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菠蘿液泡膜水通道蛋白基因AcTIP1-1的克隆、重組載體構(gòu)建

2020-03-19 06:57:14李小琴陳明賢麻彤輝陳洪彬邱呂萍陳月釵
關(guān)鍵詞:菠蘿條帶質(zhì)粒

董 樂,李小琴,王 芳,陳明賢,麻彤輝,陳洪彬,邱呂萍,陳月釵

(1.泉州師范學(xué)院 海洋與食品學(xué)院,福建 泉州 362000;2.泉州市農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所,福建 晉江 362212)

水孔蛋白(aquaporins,AQPs)即水通道蛋白(water channel proteins),是一組轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,為水分跨細(xì)胞膜的運(yùn)輸提供選擇性的通道,由美國科學(xué)家Peter Agre 在1988 年所發(fā)現(xiàn)[1].AQPs 屬于古老的內(nèi)在蛋白(major intrinsic proteins,MIPs)家族成員.Johanson等[2]根據(jù)其亞細(xì)胞定位及氨基酸序列同源性合,將其分為5 種類型:液泡膜內(nèi)在蛋白(tonoplast intrinsic proteins,TIPs)、質(zhì)膜內(nèi)在蛋白(plasma intrinsic proteins,PIPs)、小的堿性內(nèi)在蛋白(small basic intrinsic proteins,SIPs)、NOD26-like 內(nèi)在蛋白(NOD26-like intrinsic proteins,NIPs)和類GlpF膜內(nèi)在蛋白(GlpF-like intrinsic proteins,GIPs).

迄今為止,已在擬南芥、水稻、玉米、煙草、豌豆等多種植物中發(fā)現(xiàn)AQPs基因,并將其成功克?。?-5].已經(jīng)測序的植物基因組揭示植物AQPs是一個超家族:擬南芥中有38 個AQPs基因編碼的35 種AQPs同源蛋白,其中13個屬于PIPs及其類似蛋白,10個屬于TIPs及其類似蛋白,12個屬于NML類;在水稻和玉米中,分別有33個和35個AQPs[6].AQPs存在于參與水分、離子集流的細(xì)胞中,這些細(xì)胞一般是正在分裂和伸長的細(xì)胞及幼嫩部位,如表皮細(xì)胞、正在發(fā)育的根和芽、雄穗等[7].研究表明,AQPs不僅可選擇性轉(zhuǎn)運(yùn)水分,還可轉(zhuǎn)運(yùn)甘油、尿素、氨氣、過氧化氫、亞銻酸鹽、醇類小分子、重金屬和乳酸等溶質(zhì)[8].

AQPs參與了植物很多重要的生理過程,如除水以外的物質(zhì)運(yùn)輸、細(xì)胞的滲透調(diào)節(jié)、細(xì)胞的伸長和分化、植物的氣孔運(yùn)動等[8-13],在響應(yīng)逆境脅迫中部分AQPs也起著至關(guān)重要的作用[14].AQPs的表達(dá)量在植物受到低溫、高溫和干旱等環(huán)境因素脅迫時會發(fā)生顯著的變化[15].一些AQPs的表達(dá)受光質(zhì)的誘導(dǎo),受晝夜節(jié)律基因的調(diào)控,并參與植物的抗旱應(yīng)答反應(yīng)[16].

菠蘿(Ananas comosus(L.)Merrill)原名鳳梨,屬鳳梨科鳳梨屬,為景天酸代謝(crassulacean acid metabolism,CAM)植物.菠蘿原產(chǎn)美洲,在我國主要分布在福建、云南、海南、廣西、廣東等?。?7].菠蘿適應(yīng)逆境脅迫環(huán)境,在光合作用及耐旱性方面形成了更為進(jìn)化的生理與遺傳特征.2015年,明瑞光等[18]首次破譯了菠蘿基因組,通過對基因組進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)了菠蘿中景天酸代謝光合作用的調(diào)控元件,同時分析出該元件受晝夜節(jié)律基因的調(diào)控,從而發(fā)現(xiàn)了菠蘿的“光合開關(guān)”.

為了探討AQPs是否參與菠蘿“光合開關(guān)”,首先要分離和鑒定AQPs基因,并分析其表達(dá)模式和通透性.本研究以菠蘿果實(shí)為材料,擴(kuò)增GenBank中登錄號為XM_020238793.1的菠蘿TIPs(AcTIP1-1)的開放閱讀框(open reading frame,ORF)和編碼區(qū)(coding sequence,CDS)序列,并將其分別亞克隆到原核表達(dá)載體pET32a(+)及載體pSP64 Poly(A)上,構(gòu)建成重組載體.重組載體pET32a(+)-AcTIP1-1的成功構(gòu)建可為誘導(dǎo)表達(dá)并純化融合蛋白制備抗體,為研究AcTIP1-1的組織分布和時空表達(dá)奠定基礎(chǔ);重組載體pSP64 Poly(A)-AcTIP1-1的成功構(gòu)建可為制備含有Poly(A)+的AcTIP1-1轉(zhuǎn)錄子從而開展AcTIP1-1的通透功能研究奠定基礎(chǔ).

