■杜寶龍 王 璇 唐德富* 年 芳,2 邢露梅
(1.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)技術(shù)學(xué)院,甘肅蘭州730070;2.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)理學(xué)院,甘肅蘭州730070)
我國(guó)是世界上主要的玉米種植國(guó)之一,據(jù)聯(lián)合國(guó)糧農(nóng)組織(FAO)的統(tǒng)計(jì),2018 年中國(guó)玉米產(chǎn)量達(dá)2.71 億噸,位居世界第二[1]。雖然我國(guó)玉米產(chǎn)量相對(duì)豐富,但是有相當(dāng)一部分玉米原料被用于生產(chǎn)生物燃料和工業(yè)制品,導(dǎo)致畜牧養(yǎng)殖用玉米需求相對(duì)緊張[2-3]。每年10 月份大量新產(chǎn)玉米上市,許多飼料企業(yè)和養(yǎng)殖企業(yè)為了降低生產(chǎn)成本往往會(huì)增加新產(chǎn)玉米在飼料配方中的添加比例或完全利用新產(chǎn)玉米替代舊玉米,而在生產(chǎn)中已發(fā)現(xiàn)使用新產(chǎn)玉米后,肉仔雞會(huì)產(chǎn)生一系列營(yíng)養(yǎng)、病理問(wèn)題,如腹瀉、飼料轉(zhuǎn)換率下降、死淘率升高、糞便中可見(jiàn)完整的玉米顆粒等,生產(chǎn)上把這種現(xiàn)象稱為“過(guò)料綜合征”或“腸毒綜合征”[4]。早期研究也發(fā)現(xiàn),新產(chǎn)玉米熟化不完全,缺乏后熟期,因此其自身抗性淀粉含量較高。抗性淀粉黏度大,在小腸中不易消化,在大腸中易被微生物利用產(chǎn)生毒素,動(dòng)物攝食過(guò)多時(shí),會(huì)引起消化不良甚至腹瀉[5]。此外肉仔雞腸道中分布大量微生物,與宿主共同構(gòu)成了一個(gè)相對(duì)穩(wěn)定的內(nèi)環(huán)境,互利共生,參與營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的吸收、分布、代謝以及機(jī)體免疫,并影響動(dòng)物生長(zhǎng)和健康[6-7]。有研究表明飼糧中不同類型碳水化合物會(huì)影響宿主腸道微生物的數(shù)量和相對(duì)菌群的變化[8-10]。然而國(guó)內(nèi)外關(guān)于飼喂新產(chǎn)玉米飼糧對(duì)肉仔雞腸道微生物區(qū)系影響的研究未見(jiàn)報(bào)道,因此本試驗(yàn)通過(guò)評(píng)估日糧添加不同比例新產(chǎn)玉米對(duì)肉仔雞生產(chǎn)性能和腸道微生物區(qū)系的影響,以期從腸道微生物區(qū)系的角度解析新產(chǎn)玉米對(duì)肉仔雞腸道存在的潛在影響,為新產(chǎn)玉米在肉仔雞養(yǎng)殖中的應(yīng)用提供參考。
試驗(yàn)用玉米為甘肅當(dāng)?shù)攸S色品系玉米,收獲之后晾曬12 d,使得水分低于14%,即得到新產(chǎn)玉米樣品(水分含量為12.89%,風(fēng)干基礎(chǔ))。舊玉米(水分含量為12.03%,風(fēng)干基礎(chǔ))與新玉米品系和產(chǎn)地均相同,置于儲(chǔ)藏室保存約14個(gè)月,儲(chǔ)藏室保持通風(fēng)干燥,并且每隔半年用磷化氫殺蟲一次。試驗(yàn)用科寶肉雞購(gòu)自寶雞大成禽業(yè)有限公司。
采用單因素完全隨機(jī)設(shè)計(jì),選取288 只1 日齡健康科寶肉雞仔公雛,隨機(jī)分為4組,每個(gè)處理組設(shè)6個(gè)重復(fù),每個(gè)重復(fù)12 只雞,分別飼喂對(duì)照組(占飼糧總量60%的舊玉米)、處理Ⅰ組(占飼糧總量40%舊玉米+占飼糧總量20%新玉米)、處理Ⅱ組(占飼糧總量20%舊玉米+占飼糧總量40%新玉米)、處理Ⅲ組(占飼糧總量60%新玉米)4種日糧。試驗(yàn)期為42 d,分前期(1~21 d)和后期(22~42 d)兩階段進(jìn)行。
