王慶旭
(濮陽市油田總醫(yī)院放療科,河南 濮陽 457000)
結腸癌是一種十分常見的消化道腫瘤之一,每年導致近70萬人死亡[1]。據(jù)統(tǒng)計,結直腸癌在近幾十年來的診斷和治療中雖然有所改善,但是仍然有25%到30%的患者因未能及時做出診斷而錯過了手術切除的最佳機會,有近30%到50%的患者在手術切除后有復發(fā)和轉移的情況[2]。因此,尋找新的調控結直腸癌發(fā)生的分子機制對于結直腸癌的診斷和靶向治療具有重要的意義。
miRNA是一種小的非編碼RNA分子,可以通過與靶基因mRNA的互補結合來調節(jié)mRNA的翻譯,來阻斷蛋白質的表達,或導致mRNA的降解[3]。有大量的研究表明,miRNAs在基因表達調控中起著重要作用,miRNAs在不同的腫瘤中的表達情況不同,這引起了人們的廣泛關注[4]。miR-141-3p是一類保守性的miRNAs,在不同癌癥中均有異常表達。例如,在前列腺癌中miR-141-3p通過抑制KLF-9的表達促進前列腺癌細胞的增殖[5]。miR-141-3p通過靶向p53促進膠質母細胞瘤的進展和耐藥性[6]。此外還有研究表明miR-141-3p在乳腺癌[7]和胃癌等中也發(fā)揮作用。但miR-141-3p在結腸癌中的機制和功能少有研究。
UNC5C是一種新的受體,屬于UNC5H功能依賴性受體家族,具有誘導細胞凋亡的能力[8]。在近幾十年的研究中,UNC5C不僅在調控細胞的遷移、血管網(wǎng)絡的建成和組織發(fā)育中發(fā)揮著重要作用,還參與了腫瘤發(fā)生及腫瘤的轉移等過程[9]。UNC5C在正常組織中廣泛表達,但在多種腫瘤組織中表達下調。例如,在人腎癌細胞[10]和前列腺癌細胞[11]中,UNC5C均出現(xiàn)明顯表達下調。目前,UNC5C在結腸癌組織中表達情況研究較少。
本研究通過探究miR-141-3p和UNC5C對結腸癌細胞的生物學功能的影響,為結腸癌靶向治療提供新的潛在靶點和理論依據(jù)。
從TCGA數(shù)據(jù)庫下載TCGA-COAD的miRNA成熟體表達數(shù)據(jù)和mRNA的測序數(shù)據(jù),利用edgeR來鑒定差異基因(|logFC|>2,padj<0.05),結合樣本的臨床信息對差異miRNA進行生存分析。確定miRNA之后,利用targetScan、miRDB數(shù)據(jù)庫對目標miRNA進行靶向預測,并與差異mRNA取交集,獲得與目標miRNA具有靶向結合位點的差異mRNA。
人正常結腸上皮細胞系FHC(BNCC338003)以及人結腸癌細胞系HCT-116(BNCC337692)、SW620(BNCC337664)、SW480(BNCC100604)、HT-29(BNCC337732)均購自北納生物。將所有細胞系在含有10%FBS的DMEM完全培養(yǎng)液(Gibco,Carlsbad,CA,UnitedStates)中培養(yǎng),且放置于37°C下5%CO2的加濕培養(yǎng)箱中。
miR-141-3pmimics,miR-141-3pinhibitor及其陰性對照,購自RiboBioCo.,Ltd.(中國,廣州)。UNC5C過表達質粒(oeUNC5C)及其陰性對照(vector)購自RiboBio。根據(jù)制造商的方案,用Lipofectamine 2000 Reagent(Invitrogen,Carlsbad,CA,USA)進行細胞轉染。溫育48 h后,收獲細胞,然后進行實驗。