1 材料與方法

1.1 材料

1.1.1 實(shí)驗(yàn)植物 菠蘿由福建省泉州市農(nóng)科所提供.

1.1.2 試劑盒及其他常規(guī)試劑TRIzol?Reagent(Invitrogen,美國)、Oligotex?≥mRNA Mini Kit(Qiagen,美國)、Reverse Transcription System(Promega,北京)、Taq DNA 聚合酶(Invitrogen,美國)、QIAquick? PCR Purification Kit(Qiagen,美國)、QIAquick?Gel Extraction Kit(Qiagen,美國)、pCR?2.1 vector(Invitrogen,美國)、pET32a(+)(Invitrogen,美國)、pSP64 Poly(A)(Invitrogen,美國)、QIAprep?Spin Miniprep Kit(Qiagen,美國)、EcoR I(Neb,美國)、Hind III(Neb,美國)、XhoI(Neb,美國)、XbaI(Neb,美國)、T4DNA連接酶(Neb,美國)、DNA分子量標(biāo)準(zhǔn)(Neb,美國)、瓊脂糖(UltraPure,上海)、大腸桿菌(E.coli)感受態(tài)菌株DH5α(天根生化科技有限公司,北京)、氨芐青霉素(ampicillin,Amp)、異丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷(isopropyl βd-1-thiogalactopyranoside,IPTG)(Promega,北京),5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷(5-bromo-4-chloro-3-indoly-β-d-galactopyranoside,X-Gal)、三羥甲基甲烷、十二烷基硫酸鈉(sodium dodecyl sulfate,SDS)均購自廈門泰京生物技術(shù)有限公司,其它試劑皆為國產(chǎn)分析純.

1.1.3 引物設(shè)計 根據(jù)GenBank中登錄的蓖麻AcTIP1-1(登錄號:XM_002522148.3)的全長cDNA序列分別設(shè)計擴(kuò)增AcTIP1-1的ORF 和CDS 序列的特異性引物.擴(kuò)增AcTIP1-1ORF 序列所用的引物為P1 和P2,擴(kuò) 增AcTIP1-1CDS 序 列 所 用 的 引 物 為P1 和P3. 引 物 序 列 如 下,P1:CCCAAGCTT(Hind III)ATGCCGATCTCTCGGATCGC;P2:CCGCTCGAG(XhoI)GTAGTCGGGCGGGGGGATC;P3:GCTCTAGA(XbaI)GTAGTCGGGCGGGGGGATC.引物合成于生工生物工程(上海)股份有限公司.

1.2 方法

1.2.1 樣品采集和處理 選取正常的土壤管理、水肥管理、整形修剪和病蟲害防治的菠蘿植株上的健康、無病蟲害的果實(shí),用滅菌的剪刀在果實(shí)組織部位剪下組織塊,用于提取總RNA.

1.2.2 總RNA 的提取 取上述1.2.1 中采集的蓖麻果實(shí)加液氮研磨后,按試劑盒操作說明書進(jìn)行.總RNA的質(zhì)量和濃度分別用1.5%(m/V)瓊脂糖凝膠電泳和紫外分光光度法檢測.

1.2.3 mRNA的純化 按試劑盒操作說明書進(jìn)行.

1.2.4 cDNA第一鏈的合成 按試劑盒操作說明書進(jìn)行.

1.2.5AcTIP1-1ORF序列的擴(kuò)增 以cDNA第一鏈為模板進(jìn)行RT-PCR,PCR反應(yīng)體系和反應(yīng)條件分別見表1和表2.

表1 PCR反應(yīng)體系Tab.1 PCR reaction system

表2 PCR反應(yīng)條件Tab.2 PCR reaction condition

PCR產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳后,將目的片段回收,回收產(chǎn)物與載體pCR?2.1連接.將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化到E.coli菌株DH5α進(jìn)行培養(yǎng),挑選白色單克隆菌落分別培養(yǎng)后提質(zhì)粒[19].經(jīng)EcoR I酶切鑒定篩選陽性重組載體.測定經(jīng)酶切鑒定的陽性重組載體pCR?2.1-AcTIP1-1的基因序列.

