杜彥麗,王 坤,葛長榮
(云南農業(yè)大學動物科學技術學院,云南昆明 650201)
在雞養(yǎng)殖過程中,繁殖是重要的一個環(huán)節(jié),與整個養(yǎng)禽業(yè)的經(jīng)濟效益密切相關。而產(chǎn)蛋性能決定著種雞的繁殖性能,也是重要的生產(chǎn)性能,因此在蛋雞生產(chǎn)中引起了越來越多研究者的關注[1]。在家禽生產(chǎn)中,產(chǎn)蛋性能通常包括開產(chǎn)日齡、開產(chǎn)日齡體重、雞蛋重量、產(chǎn)蛋數(shù)、蛋品質等指標,主要受遺傳因子和內分泌因子影響。傳統(tǒng)育種已經(jīng)對我國蛋雞產(chǎn)蛋性能的改善起到了積極作用,隨著新興技術的發(fā)展,相關基因的鑒定及控制其活動的分子機制逐漸被發(fā)現(xiàn),為更有效地選擇產(chǎn)蛋性能提供了機會。本文就雞產(chǎn)蛋性能的內分泌因子相關的候選基因及通過全基因組關聯(lián)(GWAS)挖掘的新基因的研究進展進行論述,以期為后續(xù)的研究提供理論指導。
下丘腦-垂體-性腺(HPG)軸是最受關注的與產(chǎn)蛋性能相關的內分泌機制。在光照刺激下,下丘腦分泌促性腺激素釋放激素(GnRH),并由其受體(GnRHR)介導,刺激垂體分泌促卵泡激素(FSH)和黃體生成素(LH)來調節(jié)卵巢生長發(fā)育[2-3]。而LH和FSH刺激卵巢和睪丸,使性腺激素產(chǎn)生,引起排卵和黃體化[4-5]。近年來發(fā)現(xiàn)促性腺釋放抑制激素(GnIH)抑制GnRH和促性腺激素的分泌,從而抑制排卵[6-8]。泌乳素(PRL)主要由垂體前葉的泌乳細胞分泌,其對家禽的孵化行為是絕對必要的,它作為產(chǎn)蛋性能的負調節(jié)因子,抑制促性腺激素的分泌,并導致卵巢濾泡閉鎖。血管活性腸肽(VIP)具有促進泌乳素分泌的作用。經(jīng)VIP調控后,PRL抑制促性腺激素的釋放,從而誘導和維持雞的孵化和行為。同時神經(jīng)肽Y(NPY)是一種含有36種氨基酸的多肽,廣泛分布于下丘腦。NPY激素主要作用于HPG,以激素依賴的方式影響性成熟起始。GnRH及其受體(GnRHR)啟動級聯(lián)反應,NPY通過其受體(Y1R)抑制GnRH分泌,控制排卵[9]。同時性腺組織產(chǎn)生的性激素也會反饋作用于下丘腦神經(jīng)元細胞,從而在中樞神經(jīng)系統(tǒng)的調控下使HPG形成一個封閉的反饋系統(tǒng),調控雞產(chǎn)蛋。
雞的產(chǎn)蛋與內分泌密切相關,相關激素作用于靶器官調控產(chǎn)蛋。雖然調控雞產(chǎn)蛋性能的內分泌激素在繁殖周期中表現(xiàn)出稍好的規(guī)律性,但內分泌相關激素受其他因素影響(如遺傳和環(huán)境),因此這些激素含量不能作為雞產(chǎn)蛋性能選育的標準。盡管通過激素注射可維持產(chǎn)蛋,但這種方法并不適用于現(xiàn)代規(guī)?;酿B(yǎng)殖生產(chǎn)。
候選基因為完善雞產(chǎn)蛋性能的遺傳機制提供了基礎,也為闡明基因的功能、揭示雞產(chǎn)蛋性能的分子遺傳機制提供依據(jù)。而分子遺傳標記的開發(fā)將進一步促進優(yōu)良的家禽地方品種選育工作,為禽類品種資源保護、利用和開發(fā)奠定基礎。
2.1 HPG軸上常見的與蛋產(chǎn)性能顯著相關的候選基因目前在二郎山雞中發(fā)現(xiàn)GnlH基因中存在5個SNPs及在北京油雞中發(fā)現(xiàn)卵泡刺激素受體基因(FSHR)中存5個SNPs與產(chǎn)蛋性能顯著關聯(lián)[10-11]。在商品肉雞中發(fā)現(xiàn)GnRH內含子區(qū)SNP(C537T)與雙黃蛋產(chǎn)蛋數(shù)顯著相關[12]。另外在寧都三黃雞中發(fā)現(xiàn)GnRH-I的SNP(G840327C)與開產(chǎn)日齡顯著相關[13]。研究發(fā)現(xiàn)VIP的3個SNPs位點(5′調控區(qū)284A/G,內含子6中42913C/T,內含子8中53527C/T)與開產(chǎn)日齡和產(chǎn)蛋量顯著相關[14],而且VIP已被發(fā)現(xiàn)可以抑制火雞母雞的孵育行為并增加產(chǎn)蛋量[15]。