通過TRIzol試劑(Life Technologies,Grand Island,NY,USA)從組織細胞中提取總RNA,然后用紫外分光光度計(BD,F(xiàn)ranklin Lakes,NJ,United States)測定RNA濃度和純度。使用qScript micro RNA cDNA合成試劑盒(Quantabio,Beverly,MA)將miRNA反轉錄為cDNA。使用cDNA合成試劑盒(Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA,USA)將mRNA反轉錄為cDNA。使用ABI Steponeplus Real-time PCR system(Applied Biosystems,F(xiàn)oster City,CA,United States)進行定量PCR試驗,實驗流程為95℃ 3min,95℃ 10 s和59℃ 20 s循環(huán)40次。其中UNC5C以GAPDH作為內參,miR-141-3 p以U6為內參。引物序列如下:miR-141-3pforward:5′-CGCAGTAACACTGTCTGGT-3′;reverse:5′-GTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTCCATCT-3′;U6forward:5′-CTCGCTTCGGCAGCACATATACT-3′;reverse:5′-CGGCTGCAGATGAGATAG-3′;UNC5Cforward:5′-GCAAATTGCTGGCTAAATATCAGGAA-3′;reverse:5′-GCTCCACTGTGTTCAGGCTAAATCTT-3′;GAPDHforward:5′-GGCTGAGAACGGGAAGCTTGTCAT-3′;reverse:5′-CAGCCTTCTCCATGGTGGTGAAGA-3′。結果用2-ΔΔCt值來比較對照組和實驗組的目的基因mRNA相對表達量的差異,實驗重復3次。
用RIPA裂解緩沖液(Beyotime,China)提取細胞裂解產(chǎn)物,采用BCA蛋白質測定試劑盒(Beyotime,China)測定蛋白濃度。高溫變性后進行SDS-PAGE。電泳結束后,以150 mA、120 min將蛋白轉移至PVDF膜,并用5%脫脂奶粉封閉1 h,加入一抗,4℃過夜孵育。其中一抗為:UNC5C(ab178823,1∶100,Abcam,China)以及GAPDH(ab9485,1∶2500,Abcam,China)。TBST洗膜3次,每次5 min。然后與二抗山羊抗兔IgG(ab6721,1∶5000,Abcam,China)在室溫下?lián)u床孵育2 h,TBST洗膜3次,每次5 min。最后使用化學發(fā)光試劑盒(Millipore,Burlington,MA,UnitedStates)檢測蛋白質信號。
采用MTT實驗檢測細胞增殖。將結腸癌細胞以每孔10000個接種到96孔板,每孔體積200 μL。分別培養(yǎng)1 d,2 d和3 d后,每孔加MTT溶液(5 mg/mL)20 μL,繼續(xù)在37℃下孵育4 h,然后每孔加入100 μL DMSO在37℃下孵育過夜。利用酶聯(lián)免疫監(jiān)測儀(Vircell,Spain),在490 nm波長下測定各孔光吸收值。各組實驗均重復三次。
細胞在培養(yǎng)孔中豐度達到80%時,使用200 μL移液管尖端輕輕刮擦穿過孔中心的單層。將孔用培養(yǎng)基短暫洗滌兩次以除去分離的細胞。加入新鮮培養(yǎng)基,細胞再生長24 h,后用顯微鏡觀察劃痕并拍照以分析細胞遷移情況。
