王德鋼,賀鵬鵬,馬光皇,肖海兵,3,熊仁次,2,3*,韓 旭,3, 楊明祿,2,3*
(1.塔里木大學植物科學學院,新疆 阿拉爾 843300;2.南疆特色果樹高效優(yōu)質(zhì)栽培與深加工技術(shù)國家地方聯(lián)合工程實驗室,新疆 阿拉爾 843300;3.農(nóng)業(yè)農(nóng)村部阿拉爾作物有害生物科學觀測實驗站,新疆 阿拉爾 843300)
【研究意義】香梨優(yōu)斑螟(Euzopherapyriella)屬鱗翅目螟蛾科,在新疆廣泛分布,可為害香梨、蘋果、棗、楊樹等果樹與林木,蛀食香梨與蘋果的果肉、果心、果皮和種子,在香梨、棗和楊樹上會蛀食韌皮部,導致腐爛病發(fā)生,使樹勢衰弱,嚴重時會造成枝干死亡,對新疆梨、棗、蘋果等產(chǎn)業(yè)健康發(fā)展影響較大。香梨優(yōu)斑螟在南疆每年發(fā)生3~4代,后期有世代重疊現(xiàn)象,該蟲以老熟幼蟲越冬,10月份幼蟲逐漸進入越冬狀態(tài),越冬代幼蟲翌年3月下旬開始化蛹,4月上中旬進行化蛹盛期,羽化盛期在4月下旬,第1、2代成蟲羽化高峰分別在6月上中旬和7月中下旬[1-3]。關(guān)于香梨優(yōu)斑螟分子生物學方面的研究較少,僅限于利用COI基因和ND5基因分析香梨優(yōu)斑螟遺傳結(jié)構(gòu)、分子鑒定[4-6]及不同蟲態(tài)內(nèi)參基因篩選[7]等研究。香梨優(yōu)斑螟作為幼蟲越冬的害蟲,研究幼蟲熱激蛋白(Heat shock protein,HSP)基因表達對低溫響應特征有助于了解其低溫滯育機理?!厩叭搜芯窟M展】熱激蛋白是一種保守的抗逆蛋白[8],在昆蟲體內(nèi)普遍存在,作為分子伴侶參與一些重要的細胞生理活動,協(xié)助細胞內(nèi)其他蛋白折疊,避免蛋白聚集或錯誤折疊而降解,已發(fā)現(xiàn)的HSPs、HSP40、HSP60、HSP70、HSP90等多種類型[9]。HSPs對外界環(huán)境變化響應迅速,逆境脅迫下高表達的HSPs可能對細胞起到保護作用[10],促進維持細胞正常生理功能,提高機體響應的適應能力,從而增強抗逆性。1962年在黑腹果蠅(Drosophilamelanogaster)中首次發(fā)現(xiàn)一個基因與高溫誘導其唾腺的多線染色體產(chǎn)生膨突有關(guān)[11],后證實果蠅染色體出現(xiàn)的膨突由高溫激發(fā)基因轉(zhuǎn)錄合成一種特殊的蛋白引起[12],直到1982年在美國召開HSPs國際會議后HSPs才開始廣泛研究。HSPs對環(huán)境變化反應迅速,高溫和低溫的脅迫下都會誘導昆蟲表達不同的HSPs,助其度過不良的環(huán)境[13],低溫和高溫處理沙蔥螢葉甲(Galerucadaurica)1 h及恢復室溫30 min后均能誘導HSP20.6基因表達上調(diào)[14],-5 和0 ℃低溫處理的藥材甲(Stegobiumpaniceum)成蟲體內(nèi)HSP60的表達量均顯著高于對照組[15],HSP70在高低溫脅迫下西花薊馬(Frankliniellaoccidentalis)能夠被誘導并且顯著表達[16],沙棘木蠹蛾(Eogystiahippophaecolus)在低溫脅迫后HSP70基因表達上調(diào),冷休克恢復處理后的1 h內(nèi),HSP70的表達顯著增加,然后減少,冷休克促進了HSP70的表達[17],沙棘木蠹蛾在不同的低溫處理下,Hsp90基因的表達也會上調(diào),呈先升后下降的趨勢[18]?!颈狙芯壳腥朦c】HSPs家族基因?qū)囟茸兓T導高水平表達很多在昆蟲中都被證實,從對6和12月香梨優(yōu)斑螟幼蟲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫的研究發(fā)現(xiàn)HSP70和HSP90基因的表達差異較大?!緮M解決的關(guān)鍵問題】本文篩選香梨優(yōu)斑螟幼蟲低溫脅迫下的內(nèi)參基因,進而選擇對溫度較敏感的HSP70和HSP90基因為目標,研究HSP70和HSP90基因?qū)Φ蜏孛{迫的響應規(guī)律。
香梨優(yōu)斑螟5齡幼蟲,6月中旬采集自阿拉爾市塔里木大學校內(nèi)梨園。
TRIzon Reagent(康為世紀生物科技有限公司);SGExcel UltraSYBR Master(上海生工生物有限公司);PrimeScript RT Reagent Kit with gDNA Eraser(寶日醫(yī)生物技術(shù)有限公司)。超微量分光光度計(NanoDrop 2000,賽默飛世爾科技公司);熒光定量PCR儀(Eprealplex4 S,Eppendorf)。