1.2.6 重組表達(dá)載體pET32a(+)-AcTIP1-1的構(gòu)建 以經(jīng)測序鑒定序列正確的重組載體pCR?2.1-AcTIP1-1為模板進(jìn)行PCR,與表1 中PCR 反應(yīng)體系比較,變化在于模板由4 μL cDNA 變?yōu)?.5 μL pCR?2.1-AcTIP1-1.將PCR產(chǎn)物和載體pET32a(+)分別用Hind III和XhoI雙酶切,酶切產(chǎn)物構(gòu)建載體制備質(zhì)粒按文獻(xiàn)[20]進(jìn)行.陽性重組載體pET32a(+)-AcTIP1-1的鑒定篩選用Hind III和XhoI雙酶切.測定經(jīng)酶切鑒定的陽性重組載體pET32a(+)-AcTIP1-1的基因序列.

1.2.7 重組載體pSP64 Poly(A)-AcTIP1-1的構(gòu)建 以經(jīng)測序鑒定序列正確的重組載體pCR?2.1-AcTIP1-1為模板進(jìn)行PCR,與表1 中PCR 反應(yīng)體系比較,變化在于模板由4 μL cDNA 變?yōu)?.5 μL pCR?2.1-AcTIP1-1.將PCR產(chǎn)物和載體pSP64 Poly(A)分別用Hind III和XbaI雙酶切,酶切產(chǎn)物按1.2.6 步驟制備質(zhì)粒.陽性重組載體pSP64 Poly(A)-AcTIP1-1的鑒定篩選用Hind III和XbaI雙酶切.測定經(jīng)酶切鑒定的陽性重組載體pSP64 Poly(A)-AcTIP1-1的基因序列.

1.2.8 基因序列測定與分析 序列測定由生工生物工程(上海)股份有限公司完成.用DNA MAN 對AcTIP1-1ORF序列、氨基酸編碼序列進(jìn)行分析.

2 結(jié)果與分析

2.1 菠蘿果實(shí)總RNA的提取

菠蘿果實(shí)的總RNA 在變性瓊脂糖凝膠上電泳后的結(jié)果如圖1.由圖可見,28S rRNA和18S rRNA條帶具特異性.因此,所提取的總RNA質(zhì)量較好,可以用來進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn).

2.2 AcTIP1-1 ORF的克隆

以菠蘿果實(shí)總RNA 中純化的mRNA 為模板逆轉(zhuǎn)錄合成cDNA.以cDNA 為模板進(jìn)行RT-PCR 擴(kuò)增AcTIP1-1ORF序列.PCR產(chǎn)物的瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果見圖2.由圖可見,在分子量大小約771 bp左右的位置存在一條清晰的條帶,該條帶與預(yù)期AcTIP1-1ORF 序列長度753 bp 加酶切位點(diǎn)序列長度之和18 bp相近.

凝膠上的特異性條帶切膠回收后,與載體pCR?2.1連接后轉(zhuǎn)化培養(yǎng),挑選白色單克隆菌落培養(yǎng)后提取質(zhì)粒.質(zhì)粒用EcoRI酶切的產(chǎn)物電泳檢測結(jié)果見圖3.由圖可見,泳道上在分子量大小為3900 bp和787 bp左右處有特異性條帶,條帶的大小分別與載體pCR?2.1、AcTIP1-1ORF序列長度753 bp加上酶切位點(diǎn)序列長度16 bp之和的大小一致,因此,該質(zhì)粒為陽性重組載體pCR?2.1-AcTIP1-1.

2.3 克隆片段的測序及序列分析

將篩選出的陽性質(zhì)粒測序后,用DNA MAN 對其進(jìn)行序列分析,結(jié)果表明,獲得的cDNA 序列與GenBank中公布的AcTIP1-1ORF序列一致,序列長度為753 bp,堿基序列和推斷的氨基酸序列見圖4.

2.4 重組表達(dá)載體pET32a(+)-AcTIP1-1的構(gòu)建

以測序的重組載體pCR?2.1-AcTIP1-1為模板進(jìn)行PCR,將擴(kuò)增的產(chǎn)物和原核表達(dá)載體pET32a(+)分別用HindIII和XhoI雙酶切,酶切產(chǎn)物的電泳結(jié)果見圖5.由圖可見,產(chǎn)物的條帶具特異性.

將載體與目的基因片段的特異性條帶切膠回收后,回收產(chǎn)物連接,連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化后過夜培養(yǎng),挑取白色單菌落培養(yǎng)后提質(zhì)粒.質(zhì)粒用Hind III和XhoI雙酶切產(chǎn)物的電泳圖譜見圖6.由圖可見,酶切質(zhì)粒泳道上在分子量大小為5900 bp和759 bp左右處有特異性條帶,其大小分別與載體pET32a(+)、AcTIP1-1ORF序列長度753 bp加上酶切位點(diǎn)序列長度6 bp之和的大小一致,因此,該酶切質(zhì)粒為陽性重組載體質(zhì)粒.

