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FisetinCu&Zn配合物和嘌呤分子相互作用的理論研究

2020-10-21 05:40羅冬梅李雪剛姚娜譚冬遠(yuǎn)靳瑞發(fā)肖文敏辛景凡孫菱翎余杰
關(guān)鍵詞:嘌呤

羅冬梅 李雪剛 姚娜 譚冬遠(yuǎn) 靳瑞發(fā) 肖文敏 辛景凡 孫菱翎 余杰

摘 要:本文采取量子化學(xué)中的DFT(密度泛函)法,用Gauss09程序包優(yōu)化的了Fisetin及Fisetin和Cu2+,Zn2+形成的可能的配合物與嘌呤分子相互作用后的幾何結(jié)構(gòu).得出相對(duì)應(yīng)的優(yōu)化的之后的結(jié)構(gòu)參數(shù)、相互作用能量等,計(jì)算結(jié)果顯示,所優(yōu)化的體系均無虛頻,結(jié)構(gòu)穩(wěn)定.所得相互作用能表明,鳥嘌呤(Guanine)與所設(shè)計(jì)絡(luò)合物之間有明顯相互作用.

關(guān)鍵詞:Fisetin(漆黃素);Zn2+,Cu2+;嘌呤;量子化學(xué)

中圖分類號(hào):O642.0? 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A? 文章編號(hào):1673-260X(2020)03-0028-05

1 引言

漆黃素(Fisetin,屬于黃酮類化合物的一種,非人工加工過的黃酮化合物類存在生物活性、藥理功能和抗氧化能力,并用于某些疾病的預(yù)防及治療,如癌癥,腫瘤等,對(duì)于新創(chuàng)造的的藥物的設(shè)計(jì)有很重要的意義.)[1]是科學(xué)家從漆樹木質(zhì)部的一些水提煉物中提取出的,它能夠保護(hù)血管、防止脂質(zhì)過氧化.大量的生命必須要含有微量的元素中,Cu2+和Zn2+是不可或缺的,所以其絡(luò)合物的一些生理以及藥理作用是我們的研究目標(biāo)之一[2].Fisetin或者銅的絡(luò)合物也同樣能夠呈現(xiàn)出好的抗氧化性或者增強(qiáng)藥性,銅元素是一種常見的微量元素,在呼吸中發(fā)揮著重要作用,在光合作用中同樣的發(fā)揮著作用,而且它在很多的酶中能夠發(fā)現(xiàn)[3].鋅能夠讓我們發(fā)育、提高食欲、增強(qiáng)智力和免疫力,參和體內(nèi)300多種酶和功能蛋白的組成等,食物攝取來源主要為水產(chǎn)品和肉類及谷物.[4]

Fisetin添加到營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑中,有多種藥理作用.同時(shí)四類堿基是生命體DNA的組成單元,任何藥理和生理過程都會(huì)和其有關(guān)[5].黃酮類化合物有一些金屬離子配合物能夠提高藥效而且存在藥理機(jī)能,有望為中藥物質(zhì)基礎(chǔ)研究提供一些好的新的途徑,也是Fisetin的一個(gè)研究方向和目標(biāo)[6].本文選取漆黃素分子和Cu2+,Zn2+,按照理論和計(jì)算上可能的配合方式,研究設(shè)計(jì)出三種絡(luò)合物,絡(luò)合方式為堿基分子采取N或者O原子位置,和絡(luò)合物中的金屬離子中心直接接觸,結(jié)果表明,只有鳥嘌呤和該類絡(luò)合物有明顯相互作用.

2 計(jì)算細(xì)節(jié)

論文所涉及到的有計(jì)算均采用高斯09[7]程序包,在B3LYP[8]水平上完成.非金屬元素C、H和O采用6-31++g**[9]基組,金屬銅、鋅離子采用LANL2DZ[10]基組,得到了全優(yōu)化的的分子、配合物體系以及該配合物體系和四個(gè)堿基相互作用體系,能量數(shù)據(jù),結(jié)果表明Fisetin銅、鋅絡(luò)合物只對(duì)鳥嘌呤有明顯的相互作用.

