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腦脊液宏基因組二代測(cè)序技術(shù)及其在中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染性疾病診斷中的應(yīng)用進(jìn)展

2020-12-29 04:27張夢(mèng)瑤任建發(fā)陳亞南邸衛(wèi)英
山東醫(yī)藥 2020年27期
關(guān)鍵詞:腦膜炎腦炎球菌

張夢(mèng)瑤,任建發(fā),陳亞南,邸衛(wèi)英

1河北大學(xué)附屬醫(yī)院,河北保定071000

中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染性疾病[1]包括腦膜炎(腦膜或脊膜的炎癥)、腦炎,是指由細(xì)菌、病毒、真菌、寄生蟲(chóng)等病原體引起的炎癥性疾病,臨床表現(xiàn)最常見(jiàn)的神經(jīng)系統(tǒng)癥狀為發(fā)熱、頭痛,部分表現(xiàn)惡心、嘔吐、煩躁,甚至抽搐、昏迷等癥狀,在神經(jīng)系統(tǒng)疾病中,除腦卒中外,腦(膜)炎致殘率排首位,致死率排第二位。中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染性疾病的病原學(xué)診斷主要依靠腦脊液涂片鏡檢、病原體培養(yǎng)、抗原抗體檢測(cè)、PCR檢測(cè),具有早期難以診斷、治療效果不佳、預(yù)后差等特點(diǎn),針對(duì)于此,臨床如何早診斷、早識(shí)別、早治療已成為研究的重點(diǎn)。宏基因組二代基因測(cè)序(mNGS)技術(shù)利用鳥(niǎo)槍測(cè)序原理,可以檢測(cè)出樣本中已存在的所有脫氧核糖核酸(DNA)或者核糖核酸(RNA)信息,進(jìn)而分析整個(gè)微生物組及患者樣本中的人類基因組和轉(zhuǎn)錄組,得到致病微生物的信息[2]。腦脊液mNGS技術(shù)的應(yīng)用提高了中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染性疾病的早期診斷率。目前關(guān)于腦脊液mNGS技術(shù)在中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染性疾病診斷的應(yīng)用研究雖然不多,但也取得了一些進(jìn)展,現(xiàn)將腦脊液mNGS技術(shù)的特點(diǎn)及其在中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染性疾病診斷中的應(yīng)用進(jìn)展綜述如下。

1 mNGS技術(shù)的特點(diǎn)

目前中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染性疾病的病原體鑒定方法有體液培養(yǎng)檢測(cè)、藥敏試驗(yàn)、抗原抗體檢測(cè)、涂片鏡檢和PCR。PCR是基于已知病原菌的基因組序列,雖然在敏感性、特異性和檢測(cè)時(shí)間上具有一定優(yōu)勢(shì),但是所能提供的信息有限。mNGS技術(shù)是一種無(wú)偏倚的檢測(cè)方法,它不使用任何引物或探針進(jìn)行特異擴(kuò)增,可以對(duì)臨床樣本中的核酸直接地進(jìn)行高通量測(cè)序,陽(yáng)性率在25%~50%,耗時(shí)1~3 d,可檢測(cè)10 000~20 000種微生物,故mNGS技術(shù)可以檢測(cè)新病原體,可以作為排除廣泛潛在中樞神經(jīng)系統(tǒng)傳染病的合適工具,同時(shí)對(duì)于混合感染的檢測(cè)也具有重要作用;并且當(dāng)臨床表現(xiàn)不典型時(shí)會(huì)遺漏一些未考慮到的病原體,此時(shí)mNGS技術(shù)可以做出補(bǔ)充,降低漏診率;mNGS技術(shù)同樣適用于多種局灶性組織的檢測(cè),并在疑似局灶性感染期間提供可靠的結(jié)果。對(duì)于難確診性感染,如不明原因發(fā)熱、常規(guī)臨床檢測(cè)反復(fù)陰性或未知病原體的鑒定方面,腦脊液mNGS也發(fā)揮著重要作用[3]。