采用24孔Transwell室(8μm孔徑,BDBiosciences,USA)進行Transwell侵襲測定。4℃條件下將Matrigel膠稀釋后,取100 μL均勻鋪于上室的聚碳酸酯膜表面,37℃放置1 h。分別將各處理組細胞的濃度調整至5×104個細胞/mL懸液接種于Transwell的上室內,下室加600~800μL含10%胎牛血清的培養(yǎng)基,37℃、5%CO2培養(yǎng)箱中培養(yǎng)48 h后,取出小室,棉簽擦去微孔膜上室的細胞,PBS沖洗小室上下面2遍,1%的結晶紫染色15 min,PBS沖洗小室,干燥后置于100倍的倒置顯微鏡下觀察。
將表達載體pmirGLO構建野生型(WT)或突變型(Mut)3′UTRUNC5C結構。將兩種報告質粒、過表達質粒miR-141-3pmimics以及NCmimics分別共轉染至結腸癌HCT-116和SW480細胞中,轉染24 h后裂解細胞,12000 rpm離心1 min,收集上清。使用雙熒光素酶報告基因檢測系統(tǒng)(Dual-Luciferase Reporter Assay System,E1910,Promega)檢測熒光素酶活性。每個細胞樣品中加入100 μL螢火蟲熒光素酶工作液檢測螢火熒光素酶,加入100 μL海腎熒光素酶工作液檢測海腎熒光素酶,以螢火蟲熒光素酶與海腎熒光素酶作為相對熒光素酶活性。實驗重復3次。
對數(shù)據(jù)進行處理,采用SPSS 22(IBM,SPSS,Chicago,IL,USA)系統(tǒng),計量資料采用均值±標準差的形式表示,兩組間比較為t檢驗,多組間的比較采用單因素方差分析。P<0.05表示差異具有顯著性統(tǒng)計學意義。
通過edgeR進行差異分析,共獲取299個差異miRNA(見圖1A)。其中miR-141-3p在結腸癌組織中顯著上調(見圖1B),且生存分析結果顯示,結腸癌組織中miR-141-3p高表達患者的生存時間顯著低于低表達患者(見圖1C)。然后利用qRT-PCR檢測結腸癌細胞HCT-116、SW620、SW480、HT-29細胞系以及人正常結腸上皮細胞系FHC中miR-141-3p的表達,結果如圖1D。結果表明,與人正常結腸上皮細胞相比,結腸癌細胞系中miR-141-3p的表達水平顯著上調。之后,我們選擇結直腸癌細胞系HCT-116和SW480進行后續(xù)的功能實驗。
為了評估m(xù)iR-141-3p在結腸癌細胞系(HCT-116和SW480)中的生物學功能,將miR-141-3pinhibitor和miR-141-3p-NCinhibitor轉染入HCT-116和SW480結腸癌細胞系中。利用qRT-PCR檢測各組細胞系中miR-141-3p的表達,結果表明,轉染miR-141-3pinhibitor后結腸癌細胞中的miR-141-3p表達量顯著降低(見圖2A)。然后通過MTT實驗來檢測各組細胞的增值能力,發(fā)現(xiàn)下調miR-141-3p明顯抑制了結腸癌細胞的增殖能力(見圖2B)。細胞劃痕實驗檢測各組細胞的遷移能力,結果顯示下調miR-141-3p后結腸癌細胞遷移能力明顯低于對照組(見圖2C)。最后通過Transwell實驗分析各組細胞的侵襲能力,結果表明下調miR-141-3p明顯抑制了結腸癌細胞的侵襲能力(見圖2D)。以上實驗表明,下調miR-141-3p會抑制結腸癌細胞的增殖、遷移和侵襲。
之后,我們對miR-141-3p的下游調控機制進行了研究。為進一步分析miR-141-3p的靶基因,通過edgeR進行差異分析,共獲得2065個差異mRNA(見圖3A)。利用TargetScan、miRDB兩個數(shù)據(jù)庫對miR-141-3p進行靶基因預測,并與下調的903個差異mRNA取交集,獲得38個與miR-141-3p具有靶向結合位點的靶基因(見圖3B),并且對它們進行表達分析發(fā)現(xiàn),UNC5C在結腸癌細胞中呈現(xiàn)極顯著的低表達(見圖3C)。相關性分析顯示,miR-141-3p與UNC5C具有顯著的負相關性(見圖3D)。之后,利用qRT-PCR檢測結腸癌細胞HCT-116、SW620、SW480、HT-29以及人正常結腸上皮細胞系FHC中UNC5C的表達,結果如(見圖3E)。研究發(fā)現(xiàn)與人正常結腸上皮細胞相比,結腸癌細胞系中UNC5C顯著低表達。然后利用WB檢測各細胞系中UNC5C的蛋白表達,結果顯示在結腸癌細胞系中UNC5C的蛋白表達水平明顯下調(見圖3F)。
