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lncRNA NEAT1調(diào)控肝癌干細胞擴增及自我更新的機制研究

2020-08-26 10:33孫立娜孫雪珊孟慶彩
關(guān)鍵詞:磷酸化克隆肝癌

劉 晨,季 丹,孫立娜,孫雪珊,孟慶彩

保定市第一醫(yī)院檢驗科,河北 保定 071000

肝癌是世界范圍內(nèi)最常見的惡性腫瘤之一,具有較高的發(fā)病率和死亡率[1-2],而我國肝癌發(fā)病率和病死率位居前列。目前,由于診斷肝癌的特異性指標靈敏性低,發(fā)現(xiàn)時已處于晚期,治療后出現(xiàn)復(fù)發(fā)、轉(zhuǎn)移和耐藥現(xiàn)象,患者的生存率仍然很低。因此,我們亟需尋找新的肝癌診斷標志物及治療靶點。隨著研究的深入,發(fā)現(xiàn)腫瘤細胞中存在一小部分具有干細胞特性的腫瘤細胞即腫瘤干細胞(cancer stem cells,CSCs)。CSCs具有自我更新能力和多向分化潛能[3-4],是腫瘤發(fā)生發(fā)展、侵襲轉(zhuǎn)移及復(fù)發(fā)耐藥的根源所在。長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一類轉(zhuǎn)錄本長度>200 nt、無蛋白質(zhì)編碼功能、缺少開放閱讀框(open reading frame,ORF)的功能性RNA分子,與CSCs的干性特征、擴增、自我更新及分化有一定的關(guān)系。lncRNA NEAT1在2007年由Hutchinson等[5]首次發(fā)現(xiàn),其主要位于細胞核內(nèi),是亞細胞結(jié)構(gòu)核旁斑的重要組成部分,參與形成和維持核旁斑。lncRNA NEAT1表達與細胞的分化程度有關(guān),在調(diào)控CSCs生物學(xué)功能中發(fā)揮重要作用。肝癌干細胞(liver cancer stem cells,LCSCs)同樣存在于肝癌中,參與了肝癌的發(fā)生發(fā)展和復(fù)發(fā)耐藥[6]。因此,本研究分析lncRNA NEAT1在LCSCs的表達,探討其作為肝癌診斷及預(yù)后判定標志物的可行性;并探究過表達lncRNA NEAT1對LCSCs擴增及自我更新的調(diào)控及其機制;旨在為LCSCs的調(diào)控機制提供新的理論基礎(chǔ),為肝癌的診療提供新靶標和策略。

1 材料與方法

1.1 試驗材料肝癌細胞培養(yǎng):人肝癌細胞系HCCLM3細胞購自中國科學(xué)院上海細胞典藏庫,用含質(zhì)量濃度為100 g/L FBS的DMEM完全培養(yǎng)基(Hyclone),置于37 ℃體積分數(shù)為5% CO2濃度的培養(yǎng)箱中進行培養(yǎng)。待細胞匯合度為80%左右時,進行傳代培養(yǎng)。

LCSCs獲得:取對數(shù)生長期HCCLM3細胞,以5 000個/孔接種于6孔低黏附培養(yǎng)板中,用不含F(xiàn)BS的DMEM/F12培養(yǎng),同時輔以B27(1∶50)(Invitrogen)、20 ng/ml EGF(Peprotech)、10 ng/ml bFGF(Invitrogen)和4 mg/ml胰島素(Sigma),置于37 ℃、體積分數(shù)為5% CO2孵箱中培養(yǎng)7 d,當細胞球直徑為50 μm時,添加質(zhì)量濃度為2.5 g/L的胰酶將細胞球消化,得到LCSCs。

1.2 細胞轉(zhuǎn)染以pCDH-CMV質(zhì)粒為載體,構(gòu)建NEAT1過表達慢病毒質(zhì)粒(pCDH-CMV-NEAT1)及陰性對照質(zhì)粒(pCDH-CMV-NC),用三質(zhì)粒系統(tǒng)進行NEAT1過表達慢病毒包裝。LCSCs細胞密度調(diào)整為2×105ml-1,接種于6孔板中,DMEM完全培養(yǎng)基培養(yǎng),用10個感染復(fù)數(shù)病毒感染細胞,建立穩(wěn)定表達NEAT1的肝癌細胞系及對照細胞系,48 h后采用qRT-PCR檢測不同病毒的感染效率。