3 結(jié)果和討論

3.1 腺嘌呤絡(luò)合體系

由表1知,在2Fisetin-Cu1+-A分子中,結(jié)合Cu+之后,Cu+離子和O的鍵長(zhǎng)R(O13,Cu)為2.560A,是最長(zhǎng)的鍵,是不穩(wěn)定的,Cu+離子和O的鍵長(zhǎng)R(O14,Cu)為2.104A,是最短的鍵,相對(duì)穩(wěn)定的.C-N的鍵長(zhǎng)R(C63,N75)為1.377A;N-H的鍵長(zhǎng)R(H70,N71)為1.040A;C-O的鍵長(zhǎng)R(C8,O13)為1.253A.在2Fisetin -Cu2+-A-opt分子中,結(jié)合Cu2+之后,Cu2+離子和O的鍵長(zhǎng)R(O43,Cu)為2.270A,是最長(zhǎng)的鍵,是不穩(wěn)定的,Cu2+離子和O的鍵長(zhǎng)R(O44,Cu)為2.037A是最短的鍵,穩(wěn)定.C-N的鍵長(zhǎng)R(C63,N75)為1.348A;N-H的鍵長(zhǎng)R(H70,N71)為1.014A;C-O的鍵長(zhǎng)R(C8,O13)為1.260A.在2Fisetin-Zn2+-A-opt分子中,結(jié)合Zn2+之后Zn2+和O的長(zhǎng)R(O43,Zn)為2.164A是最長(zhǎng)的鍵,是不穩(wěn)定的,Zn2+和O的長(zhǎng)R(O44,Zn)為2.05A,是最短的鍵,是相對(duì)穩(wěn)定的.N-H的鍵長(zhǎng)R(H70,N71)為1.014A;C-N的鍵長(zhǎng)R(C63,N75)為1.363A;N-H的鍵長(zhǎng)R(H70,N71)為1.014A;C-O的鍵長(zhǎng)R(C8,O13)為1.397A.結(jié)合堿基后,2Fisetin-Zn2+-A-op相比較2Fisetin-Cu2+-A-opt,2Fisetin-Cu1+-A的鍵長(zhǎng)減小,所以Zn2+結(jié)合Fisetin在幾何參數(shù)上看更加穩(wěn)定.

如圖1 Fisetin和Adenine大體上是平面的機(jī)構(gòu),F(xiàn)isetin和堿基Adenine(腺嘌呤)結(jié)合后,Cu+為中心原子,在2Fisetin-Cu+-A-opt中,原Fisetin中的鍵角A(C2,C1,C6)由119.62°變化到122.31°變化了2.69°;原Adenine中的鍵角A(C2,C1,C13)由108.26°變化到126.86°變化了21.60°.Fisetin和堿基Adenine(腺嘌呤)結(jié)合后,Cu2+為中心原子,在2Fisetin-Cu2+-A-opt中原Fisetin中的鍵角A(C2,C1,C6)由119.62°變化到122.04°變化了2.44°;原Adenine中的鍵角A(C2,C1,C13)由108.26°變化到121.92°變化了13.67°.Fisetin和堿基Adenine(腺嘌呤)結(jié)合后,Zn2+為中心原子,在2Fisetin-Zn2+-A-opt中原Fisetin中的鍵角A(C2,C1,C6)由119.62°變化到126.86°變化了7.24°;原Adenine中的鍵角A(C2,C1,C13)由108.25°變化到122.62°變化了14.37°說明平面結(jié)構(gòu)被打破.

3.2 鳥嘌呤絡(luò)合體系

根據(jù)表3、表4知,在2Fisetin-Cu+-GO-opt分子中,結(jié)合Cu之后,Cu+離子和O的鍵長(zhǎng)R(O44,Cu)為1.943A,是最長(zhǎng)的鍵,是不穩(wěn)定的,Cu+離子和O的鍵長(zhǎng)R(C64,N71)為1.315A,是最短的鍵,是相對(duì)穩(wěn)定的.C-N的鍵長(zhǎng)R(C64,N72)為1.376A;C-H的鍵長(zhǎng)R(C65,H67)為1.082;C-O的鍵長(zhǎng)R(C40,O42)為1.382A.在2Fisetin-Cu2+-GO-opt分子中,結(jié)合Cu之后,Cu2+離子和O的鍵長(zhǎng)R(O13,Cu)為3.658A,是最長(zhǎng)的鍵,是不穩(wěn)定的,Cu2+離子和O的鍵長(zhǎng)R(O44,Cu)為1.923是最短的鍵是相對(duì)穩(wěn)定的,C-N的鍵長(zhǎng)R(C61,N62)為1.451A;N-H的鍵長(zhǎng)R(N66,H74)為1.472A;C-O的鍵長(zhǎng)R(C38,O43)為1.261A.

