岑星星,嚴壯志,
1 上海大學 通信與信息工程學院,上海市,200444
2 上海大學 生物醫(yī)學工程研究所,上海市,200444
熒光擴散斷層成像(Fluorescence Diffuse Optical Tomography,FDOT)是一種新型的醫(yī)學成像模態(tài),通過體表采集的熒光信號,完成體內分子探針的三維成像功能,能在細胞、分子水平實現相應病灶的定位及監(jiān)測工作[1]。FDOT所具有的高靈敏度、安全無創(chuàng)、低成本等優(yōu)勢,使得該成像技術在近幾年得到迅速發(fā)展,并在臨床、預臨床等醫(yī)學領域取得廣泛應用,如:癌癥檢查、藥物研究等[2]。對于FDOT的發(fā)展,關于前向模型和重建算法的研究必不可少,前向模型描述了光在特定介質中的傳播過程;重建算法則通過前向模型和邊界采集的光學信號,對體內標記物的光場分布進行重建計算[3]。由于生物組織的高散射性和探測器的測量不充分,相應的重建計算屬于不適定問題,使得所用前向模型的微小偏離會造成重建結果的巨大誤差。因此,建立一個準確且計算可行的前向模型對于FDOT的實現非常重要。
輻射傳輸方程(Radiative Transfer Equation,RTE)和擴散方程(Diffusion Equation,DE)是FDOT中的兩個經典前向模型。RTE是一種被廣泛接受的高精度模型,但受制于昂貴的計算成本,使其僅出現于簡單的FDOT運用場景中[4]。相較于RTE,RTE的簡化模型有著更好的適用性,其中的DE作為RTE的一階球諧近似,具有更高的計算效率,并在FDOT的相關研究中有著非常廣泛的應用。然而,DE也存在著一系列的問題,無法對靠近光源和邊界區(qū)域的光傳播過程進行準確描述[5]。此外,DE經有限元等數值方法求解的計算效率依然無法滿足我們的需求,尤其是在增加計算網格、探測器數量以保證FDOT成像質量的情況下。
格子玻爾茲曼(Lattice Boltzmann,LB)方法具有物理含義清晰、計算程序簡單、計算結構并行性高等優(yōu)點[6],開發(fā)基于LB的前向模型,對于FDOT的性能提升有著巨大潛能。LB方法源于格子氣自動機(LGA)方法,是一種特殊的離散分子動力學模型,已成功應用于各種物理學研究,包括流體力學、熱力學等[7]。近年來,LB方法也被發(fā)展用于輻射傳輸描述,涉及源項、介質和邊界上的輻射傳輸描述[8-10]。研究表明,用于輻射描述的LB能提供精確的計算結果,且有著較高的計算效率。然而,當前所涉及的大多數LB輻射傳輸研究都是處于封閉長方體容器中的熱輻射問題,極少有完整關于FDOT前向模型的研究報道。
基于我們最初的想法[11],本文提出了基于LB的FDOT前向模型,通過RTE離散向原有LB方程引入光傳播描述[12-13]。進一步,本文給還出了基于LB前向模型的FDOT算法流程,選擇代數重建技術(Algebra Reconstruction Technique,ART)作為重建算法,尋找成像標記物的相應光源分布,將其代入LB前向模型,使計算得到的模擬測量能與實際的測量達到最佳擬合。
LB前向模型的光傳播描述,通過RTE引入。類比于傳統(tǒng)LB模型的離散化推導,得到經RTE離散后的LB前向模型。
傳統(tǒng)的LB基本模型可由玻爾茲曼方程經時間、速度、相空間的離散化得到[13]。玻爾茲曼方程描述了粒子在介觀尺度上的統(tǒng)計行為,相應的Bhatnagar-Gross-Krook(BGK)近似如下所示[14]:
其中,f=f(r,ξ,t)為分子密度函數,代表t時刻,位置r處,速度為ξ的分子數量;λ為松弛時間,代表f趨近于平衡態(tài)feq的速度快慢。假設離散的時間間隔為△t,離散后的空間為Ωk,離散速度模型為DmQn(m代表空間維數,n代表離散速度的數量),經玻爾茲曼BGK離散得到的LB基本模型如下所示[13]:
其中,f(r,ξ,t)為離散后的分子密度函數,代表t時刻,位置r∈Ωk處,以離散速度ξi進行運動的分子數量(下標i為離散后速度方向的索引,介于1到n之間);f(r+ξ△t,ξ,t+△t)為下一時刻t+△t上的分子密度函數;τ≡λ/△t為無量綱的松弛因子;feq(r,ξi,t)為離散后的平衡態(tài)分布函數。
同時,RTE可以改寫為玻爾茲曼方程的類似形式,公式及物理描述的相似性提供了條件支持。對于物理空間Ω中的單色光傳播,RTE可給出精確描述[4]。進一步,RTR可重寫為如下形式:
其中,w(r)=μs(r)/β(r)代表反照率;為時刻沿方向運動的光源項;為散射項函數,描述了光子經散射后由方向運動到方向的可能性。對比式(1)和式(3)可以看出,RTE和玻爾茲曼BGK具有相似的數學形式,并且前者的對應后者的平衡態(tài)分布函數feq,cβ(r)對應松弛時間λ的倒數。此外,對兩者描述的物理量進行觀察,發(fā)現RTE的輻射率φ和玻爾茲曼BGK的分子密度函數f,都是關于時間、物理空間和速度的函數。雖然,輻射率φ從能量角度進行描述,不同于分子密度函數f中的粒子數量,但光傳播過程中的輻射率φ和相應的光子密度分布函數有著直接聯系[12]:
其中,h為普朗克常量;v為光的頻率大小。
通過上述過程建立了RTE和玻爾茲曼BGK的聯系。接下來本文類比于LB基本模型的離散化推導,通過RTE離散得到相應的LB前向模型。對應式(3)、式(4),RTE經時間、速度和相空間離散后的LB形式如下所示:
其中,Θ(si,sj)為離散后的散射相函數;wi為權重系數。下標i、j指向不同的離散速度方向,當取D3Q6離散速度模型(圖1)時,為對應箭頭方向,且介于1到6之間。
圖1 LB方法中D3Q6離散模型Fig.1 The D3Q6 for discrete model in the LB
1.2.1 平衡態(tài)權重系數權重系數決定了LB前向模型中平衡分布函數S(r,t)的具體表達,本文通過局部輻射場的物理守衡進行權重系數求解。假設輻射率在達到平衡態(tài)時保持各向同性,且大小為(r,t),同時假設光在均勻介質中以恒定速度大小c進行傳播,k階輻射強度的矩方程經過高斯求積后可近似為:
對式(8)~(9)進行整理,可以得到如下矩陣方程:
選擇DmQn并確定離散方向后,相應的權重系數通過式(10)求解得到,不同離散模型對應的權重系數如下所示:
1.2.2 平衡態(tài)的散射相函數
1.2.3 邊界條件
為了能讓LB前向模型的邊界計算變得簡便,同時又能維持較好的精度,在邊界節(jié)點r∈?Ωk(k為離散空間節(jié)點的索引)進行如下光子密度φ(r,t)的計算:
并與DE中的Robin邊界條件進行關聯,得到如下邊界計算公式[18]:
其中,D(r)1/[3(μa(r)+(1-g)μs(r))]為光擴散系數;是邊界處的外法線向量;當組織周圍填充空氣,組織折射率為n時,A(r,n,n')≈[1+R(r)]/[1-R(r)],其中的R(r)≈-1.439 9n-2+0.709 9n-1+0.668 1+0.063 6n。
本文使用迭代算法完成LB前向模型的求解。假設模擬光源為穩(wěn)定光源,通過迭代計算直到輸出結果穩(wěn)定為止。LB前向模型的具體計算流程如下:
(1)選擇離散速度模型DmQn,并用適當數量的格子對連續(xù)空間Ω進行網格劃分;
(2)設置初始參數μa(r)、μs(r)、g和q(r,t),并初始化φ(r,t);
(3)根據式(10)和(12),分別計算權重系數和離散后的散射相函數;
根據新經濟地理學和空間集聚等理論,在產業(yè)集聚過程中,由于生產要素和知識技術的集聚使得資源得到合理利用,基礎設施得到共享,進而使邊際成本降低;隨著大量產業(yè)集聚于同一區(qū)域,由于能源、勞動力等是有限的,過度集聚會造成邊際成本上升。因此,假設產業(yè)集聚和邊際成本可能具有非線性關系:
(4)使用式(7),計算平衡態(tài)分布函數S(r,t);
(6)根據式(13)和(14),在邊界節(jié)點使用羅賓(Robin)邊界條件進行計算;
(7)通過式(15)計算相對差異,如最大差異值低于閾值(本文取10-2),則終止迭代過程,否則返回步驟4;
(8)計算格子節(jié)點r∈Ωk處的光子密度φ(r,t):
熒光分子斷層成像方程由下式給出:
(1)初始化待重建光場分布S0;
(2)采集邊界測量值φmeas;
(3)通過LB前向模型計算生成靈敏度矩陣W;
(4)計算當前估計值WS'和真實測量值φmeas的差值φmeas-WS'(t代表計算時刻);
(5)用當前差值矯正下一時刻的光場分布:
(6)重復步驟(4)和(5),使得相應差值φmeas-WSt足夠小,從而實現待重建光場分布的求解。
本文分別進行了數值仿體和物理仿體實驗,通過對比不同重建結果,評估了LB前向模型用于FDOT成像時的性能表現。
數值仿體實驗以直徑3 cm、高5 cm的圓柱作為成像物體,兩個高、寬都為0.2 cm的圓柱標記物被放置于成像物體中,使用不同位置的標記物,如表1所示,完成不同實驗模型的設置,具體如圖2(a)所示。為簡化問題,圓柱體被填充均勻介質,相應的光學參數μa(r)、μs(r)、g分別為0.3 cm-1、10 cm-1和0.75。
在實驗計算中,LB模型被用于光傳播模擬,通過D3Q6進行速度離散,并將物理空間離散為15×15×25的節(jié)點網格,在離散節(jié)點進行LB迭代計算,并在最大差異值小于10-2時終止,具體計算流程見2.1。其中,實驗以DE作為對比,進行相似程度的離散,對應5 831個節(jié)點,并在離散節(jié)點使用限元方法進行求解,相應計算在Toast++上完成[19]。
表1 數值仿體實驗及標記物位置Tab.1 Numerical simulation experiment and targets positions