與常規(guī)檢測(cè)方法相比,mNGS技術(shù)的陽(yáng)性百分比一致性顯著高于常規(guī)方法和培養(yǎng),進(jìn)而增加病原體的識(shí)別率。其原因如下:樣品收集前的抗菌處理會(huì)影響培養(yǎng)陽(yáng)性率,而mNGS技術(shù)不會(huì)受影響[4];mNGS技術(shù)的機(jī)制是檢測(cè)病原體片段,而培養(yǎng)需要活微生物,所以一些培養(yǎng)陰性的樣本,mNGS技術(shù)可在85.00%患者中獲得其余的病原學(xué)診斷。與常規(guī)培養(yǎng)和菌株鑒定相比,mNGS技術(shù)的時(shí)間消耗更短,因此mNGS技術(shù)可以用于輔助診斷培養(yǎng)率相對(duì)較低或周期較長(zhǎng)的病原菌(如:細(xì)胞內(nèi)病原菌、分枝桿菌家族)。

對(duì)于中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染性疾病,目前的常規(guī)檢測(cè)方法常常造成漏診、誤診,在不同的中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染性疾病中,不同的檢測(cè)方法有各自的優(yōu)勢(shì)和劣勢(shì),當(dāng)常規(guī)檢測(cè)無(wú)法給出明確的診斷,或者常規(guī)檢測(cè)的檢測(cè)結(jié)果與臨床表現(xiàn)不一致時(shí),mNGS技術(shù)作為一項(xiàng)精準(zhǔn)的檢測(cè)方式,可以給出更加明確的結(jié)果,從而可以指導(dǎo)臨床。

在不同的感染中,mNGS技術(shù)的陽(yáng)性結(jié)果標(biāo)準(zhǔn)是不同的,制定標(biāo)準(zhǔn)的合理性直接影響結(jié)果的敏感性和特異性,進(jìn)而影響結(jié)果的判讀,甚至影響臨床診療。而當(dāng)實(shí)驗(yàn)中存在污染,或者感染的是一些特殊菌的時(shí)候,實(shí)驗(yàn)結(jié)果會(huì)出現(xiàn)假陰性,耽誤診療進(jìn)程,嚴(yán)重影響預(yù)后。對(duì)于細(xì)菌和病毒來(lái)說(shuō),陽(yáng)性的標(biāo)準(zhǔn)是映射到一種微生物(物種水平)的讀數(shù)比任何其他微生物的讀數(shù)多10倍時(shí);而真菌是指當(dāng)一種真菌的覆蓋率(種級(jí))比另一種真菌的覆蓋率大5倍時(shí);結(jié)腦則是指至少有一個(gè)讀碼被映射到結(jié)核性腦膜炎細(xì)胞(MBTC)的種或?qū)偎絒5]。

CSF的mNGS技術(shù)有假陰性的情況。部分僅通過(guò)血清學(xué)檢查診斷的病例通過(guò)CSF進(jìn)行常規(guī)的直接檢測(cè)試驗(yàn)是陰性的;從除腦脊液以外的其他樣本中,如腦活檢中診斷出的mNGS陽(yáng)性的病例容易出現(xiàn)假陰性結(jié)果;由于腦脊液中病原體效價(jià)低而導(dǎo)致mNGS假陰性,如常規(guī)微生物學(xué)試驗(yàn)證明是陽(yáng)性或結(jié)果不一致,包括牛分枝桿菌感染、結(jié)核分枝桿菌、隱球菌、痤瘡丙酸桿菌、梭形芽孢桿菌、金黃色葡萄球菌、巨細(xì)胞病毒和2型單純皰疹病毒;部分已檢測(cè)到遺漏的細(xì)菌和真菌病原體的讀圖,但其豐度太低,未達(dá)到預(yù)先確定的報(bào)告閾值,未在報(bào)告中呈現(xiàn)出來(lái);當(dāng)高宿主背景的腦脊液樣本中有潛在致命的有機(jī)體時(shí)假陰性率也較高,自身免疫性腦炎的宿主背景較低易漏診。

2 mNGS技術(shù)在中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染性疾病診斷中的應(yīng)用