Xu等[13]研究發(fā)現(xiàn)血管活性腸肽I型受體(VIPR-1)SNPs(C1704887T/C1715301T),多巴胺受體D2型基因(DRD2)SNPs(T5841629C)和重組人SH3-結構域GRB2樣2蛋白(SH3GL2)SNPs(T32742 468C/G32742603A)與300日齡產(chǎn)蛋數(shù)顯著相關。PRL在啟動子區(qū)有一段24 bp的插入與產(chǎn)蛋量顯著相關[16],Jiang等[17]也發(fā)現(xiàn)該基因啟動子區(qū)的24 bp的插入影響母雞的就巢行為,或許啟動子區(qū)的24 bp的插入導致該基因的轉錄受到了特異性調控,從而影響產(chǎn)蛋性能。
2.2 與產(chǎn)蛋性能顯著相關的其他基因
2.2.1 與產(chǎn)蛋量和產(chǎn)蛋數(shù)顯著相關的候選基因 有研究發(fā)現(xiàn),酪氨酸激酶2基因(JAK2)SNP(G28132240C)與北京油雞40周齡產(chǎn)蛋數(shù)顯著相關[18],JAK與轉錄因子5生長激素信號通路的激活有關,是JAK2/STAT5信號通路的一部分[19-21]。骨膜蛋白(POSTN)和血小板來源生長因子受體樣蛋白(PDGFRL)已被證實與中國大沽母雞產(chǎn)蛋數(shù)顯著相關[22]。最近發(fā)現(xiàn)京紅雞的rap鳥嘌呤核苷酸交換因子6基因(RAPGEF6)SNPs(A15829057G/A15829303G)、大沽母雞中叉頭盒L2基因(FOXL2)SNP(A238G)、寧都三黃雞中多巴胺受體D2型基因(DRD2)SNP(T5841629C)及生長分化因子9基因(GDF9)SNP(G1609T)與蛋產(chǎn)量顯著相關[13,23-24]。且FOXL和GDF9與卵巢生長、成熟和排卵顯著相關[25-28],可能成為產(chǎn)蛋性能的分子遺傳標記。
2.2.2 與開產(chǎn)日齡和開產(chǎn)日齡體重顯著相關的候選基因 經(jīng)驗證發(fā)現(xiàn)黃體生成素/人絨毛膜促性腺激素受體基因(LHCGR)SNP(G4058A/T4099G)及骨形態(tài)發(fā)生蛋白15基因(BMP15)SNP(T1773C)與雞的開產(chǎn)日齡及開產(chǎn)日齡體重顯著相關[29-30]。LHCGR是蛋白偶聯(lián)受體的成員之一,調節(jié)黃體生成素(LH)和絨毛膜促性腺激素(CG)。研究發(fā)現(xiàn)MMP13基因的啟動子區(qū)SNP(G-1356A)及信號傳導子轉錄激活子5b基因(STAT5b)5' 側翼區(qū)SNP(C-1591T)與開產(chǎn)日齡顯著相關[31-32]。其中基質金屬蛋白酶(MMPs)及其相關內源性抑制劑(TIMPs)協(xié)同作用促進了雞的卵泡發(fā)育。
2.2.3 與蛋品質顯著相關的候選基因 低密度脂蛋白受體相關蛋白8基因(LRP8)是哺乳動物低密度脂蛋白受體相關基因家族的成員之一[33]。研究發(fā)現(xiàn)LRP8是蛋殼基質蛋白的新成員,開放閱讀框區(qū)SNP(C1623T)與殼體形狀、強度、厚度及蛋殼顏色顯著相關[34]。卵抑制物基因(OIH)SNP(A4363G)與雞哈氏單位顯著相關[35]。
近幾年,GWAS雞產(chǎn)蛋性能上各項指標(開產(chǎn)日齡、開產(chǎn)日齡體重及開產(chǎn)日齡蛋重、產(chǎn)蛋數(shù)、蛋重、蛋品質)的研究也有了新進展。目前研究顯示63個SNPs及相應的34個候選基因與雞產(chǎn)蛋性能顯著相關,主要位于染色體1、2、4和5上,其中染色體1上有17個SNPs,染色體2上有4個SNPs,染色體4上有5個SNPs及染色體5上有26個SNPs,見表1。
