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基于GO分析篩選Ⅰ期子宮內膜癌差異表達基因的研究

2020-04-25 04:24:14寧昭芳張亞男李會影周方圓黃麗曉楊寶麗
關鍵詞:差異基因免疫組化內膜

寧昭芳,張亞男,李會影,周方圓,黃麗曉,陳 妍,陶 濤*,楊寶麗*

(1.牡丹江醫(yī)學院,黑龍江 牡丹江 157000;2.深圳市羅湖區(qū)人民醫(yī)院,廣東 深圳 518000)

子宮內膜癌是最常見的婦科惡性腫瘤,子宮內膜癌主要根據(jù)流行病學、臨床和內分泌特征來分為Ⅰ型和Ⅱ型[1]。Ⅰ型癌癥通常有子宮內膜樣組織學,II型癌癥是漿液性癌[2]。在我國,子宮內膜癌死亡率約為20%[3]。子宮內膜癌的5年生存率很高,但其發(fā)生率卻有上升的趨勢,所以了解子宮內膜癌的發(fā)生十分重要。

基因本體是一種基于社區(qū)的生物信息學資源,它利用本體來表示生物知識,提供有關基因產(chǎn)品功能的信息[4]。為此,我們對正常子宮內膜和Ⅰ期子宮內膜癌的基因的表達數(shù)據(jù)進行了綜合分析,以探討與增殖、遷移和凋亡相關基因的異常表達以及其對子宮內膜癌的發(fā)生發(fā)展的影響,可以為子宮內膜癌的分子機制和發(fā)展新的靶向治療方法提供新的見解。

1 材料與方法

1.1 生物信息分析軟件和免疫組化圖片分析軟件

生物信息學在線分析網(wǎng)站:GEO (Gene Expression Omnibus): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo;http://www.geneontology.org,DAVID(The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery):https://david.ncifcrf.gov/;病人預后圖片來源:GEPIA (http://gepia.cancer-pku.cn/);免疫組化圖片獲取網(wǎng)站:HAP https://www.proteinatlas.org/;免疫組化圖片分析軟件:image-proplus6.0;免疫組化結果分析軟件:Grappad prism7。

1.2 子宮內膜和Ⅰ期子宮內膜癌差異性表達

從GEO數(shù)據(jù)庫中搜索了Ⅰ期的子宮內膜癌和正常子宮組織的基因表達數(shù)據(jù)庫表達譜分析(GSE17025),從每個數(shù)據(jù)中提取確定數(shù)據(jù):GEO登記號、作者、患者年齡、種族、病理分期。其中子宮內膜癌80例,正常組織12例,子宮內膜浸潤程度和浸潤深度分布不均(9例IAG 1,14例IAG 2,7例IAG 3,14例IBG 1,12例IBG 2,13例IBG 3,7例ICG 1,10例ICG 2,6例ICG 3)。利用上述案例中的數(shù)據(jù)GSE17025在GCBI在線實驗室進行差異分析選取符合(|fold change|>1,|fold change|<-1,P值<0.05)的數(shù)據(jù),分析出差異基因。

1.3 差異基因的功能分析和免疫組化

在DAVID分析網(wǎng)站上對分析出的差異基因進行功能分析,分別挑選出與增殖、遷移和凋亡三個功能相關的基因。再從這三組基因中鑒別出與這三個功能都有關的基因。從GEPIA中查找和子宮內膜癌的預后有意義的基因。在HAP中查找SIX1的三組正常子宮內膜和三組子宮內膜癌的免疫組化的圖片,利用免疫組化分析軟件image-proplus6.0分析相關基因正常子宮內膜和子宮內膜癌的SIX1表達情況,用Grappad prism7軟件分析免疫組化的結果數(shù)據(jù)。

2 結 果

在GSE17025的案例中得到總基54676個,分析得到個12325差異基因。從這些差異基因中分析得到與增殖有關的165個基因,與遷移相關的127個基因,與凋亡相關的155個基因。分別對這三個相關功能的基因取交集,一共得到14個共性基因(見圖1),分別是:ERBB4、FAP、

