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利用SRAP分子標記研究山西省野生山丹的遺傳多樣性

2020-11-14 12:33王晶李建史根生郝華正冀中銳邢國明
關(guān)鍵詞:山丹條帶多態(tài)性

王晶,李建,史根生,郝華正,冀中銳,邢國明

(1.山西農(nóng)業(yè)大學 經(jīng)濟作物研究所,山西 汾陽,032200;2.山西農(nóng)業(yè)大學 園藝學院,山西 太谷,030801)

山丹(Lilium pumilumDC.),又名細葉百合,為百合科百合屬多年生草本植物。山丹花色鮮艷,株型秀麗,具有較高觀賞價值。同時,野生山丹具有較強的莖腐病和葉枯病抗性,是我國百合育種和品種改良的重要基因資源。

以DNA多態(tài)性為基礎(chǔ)的分子標記技術(shù)在植物 遺 傳 多 樣 性 研 究[1~5]、品 種 鑒 定[6~8]、系 統(tǒng) 分類[9~12]、農(nóng)藝性狀定位[13~17]等方面具有廣泛應(yīng)用。關(guān)于利用分子標記研究山丹遺傳多樣性的報道較少,Yamagishi[18]用ARPD標 記 對百 合 屬 植 物 進 行了種間鑒定;劉冬云[19]通過SSR標記對北京等13個省市及河北多地山丹進行了種質(zhì)資源差異研究;李晶[20]利用ISSR標記對北京、河北、遼寧、內(nèi)蒙等北方地區(qū)的山丹和百合進行了遺傳多樣性研究;郝凱凱[21]利用ISSR標記探索了延安地區(qū)野生山丹種質(zhì)的遺傳多樣性。然而,關(guān)于山西省境內(nèi)山丹種質(zhì)遺傳多樣性的研究少見報道。本研究利用24組SRAP分子標記對山西省境內(nèi)13個地區(qū)的16份山丹種質(zhì)進行了基因型鑒定與遺傳多樣性分析,旨在探索山西省境內(nèi)山丹種質(zhì)的遺傳多樣性,為山丹種質(zhì)資源鑒定與保護、育種應(yīng)用和分子機理研究提供理論基礎(chǔ)和技術(shù)支撐。

1 材料與方法

1.1 試驗材料

在山西省13個植被資源豐富的地區(qū)采集了16份山丹種質(zhì)作為供試材料,采集地點分別是芮城縣百梯山、沁水縣歷山、陵川縣王莽嶺、陵川縣黃圍山、太谷縣窯子頭、交城縣龐泉溝、寧武縣蘆芽山、五臺縣五臺山、平魯縣大草坪和大同市七峰山、大同市采涼山、天鎮(zhèn)縣林場、渾源縣恒山地區(qū)。各采集點地理信息見表1,16份山丹供試樣品的植物學特征見表2。

表1 樣品采集地區(qū)地理信息Table 1 Geographic information of sample collection areas

表2 供試樣品的植物學特征Table 2 Botanical characteristics of samples

1.2 試驗方法

山丹基因組總DNA提取采用改良的CTAB法,提取后DNA通過1%的瓊脂糖凝膠電泳進行質(zhì)檢,并溶于1×TE緩沖液保存于?20℃?zhèn)溆?。PCR反應(yīng)體系為20μL,其中10×PCR buffer 5μL(含Mg2+)、2.5 mmol·L-1dNTPs 2μL、5 U·μL-1Taq酶0.3μL、50 ng·μL-1引物各2μL、30 ng·μL-1DNA 1μL、ddH2O 9.7μL。PCR反應(yīng)程序為:①94℃預變性5 min;②94℃變性1 min,35℃退火1 min,72℃延伸80 s(5個循環(huán));③72℃延伸10 min;④94℃變性1 min,50℃退火1 min,72℃延伸80 s(37個循環(huán));⑤72℃延伸12 min。擴增產(chǎn)物采用6%聚丙烯酰胺凝膠電泳進行檢測,銀染后拍照保存。PCR buffer、dNTPs、Taq酶均購買 于江蘇康為世紀生物科技有限公司,試驗引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成,引物序列見表3。