圖1 結腸癌細胞中miR-141-3p高表達
注:A:TCGA數(shù)據(jù)庫結腸癌的normal組和tumor組的差異miRNA火山圖;B:miR-141-3p在normal組和tumor組的表達量箱線圖,其中淺色表示正常組織,深色表示結腸癌組織;C:miR-141-3p的表達量對患者預后的生存曲線,黑色線表示高表達組,灰色線表示低表達組;D:qRT-PCR檢測結腸癌細胞HCT-116、SW620、SW480、HT-29細胞系以及人正常結腸上皮細胞系FHC中miR-141-3p的表達量;*表示P<0.05。
注:A:qRT-PCR檢測各組細胞系中miR-141-3p的表達;B:MTT實驗來檢測各組細胞的增值能力;C:細胞劃痕實驗檢測各組細胞的遷移能力;D:Transwell實驗分析各組細胞的侵襲能力;*表示P<0.05。
注:A:TCGA數(shù)據(jù)庫結腸癌的normal組和tumor組的差異mRNA火山圖;B:miR-141-3p預測的靶基因和差異mRNA的venny圖;C:UNC5C在normal組和tumor組的表達量箱線圖,其中淺色表示正常組織,深色表示結腸癌組織;D:miR-141-3p與UNC5C的相關性分析;E:qRT-PCR檢測結腸癌細胞HCT-116、SW620、SW480、HT-29細胞系以及人正常結腸上皮細胞系FHC中UNC5CmRNA的表達;F:WB檢測各細胞系中UNC5C的蛋白表達;*表示P<0.05。
為了探究miR-141-3p與UNC5C的結合關系,首先通過miRNA數(shù)據(jù)分析軟件(starBase)尋找UNC5C與miR-141-3p的結合位點,結果顯示UNC5C與miR-141-3p存在結合位點(見圖4A)。利用雙熒光素酶實驗來檢測miR-141-3p和UNC5C的靶向關系,結果表明,上調miR-141-3p會抑制UNC5C-wt的熒光素酶活性,而對UNC5C-mut沒有影響(見圖4B)。然后利用qRT-PCR檢測結腸癌細胞中轉染miR-141-3pmimics或miR-NC后UNC5C的mRNA表達水平,結果發(fā)現(xiàn)過表達miR-141-3p可以顯著下調UNC5C的mRNA表達水平(見圖4C)。通過WB檢測不同組結腸癌細胞中UNC5C的蛋白表達水平,結果表明,過表達miR-141-3p可以顯著下調UNC5C的蛋白表達水平(見圖4D)。以上實驗表明在結腸癌細胞中miR-141-3p能靶向結合UNC5C并且抑制UNC5C的表達。
為了驗證miR-141-3p是否可以通過靶向UNC5C促進結腸癌細胞的增殖、遷移和侵襲,我們通過過表達結腸癌細胞HCT-116和SW480中的miR-141-3p和UNC5C來進行分析。首先,通過qRT-PCR檢測各組細胞的UNC5CmRNA表達水平,結果表明過表達miR-141-3p可以抑制UNC5CmRNA表達,但是同時過表達UNC5C會減弱過表達miR-141-3p對UNC5CmRNA表達的抑制效果,與對照組無顯著差異(見圖5A)。利用WB檢測各細胞組的UNC5C蛋白水平,結果顯示過表達miR-141-3p后UNC5C的蛋白表達水平顯著下調,但是同時過表達UNC5C后UNC5C蛋白表達水平與對照組無顯著差異(見圖5B)。