生物醫(yī)學工程學院始于1978年的生物醫(yī)學工程專業(yè)教育，是全國最早開展生物醫(yī)學工程學科建設的單位之一。1987年成立生物醫(yī)學工程學系，并于2001年成立了生物醫(yī)學工程學院。學院現(xiàn)有生物醫(yī)學工程、假肢矯形工程和聽力與言語康復學三個本科專業(yè)。2008年生物醫(yī)學工程專業(yè)成為首批國家級和北京市級特色專業(yè)。國內(nèi)首創(chuàng)的假肢矯形工程專業(yè)始建于2003年，2009年成為北京市特色專業(yè)，2012年通過國際假肢/矯形器師教育資質(zhì)一級認證。2000年，生物醫(yī)學工程專業(yè)開設聽力學專業(yè)方向，2017年開辦聽力與言語康復學專業(yè)。學院現(xiàn)有教職員工92人，教師隊伍中，教授11人(博士生導師11人，外籍教授2人)，副教授31人。形成了以高學歷、年輕化為主要特點的學術(shù)梯隊。學院有北京市創(chuàng)新團隊1個，北京市優(yōu)秀教學團隊1個，北京市高層次人才資助1人，中國科學院“百人計劃”入選者1人，北京市教學名師1人，北京市優(yōu)秀教師3人。

學院2002年成為北京市重點建設學科，2006年獲批生物醫(yī)學工程一級學科博士學位授予權(quán)，2008年成為北京市重點學科，2009年獲批生物醫(yī)學工程博士后流動站，2012年獲批北京市重點實驗室。

學院提倡精英教育，注重學生能力的提升與培養(yǎng)，并建設立體型教育模式，促進學生的全面發(fā)展。近年來學生參加國際、國內(nèi)各級各類競賽取得優(yōu)異成績。學生就業(yè)的主要去向為研究機構(gòu)、醫(yī)院、醫(yī)療器械企業(yè)、政府相關管理部門等。學院已成為我國生物醫(yī)學工程高級人才培養(yǎng)的重要基地。學院注重理工科學與生物醫(yī)學緊密結(jié)合、基礎研究與臨床實踐緊密結(jié)合。在學科建設中，把深入臨床、解決臨床實際問題作為學科發(fā)展核心，充分利用豐富的附屬醫(yī)院資源，與臨床醫(yī)學科室建立合作機制。