3.1 開產(chǎn)日齡、開產(chǎn)日齡體重及開產(chǎn)日齡蛋重 通過GWAS進行分析,Liu等[36]研究發(fā)現(xiàn)在13號染色體上的1個SNP(GGaluGA092322)與開產(chǎn)日齡顯著相關,候選基因是oz/ten-m同源基因2(ODZ2)。而ODZ2對神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育非常重要,且在雞的視神經(jīng)系統(tǒng)中高表達[43-44]。有研究發(fā)現(xiàn),位于5號染色體上38.62~38.69 Mb的5個SNPs與開產(chǎn)日齡顯著相關,候選基因是Tuberin樣蛋白1(GARNL1)[41]。Fan等[37]研究發(fā)現(xiàn)9個SNPs與開產(chǎn)日齡體重顯著相關,其中4個SNPs位于1號染色體151.3~154.9 Mb區(qū)域,2個SNP位于1號染色體173.0~175.2 Mb區(qū)域,3個SNP位于4號染色體上的78.7~85.2 Mb區(qū)域;而相應的候選基因分別是miR-15a、磷脂?;嫉鞍拙厶?(GPC6)、LOC101751412、LOC101 748963、低聚高爾基復合體的組成6(COG6)、序列相似性家族184成員B(FAM184B)和亨廷頓蛋白(HTT)。GPC6與人的軟骨內骨化有關[44]。染色體1上一個基因組區(qū)域(61.72~61.77 Mb)的6個SNPs與開產(chǎn)蛋重顯著關聯(lián),候選基因是貓眼綜合征染色體候選基因1(CECR1)和貓眼綜合征染色體候選基因2(CECR2)[39],而CECR2可能與雞的胚胎發(fā)育有關。
表1 通過GWAS識別到與雞產(chǎn)蛋性能各項指標顯著相關的SNPs及相應的候選基因
3.2 產(chǎn)蛋數(shù) Liu等[36]研究發(fā)現(xiàn)與產(chǎn)蛋數(shù)相關的SNPs(GGaluGA315030)位于7號染色體上21.67 Mb,其候選基因是生長因子受體結合蛋白14(GRB14)。而在哺乳動物中,GRB14在卵巢、肝臟和腎臟中都是高度表達的[45]。GRB14與胰島素受體(IR)和胰島素樣生長因子受體(IGFR)相互作用,可能在酪氨酸激酶受體(Tkr)信號通路中發(fā)揮抑制作用[46-47]。IGF和IGFR可調節(jié)雞的卵巢功能和卵泡發(fā)育[1,48]。另外在京海黃雞中檢測到4個SNPs與產(chǎn)蛋數(shù)顯著關聯(lián),其中2個SNPs位于11號染色體上23.3~23.5 Mb區(qū)域,候選基因是核心結合因子β亞基(CBFB);一個SNP(rs13905010)位于1號染色體,候選基因是gap連接蛋白a5(GJA5);1個SNPs(rs15938574)位于2號染色體上,候選基因是絲氨酸/蘇氨酸激酶31(STK31)[37]。Liao等[42]在性染色體Z上發(fā)現(xiàn)了SNPs位點(ss1985401199),該位點與25~45周齡產(chǎn)蛋數(shù)顯著相關聯(lián)。另外1、5和23號染色體上發(fā)現(xiàn)23個SNPs與產(chǎn)蛋數(shù)顯著相關,候選基因分別是KIAA1549、通用轉錄因子II A肽1(GTF2A1)、石蛋白2(STON2)、鈣調蛋白1(CALM1)、LOC423393和卡環(huán)(CLSPN),其中21個SNPs位于5號染色體上40.15~43.16 Mb[38]。另外有研究發(fā)現(xiàn),在5號染色體上與產(chǎn)蛋量相關聯(lián)的QTL區(qū)(38.62~38.69 Mb)與40.1~43.16 Mb區(qū)相距1.41 Mb,該區(qū)域可能是與產(chǎn)蛋性能相關的重要QTL區(qū)[41]。
3.3 蛋重 在京海黃雞中發(fā)現(xiàn)5 SNPs(rs13929546、rs14254270、rs14085822、GGaluGA265806、GGaluGA265645)分別位于染色體1、2、3、4上,與蛋重顯著關聯(lián),候選基因分別是Ras 2激酶抑制基因連接增強子(CNKSR2)、中介復合物亞基30(MED30)、CDC42結合蛋白激酶(CDC42BPA)、Kv通道相互作用蛋白4(KCNIP4)、增殖激活受體共激活因子1(PPARGC1A),其中4號染色體上2個SNPs位于76.5~77.4 Mb區(qū)[37],而有研究發(fā)現(xiàn)SNP(ss1985401190)位于4號染色體上,與25~45周蛋重顯著相關,候選基因是shroom家族成員3基因(SHROOM3),與76.5~77.4 Mb區(qū)相距27.3 Mb,該區(qū)域可能是與產(chǎn)蛋性能相關的重要QTL區(qū)[42]。而這些顯著的SNPs及QTL的發(fā)現(xiàn)加速了雞產(chǎn)蛋性能遺傳機制的研究進展。