1.3 總RNA的提取及熒光定量PCR收集細胞,采用Trizol試劑(Life Technologies)提取總RNA,微量分光光度計檢測總RNA純度和濃度。以總RNA為模板,用反轉(zhuǎn)錄試劑盒(Promega)反轉(zhuǎn)錄為cDNA,ABI 7500熒光定量PCR儀上進行qRT-PCR檢測各組細胞lncRNA NEAT1相對表達量。qRT-PCR反應(yīng)體系為:1 μl cDNA,1 μl上游/下游引物混合物(5 μmol/L),5 μl 2×SYRB Green Master,3 μl Milli Q水,總體積10 μl。lncRNA NEAT1上游引物序列為5′-GGGTGGTCTGAGGAGTGATG-3′,下游引物序列為5′-CCTGGAAAATAAAGCGTTGGT-3′,內(nèi)參照GAPDH上游引物為5′-TGAACGGGAAGCTCACTGG-3′,下游引物為5′-TCCACCACCCTGTTGCTGTA-3′,經(jīng)生物信息庫查找由Invitrogen公司設(shè)計合成。qRT-PCR反應(yīng)條件為:95 ℃預(yù)變性10 min;擴增循環(huán):95 ℃變性15 s、60 ℃退火30 s、72 ℃延伸35 s,進行40個循環(huán);72 ℃終末延伸10 min。以GAPDH作為內(nèi)參,采用公式2-ΔΔCT定量分析lncRNA NEAT1的相對表達量,△Ct=Ct(目的基因)-Ct(內(nèi)參),△△Ct =△Ct(處理組)-△Ct(對照)。

1.4 流式細胞儀檢測LCSCs擴增收集細胞,以2×105/孔接種于6孔板中,24 h后用胰蛋白酶消化細胞,以1 000 r/min離心3 min,用PBS重懸后,以1 000 r/min離心3 min,收集細胞沉淀。按1∶50比例用PBS稀釋流式抗體(EpCAM抗體及CD133抗體)(Mitenyi Biotec)及其對照抗體,總體積100 μl加入細胞沉淀中,輕彈混勻,4 ℃孵育30 min,每5 min間隔輕彈混勻;用PBS重懸離心洗2遍后,加入200 μl PBS重懸,用尼龍網(wǎng)過濾至流式檢測管中,流式細胞儀檢測并分析EpCAM+和CD133+細胞亞群比例。

1.5 細胞克隆形成能力的檢測收集細胞,按50個/孔接種于24孔板,用含質(zhì)量濃度為100 g/L FBS的DMEM完全培養(yǎng)基(Hyclone)培養(yǎng),置于37 ℃,體積分數(shù)為5% CO2的培養(yǎng)箱中進行培養(yǎng),每3~4 d更換1次新鮮培養(yǎng)液。根據(jù)不同細胞的生長狀況,7 d后對克隆進行染色。棄去培養(yǎng)基,甲醇(國藥集團化學(xué)試劑有限集團)室溫固定10 min,棄去甲醇,水洗,超凈臺中吹干,質(zhì)量濃度為5 g/L的結(jié)晶紫溶液染色120 min,棄去結(jié)晶紫溶液,水洗,風(fēng)干。拍照記錄細胞克隆情況,計算克隆形成率(以50個細胞以上的群體為1個克隆),克隆形成率=(平均克隆形成個數(shù)/接種細胞數(shù))×100%。

1.6 細胞成球生長能力的檢測收集細胞,按20個/孔接種于低黏附的96孔板中,用含質(zhì)量濃度為5 g/L FBS的成球培養(yǎng)基DMEM/F12培養(yǎng),同時輔以B27(1∶50)(Invitrogen)、20 ng/ml EGF(Peprotech)、10 ng/ml bFGF(Invitrogen)和4 μg/ml胰島素(Sigma),置于37 ℃、體積分數(shù)為5% CO2孵箱中培養(yǎng),每3~4 d補加1次新鮮培養(yǎng)液。根據(jù)細胞生長狀況,7 d后在顯微鏡下觀察統(tǒng)計細胞成球數(shù)量(直徑>75 μm)和體積,計算細胞成球率,成球率=(平均細胞球數(shù)/接種細胞數(shù))×100%。