基礎(chǔ)飼糧配方參考中華人民共和國(guó)農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)《雞的飼養(yǎng)標(biāo)準(zhǔn)》(NY/T 33—2004)中肉雞營(yíng)養(yǎng)成分推薦值配制,計(jì)算配方時(shí),飼料原料中粗蛋白、鈣、磷的含量使用實(shí)測(cè)值,其他營(yíng)養(yǎng)指標(biāo)參考中國(guó)飼料數(shù)據(jù)庫(kù)2017年中國(guó)飼料成分及營(yíng)養(yǎng)價(jià)值表。試驗(yàn)飼糧配方組成及營(yíng)養(yǎng)水平見(jiàn)表1。
表1 試驗(yàn)飼糧配方組成及營(yíng)養(yǎng)水平(風(fēng)干基礎(chǔ))
試驗(yàn)雞舍為封閉式三層籠養(yǎng)舍,各籠上下溫度變化為±2 ℃,各處理各重復(fù)之間充分考慮位置效應(yīng)安排。溫度控制采用水暖控溫,在飼喂前期溫度由35 ℃逐漸遞減為24 ℃,后期溫度恒定控制在24 ℃。飼養(yǎng)期間自由飲水,自由采食,每天23 h 連續(xù)光照。免疫程序嚴(yán)格按照科寶肉仔雞免疫管理手冊(cè)執(zhí)行。
試驗(yàn)期準(zhǔn)確記錄各重復(fù)組雞只采食量以及拋撒料重量,觀察雞只死亡情況,記錄死淘數(shù)量。分別于0、21、42 日齡以重復(fù)為單位稱量體重,肉仔雞稱重前禁食12 h,自由飲水,以重復(fù)為單位稱量體重。計(jì)算各處理組平均日采食量(ADFI)、平均日增重(ADG)以及料重比(F/G)。
試驗(yàn)雞42 日齡時(shí),分別從對(duì)照組和處理Ⅲ組各挑選體重與平均體重接近的6 只公雞(每個(gè)重復(fù)1 只雞)屠宰,剝離其回腸和盲腸,采取腸道內(nèi)容物2 mL于凍存管中,液氮速凍,-80 ℃保存。高通量測(cè)序選擇細(xì)菌16S V3~V4區(qū),測(cè)序工作由北京諾和致源科技有限公司完成。
1.5.1 微生物DNA提取和PCR擴(kuò)增
樣本基因組DNA 采用十二烷基磺酸鈉(SDS)法提取,利用瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)DNA 濃度和純度。取適量DNA 樣品于離心管中,使用無(wú)菌水稀釋至1 ng/μL。然后以稀釋后的DNA 為模板,帶有barcode的特異引物341-F(5’-CCTAYGGGRBGCASCAGG-3’)和806-R(5’-GGACTACNNGGGTATCTAAT-3’)對(duì)樣本基因組DNA進(jìn)行擴(kuò)增,獲得PCR產(chǎn)物。
1.5.2 PCR產(chǎn)物混樣純化與文庫(kù)構(gòu)建
利用2%濃度的瓊脂糖凝膠電泳對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行檢測(cè)。根據(jù)PCR 產(chǎn)物濃度等量混勻,繼續(xù)使用2%濃度的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)PCR產(chǎn)物,對(duì)目的條帶進(jìn)行割膠回收。使用建庫(kù)試劑盒(TruSeq? DNA PCRFree Sample Preparation Kit)進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建,構(gòu)建文庫(kù)經(jīng)Qubit 和Q-PCR 定量,合格后使用HiSeq2500 PE250上機(jī)測(cè)序。
所有數(shù)據(jù)經(jīng)Excel 2010初步處理,肉仔雞生產(chǎn)性能數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析使用SPSS 21.0 單因素方差分析模塊,差異顯著時(shí)使用Duncan's法進(jìn)行多重比較。微生物測(cè)序原始數(shù)據(jù)使用FLASH(V1.2.7)對(duì)樣品的reads進(jìn)行拼接,得到原始Tag 序列,然后參照Qiime(V1.7.0)的Tags質(zhì)量控制流程和Gold database數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì),獲得有效Tag 序列。利用Uparse 軟件(Uparse v7.0.1001)對(duì)有效Tag 序列聚類,默認(rèn)以97%的相似性將序列聚類為OTUs(Operational Taxonomic Units),用Mothur方法與SILVA的SSUrRNA數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行物種注釋分析,獲得科水平和屬水平的分類信息。利用Qiime 軟件(Version 1.7.0)計(jì)算α多樣性指數(shù),β多樣性Unifrac距離,并使用R軟件(Version 2.15.3)繪制稀釋曲線,PCoA 圖。腸道微生物兩組之間α多樣性、菌群豐度分析采用SPSS 21.0 軟件T 檢驗(yàn)?zāi)K完成。顯著性水平設(shè)定為P<0.05。