3.4 蛋品質 有研究發(fā)現(xiàn),2個顯著SNPs(rs13636444、rs14411624)分別位于2和3號染色體上,與40周蛋殼重量顯著相關,候選基因是多肽N-乙酰半乳糖氨基轉移酶1(GALNT1)和BLK[36]。GALNT1突變可導致人類卵巢癌[49]。因此,正常的GALNT1或許可以使卵巢功能保證正常。同時有研究發(fā)現(xiàn)在11號染色體上SNPs(rs14022717)與60周齡蛋殼重顯著相關,候選基因是鋅指蛋白蛋白536(ZNF536)[36]。ZNF536基因是一種轉錄抑制因子[50-51],這是首次報道ZNF536可能影響雞的蛋殼重。1號染色體上的2個SNPs位于171.22~179.35 Mb區(qū),與40周齡蛋殼厚度顯著相關,相應的候選基因是LOC418918和ENOX1[36];另外有研究發(fā)現(xiàn),在1號染色體上與蛋殼厚度相關聯(lián)的QTL與171.22~179.35 Mb區(qū)相距70 Mb[52],該區(qū)域可能是與產(chǎn)蛋性能相關的重要QTL區(qū)。研究發(fā)現(xiàn),26號染色體上的2個SNPs位于34.53~34.54 Mb區(qū),與蛋殼厚度顯著相關[42]。
在調控卵泡、卵巢的發(fā)育和成熟上,研究者發(fā)現(xiàn)了許多新的基因與雞產(chǎn)蛋性能顯著關聯(lián),加深了對雞產(chǎn)蛋性能候選基因的認識。研究禽類的卵巢及卵泡發(fā)育機制對于提高家禽的繁殖性能有非常重要的意義。而卵泡的發(fā)育一搬包括卵泡的生長、優(yōu)勢卵泡的挑選及卵泡的分化等,是一個非常復雜的過程;且卵泡的發(fā)育是胞外基質重建的過程,胞外基質的維持與金屬蛋白酶(MMPs)和它的組織抑制因子(TIMPs)相互協(xié)調而控制。有報道表明,MMP-1、MMP-3、MMP-9對禽類卵巢的成熟有重要作用,但在卵巢的發(fā)育過程中的功能卻不相同。研究發(fā)現(xiàn)雞的PAPPA2基因可能以旁分泌或自分泌的方式調控卵泡的生長發(fā)育。另外也有研究發(fā)現(xiàn)TNRC6A基因與雞卵巢、卵泡發(fā)育密切相關,而miR-26α可能負調控TNRC6A,導致TNRC6A表達量下降[53],從而影響雞的卵巢及卵泡發(fā)育,其具體的機制還需進一步證明。由于卵泡發(fā)育過程復雜而精細,其機制目前為止還未完全解釋清楚。
隨著對雞產(chǎn)蛋性能候選基因挖掘的不斷深入,候選基因數(shù)量不斷增加,為雞育種工作提供了更多的技術手段,極大地縮短了育種進程,促進了雞產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。在研究進程中,候選基因法能識別許多候選基因,但這些基因的調控機制尚不清楚,基因的功能驗證有助于闡述這些機制。近年來,GWAS已挖掘到許多與產(chǎn)蛋性能顯著相關的SNPs和新基因。而目前該領域存在的問題:①在進行GWAS時,由于數(shù)量性狀具有微效多基因控制的機制,容易受到復雜環(huán)境因素的影響,效應較弱的遺傳因子不容易被檢測到,而整合分析法可以克服小樣本研究檢測效力不高的缺陷,提高結果的可靠性。②GWAS只檢測表型與基因型的關聯(lián)情況,而基因的功能驗證明顯不足。③不同群體研究結果由于群體遺傳背景不同,群體太小及研究方法的誤差導致研究結果重復性差,所以設計合理的實驗方案非常必要。另外Refseq通過高通量測序技術檢測繁殖性能差異的候選基因,并進行功能注釋和富集分析,構建產(chǎn)蛋性能相關的候選基因的網(wǎng)格圖調控圖,解釋雞產(chǎn)蛋性能的遺傳機制也是未來研究的重點方向。