對(duì)于中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病而言,mNGS技術(shù)已經(jīng)成為處理新興的傳染病暴發(fā)和傳染病的一流實(shí)驗(yàn)室方法;mNGS技術(shù)作為慢性和復(fù)發(fā)性腦炎的一線診斷試驗(yàn)和急性腦炎的二線試驗(yàn);當(dāng)處于以下情況時(shí),腦脊液mNGS技術(shù)應(yīng)被視為急性中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染的一線檢查:①患者病情危重之時(shí),需要及時(shí)并且精準(zhǔn)的治療;②臨床表現(xiàn)不是特異性的,并且使用許多針對(duì)靶標(biāo)特異性的檢測(cè)來(lái)確定感染原因;③需要排除廣泛的潛在病原體;mNGS技術(shù)與常規(guī)測(cè)試相結(jié)合可幫助排除懷疑自身免疫性腦炎患者的活動(dòng)性感染,這些患者通常有輕度至中度淋巴細(xì)胞多細(xì)胞增生癥;當(dāng)mNGS與常規(guī)測(cè)試的結(jié)果相一致時(shí),mNGS技術(shù)的意義在于不但可以保證常規(guī)檢測(cè)的診斷是無(wú)誤的,也可能檢測(cè)或排除合并感染[6],特別是對(duì)于免疫功能低下的患者。

2.1 mNGS技術(shù)在病毒性腦炎/腦膜炎診斷中的應(yīng)用 病毒性腦炎/腦膜炎的病原體檢測(cè)方法主要有腦脊液染色、抗原抗體檢測(cè)和PCR技術(shù)等方法。mNGS技術(shù)在檢測(cè)罕見(jiàn)的、新發(fā)現(xiàn)的或非典型的病原微生物中起著重要作用。2015年,德國(guó)利用NGS在腦中發(fā)現(xiàn)了松鼠博爾鈉病毒進(jìn)而確診了3例基底節(jié)腦炎感染病例,這是此病毒可以向人類傳染的第一個(gè)證據(jù)。2017年,復(fù)旦大學(xué)華山醫(yī)院感染科張文宏教授團(tuán)隊(duì),利用NGS技術(shù)在1例患有眼內(nèi)炎患者的玻璃體液中發(fā)現(xiàn)了偽狂犬病毒(PRV)[7],這是首例證實(shí)PRV可以感染人類,并引起眼內(nèi)炎的病例。次年,由北京協(xié)和醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科關(guān)鴻志教授領(lǐng)導(dǎo)的多中心腦炎合作小組利用NGS技術(shù)報(bào)道了全球首例PRV導(dǎo)致人類腦炎的病例[8],此腦炎協(xié)作組關(guān)于病原宏基因組學(xué)腦炎/腦膜炎的研究納入了來(lái)自20家醫(yī)院的276例腦炎或腦膜炎患者,主要是細(xì)菌和病毒,人類皰疹病毒3型,人類皰疹病毒1型,結(jié)核分枝桿菌、單核細(xì)胞增生李斯特菌和布魯菌,未涵蓋RNA病毒,mNGS陽(yáng)性率達(dá)36.6%,同時(shí)Wilson等[9]團(tuán)隊(duì)在《新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志》發(fā)表了關(guān)于病原mNGS腦炎/腦膜炎臨床應(yīng)用多中心研究的文章,包括來(lái)自美國(guó)醫(yī)院的204例原發(fā)性腦炎、腦膜炎和脊髓炎患者,檢出結(jié)果以病毒為主,尤其檢出4例腸病毒,mNGS陽(yáng)性率15.7%。

2.2 mNGS技術(shù)在細(xì)菌性腦膜炎診斷中的應(yīng)用 細(xì)菌性腦膜炎的傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)方法多為外周血或腦脊液革蘭染色、血清學(xué)分型、病原菌的分離培養(yǎng)。2013年,Lavezzo等[10]對(duì)腦膜炎奈瑟菌爆發(fā)流行時(shí)感染患者的細(xì)菌分離物進(jìn)行測(cè)序,發(fā)現(xiàn)NGS可以作為分子流行病學(xué)的補(bǔ)充,能夠很好地監(jiān)測(cè)感染性疾病的爆發(fā)。2014年,新英格蘭雜志報(bào)道了1例14歲先天性免疫缺陷的兒童,發(fā)熱、頭痛4個(gè)月后出現(xiàn)昏迷,常規(guī)檢測(cè)方法未發(fā)現(xiàn)病原體,NGS在腦脊液發(fā)現(xiàn)可疑感染的鉤端螺旋體序列,PCR和血清學(xué)測(cè)試均證實(shí)了結(jié)果的準(zhǔn)確性,應(yīng)用青霉素G治療有效[11],預(yù)測(cè)NGS將改變臨床實(shí)踐中檢測(cè)和鑒定病原體的能力。隨后mNGS技術(shù)先后檢測(cè)出以嗜鹽菌[12]、鏈球菌、不動(dòng)桿菌、假單胞菌、奈瑟球菌、布氏桿菌[13]、單核增生性李斯特菌[14]等一系列細(xì)菌性病原體,mNGS技術(shù)在臨床中樞神經(jīng)系統(tǒng)細(xì)菌感染的診斷中發(fā)揮著越來(lái)越重要的作用。