之后,利用MTT實驗檢測各組細胞增殖的情況,結果表明,過表達miR-141-3p可以促進細胞的增殖,但是同時過表達UNC5C會下調過表達miR-141-3p對細胞增殖的促進效果(見圖5C)。利用細胞劃痕實驗分析各組細胞的遷移能力,發(fā)現(xiàn)過表達miR-141-3p可以促進細胞的遷移能力,但同時過表達UNC5C會使過表達miR-141-3p對細胞遷移能力的促進效果減弱(見圖5D)。同樣,利用Transwell實驗分析各組細胞的侵襲能力,結果顯示過表達miR-141-3p可以增強細胞的侵襲能力,但同時過表達UNC5C后細胞侵襲能力與對照無顯著差異(見圖4E)。通過以上分析,我們發(fā)現(xiàn)miR-141-3p可能通過靶向UNC5C促進結腸癌細胞的增殖、遷移和侵襲。
圖4 結腸癌細胞中miR-141-3p靶向結合UNC5C
注:A:生信分析miR-141-5p和UNC5C的靶向結合位點;B:雙熒光素酶實驗來檢測miR-141-5p和UNC5C兩者的靶向關系;C:qRT-PCR檢測結腸癌細胞中轉染miR-141-3pmimics或NCmimics后UNC5C的mRNA表達水平;D:WB檢測結腸癌細胞轉染miR-141-3pmimics或NCmimics后UNC5C的蛋白表達水平;*表示P<0.05,**表示P<0.01。
先前的研究已證明,miR-141-3p在多種癌癥類型中均具有致癌活性,例如卵巢癌[12]和三陰性乳腺癌[13]。臨床證據(jù)表明,在結腸癌中,miR-141-3p過表達與不良預后之間存在顯著關聯(lián)[14]。在神經(jīng)膠質瘤中,發(fā)現(xiàn)miR-141-3p抑制細胞增殖并促進細胞凋亡[15]。Li,等[16]發(fā)現(xiàn)宮頸癌中miR-141-3p的表達明顯高于正常宮頸組織,miR-141-3p的表達水平與腫瘤大小以及淋巴結轉移狀態(tài)有關,并且miR-141-3p的過表達顯著促進宮頸癌細胞的增殖、集落形成、侵襲以及上皮向間質的轉化。本研究中,我們發(fā)現(xiàn)在結腸癌細胞中miR-141-3p顯著高表達,并且下調miR-141-3p會抑制結腸癌細胞的增殖、遷移和侵襲。該研究表明在結腸癌中miR-141-3p有致癌因子的作用,與之前的研究一致。
通過生信分析發(fā)現(xiàn)UNC5C可能是miR-141-3p的靶基因,并且通過分子實驗對UNC5C進行表達分析發(fā)現(xiàn)UNC5C在結腸癌細胞中顯著下調。近年來神經(jīng)生長因子Netrin-1受體UNC5C作為大腸癌中可能的抑癌基因被廣泛研究[17]。Thiebault,等[18]人研究了人類UNC5A、UNC5B或UNC5C在包括子宮癌、結直腸癌、卵巢癌、胃癌、乳腺癌、肺癌或腎癌在內的多種癌癥中的表達情況,研究表明其在癌癥中表達下調。此外,專門針對UNC5C的最新研究表明,UNC5C在大腸癌和胃癌中顯著低表達[19-20]。這與我們的研究結果相一致。此外,雙熒光素酶實驗表明miR-141-3p對UNC5C具有靶向調控作用。功能分析實驗進一步證明miR-141-3p可以通過負調控UNC5C促進腎透明細胞癌細胞增殖、遷移和侵襲。
綜上所述,本實驗證明了在結腸癌中miR-141-3p對UNC5C有靶向調控作用,并且影響結腸癌細胞的增殖、遷移和侵襲等生物學功能。這一結果使人們更為深入地了解了miR-141-3p在結腸癌中所起的作用,為結腸癌的靶向治療提供了新的途徑。
注:A:qRT-PCR檢測各組細胞的UNC5CmRNA表達水平;B:WB檢測各細胞組的UNC5C蛋白水平;C:MTT實驗檢測各組細胞增殖的情況;D:細胞劃痕實驗分析各組細胞的遷移能力;E:Transwell實驗分析各組細胞的侵襲能力;*表示P<0.05,**表示P<0.01。