1.7 蛋白印跡實驗收集細胞,蛋白裂解液裂解細胞,提取總蛋白,BCA檢測試劑盒(Pierce)測定總蛋白濃度。配制質(zhì)量濃度為100 g/L的分離膠,取20 μg總蛋白進行SDS-PAGE,經(jīng)質(zhì)量濃度為100 g/L的分離膠分離蛋白后,轉(zhuǎn)于PVDF膜上,質(zhì)量濃度為50 g/L的脫脂牛奶室溫封閉1 h,添加一抗孵育,辣根過氧化物酶(HRP)標記抗體,抗體p-LATS1、p-YAP按1∶1 000稀釋,GAPDH抗體按1∶5 000稀釋,4 ℃孵育過夜,TBST洗膜3次,加入HRP標記的羊抗鼠/兔二抗(1∶5 000),室溫孵育2 h,TBST洗膜3次。加入ECL顯色,暗室中曝光成像,以GAPDH作為內(nèi)參,使用Gene Tools圖像分析系統(tǒng)對目的蛋白的灰度值進行分析。

2 結(jié)果

2.1 lncRNA NEAT1在LCSCs中高表達利用qRT-PCR檢測從肝癌細胞HCCLM3中富集的LCSCs與肝癌細胞HCCLM3中NEAT1表達差異,結(jié)果顯示,與HCCLM3細胞相比,NEAT1在LCSCs中的表達水平顯著升高(P<0.05,見圖1),提示NEAT1可能與LCSCs的“干性”有關(guān)。

圖1 LCSCs與肝癌細胞HCCLM3中NEAT1表達情況

2.2 lncRNA NEAT1過表達細胞模型的建立分別用過表達lncRNA NEAT1的慢病毒及對照慢病毒感染LCSCs,建立穩(wěn)定過表達lncRNA NEAT1的LCSCs系及對照細胞系,qRT-PCR檢測慢病毒的感染效率,結(jié)果顯示,感染過表達lncRNA NEAT1慢病毒的LCSCs中l(wèi)ncRNA NEAT1的相對表達量顯著高于對照感染(P<0.001,見圖2),表明過表達lncRNA NEAT1的慢病毒的感染效率高,可作為穩(wěn)定的過表達細胞模型進行后續(xù)實驗。

圖2 慢病毒過表達lncRNA NEAT1表達水平效率驗證

2.3 過表達lncRNA NEAT1促進LCSCs的擴增流式細胞術(shù)檢測過表達lncRNA NEAT1細胞及其對照細胞中LCSCs的比例變化,結(jié)果顯示,與對照組相比,lncRNA NEAT1過表達組肝癌細胞中EpCAM+和CD133+的LCSCs細胞亞群比例明顯增多(P<0.05,見圖3),提示過表達lncRNA NEAT1可以促進LCSCs的擴增。

圖3 過表達lncRNA NEAT1對肝癌細胞中LCSCs比例的影響

2.4 過表達lncRNA NEAT1促進LCSCs的自我更新克隆形成實驗和細胞成球?qū)嶒灆z測過表達lncRNA NEAT1對肝癌細胞自我更新能力的影響,細胞成球?qū)嶒灠l(fā)現(xiàn),與對照組細胞相比,過表達lncRNA NEAT1后,細胞成球率顯著升高(P<0.001,見圖4),且成球體積增大;克隆形成實驗顯示,過表達lncRNA NEAT1的細胞,其單細胞克隆形成率明顯增強(P<0.05,見圖5)。以上結(jié)果提示,過表達lncRNA NEAT1能夠促進LCSCs的自我更新。

圖4 過表達lncRNA NEAT1對LCSCs成球能力的影響(放大200倍)

圖5 過表達lncRNA NEAT1對LCSCs克隆形成能力的影響(放大200倍)

2.5 過表達lncRNA NEAT1活化Hippo信號通路Western blotting檢測過表達lncRNA NEAT1對Hippo信號通路中關(guān)鍵蛋白LATS1和YAP蛋白磷酸化水平的影響,結(jié)果顯示,與對照細胞相比,過表達lncRNA NEAT1后,YAP及其上游分子LATS1的磷酸化水平明顯減弱(P<0.05,見圖6)。YAP磷酸化后會滯留于細胞質(zhì)中或被降解,去磷酸化后的YAP才能從細胞質(zhì)中轉(zhuǎn)移到細胞核內(nèi)發(fā)揮轉(zhuǎn)錄調(diào)控作用,YAP磷酸化水平的減弱表明lncRNA NEAT1的過表達緩解YAP滯留于細胞質(zhì),促進其核轉(zhuǎn)位活化,活化Hippo信號通路。