表3 SRAP引物序列Table 3 SRAP primer sequences

統(tǒng)計擴增產(chǎn)物檢測帶型得到供試樣品的基因型數(shù)據(jù),利用NTSYSpc-2.0軟件,計算出16份山丹種質(zhì)的相似系數(shù)矩陣。SRAP分子標記為顯性標記,因此將基因型的有無轉(zhuǎn)化為數(shù)字1和0,形成每個樣本的數(shù)字指紋圖譜,便于統(tǒng)計與分析。

2 結(jié)果與分析

2.1 DNA提 取與PCR產(chǎn)物 檢測

通過改良的CTAB法提取的山丹基因組總DNA帶型清晰,無明顯拖尾,DNA完整性好,可用于后續(xù)基因型檢測實驗(圖1a)。在88對SRAP引物組合中,有24對組合可以擴增出清晰的特異性條帶(表4,圖1b)。

2.2 供試樣品的多態(tài)性分析及指紋圖譜構(gòu)建

經(jīng)統(tǒng)計,24對引物組合共擴增出821條條帶,每對引物可擴增出21~52條清晰條帶,多態(tài)性條帶17~47條,多態(tài)性比率為70%~90.4%,鑒別能力在31.25%~100%。平均每對引物擴增出34.2個條帶。其中,引物組合Me-7/Em-5的多態(tài)性較好,可區(qū)分全部16份山丹樣品。24對引物組合所擴增的條帶數(shù)及多態(tài)性條帶數(shù)、比率和鑒別能力見表4。

根據(jù)統(tǒng)計結(jié)果,將引物組Me-7/Em-5基因型的有無轉(zhuǎn)化為數(shù)字1和0,形成每個樣本的數(shù)字指紋圖譜,便于結(jié)果保存與計算機識別分析(表5)。

表5 引物組Me-7/Em-5在16份山丹種質(zhì)中的指紋圖譜Table 5 Fingerprinting of sixteen Lilium pumilum germplasms amplified by Me-7/Em-5 primer pairs

續(xù)表

2.3 遺傳多樣性分析

利用NTSYS2pc2.0軟件,采用UPGMA方法進行聚類分析,構(gòu)建出遺傳距離關(guān)系樹狀圖。16份山丹種質(zhì)的Jaccardp’s相似系數(shù)在0.58~0.83之間,在相似系數(shù)為0.61的水平上,可以將供試樣品分為兩大類群。第一類群共13份樣品,包含

圖1 DNA質(zhì)檢和PCR產(chǎn)物凝膠電泳Fig.1 Quality control of DNA and the gel electrophoresis of PCR products

圖2 樣品聚類與樣品采集點Fig.2 Clustering result and the sample collection areas

No.01、No.03、No.05、No.07、No.08、No.09、No.10、No.11、No.12、No.13、No.14、No.15、No.16樣品,第二類群共3個樣品,包含No.02、No.04、No.06(圖2a)。

在第一類群中,13個供試樣品又可細分為4個小類群。第一小類群為位于山西北部的大同市采涼山、渾源縣恒山、大同市礦區(qū)和天鎮(zhèn)縣林場的4份山丹樣品;第二小類群為位于山西中北部的五臺縣五臺山、平魯縣打草坪、寧武縣蘆芽山和交城縣龐泉溝的4份樣品;第三小類群為位于山西南部的陵川縣王莽嶺、黃圍山、沁水縣歷山和芮城縣百梯山的5份山丹樣品;第四小類群為太谷縣窯子頭的1份山丹樣品(圖2b)。

