徐 濤 ,劉 暢,李曉瑩,陳 芳,葛盈盈,3,薛春紅,李 鑫,張慶梅,3,謝小薰,3,羅 彬,3△
(廣西醫(yī)科大學 1.基礎醫(yī)學院組織學與胚胎學教研室;3.基礎醫(yī)學院基礎醫(yī)學中心實驗室,南寧 530021;2.廣西醫(yī)科大學第一附屬醫(yī)院神經外科,南寧 530021)
原發(fā)性肝癌是常見的惡性腫瘤之一,其90%以上為肝細胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)[1-2]。目前,手術切除、放療和化療是治療HCC 的主要手段,由于術后殘余病灶復發(fā)、放化療抵抗,患者預后效果依舊不理想[3-4],因此迫切需要探索新的輔助治療方法。近年來,基因靶向治療和免疫治療等顯示出良好的應用前景,但治療靶點的選擇及其功能機制仍需進一步探索。
癌-睪丸抗原(cancer-testis antigen,CTA)是一類在多種腫瘤組織中表達,在除睪丸以外的正常組織中幾乎不表達的腫瘤相關抗原,因而被認為是腫瘤免疫治療的理想靶點[5]。OY-TES-1 是CTA 家族成員之一,又稱頂體素結合蛋白(acrosin binding protein,ACRBP)[6]。前期研究發(fā)現(xiàn),OY-TES-1于包括HCC在內的多種腫瘤中高表達,其表達與患者的預后不良相關[7]。在HCC 細胞株中干擾OY-TES-1表達,能夠抑制細胞增殖、遷移和侵襲能力,導致細胞周期阻滯,促進腫瘤細胞凋亡[8-9]。目前,OY-TES-1 影響HCC 惡性生物學行為的分子機制尚不明確。本研究通過生物信息學分析,探討OY-TES-1 潛在的生物學功能和可能參與的信號通路,從中篩選關鍵分子進行實驗驗證,為探索HCC治療靶點的選擇及其功能機制提供依據。
1.1 組織標本 36例HCC 及配對癌旁正常組織,均來源于廣西醫(yī)科大學第一附屬醫(yī)院肝膽外科手術患者,組織離體后取材置于液氮保存,標本于術后經病理確診。標本收集經患者知情同意和廣西醫(yī)科大學倫理委員會批準。
1.2 細胞 人源HCC 細胞株BEL-7404、HepG2、BEL-7402、SMMC-7721 購自中國科學院上海細胞生物學研究所,使用含10%胎牛血清(FBS,加拿大Wisent公司)的DMEM(加拿大Wisent公司)于37 ℃恒溫培養(yǎng)箱培養(yǎng)。
1.3 生物信息學分析 LinkedOmics數據庫(http://www.linkedomics.org/)篩選OY-TES-1 表達正相關基因集。DAVID 數據庫(https://david.ncifcrf.gov/)進行GO(gene ontology)和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)功能富集分析。GEPIA數據庫(http://gepia.cancer-pku.cn/)用于分析HCC 樣本中OY-TES-1和丙酮酸激酶M2型(PKM2)的表達及表達相關性。
1.4 總RNA提取及實時熒光定量PCR(qPCR) 采用RNA 提取試劑盒(南京諾唯贊公司,#RC101-01)提取標本和細胞株RNA。分光光度計(北京天根公司)檢測RNA 濃度和吸光度值。cDNA 逆轉錄試劑盒(南京諾唯贊公司,#R323-01)將RNA 逆轉錄成cDNA。使用SYBR 染料法行qPCR(南京諾唯贊公司,#Q711-02)檢測,反應條件如下:95 ℃預變性30 s;95 ℃變性10 s,60 ℃退火和延伸30 s,共計40 個循環(huán)反應。Fold Change=2-△△Ct法分析結果數據。引物序列見表1,引物由生工生物(上海)股份有限公司合成。
表1 PCR擴增引物序列
1.5 細胞轉染 按照LipofectamineTM3000(美國Invitrogen 公司)轉染試劑說明書,將siRNA(陰性對照、OY-TES-1 siRNA)分別轉染至HCC 細胞,48h 后收集細胞進行后續(xù)實驗。OY-TES-1 siRNA 序列(sense:5’-CGUGGAAGAGCUCCUAGAATT-3’;antisense:5’-UUGUAGGAGCUCUUCCACGTT-3’)由蘇州吉瑪公司合成。
1.6 Western blotting 依照蛋白提取試劑盒(北京索萊寶公司)操作說明提取細胞株總蛋白,BCA 法進行蛋白濃度檢測,樣品經變性后上樣。依次進行電泳、轉膜、封閉、一抗孵育、二抗孵育和顯影曝光。OY-TES-1 抗體(美國santa cruz 公司,#sc-390594)(1∶100 稀釋),PKM2 抗體(美國cell signaling公司,#4053)(1∶1 000稀釋),抗小鼠二抗(美國abcam公司,#ab6728)(1∶5 000稀釋)。
1.7 統(tǒng)計學方法 采用SPSS 23.0統(tǒng)計軟件行數據分析,計量資料以均數±標準差()表示,配對資料組間比較采用配對t檢驗;計數資料以百分率(%)表示,組間比較采用Fisher確切概率法;采用Spearman秩相關分析表達的相關性;以P<0.05 為差異有統(tǒng)計學意義。