圖6 過表達lncRNA NEAT1促進Hippo信號通路活化

3 討論

近年來,越來越多的研究在眾多實體瘤中均發(fā)現(xiàn)了CSCs的存在,其具有干細胞自我更新及分化等特點,且具備更強的侵襲性及耐藥性,是癌癥復(fù)發(fā)、轉(zhuǎn)移的重要因素之一[7]。目前,傳統(tǒng)的手術(shù)切除、放化療及分子靶向治療是肝癌治療的主要方式,然而這些傳統(tǒng)治療手段往往不能徹底根除LCSCs。LCSCs是肝癌腫瘤細胞中存在的小部分亞群細胞,對肝癌的發(fā)生發(fā)展起至關(guān)重要的作用。因此,探索LCSCs的分子機制,發(fā)現(xiàn)可能的針對性治療靶點對肝癌的治療非常重要。

LCSCs具有更強的侵襲性和耐藥能力,是導(dǎo)致肝癌復(fù)發(fā)、轉(zhuǎn)移、根治困難的重要原因之一[8]。Phi等[9]研究發(fā)現(xiàn),抗腫瘤藥物的施加使腫瘤細胞置于藥物脅迫之下,腫瘤細胞突變從而產(chǎn)生耐藥現(xiàn)象,而這種耐藥突變很可能源于CSCs,且在向成熟腫瘤細胞分化過程中維持耐藥性。越來越多的證據(jù)表明,lncRNAs會根據(jù)細胞不同的分化狀態(tài)及細胞類型特異性表達[10-11],lncRNAs的異常表達在腫瘤的CSCs生物學(xué)過程中發(fā)揮著重要的調(diào)節(jié)作用[12-13]。lncRNA NEAT1由11號染色體轉(zhuǎn)錄而來,是亞細胞結(jié)構(gòu)核旁斑的一個重要組成部分,參與形成及維持核旁斑[14]。研究表明,lncRNA NEAT1的表達與細胞的分化程度有關(guān),其在胚胎干細胞、肌細胞、神經(jīng)細胞分化過程中隨分化進展逐漸上調(diào)[15]。CSCs往往處于低分化狀態(tài),向成熟腫瘤細胞狀態(tài)分化,提示NEAT1在CSCs與腫瘤細胞中的表達水平可能存在差異,且可能發(fā)揮不同的作用。本研究通過對HCCLM3細胞低黏附成球培養(yǎng)富集LCSCs,qRT-PCR檢測LCSCs和HCCLM3細胞中l(wèi)ncRNA NEAT1的表達差異,結(jié)果顯示,NEAT1在LCSCs中表達顯著上調(diào),且LCSCs被認為是肝癌的起源,提示lncRNA NEAT1在肝癌發(fā)生的早期可能發(fā)揮作用,為lncRNA NEAT1作為肝癌早期診斷標志物提供了可能性。

報道指出,lncRNA NEAT1可以調(diào)控干性細胞的相關(guān)生物學(xué)功能,控制腫瘤的起始發(fā)生與進展。Yang等[16]研究發(fā)現(xiàn),lncRNA NEAT1在CD133+的膠質(zhì)瘤細胞中高表達,敲低lncRNA NEAT1表達抑制CD133+膠質(zhì)瘤細胞的軟瓊脂克隆形成能力。Jiang等[17]發(fā)現(xiàn),干擾lncRNA NEAT1的表達,非小細胞肺癌形成的干細胞球中干性相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子的表達下降。Wang等[18]研究發(fā)現(xiàn),lnc-DILC在LCSCs中低表達,可以通過結(jié)合于IL-6的啟動子區(qū),調(diào)控IL-6/STAT3自分泌信號通路來抑制LCSCs的自我更新。本研究通過轉(zhuǎn)染慢病毒建立lncRNA NEAT1過表達細胞模型,通過流式細胞儀檢測、克隆形成實驗和細胞成球?qū)嶒灆z測證實lncRNA NEAT1的過表達可以促進LCSCs的擴增及自我更新功能,表明lncRNA NEAT1在LCSCs中高表達不僅僅是一種生物學(xué)現(xiàn)象,而且對于LCSCs的擴增及自我更新的維持具有重要調(diào)控作用。