DDIT4、IL10、CDK1、LEF1、PDK1、AKT1、SIX1、PSEN1、HN1、GAS6、BAX、CYR61。根據(jù)GEPIA提供的生存曲線我們篩選出與子宮內膜癌預后相關(P<0.05)的三個基因:SIX1、BAX、LEF1,和病人的生存期成負相關的基因為SIX1。挑選出的六位患者的免疫組化圖片(見圖2,圖3)經(jīng)image-pro-plus6.0分析后的IOD值分別為:1.05、4.92、4.65、25.66、21.1、25.99,差異有統(tǒng)計學意義P<0.05(見圖4)。

3 討 論

子宮內膜癌是子宮常見的惡性腫瘤,嚴重危害女性健康,近年來其發(fā)病率不斷升高。子宮內膜癌的發(fā)病機制由很多因素引發(fā)如:微衛(wèi)星不穩(wěn)定性、p53基因突變以及LKB1-AMPK-mTOR等通路的異常均可導致子宮內膜癌的發(fā)生和發(fā)展[5]。但其發(fā)病機制仍然存在很多問題有待解決,了解子宮內膜癌的發(fā)病機制可以為子宮內內膜癌的預防和治療提供方案。

本研究通過生物信息學軟件對芯片數(shù)據(jù)(GSE17025)進行分析,在12325個差異基因中篩選出三組與增殖、遷移和凋亡相關的基因,并篩選出了14個可能和子宮內膜癌發(fā)生發(fā)展的核心基因。根據(jù)GEPIA提供的生存曲線我們篩選出與子宮內膜癌預后相關(P<0.05)三個基因。其中LEF1、BAX的高表達有利于預后,而SIX1的高表達則相反。

圖1 增殖、遷移和凋亡的基因交集結果

圖2 正常子宮內膜癌SIX1的免疫組化結果 (圖片來自HAP網(wǎng))

圖3 Ⅰ期子宮內膜癌SIX1的免疫組化結果 (圖片來自HAP網(wǎng))

圖4 SIX1免疫組化分析結果圖

SIX1是調節(jié)細胞增殖、存活、遷移和侵襲的一種轉錄因子[6]。它被認為是一種新的蛋白質,因為不適當?shù)脑俦磉_導致動物模型和人類基因組的不穩(wěn)定、惡性轉化和轉移[6-7]。Xin X[8]的研究表明SIX1可能通過ERK和AKT介導的途徑促進子宮內膜癌中癌細胞的生長。

BAX(即Bcl-2相關蛋白)是第一個被現(xiàn)的促凋亡蛋白家族成員,細胞凋亡過程中調控線粒體外膜的關鍵之一[9-10]。Mirakhor Samani S[11]的研究表明BAX在正常子宮內膜組織、子宮內膜增生組織和癌組織中表達,并且發(fā)現(xiàn)BAX低表達及Bcl-2/BAX比值高與惡性程度有關。

LEF1是一種轉錄因子,主要參與亞基β-信號通路和多個亞型的發(fā)生和發(fā)展。除了癌細胞的增殖和生存能力外,更重要的是,它是上皮細胞過渡的促進者,也是癌細胞遷移和侵襲的一種輔助因子[12]。已有文獻報道LEF1在人和小鼠子宮內膜腫瘤中過度表達,與其在腺體增殖中發(fā)揮作用一致[13]。上述研究證明SIX1、BAX、LEF1在腫瘤的轉移中發(fā)揮了重要的作用,與本研究分析得到的結果一致,為子宮內膜癌的發(fā)生機制的實驗研究提供了可靠的參考方向

本研究中分析得到的結果,可能因為選擇的分析軟件不同而存在稍微的差異。本研究的結果還需要結合免疫組化,細胞分子實驗再進行驗證。

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