duì)PCR 結(jié)果有影響。退火溫度越低,PCR 的非特異性擴(kuò)增就越多,反之,提高退火溫度,可以有效降低非特異性擴(kuò)增條帶的出現(xiàn),結(jié)果的特異性就越好。在本實(shí)驗(yàn)中,為了保證較好的檢測結(jié)果,選擇PCR 的退火溫度為68℃。

鎂離子是PCR 反應(yīng)必須的,低濃度的鎂離子不能激活Taq 酶(DNA 聚合酶),PCR 反應(yīng)不能正常進(jìn)行,當(dāng)鎂離子達(dá)到一定濃度時(shí),才能有效地催化Taq 酶,使PCR 反應(yīng)順利進(jìn)行。本研究中,當(dāng)鎂離子濃度大于2.0mmol/L,才能使PCR 反應(yīng)順利進(jìn)行。

模板DNA 的量對(duì)PCR 結(jié)果也有影響。適當(dāng)增加模板DNA 的量,可以使電泳結(jié)果更加清晰。

本實(shí)驗(yàn)經(jīng)過3批次重復(fù),河豚魚樣品的DNA 均在800bp 左右出現(xiàn)相應(yīng)電泳條帶,實(shí)驗(yàn)結(jié)果穩(wěn)定。

3.2 河豚魚特異性靶基因的選擇 應(yīng)用分子標(biāo)記和分子分類系統(tǒng)對(duì)物種進(jìn)行研究的想法要追溯到1993年[3]。2002年Tautz 等首先提出DNA 分類的概念,即以DNA 為基礎(chǔ)建立物種識(shí)別體系。2004年,Hebert 等提出利用線粒體細(xì)胞色素氧化酶亞基Ⅰ(COⅠ)的基因序列作為物種鑒定的靶基因[4-5]。隨后Ward 等應(yīng)用COⅠ基因序列對(duì)澳大利亞270種海洋魚類進(jìn)行研究,結(jié)果顯示種內(nèi)平均差異為0.39%,屬內(nèi)的種間平均差異9.93%,科內(nèi)的種間平均差異15.5%,而目內(nèi)的種間平均差異增加到22.2%~23.3%,實(shí)驗(yàn)證明COⅠ可以成功地對(duì)魚類進(jìn)行鑒定[6]。因此,本研究選擇了河豚魚線粒體細(xì)胞色素氧化酶亞單位Ⅰ(COⅠ)的一段長約810bp 的序列作為河豚魚鑒定的靶基因。

3.3 關(guān)于樣品檢測 本研究檢測的3份烤魚片樣品,沒有檢出河豚魚成分。這次檢測的樣品數(shù)量較少,后續(xù)應(yīng)檢測更多的樣品驗(yàn)證這種方法。由烤魚片引起的河豚毒素中毒,在我國時(shí)有發(fā)生,主要是在制作烤魚片的過程中混入了有毒的河豚魚,致使消費(fèi)者誤食河豚魚,引起中毒反應(yīng)[7]。傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)鑒定方法無法滿足烤魚片中河豚魚成分的鑒定,因此,本研究嘗試?yán)肞CR 方法,針對(duì)河豚魚特異性靶基因進(jìn)行檢測,鑒定烤魚片中是否含有河豚魚成分,防止消費(fèi)者誤食河豚魚引起中毒反應(yīng),這種方法是可行的。

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