將篩選出的陽性重組載體測序,序列分析結(jié)果表明,未產(chǎn)生移碼突變,與pCR?2.1-AcTIP1-1的序列完全一致,即原核表達(dá)重組載體pET32a(+)-AcTIP1-1構(gòu)建成功.

2.5 重組載體pSP64 Ploy(A)-AcTIP1-1的構(gòu)建

以上述測序的原核表達(dá)重組載體pCR2.1-AcTIP1-1質(zhì)粒為模板進(jìn)行PCR,PCR產(chǎn)物的電泳圖譜見圖7.由圖可見,PCR產(chǎn)物條帶清晰,特異性強(qiáng),與預(yù)期大小一致.

將凝膠上的特異性條帶切膠回收后,回收產(chǎn)物和載體pSP64 Ploy(A)分別用HindIII和XbaI雙酶切,酶切產(chǎn)物連接轉(zhuǎn)化后過夜培養(yǎng),挑取白色單菌落培養(yǎng)后提質(zhì)粒.質(zhì)粒用HindIII和XbaI雙酶切產(chǎn)物的電泳圖譜見圖8.由圖可見,酶切質(zhì)粒泳道上在分子量大小為3030 bp和756 bp左右處有特異性條帶,其大小分別與載體pSP64 Ploy(A)、AcTIP1-1ORF 序列長度750 bp 加上酶切位點(diǎn)序列長度6 bp 之和的大小一致,因此,該酶切質(zhì)粒為陽性重組載體質(zhì)粒.

將篩選出的陽性重組載體質(zhì)粒測序,序列分析結(jié)果表明,未產(chǎn)生移碼突變,與pCR2.1-AcTIP1-1的序列完全一致,即重組載體pSP64 Ploy(A)-AcTIP1-1構(gòu)建成功.

3 討論與結(jié)論

植物AQPs 中有些是組成型表達(dá)的,而大多數(shù)是受環(huán)境因子如干旱、鹽害、激素和光質(zhì)等誘導(dǎo)表達(dá)的,即植物AQPs的表達(dá)是受調(diào)控的,調(diào)控機(jī)制可以分為轉(zhuǎn)錄后水平、轉(zhuǎn)錄水平和膜運(yùn)輸水平3類[21].植物AQPs 表達(dá)調(diào)控經(jīng)常從mRNA 和蛋白質(zhì)水平兩個方面進(jìn)行分析[22].蛋白質(zhì)水平分析的常規(guī)技術(shù)——Western blot需要針對所研究蛋白的相應(yīng)抗體,而抗體制備的前提是獲得該蛋白.原核表達(dá)系統(tǒng)遺傳背景清楚,培養(yǎng)方法比較簡單、經(jīng)濟(jì),蛋白表達(dá)量高,易于大規(guī)模工藝化生產(chǎn),且技術(shù)已相當(dāng)成熟,因此成為目前應(yīng)用最廣泛的蛋白質(zhì)表達(dá)系統(tǒng)之一[23].pET32a(+)載體中存在6個組氨酸標(biāo)簽,利用Ni2+親和層析柱具有吸附6個組氨酸標(biāo)簽的高度特異性,通過一步親和層析也可達(dá)到較高的純度[23].本研究擴(kuò)增獲得菠蘿液泡膜水通道蛋白基因AcTIP1-1(GenBank登錄號:XM_020238793.1)的ORF序列,并成功構(gòu)建重組載體pET32a(+)-AcTIP1-1,這為誘導(dǎo)表達(dá)并純化融合蛋白制備抗體,以研究AcTIP1-1的組織分布和時空表達(dá)奠定基礎(chǔ).

植物AQPs可選擇性轉(zhuǎn)運(yùn)多種中性小分子,AQPs 的功能檢測目前最常用的是非洲爪蟾卵母細(xì)胞[24].該系統(tǒng)是體外制備含有Poly(A)+的AQPs 基因的轉(zhuǎn)錄子,將轉(zhuǎn)錄子注射入爪蟾卵母細(xì)胞進(jìn)行表達(dá)后測定其功能.本研究擴(kuò)增AcTIP1-1的CDS 序列,并成功構(gòu)建重組載體pSP64 Poly(A)-AcTIP1-1,這為制備含有Poly(A)+的AcTIP1-1轉(zhuǎn)錄子從而開展AcTIP1-1的通透功能研究奠定基礎(chǔ).

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