表2 飼糧添加新產(chǎn)玉米對(duì)肉仔雞生長(zhǎng)性能的影響
由表2可以看出,隨著飼糧中新產(chǎn)玉米添加比例增加,肉仔雞平均日增重呈下降趨勢(shì),而料重比呈增加趨勢(shì),且處理Ⅲ組前期、后期肉仔雞平均日增重均顯著低于對(duì)照組及處理Ⅰ組(P<0.05),而料重比前期、后期顯著高于對(duì)照組及處理Ⅰ組(P<0.05)。各處理組間采食量均無(wú)顯著差異(P>0.05)。
從24 個(gè)肉仔雞回腸、盲腸微生物樣本中總共獲得了有效Tag 序列1432 008 條。對(duì)樣本測(cè)序結(jié)果按照序列距離聚類之后,平均每個(gè)樣本得到758 個(gè)OTUs?;啬c和盲腸稀釋曲線結(jié)果顯示,隨著每個(gè)處理組測(cè)序數(shù)量的增加,OUT 數(shù)目已漸趨于飽和(曲線趨于平緩),說(shuō)明測(cè)序深度足以覆蓋到樣本中的所有物種(見(jiàn)圖1)。另外,回腸、盲腸所有樣品的覆蓋率都達(dá)到了0.99,表明測(cè)序結(jié)果準(zhǔn)確性和重復(fù)性良好(表3、表4)?;啬cα多樣性指數(shù)顯示,對(duì)照組和處理組間Shannon指數(shù)、Simpson 指數(shù)和Chao1指數(shù)均無(wú)顯著差異(P>0.05)(表3)。盲腸α多樣性指數(shù)結(jié)果顯示處理組Simpson 指數(shù)顯著高于對(duì)照組,表明處理組物種多樣性較對(duì)照組豐富(P<0.05)(見(jiàn)表4)。
圖1 回腸、盲腸微生物16S rRNA基因測(cè)序稀釋曲線
表3 新產(chǎn)玉米對(duì)肉仔雞回腸α多樣性指數(shù)的影響
表4 新產(chǎn)玉米對(duì)肉仔雞盲腸α多樣性指數(shù)的影響
通過(guò)對(duì)肉仔雞回腸和盲腸微生物門水平序列分類鑒定總共發(fā)現(xiàn)了44個(gè)菌門。其中對(duì)照組與處理組回腸中的優(yōu)勢(shì)菌門分為Firmicutes(96.48%、77.46%)和Proteobacteria(3.55%、8.95%)(圖2a),盲腸的優(yōu)勢(shì)菌門為Firmicutes(68.08%、88.56%)和Proteobacteria(29.14%、7.21%)(圖3a)。在屬水平上,肉仔雞回腸和盲腸總共鑒定出了531 個(gè)菌屬。對(duì)照組與處理組回腸優(yōu)勢(shì)菌屬為L(zhǎng)actobacillus(1.83%、58.19%),Rom?boutsia(19.61% 、2.16%)和Candidatus_Arthromitus(1.73%、4.41%)(圖2b),盲腸優(yōu)勢(shì)菌屬為Escherichia-Shigella(2.66%、2.87%),F(xiàn)aecalibacterium(4.94%、12.52%)和Lachnoclostridium(6.08%、7.91%)(圖3b)。
圖2 回腸物種豐度分布柱狀圖門水平(a)屬水平(b)
圖3 盲腸物種豐度分布柱狀圖門水平(a)屬水平(b)
回腸門水平上微生物相對(duì)豐度結(jié)果見(jiàn)表5。表5可見(jiàn),與對(duì)照組相比,處理組顯著降低了Firmicutes的相對(duì)豐度(P<0.05),顯著增加了Proteobacteria 和Acti?nobacteria的相對(duì)豐度(P<0.05)。在屬水平上,處理組顯著增加了Lactobacillus 的相對(duì)豐度,顯著降低Fae?calibacterium 的相對(duì)豐度(P<0.05)。