1.3.1 處理方法 香梨優(yōu)斑螟幼蟲分別于4 ℃低溫脅迫下處理0(CK)、0.25、1、3、8、12、18、24 h,每處理3頭幼蟲,重復3次,實時熒光PCR 4 個技術(shù)重復。處理后幼蟲立即放入液氮中冷凍,后置于-80 ℃冰箱備用。
1.3.2 總RNA提取與cDNA合成 將樣品勻漿后,按照TRIzon Reagent說明書提取總RNA,超微量分光光度計檢測RNA樣品質(zhì)量和濃度。按照PrimeScript RT Reagent Kit with gDNA Erase說明去除總RNA中基因組DNA,并以1.0 μg總RNA為模板合成cDNA,稀釋10倍于-20 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.3.3 內(nèi)參及HSP基因引物設計 從實驗室香梨優(yōu)斑螟轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫獲得目標基因序列,分別是β-肌動蛋白基因(β-Actin,Actin)、β-微管蛋白基因(TUBulinbeta,TUB)、甘油醛-3-磷酸脫氫酶基因(glyceraldehyde-3-phos-phat dehydrogenase,GAPDH)、18s核糖體RNA(18s ribosomal RNA, 18s)、多聚泛素基因(ubiquitin,UBQ),熱激蛋白基因HSP70和HSP90,利用Primer Premier 5.0軟件設計熒光定量PCR引物(表1)。
表1 RT-qPCR引物序列
1.3.4 實時熒光PCR及擴增效率 擴增體系(20 μl):熒光mix 12.5 μl,上下游引物各0.4 μl (終濃度0.2 μM),cDNA模板1 μl,加ddH2O至20 μl。
擴增條件:95℃ 3 min(預變性),95 ℃變性15 s,56 ℃退火20 s,72 ℃延伸25 s, 40個循環(huán);熔解曲線:95 ℃ 15 s,60 ℃ 1 min,95 ℃ 15 s。
通過設置10倍梯度稀釋,即cDNA 依次稀釋10、102、103、104、105倍作為模板進行擴增,繪制標準曲線,計算引物的擴增效率[19]。
采用ΔCt法[20]、GeNorm[21]、NormFinder[22]、BestKeeper[23]和RefFinder[24]軟件分析內(nèi)參基因穩(wěn)定性。利用所篩選的穩(wěn)定內(nèi)參計算熱激蛋白基因相對表達量,公式為相對表達量=2-(ΔΔCt)[25],利用DPS的Duncan法進行顯著性分析。
香梨優(yōu)斑螟幼蟲總RNA的OD260/280比值在1.9~2.1,利用試劑盒轉(zhuǎn)錄為cDNA備用。所設計引物的擴增產(chǎn)物溶解曲線為單一峰,均具有較好的特異性,擴增線性相關(guān)系數(shù)R2為0.9817~0.9958,擴增效率也在93.08 %~100.97 %(表2),設計引物符合相對定量檢測需要。
表2 引物擴增效率
候選的香梨優(yōu)斑螟5個內(nèi)參基因低溫脅迫下Ct值較為穩(wěn)定,變化趨勢較為一致。18s內(nèi)參基因表達豐度最高,Ct值5.38~9.58,GAPDH,TUB和UBQ基因表達豐度相對較低,Ct值15.16~24.58, 在低溫處理24 h時內(nèi)參基因表達都有一定的下降趨勢(圖1)。
圖1 內(nèi)參基因Ct值變化趨勢Fig.1 Variation trend of Ct value of reference genes
△Ct法計算結(jié)果UBQ分值最小,其次為GAPDH,TUB基因的分值最高、穩(wěn)定性最差(圖2-A)。NormFinder軟件分析的穩(wěn)定性為UBQ>GAPDH>Actin>18s>TUB(圖2-B)。GeNorm以參數(shù)M=1.5為閾值來判斷基因的穩(wěn)定性,小于1.5時表明該基因穩(wěn)定性良好,并且根據(jù)M值的大小來判斷基因穩(wěn)定性高低,M值越大則基因穩(wěn)定性越差,M值越小則基因的穩(wěn)定性越好[22],所選內(nèi)參基因M值大小為0.563~1.446,說明候選內(nèi)參基因穩(wěn)定性都較好,依次為Actin=GAPDH>UBQ>18s>TUB(圖2-C)。BestKeeper分析的為18s>UBQ>Actin>GAPDH>TUB,最穩(wěn)定的基因為18s,這與其他軟件的結(jié)果有所不同(表3)。經(jīng)RefFinder軟件綜合分析發(fā)現(xiàn)其穩(wěn)定性依次為UBQ>GAPDH>Actin>18s>TUB(圖2-D),UBQ和GAPDH基因綜合穩(wěn)定性最好,Actin穩(wěn)定性相對UBQ和GAPDH稍差,仍是較為穩(wěn)定的內(nèi)參基因,TUB穩(wěn)定性最差,對18s基因的穩(wěn)定性評價上存在一定分歧。