3 討論與結(jié)論

山丹具有豐富的遺傳變異和較強的抗病、抗逆能力,是我國百合育種和品種改良的重要基因資源。建立有效的分子標記,對加快山丹種質(zhì)資源遺傳分析和百合育種具有重要的理論意義。分子標記具有檢測效率高、不受環(huán)境影響等優(yōu)勢,正在成為植物品種鑒定與保護、品種選育、分子機理研 究 的 強 有 力 工 具[22~24]。本 研 究 通 過 對88組SRAP引物進行篩選,得到24組多態(tài)性豐富的引物組合,24組引物可分別擴增出21~52條清晰條帶,多態(tài)性條帶17~47條,多態(tài)比率為70%~90.4%,鑒別能力31.25%~100%。本研究結(jié)果表明,SRAP分子標記可以有效地鑒別山丹種質(zhì)遺傳多樣性,該24對引物組合為山西省境內(nèi)山丹品種保護與鑒定、育種應(yīng)用提供了可靠的標記基礎(chǔ)。

研究通過24組SRAP分子標記將16份山丹種質(zhì)分為兩大類群,一類群共13份樣品,花色均為橘色,另一類群共3份樣品,花色均為紅色。由此表明,山西省境內(nèi)不同花色間的山丹種質(zhì)遺傳差異性更大。紅色花株型較大,根莖葉和花都明顯比橘色花種質(zhì)的大。橘色花類群山丹種質(zhì)較為豐富,又可分為4個亞群。采涼山、恒山、天鎮(zhèn)等地均為沙地,生境較差,山丹種質(zhì)的遺傳相似度較高。同樣,生長于腐葉土環(huán)境的山丹種質(zhì)遺傳相似度也較高,且2種生境的山丹種質(zhì)有較高的遺傳差異性。北部生態(tài)環(huán)境脆弱地區(qū)的種質(zhì)在性狀上與其他種質(zhì)差別很大,不僅發(fā)生了小型化的變化,而且莖葉花薄,部分花發(fā)生不規(guī)則反卷,可見生境差異也是影響山丹種質(zhì)遺傳多樣性的重要因素,同時也反映出種質(zhì)的抗逆性較強,具有較高的優(yōu)良基因開發(fā)潛力。由此可以看出,同一花色內(nèi)山丹種質(zhì)遺傳差異性與山丹種質(zhì)的地理分布和生境條件緊密相關(guān),同一生境條件下的山丹種質(zhì)遺傳相似度更高。劉冬云[19]對北京等13個省市的山丹種質(zhì)的遺傳差異分析發(fā)現(xiàn),不同地區(qū)不同生境的山丹種質(zhì)抗尖孢鐮刀菌能力、耐極端氣候能力均有較大差異,從表型到分子水平均表現(xiàn)出較高的遺傳差異性。山丹豐富的遺傳變異和較強的抗病、抗逆能力,都使其成為我國百合育種的寶貴資源;郝凱凱[21]對延安野生山丹種質(zhì)遺傳多樣性的研究發(fā)現(xiàn)海拔高度、年日照時數(shù)、年降水量、氣溫等地理、氣候因子均對山丹種質(zhì)遺傳多樣性產(chǎn)生影響。綜上,山丹種質(zhì)具有豐富的遺傳多樣性,是寶貴的遺傳改良資源。

表4 SRAP引物擴增產(chǎn)物多態(tài)性信息統(tǒng)計Table 4 Polymorphism statistics of PCR products amplified from 24 pairs of SRAP primers

山丹是我國百合育種和品種改良的重要基因資源,建立成熟的分子標記體系可促進山西省境內(nèi)山丹種質(zhì)的高效利用。本研究表明,SRAP分子標記可以有效地鑒別山丹種質(zhì)遺傳多樣性,山西省境內(nèi)不同花色間的山丹種質(zhì)遺傳差異性更大,同一花色內(nèi)的山丹種質(zhì)遺傳相似度與地理分布、生境條件緊密相關(guān)。本研究為山丹種質(zhì)的保護與鑒別、育種應(yīng)用和分子機理研究提供了技術(shù)支撐和理論基礎(chǔ)。

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