而在盲腸門水平上(表6),F(xiàn)irmicutes 和Proteobacteria 的相對(duì)豐度與回腸相對(duì)豐度呈相反的趨勢(shì),處理組Firmicutes 的相對(duì)豐度顯著高于對(duì)照組,Proteobacteria 相對(duì)豐度顯著低于對(duì)照組(P<0.05)。在屬水平上(表6),處理組盲腸Lactobacillus、Faecalibacterium相對(duì)豐度顯著高于對(duì)照組(P<0.05),Romboutsi 相對(duì)豐度顯著卻低于對(duì)照組(P<0.05)。此外,使用加權(quán)的Unifrac 矩陣距離的β多樣性分析結(jié)果通過(guò)聚類分析發(fā)現(xiàn),處理組和對(duì)照組間群落組成差異較大(P<0.05)(圖4)。
表6 新產(chǎn)玉米對(duì)盲腸微生物門、屬相對(duì)豐度的影響
圖4 回腸和盲腸微生物主坐標(biāo)軸分析(PCoA)回腸微生物PCoA(a)盲腸微生物PCoA(b)
玉米由于其粗蛋白和粗纖維含量較低,同時(shí)適口性好、消化率高,常被用作為肉仔雞養(yǎng)殖中最主要的能量飼料,通常在畜禽飼料配方中占比高達(dá)50%~70%。因此玉米品質(zhì)的好壞將會(huì)直接對(duì)肉仔雞生產(chǎn)產(chǎn)生較大的影響。本試驗(yàn)研究發(fā)現(xiàn)添加60%新產(chǎn)玉米顯著降低了前期和后期肉仔雞平均日增重,提高了料重比,這與前人研究結(jié)果類似[11]。新產(chǎn)玉米當(dāng)中存在較多的抗性淀粉,在儲(chǔ)存一段時(shí)間之后,玉米當(dāng)中的抗性淀粉含量會(huì)降低,隨著新產(chǎn)玉米添加比例的上升,飼糧當(dāng)中所含抗性淀粉含量同時(shí)也會(huì)上升[12],因此導(dǎo)致肉仔雞平均日增重下降、料重比增加的原因可能是新產(chǎn)玉米熟化不完全所致。Yin[13]研究發(fā)現(xiàn),飼糧添加新產(chǎn)玉米會(huì)顯著降低肉仔雞的料重比。在本試驗(yàn)中,肉仔雞料重比隨著添加比例的增加呈現(xiàn)出上升的趨勢(shì),且試驗(yàn)Ⅰ組新產(chǎn)玉米添加組顯著高于處理Ⅲ組,這說(shuō)明新產(chǎn)玉米添加比例越高,生產(chǎn)水平越差。肉仔雞是“為能而食”動(dòng)物,通常是通過(guò)增加飼料采食量或攝入量來(lái)滿足機(jī)體對(duì)能量的需求,本試驗(yàn)中也觀察到此現(xiàn)象,但各組間采食量差異不顯著,同時(shí)也說(shuō)明肉仔雞通過(guò)增加采食量來(lái)改善生長(zhǎng)性能的調(diào)節(jié)能力有限。因此在新產(chǎn)玉米使用過(guò)程中,應(yīng)該合理控制好添加量,以抵御新產(chǎn)玉米帶來(lái)的負(fù)面效應(yīng)。
認(rèn)識(shí)新產(chǎn)玉米對(duì)肉仔雞腸道微生物群落的影響,對(duì)于解析新產(chǎn)玉米對(duì)肉仔雞生產(chǎn)性能和腸道健康造成負(fù)面影響的機(jī)制,合理利用新產(chǎn)玉米、提高養(yǎng)殖收益具有重要意義。田亞?wèn)|等[14]研究結(jié)果表明,肉仔雞腸道微生物多樣性及細(xì)菌群落會(huì)受到飼喂飼料來(lái)源的影響,其中玉米飼糧組較大米飼糧組微生物多樣性低,優(yōu)勢(shì)菌群高。本試驗(yàn)分析發(fā)現(xiàn)處理組顯著增加了肉仔雞盲腸Simpson 指數(shù),且其盲腸和回腸Shannon指數(shù)、Chao1 指數(shù)也均呈現(xiàn)出高于對(duì)照組的趨勢(shì),這說(shuō)明新產(chǎn)玉米使得肉仔雞腸道微生物結(jié)構(gòu)更加趨于多樣化。通常情況下,微生物越趨于多樣化越有益于機(jī)體健康,也被認(rèn)為是腸道微生物群落成熟的標(biāo)志[15-16]。但是多樣化的微生物區(qū)系并不一定對(duì)機(jī)體健康有利[17],有研究結(jié)果表明,高度多樣化的微生物群落結(jié)構(gòu)會(huì)對(duì)機(jī)體發(fā)育產(chǎn)生不良影響[18-19]。