2.3 mNGS技術(shù)在結(jié)核性腦膜炎診斷中的應(yīng)用 結(jié)核性腦膜炎的常規(guī)腦脊液檢測(cè)方法有培養(yǎng)、AFB染色、Xpert MTB/RIF和聚合酶鏈反應(yīng)(PCR;又稱 Sanger測(cè)序),常規(guī)檢查的檢出率很低,不到40%[15],培養(yǎng)是診斷的金標(biāo)準(zhǔn),但需要耗時(shí)2~4周,且效率低(0~40%)[16],AFB染色敏感性低,但它普遍可用,價(jià)格便宜,而且快速,允許重復(fù)檢測(cè)以提高敏感性。世界衛(wèi)生組織已正式建議Xpert MTB/RIF用于結(jié)核病診斷[17],評(píng)估其對(duì)結(jié)核性腦膜炎診斷的敏感性約為60%[18]。王勝南等在研究中表明,mNGS技術(shù)的敏感性最高(66.67%),其次是AFB染色法(33.33%)、PCR法(25%)和培養(yǎng)法(8.33%)。反復(fù)AFB使陽(yáng)性檢出率提高到36.36%。mNGS技術(shù)檢測(cè)結(jié)果與總AFB的一致性為22.22%,與所有常規(guī)方法的一致性為44.44%。mNGS技術(shù)與常規(guī)方法相結(jié)合,使檢出率提高到95.65%。提示mNGS技術(shù)(78.26%)是檢測(cè)分支桿菌DNA最靈敏方法;mNGS技術(shù)可能被用作結(jié)核性腦膜炎診斷的一線診斷工具;mNGS技術(shù)與常規(guī)方法的結(jié)合將使檢測(cè)率最大化[5]。

特殊的是,基因檢測(cè)表明,在大多數(shù)情況下,映射到分枝桿菌核苷酸的讀數(shù)較少。分枝桿菌的檢測(cè)更為復(fù)雜,因?yàn)榉种U菌是細(xì)胞內(nèi)的病原體,在腦脊液中的豐度非常低。同時(shí)由于結(jié)核桿菌數(shù)量少,污染可能性低,建議結(jié)核桿菌檢測(cè)的截止值應(yīng)該設(shè)定得較低。

2.4 mNGS技術(shù)在隱球菌性腦膜炎診斷中的應(yīng)用 對(duì)于隱球菌性腦膜炎,目前臨床上常用檢測(cè)方法有腦脊液墨汁染色、培養(yǎng)及莢膜抗原測(cè)定。真菌培養(yǎng)耗時(shí) 2~4周,腦脊液陽(yáng)性率為 62%,隱球菌難通過(guò)血腦屏障,血液陽(yáng)性率僅8.6%~16%[19]。腦脊液墨汁染色敏感性高達(dá)90%[20]。隱球菌莢膜抗原測(cè)定敏感性及特異性為93%~100%[21],但當(dāng)其超過(guò)100 μg /L時(shí)無(wú)法繼續(xù)滴度測(cè)定,且無(wú)法確定為哪種類型隱球菌感染。王芳等[22]發(fā)現(xiàn),腦脊液隱球菌莢膜抗原檢測(cè)陽(yáng)性率最高,其次是mNGS技術(shù),墨汁染色次之,培養(yǎng)最差。

