豬流行性腹瀉（PED）是由豬流行性腹瀉病毒（PEDV）引起的一種腸道傳染病，對哺乳仔豬致死率可達(dá)100%，是導(dǎo)致我國哺乳仔豬高死亡率的“頭號殺手”。PEDV 屬于冠狀病毒科、冠狀病毒屬，是一種具有囊膜的單股正鏈RNA 病毒，其基因組由4個結(jié)構(gòu)蛋白和17 個非結(jié)構(gòu)蛋白組成。其中，S 蛋白在病毒侵入宿主細(xì)胞和誘導(dǎo)機(jī)體產(chǎn)生中和抗體過程中發(fā)揮重要作用，因此S 蛋白的突變與病毒的致病性高度相關(guān)。PEDV 的變異以及PEDV 與其它病原的共感染是難以防控PED 的重要因素。

近期發(fā)表于《Transboundary and Emerging Diseases》的研究報道對PEDV 分子流行病學(xué)進(jìn)行了系統(tǒng)分析。該研究對2015 年～2018 年來源于中國100 個豬場的543 份仔豬腹瀉樣品進(jìn)行了PEDV 與其它病原共感染分析和基于S1 基因的遺傳進(jìn)化分析。結(jié)果顯示，PEDV 的總陽性率為66.85%，陽性豬場率為100%。共感染分析顯示，中國腹瀉仔豬平均感染4種豬腸道病原，其中PEDV 與PKV（81.55%）、PTV（62.53%）、PBoV（55.65%）、PEV（44.08%）以及TTSuV-2（36.36%）存在較高的共感染率。統(tǒng)計學(xué)分析顯示，PEDV 引起的仔豬腹瀉癥狀與共感染PEV、TTSuV-2 呈高度相關(guān)性（p＜0.05）。基于S1 基因的遺傳進(jìn)化樹顯示，鑒定的147 個PEDV 毒株均屬于GⅡ群，其中2011-2015 PEDV 毒株主要屬于GⅡa 群、2017-2018 PEDV 毒株主要屬于GⅡb 群。

為了進(jìn)一步分析PEDV S1 蛋白的遺傳演化規(guī)律，該研究對201 個中國PEDV 毒株（147 鑒定毒株和54 個參考毒株）的S1 蛋白進(jìn)行比較與分析。結(jié)果顯示，PEDV S1 蛋白的氨基酸突變主要集中在S1-NTD 區(qū) 域。2015 年～2018 年S1 蛋 白 平 均 氨 基 酸突變率呈逐年升高趨勢。此外，S1 蛋白出現(xiàn)21 個新氨基酸突變位點（L14I、A193S、R195N、D223G、T379I、G432S、 E640V、 F674V、 D683A、 P770L、 T781M、 V77A、H110Y、 A112S、 I154T、 S246L、 D304G、 A331V、 Y610H、A612D、K637T）。PEDV S1 蛋白結(jié)構(gòu)分析顯示，與經(jīng)典毒株CV777 相比，PEDV 變異株S1 蛋白結(jié)構(gòu)出現(xiàn)明顯變化，主要集中在S1-NTD 區(qū)域（55～64、113～120、130～142、157～165）。另外，PEDV 毒株HLJ/2015/DP1-1 出現(xiàn)4 個氨基酸缺失（DELY377NST），PEDV毒株JL/2016/47a（b），出現(xiàn)4個氨基酸插入（ING381QRS），且S1 蛋白結(jié)構(gòu)出現(xiàn)不同程度的改變，而PEDV 毒株LN/DT/2016/510a 在S1-RBD 區(qū)域出現(xiàn)8 個氨基酸缺失（DELN553VTNSYGY），并且S1 蛋白的RBD 區(qū)域結(jié)構(gòu)出現(xiàn)明顯改變。

該研究揭示了2015 年～2018 年中國部分地區(qū)PEDV 感染情況及其遺傳演化特征，證實了PEDV呈現(xiàn)較高的感染率，與多種豬腸道病原存在共感染，并呈現(xiàn)遺傳多樣性，為PEDV 分子流行病學(xué)等相關(guān)研究提供了有價值信息。