本試驗(yàn)與前人研究結(jié)果基本一致[20-21],F(xiàn)irmicutes、Actinobacteria和Proteobacteria是處理組和對(duì)照組回腸和盲腸的優(yōu)勢(shì)菌門。Proteobacteria常被當(dāng)做腸道穩(wěn)態(tài)失調(diào)和疾病診斷的潛在標(biāo)志菌[22]。而Actinobacteria是導(dǎo)致過(guò)度肥胖、炎癥性腸炎(IBD)和腸易激綜合征(IBS)等疾病腸道中的主要優(yōu)勢(shì)菌[23]。Firmicutes 的代謝產(chǎn)物主要是短鏈脂肪酸,短鏈脂肪酸的主要功能是參與膽固醇的合成,降低腸胃pH 值,抑制病原菌的生長(zhǎng)[24]。另外有研究表明腸道中Firmicutes的豐度減少,Proteobacteria 的豐度增加,會(huì)對(duì)機(jī)體健康產(chǎn)生不良影響[25]。在本試驗(yàn)中,處理組回腸Firmicutes豐度顯著低于對(duì)照組,Proteobacteria 高于對(duì)照組,表明新產(chǎn)玉米對(duì)肉仔雞回腸產(chǎn)生了不良影響,這與之前研究結(jié)果一致[2]。而處理組盲腸Firmicutes 豐度顯著高于對(duì)照組,Proteobacteria 顯著低于對(duì)照組,這與前人研究結(jié)果不一致,推測(cè)可能原因與盲腸中某些特定的菌群影響有關(guān),但是具體原因還有待開(kāi)展進(jìn)一步研究。有研究結(jié)果表明,盲腸某些特定菌會(huì)產(chǎn)生對(duì)其他菌種有拮抗或促進(jìn)作用的物質(zhì),例如細(xì)菌素和有機(jī)酸等[26-27]。Lactobacillus 是人們普遍認(rèn)為的益生菌,它能通過(guò)激活細(xì)胞分裂蛋白激酶(MAPK),誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡和調(diào)節(jié)上皮細(xì)胞抗炎癥反應(yīng),往往Lactobacillus 的數(shù)量與抗炎癥反應(yīng)呈正相關(guān)[28]。關(guān)于Faecalibacterium的研究比較多,通常被認(rèn)為與其慢性腸炎、IBS和節(jié)段性腸炎的發(fā)生相關(guān)[29]。有研究結(jié)果表明,在腸激綜合征患者體內(nèi),F(xiàn)aecalibacterium 的表達(dá)水平較低,而在節(jié)段性腸炎患者體內(nèi)Faecalibacterium 的表達(dá)水平較高[30]。也有研究結(jié)果顯示肉仔雞腸毒綜合征的原因之一是由于腸道菌群失調(diào)所致[31]。在本試驗(yàn)中處理組改善了回腸Lactobacillus的豐度,降低了Faecalibac?terium的相對(duì)豐度;增加了盲腸Lactobacillus和Faecal?ibacterium 的相對(duì)豐度,表明新產(chǎn)玉米在一定程度上對(duì)肉雞回腸和盲腸均有損害作用,并且會(huì)導(dǎo)致肉雞腸毒綜合征或其他腸道疾病的發(fā)生,同時(shí)處理組中Lac?tobacillus豐度升高,也側(cè)面說(shuō)明新產(chǎn)玉米可能與腸上皮炎癥反應(yīng)加劇有關(guān)。Romboutsia與人類健康息息相關(guān),Mangifesta[33]比較了結(jié)直腸癌患者與健康人腸道微生物數(shù)量之后,發(fā)現(xiàn)Romboutsia 在健康腸道中含量較高,而在結(jié)直腸癌患者組織內(nèi)豐度顯著降低[32]。另外Romboutsia 還可以利用其他微生物釋放的宿主源糖,表明Romboutsia 依賴于黏液降解微生物。本試驗(yàn)發(fā)現(xiàn)新產(chǎn)玉米降低了Romboutsia 的豐度,在一定程度上說(shuō)明,新產(chǎn)玉米對(duì)肉仔雞盲腸微生物區(qū)系也有負(fù)面影響,主要與微生物釋放的宿主源糖對(duì)Romboutsia 的影響密切相關(guān)。
在本試驗(yàn)條件下,隨著飼糧中新產(chǎn)玉米添加比例的提高,肉仔雞生長(zhǎng)性能有下降趨勢(shì),含60%新產(chǎn)玉米飼糧肉仔雞體增重顯著降低,料重比顯著提高,且回腸中Proteobacteria、Actinobacteria 和Lactobacillus 顯著增加,盲腸中Firmicute、Lactobacillus和Faecalibacte?rium菌豐度顯著增加,并且對(duì)腸道微生物區(qū)系產(chǎn)生了不良影響。