葛瑛等[23]指出,流行病學(xué)數(shù)據(jù)表明,我國(guó)隱球菌性腦膜炎主要按新型隱球菌治療,實(shí)際上新型隱球菌感染和格特隱球菌感染在疾病進(jìn)展和治療方案上存在明顯差異,HIV陰性患者中出現(xiàn)格特隱球菌者神經(jīng)系統(tǒng)并發(fā)癥的比例更高,如腦組織多發(fā)性肉芽腫性損傷,其對(duì)抗真菌藥物的反應(yīng)差,必要時(shí)需進(jìn)行神經(jīng)外科手術(shù)干預(yù)。目前,通過(guò)以上幾種常用檢測(cè)方式均無(wú)法對(duì)二者進(jìn)行鑒別,mNGS技術(shù)則可有效區(qū)分二者。

3 mNGS技術(shù)在中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染性疾病診斷中面臨的挑戰(zhàn)及解決方案

盡管mNGS技術(shù)在中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染性疾病發(fā)揮著越來(lái)越重要的作用,但是其在應(yīng)用過(guò)程中仍然面臨著很多挑戰(zhàn)。①生物信息學(xué)挑戰(zhàn):目前用于分析mNGS數(shù)據(jù)的用戶友好型生物信息軟件[24]尚不夠完善,建議更新公共數(shù)據(jù)庫(kù),使用云平臺(tái)實(shí)現(xiàn)信息共享,以便臨床醫(yī)生加強(qiáng)溝通,推動(dòng)mNGS技術(shù)的臨床應(yīng)用,加速mNGS技術(shù)的發(fā)展。②成本過(guò)高:盡管序列數(shù)據(jù)的生成已大大降低了成本,但是用于測(cè)序的樣品試劑的總體成本仍然很高,由于mNGS技術(shù)采集腦脊液的時(shí)間可能與腦脊液中病原體出現(xiàn)的高峰時(shí)間不同,因此重復(fù)檢測(cè)mNGS技術(shù)可提高敏感性,但是成本過(guò)高會(huì)限制它的廣泛使用和重復(fù)檢測(cè),并且大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室缺乏機(jī)器人設(shè)備、自動(dòng)化協(xié)議,過(guò)多的人工投入會(huì)增加成本。還有確保監(jiān)管而采取的生物信息學(xué)分析渠道會(huì)顯著增加成本,可以通過(guò)改進(jìn)硬件方面的技術(shù),以提高通量降低成本,使用液體處理生物機(jī)器人來(lái)提高自動(dòng)化程度,開(kāi)發(fā)用于NGS樣品庫(kù)制備的微流控設(shè)備來(lái)降低成本。③監(jiān)管復(fù)雜:mNGS技術(shù)的實(shí)驗(yàn)正常完成需要全程進(jìn)行質(zhì)量控制,包括初始樣品質(zhì)量檢查,庫(kù)參數(shù)(濃度和大小分布),序列數(shù)據(jù)生成(簇密度和Q評(píng)分),內(nèi)部控制的恢復(fù)和外部控制的執(zhí)行,每一步驟都需要確保無(wú)誤[2],才能順利完成測(cè)序。④目前的試驗(yàn)結(jié)果可能有誤差:實(shí)驗(yàn)表明,目前多為單中心回顧性橫斷面研究,入選的患者可能在臨床分析過(guò)程中引入一些偏差;然而前瞻性臨床研究了解何時(shí)進(jìn)行mNGS,對(duì)成本控制更有益處,應(yīng)鼓勵(lì)臨床大夫多進(jìn)行前瞻性多中心研究。⑤樣本量的多少、樣本的污染和腦脊液的選取影響陽(yáng)性率的結(jié)果:目前部分實(shí)驗(yàn)提供的樣本量較少,最終可能會(huì)影響陽(yáng)性率等計(jì)算。對(duì)于樣本采集和(或)處理過(guò)程中的樣本污染,包括與背景污染相關(guān)的微生物,雖然實(shí)驗(yàn)結(jié)果達(dá)到了預(yù)設(shè)的mNGS陽(yáng)性結(jié)果標(biāo)準(zhǔn),但與患者的臨床特征不符,這使得檢測(cè)的假陽(yáng)性率增高。