Hippo信號通路是近年來備受關(guān)注的一條信號通路,在癌癥環(huán)境中可以調(diào)控干性或前體細胞的命運轉(zhuǎn)化和分化影響癌癥的發(fā)生、發(fā)展[19]。Hippo信號通路中,LATS1蛋白被上游信號激活磷酸化后與MOB1形成復(fù)合物,進而使轉(zhuǎn)錄共激活因子YAP磷酸化,磷酸化后的YAP會被酪氨酸3-加單氧酶/色氨酸5-加單氧酶激活蛋白(14-3-3蛋白)滯留于細胞質(zhì)中,從而發(fā)生泛素化降解,使YAP無法進入細胞核發(fā)揮轉(zhuǎn)錄激活作用[20-21]。Qu等[22]研究發(fā)現(xiàn),lncARSR通過與LATS競爭性結(jié)合YAP來促使YAP發(fā)生核轉(zhuǎn)位,促進腎癌CSCs的擴增。本研究利用Western blotting檢測了過表達lncRNA NEAT1對YAP及其上游調(diào)控蛋白LATS1的磷酸化水平的影響,結(jié)果顯示,過表達lncRNA NEAT1后抑制LATS1、YAP的磷酸化,使YAP去磷酸化,促進其核轉(zhuǎn)位活化,進而活化Hippo信號通路。本研究結(jié)果顯示,NEAT1可能通過調(diào)控Hippo信號通路關(guān)鍵蛋白磷酸化來實現(xiàn)對LCSCs的擴增及自我更新功能,為肝癌的診治提供了新的理論依據(jù)。然而LCSCs調(diào)控過程復(fù)雜且包含多種信號通路,Hippo/YAP通路對CSCs特異性的調(diào)控機制尚處于起步階段,且目前有關(guān)LCSCs中l(wèi)ncRNAs調(diào)控Hippo通路的研究較少,因此本研究還需進一步探究證實。此外,lncRNAs較長的核酸長度往往易形成二級結(jié)構(gòu),通過與多種蛋白質(zhì)、DNA或RNA結(jié)合調(diào)控基因表達[23]。研究[24]表明,NEAT1可通過與多種蛋白質(zhì)結(jié)合參與形成核旁斑。既往相關(guān)研究[18]發(fā)現(xiàn),lnc-DILC可直接結(jié)合IL-6啟動子,通過抑制IL-6/STAT3自分泌信號通路調(diào)控LCSCs的擴增?;诖宋覀兺茰yNEAT1可能也通過結(jié)合某種特定蛋白調(diào)控Hippo通路。而有研究[25]又表明,蛋白激酶A(PKA)可引起Hippo通路關(guān)鍵蛋白LATS1/2及YAP磷酸化,激活Hippo通路,調(diào)節(jié)細胞增殖、分化。是否又可猜測NEAT1與PKA間可能存在某種必然聯(lián)系調(diào)控Hippo信號通路參與LCSCs的擴增及更新。以上推測此前尚未見有較多研究報道,NEAT1通過怎樣的結(jié)合路徑調(diào)控Hippo通路影響LCSCs的擴增及自我更新功能還需后期繼續(xù)深入探究,也是后期研究的方向及展望。再者近年來既往大量研究已證明CSCs對眾多疾病的進展、轉(zhuǎn)移、復(fù)發(fā)及治療耐藥性存在影響且得到一致認可,并證實部分lncRNAs、miroRNAs及蛋白等通過Wnt/β-catenin、TGF-β、Notch及Hedgehog等信號通路調(diào)控參與LCSCs的擴增及自我更新,促進EMT及干細胞表型的獲得,且已鑒定出多種LCSCs表面標志物?,F(xiàn)有研究仍不能通過獨立的一種分子標志物將LCSCs高純度分離,干細胞多種分子調(diào)控機制尚未完全清楚,關(guān)于LCSCs的研究也大都基于體外實驗獲得,缺乏體內(nèi)微環(huán)境,將所得成果直接用于臨床是否能夠獲得同樣成效目前也尚不得知,預(yù)示肝癌的治療仍需經(jīng)歷漫長的實踐探索路程。

綜上所述,lncRNA NEAT1在LCSCs中顯著高表達,過表達NEAT1促進LCSCs的擴增及自我更新能力,可能通過活化Hippo信號通路來實現(xiàn),初步闡明了NEAT1對LCSCs擴增及自我更新的調(diào)控作用機制,為肝癌的診斷治療提供了新的理論依據(jù)。

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