圖2 數值仿體模型和不同前向模型的重建結果Fig.2 Numerical phantom model and reconstruction results from different forward models
對應不同的實驗組,圖2給出了基于LB和基于DE前向模型的FDOT重建結果,左右兩邊分別對應重建結果的三維、二維顯示,二維結果對應三維空間光源所在層(對應a-c的黑色圓圈)上的重建光場分布。通過對比可以看出,基于LB前向模型的重建結果相似于基于DE模型的重建結果,和正確標記物位置都有著良好重疊;相對而言,基于LB前向模型的FDOT重建結果在正確區(qū)域上顯示得更加飽滿,而基于DE的重建結果有著更少的偽影表現。
更多的細節(jié)對比由圖3給出,對應圖2(e)和2(f)白色虛線上的重建結果。通過對比可以看出,基于LB前向模型的重建結果能和標記物的正確位置有著更好的重疊,非重疊區(qū)域的面積更小。另外,在中間非標記物的區(qū)域,基于LB前向模型的重建結果值為0,說明相應的重建能將兩個標記物的位置進行完全分離。其次,實驗還對比了不同前向模型重建結果的對比信噪比(Contrast-to-noise ratio,CNR),將真實標記存在和不存在空間分別定義為感興趣區(qū)域(ROI)和背景區(qū)域(BCK),相應的計算公式如下:
圖3 不同前向模型對應重建結果的一維對比Fig.3 The 1D comparison of reconstruction results from different forward models
其中,μROI和μBCK分別為ROI和BCK區(qū)域的平均重建強度;σ2ROI和σ2BCK分別為相應區(qū)域重建強度的方差;wROI和wBCK分別代表相應區(qū)域的容積大小。另外,實驗還記錄了不同前向模型的FDOT計算時間。上述實驗的CNR值和計算時間由表2給出。通過觀察可以發(fā)現,LB和DE模型所對應重建結果的CNR值非常接近;基于LB的FDOT重建比基于DE的FDOT重建快上將近5倍。
表2 不同前向模型重建結果的CNR值和時間Tab.2 The CNR and calculation time from different models
本文除數值仿體實驗外,還進行了物理仿體實驗。使用FDOT/XCT混合的成像系統(tǒng),完成成像物體表面光學信號的采集。實驗以直徑為3 cm、高為4.4cm的圓柱為成像物體,圓柱體內填充均勻介質,相應的光學參數μ a(r)、μ s(r)、g分別為0.3 cm-1、10 cm-1和0.75,一個填充了熒光標記物(ICG)、直徑為0.4 cm的管子被放置于仿體模型中,如圖4(a)所示。
在實驗計算過程中,使用了類似于數值仿體實驗的LB、DE計算。相應的重建結果由圖4給出,左右兩邊分別對應重建結果的三維、二維顯示,其中的二維顯示對應三維圓柱黑色圓圈所在層的內容。通過三維顯示對比可以看出,基于LB的重建結果呈現出了類似于真實標記物形狀的圓柱形;而基于DE的重建結果呈現出了和真實標記物形狀差異較大的球型;稍顯不足的是,基于LB的FDOT重建結果有著較高的偽影。通過重建結果的二維對比,可以看出基于LB的重建結果在正確區(qū)域顯得更亮,能和真實的重建區(qū)域進行更好擬合。
圖4 物理仿體模型和不同前向模型的重建結果Fig.4 Physical phantom model and reconstruction results from different forward models
更多的細節(jié)對比由圖5給出,分別對應圖4(e)和2(f)白色虛線上的重建結果。通過對比可以看出,基于LB和DE的FDOT重建結果都能和標記物所在位置的輪廓進行很好重合。
圖5 不同前向模型的一維重建結果對比Fig.5 The 1D comparison of reconstruction results from different forward models
其次,實驗還記錄了上述物理仿體實驗中不同前向模型FDOT重建結果的CNR值和相應的計算時間,由表3給出。經對比表發(fā)現,LB前向模型的使用可以使得FDOT的重建速度提升5倍左右,CNR提升2倍左右。
表3 不同前向模型重建結果的CNR值和時間Tab.3 The CNR and calculation time from different models
FDOT作為一種新型成像技術,具有很高的應用價值。其中的前向模型對于FDOT的成像性能有著直接影響。為了進一步提升FDOT的性能,有必要建立一個計算快速且準確的前向模型。本文,我們提出了一種基于LB方法的前向模型,并將其用于FDOT成像。本文通過數字、物理仿體實驗,驗證了LB前向模型對于FDOT的性能提升。實驗證明,LB前向模型的使用可以讓FDOT的計算時間得到大量縮短,且具有較好的精度表現。