表3 BestKeeper 軟件分析內(nèi)參基因穩(wěn)定性
a.△Ct法評價結(jié)果,B.Normfinder軟件評價結(jié)果,C.Genorm軟件評價結(jié)果,D.RefFinder軟件評價結(jié)果A:Evaluation results of △Ct,B:Evaluation results of Normfinder,C:Evaluation results of Genorm,D:Evaluation results of RefFinder
HSP70基因經(jīng)過低溫脅迫處理后,其相對表達
量分別是對照組的5.08、8.79、2.52、4.09、1.50、6.50、3.76倍,并于1 h處理時達到峰值,HSP70基因相對表達量明顯高于對照,初期及24 h末期顯著高于對照(圖3)。HSP90基因分別是對照組的4.01、12.80、7.00、2.60、1.70、4.48、4.48倍,于1 h處理時達到峰值,表達特征也與HSP70基因相似,在18 h后相對表達量趨于穩(wěn)定(圖4)。
圖3 HSP70基因的相對表達量Fig.3 Relative expression of HSP70 gene
圖4 HSP90基因的相對表達量Fig.4 Relative expression of HSP90 gene
實時熒光定量PCR是生物基因表達研究最廣泛的手段之一,而基因相對表達研究中內(nèi)參基因的選擇對結(jié)果影響很大[26]。曾在很長時間內(nèi)認為維持細胞正常生命代謝所必需的管家基因非常穩(wěn)定[27],但隨著研究深入發(fā)現(xiàn)管家基因表達并非完全恒定的[28],在不同處理條件下各管家基因的表達穩(wěn)定性存在一定差異,因此選擇適合的內(nèi)參基因顯得十分重要[29]。研究香梨優(yōu)斑螟在受低溫脅迫下熱激蛋白家族中HSP70和HSP90基因表達特征,首先需要篩選穩(wěn)定的管家基因作為內(nèi)參,借助軟件評價內(nèi)參基因的穩(wěn)定性,但不同軟件的評價結(jié)果存在一定差異,這種差異的出現(xiàn)是不同軟件的算法引起的[30],在內(nèi)參基因篩選的研究中普遍存在,最終的穩(wěn)定性排名需要綜合分析[31-32],昆蟲內(nèi)參篩選研究中Actin常被認為是理想的內(nèi)參,即使作為溫度脅迫時也較為穩(wěn)定[33-34],在本研究中發(fā)現(xiàn)香梨優(yōu)斑螟老熟幼蟲在低溫脅迫處理后Actin基因也比較穩(wěn)定性,其穩(wěn)定性比UBQ和GAPDH基因要差些,這點與水稻害蟲褐飛虱(Nilaparvatalugens)和白背飛虱(Sogatellafurcifera)的研究結(jié)果相同[35]。GAPDH基因穩(wěn)定性相對較好,在斜紋夜蛾(Ctenopseustisobliquana)溫度脅迫時被認為GAPDH是最佳內(nèi)參[28],而在對瓜實蠅(Bactroceracucurbitae)的溫度脅迫研究中GAPDH基因穩(wěn)定性并不好[36],昆蟲種類甚至蟲態(tài)不同內(nèi)參穩(wěn)定性都會存在差異,如二化螟(Chilosuppressalis)和褐飛虱(Nilaparvatalugens) 溫度脅迫的研究中以TUB基因作為內(nèi)參[37-38],而本研究中發(fā)現(xiàn)TUB是5個候選內(nèi)參基因中最不穩(wěn)定的。
HSPs基因?qū)ν饨绛h(huán)境的迅速響應可能與細胞保護作用有關(guān)[10],香梨優(yōu)斑螟幼蟲低溫脅迫下HSP70和HSP90在30 min顯著高表達,約1 h后達到峰值,推測HSPs受到外界低溫刺激后被大量誘導表達,以避免受到低溫傷害;在之后的處理時間內(nèi)表達量有所下降,應該是受到相應HSPs積累量調(diào)控所致,這種調(diào)控還表現(xiàn)在18 h時基因表達有所回升的現(xiàn)象,這與三葉草斑潛蠅(Liriomyzatrifolii)和B型煙粉虱(BemisiatabaciB-biotype)研究結(jié)論相似[39-40]。
5種內(nèi)參基因在香梨優(yōu)斑螟幼蟲低溫脅迫處理后表達有一定差異,除了TUB基因外,表現(xiàn)比較穩(wěn)定,其中UBQ基因穩(wěn)定性最好。在低溫脅迫下,HSP70和HSP90基因相對表達量都呈現(xiàn)先上升后下降的趨勢,并在18 h后有小幅度上升,并維持在較高的水平,這可能有助于提升幼蟲對低溫的耐受力。