在2Fisetin-Zn2-GO-opt分子中,Zn2+和O的長(zhǎng)R(O43,Zn)為2.146A是最長(zhǎng)的鍵,是不穩(wěn)定的,Zn2+和O的長(zhǎng)R(O44,Zn)為2.039A,是最短的鍵,是相對(duì)穩(wěn)定的.N-H的鍵長(zhǎng)R(H70,N71)為1.042A;C-N的鍵長(zhǎng)R(C63,N75)為1.363A;N-H的鍵長(zhǎng)R(H70,N71)為1.042A;C-O的鍵長(zhǎng)R(C38,O43)為1.272A.結(jié)合堿基后,2Fisetin-Cu2+-GO-opt相比較2Fisetin-Cu+-GO-opt,2Fisetin-Zn2+-GO的鍵長(zhǎng)減小,所以Cu2+結(jié)合Fisetin更加穩(wěn)定.

根據(jù)表5知,如圖所示Fisetin和Guanine大體上是平面的機(jī)構(gòu),F(xiàn)isetin和堿基Guanine結(jié)合后,Cu+為中心原子,在2Fisetin-Cu+-GO-opt中,原Fisetin中的鍵角A(C2,C1,C6)由119.62°變化到119.78°變化0.16°;原Guanine中的鍵角A(C2,C1,C4)由118.56°變化到110.464°變化了-8.10°.Fisetin和堿基Guanine結(jié)合后,Cu2+為中心原子,在2Fisetin-Cu2+-GO-opt中原Fisetin中的鍵角A(C2,C1,C6)由119.62°變化到120.47°變化了0.85°;原Guanine中的鍵角A(C2,C1,C4)由118.56°變化到122.62°變化4.06°.Fisetin和堿基Guanine結(jié)合后,Zn2+為中心原子,在2Fisetin-Zn2+-GO-opt中原Fisetin中的鍵角A(C2,C1,C6)由119.62°變化到126.86°變化了7.24°;原Guanine中的鍵角A(C2,C1,C4)由118.56°變化到122.06變化了3.50°則說明平面結(jié)構(gòu)被打破.

通過吉布斯自由能計(jì)算相互作用能,公式:

△G=Gcom-basic-Gcom-Gbasic

其中Gcom-basic為絡(luò)合物與堿基體系的吉布斯自由能,Gcom為絡(luò)合物的吉布斯自由能,Gbasic為堿基分子的吉布斯自由能.結(jié)果表明,只有鳥嘌呤的相互作用能為負(fù)值,因此為相對(duì)穩(wěn)定絡(luò)合體系.

4 結(jié)語

從銅、鋅的Fisetin絡(luò)合物與堿基作用的計(jì)算結(jié)果知,只有鳥嘌呤的相互作用能為負(fù)值,與幾何結(jié)構(gòu)參數(shù)相一致,其他的體系優(yōu)化出的結(jié)構(gòu)相對(duì)較為松散.說明鳥嘌呤分子與銅和鋅離子相互作用較強(qiáng),絡(luò)合體系較為穩(wěn)定.

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收稿日期:2019-12-21

基金項(xiàng)目:國(guó)家自然科學(xué)基金(21563002);內(nèi)蒙古科技廳自然科學(xué)基金(2019MS02030);內(nèi)蒙古自治區(qū)高等學(xué)校科學(xué)研究項(xiàng)目(NJZY20199,NJZY18205,NJZY20202);內(nèi)蒙古自治區(qū)光電功能材料重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室基金

通訊作者:羅冬梅(1976-),女(漢族),黑龍江克東人,赤峰學(xué)院副教授,博士,從事量子催化和天然產(chǎn)物分子研究

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