為了減少污染的潛在影響,我們?yōu)閙NGS陽(yáng)性結(jié)果定義了嚴(yán)格的標(biāo)準(zhǔn),同時(shí)臨床醫(yī)生應(yīng)該謹(jǐn)慎解釋當(dāng)mNGS陽(yáng)性檢測(cè)結(jié)果為醫(yī)院常見(jiàn)的細(xì)胞外細(xì)菌或真菌,特別是當(dāng)在一次NGS檢測(cè)中檢測(cè)到多種細(xì)菌時(shí),除此之外,病毒和寄生蟲(chóng)的陽(yáng)性mNGS技術(shù)檢測(cè)不太可能是假陽(yáng)性;病毒和寄生蟲(chóng)的陽(yáng)性mNGS測(cè)試假陽(yáng)性的可能性不大。其次我們還應(yīng)該嚴(yán)格控制工藝,采用單向作業(yè)、前置放大區(qū)域的正壓通風(fēng)和分隔不同測(cè)定步驟的工作空間;并且我們還可以通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)化新試劑的質(zhì)量控制測(cè)試、定期擦拭儀器和實(shí)驗(yàn)室表面、連續(xù)追蹤看到的污染物來(lái)監(jiān)控污染[24]。部分研究檢測(cè)結(jié)果的陽(yáng)性百分比一致性較低[9],一部分原因是選取的有效腦脊液是暴露于經(jīng)驗(yàn)性抗生素或經(jīng)歷多次凍融循環(huán)之后,還有就是因?yàn)椴糠只颊呤寝D(zhuǎn)診,進(jìn)行mNGS之前已經(jīng)經(jīng)過(guò)治療,導(dǎo)致入組患者存在偏倚。囿于部分檢測(cè)工具的限制,部分樣本測(cè)序深度不夠,造成實(shí)驗(yàn)的敏感性較低,可以通過(guò)增加樣本測(cè)序深度,改善此問(wèn)題。⑥當(dāng)前的數(shù)據(jù)庫(kù)可能會(huì)造成漏診,影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果:mNGS技術(shù)能夠識(shí)別新病原體,但囿于參考數(shù)據(jù)庫(kù)的限制,并非所有病原體都可以被識(shí)別,造成漏診;并非患者均進(jìn)行RNA測(cè)序,可能遺漏罕見(jiàn)的感染病毒,如RNA病毒[4],并且RNA非常容易降解,因此需要較高的檢測(cè)條件,在解讀RNA病原體報(bào)告時(shí),有必要考慮樣品運(yùn)輸和實(shí)驗(yàn)室條件;因?yàn)樾枰獧z測(cè)的信息量較大,不可能列出報(bào)告中發(fā)現(xiàn)的所有病原體,對(duì)于罕見(jiàn)病原體、胞內(nèi)菌等,由于其序列較少且豐度較低,在報(bào)告中未列出,基于此,如果存在可疑的特定病原體的臨床感染,則可以追溯原始數(shù)據(jù)庫(kù)以進(jìn)行查詢。⑦當(dāng)檢測(cè)結(jié)果提示EB病毒(EBV)陽(yáng)性時(shí),還可能合并其他感染原因,容易造成誤診。尤其需要注意的是,當(dāng)檢測(cè)到某種病原體的DNA為陽(yáng)性,但與患者的臨床表現(xiàn)和特征并不相符時(shí),要高度警惕是否存在EBV感染。在當(dāng)前的研究中,一些患者的EBV呈陽(yáng)性,但有其他更可能的感染原因,因?yàn)镋BV DNA經(jīng)常與其他微生物一起被檢測(cè)出來(lái)。

綜上所述,腦脊液mNGS技術(shù)作為一項(xiàng)精準(zhǔn)的檢測(cè)方式,對(duì)于檢測(cè)新病原體、提高檢測(cè)陽(yáng)性率、降低漏診率和診斷難確診性感染起著重要作用,在病毒性腦炎/腦膜炎、細(xì)菌性腦膜炎、結(jié)核性腦膜炎和隱球菌性腦膜炎的診斷中起著不可替代的作用。但腦脊液mNGS技術(shù)在臨床應(yīng)用中,同樣也面臨著一些挑戰(zhàn),包括生物信息學(xué)挑戰(zhàn)、成本過(guò)高、監(jiān)管困難、試驗(yàn)誤差、樣本問(wèn)題以及漏診、誤診等。盡管mNGS技術(shù)從實(shí)驗(yàn)室應(yīng)用到臨床的時(shí)間并不久,但mNGS技術(shù)在中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染性疾病中具有光明的前景,期待未來(lái)十年可獲得更多評(píng)估m(xù)NGS技術(shù)的臨床效用和成本效益的前瞻性臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)[25]。

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