2.1 OY-TES-1可能影響HCC能量代謝相關通路 通過LinkedOmics 數據庫查找371例HCC RNA-seq 測序數據,以表達相關系數大于0.3 為標準,篩選獲得1 001個與OY-TES-1表達正相關的基因集。對此基因集進行GO 和KEGG 分析,結果顯示OY-TES-1 主要富集于多糖合成、脂代謝和碳水化合物代謝等細胞能量代謝相關通路,見圖1、圖2。隨后,在OY-TES-1 表達正相關的基因集中,尋找參與細胞能量代謝相關的關鍵調節(jié)基因,PKM2型基因成為潛在候選基因。
2.2 HCC中OY-TES-1和PKM2高表達且具有較強的表達相關性 利用GEPIA 數據庫對369例HCC和50例正常肝組織的RNA-seq 進行分析,結果顯示:OY-TES-1 和PKM2 在HCC 中的表達均顯著高于正常肝組織,且兩者在HCC組織中表達呈正相關關系(r=0.3,P<0.001),見圖3。
為驗證上述結果,本研究收集36例HCC 及其配對癌旁組織行qPCR檢測,結果顯示:HCC組織中OY-TES-1(癌組織:0.58±0.95vs癌旁組織:0.36±0.61)(t=2.339,P<0.05)和PKM2(癌組織:0.14±0.17vs癌旁組織:0.08±0.14)(t=2.622,P<0.05)的表達都高于癌旁組織,且兩者的表達呈正相關關系(r=0.482,P<0.001),見圖4。
隨后,為了了解OY-TES-1 和PKM2 mRNA 表達與患者臨床參數的關系。以OY-TES-1 和PKM2在36例HCC組織中mRNA 表達的中位數為標準(高于中位數為高表達組,否則為低表達組),對兩者的mRNA表達與患者性別、年齡、WHO分級等臨床病理參數進行分析,統(tǒng)計學分析尚未發(fā)現(xiàn)有顯著相關性,見表2。
圖1 OY-TES-1表達正相關基因集GO分析
圖2 OY-TES-1表達正相關基因集KEGG分析
圖3 GEPIA數據庫分析HCC中OY-TES-1和PKM2 mRNA的表達及表達相關性
圖4 qPCR檢測HCC中OY-TES-1和PKM2 mRNA的表達及表達相關性
表2 OY-TES-1和PKM2 mRNA的表達與HCC患者臨床參數的關系n
2.3 下調OY-TES-1表達對PKM2表達的影響 為篩選合適的細胞株進行干擾實驗,本研究通過qPCR和Western blot分別檢測HCC細胞株BEL-7404、HepG2、BEL-7402、SMMC-7721 中OY-TES-1 和PKM2 的表達情況。結果顯示:OY-TES-1 和PKM2在HepG2和BEL-7404中mRNA和蛋白表達相對較高,見圖5。因此,選擇這兩株細胞進行干擾試驗。
將OY-TES-1 siRNA 轉 染HepG2 和BEL-7404細胞48 h 后進行檢測,qPCR 結果顯示:OY-TES-1 mRNA表達量在HepG2和BEL-7404細胞中分別為0.69±0.06、0.62±0.07,下調至60%左右;PKM2 mRNA表達量在HepG2 和BEL-7404 細胞中分別為0.73±0.09、0.75±0.07,下調至70%左右。Western blot結果顯示:隨著OY-TES1-1 表達下調,兩株HCC 細胞中PKM2蛋白表達也隨之明顯下調,見圖6。以上結果提示HCC 中OY-TES-1 對PKM2 表達具有調節(jié)作用。
圖6 HCC細胞株中下調OY-TES-1影響PKM2的表達
近年來,HCC的發(fā)病率和病死率在全球范圍內呈上升趨勢,據統(tǒng)計全球每年約有70萬例新發(fā)HCC患者,其中我國約占一半[10],為此迫切需要尋找新的HCC 輔助治療靶點。目前一些CTA 疫苗(如NYESO-1、MAGE)已用于臨床試驗階段并取得一定療效,顯示CTA具有臨床應用前景[11]。OY-TES-1作為CTA 家族成員之一,前期研究發(fā)現(xiàn)OY-TES-1 具有免疫原性,在部分HCC患者血清中檢出抗OY-TES-1抗體[12],但是OY-TES-1影響HCC惡性生物學行為的具體機制及調控分子目前還未見報道。
生物信息學是近年來生命科學領域迅速發(fā)展的新興學科,它通過對基因序列中表達的結構功能信息進行檢索和分析,為后繼實驗提供理論指導。在本研究中,我們首先通過LinkedOmics 數據庫中HCC 樣本的測序結果,獲得與OY-TES-1 表達顯著正相關的1 001 個基因集。隨后,通過DAVID 數據庫研究OY-TES-1 潛在的生物學功能,發(fā)現(xiàn)該基因主要富集于多糖合成、脂代謝和碳水化合物代謝等細胞能量代謝通路。結合LinkedOmics數據庫分析結果,進一步篩選出參與細胞能量代謝的關鍵調節(jié)基因PKM2。
PK是糖酵解途徑中三大關鍵限速酶之一,能夠催化磷酸烯醇式丙酮酸轉化為丙酮酸[13],對細胞生長和增殖具有重要的調節(jié)作用[14]。PK 包括L 型和M型,M型又分為M1和M2亞型。PKM2特異性表達于干細胞和腫瘤細胞等,因此也被稱為腫瘤特異性丙酮酸激酶。研究發(fā)現(xiàn),HCC 中高表達的PKM2能夠調節(jié)HCC細胞能量代謝進而影響HCC的惡性生物學行為[15]。為此推測,OY-TES-1 也可能通過PKM2 影響HCC 細胞能量代謝從而影響HCC 的惡性生物學行為。
為證實上述推測,本研究首先利用GEPIA數據庫進行分析,結果發(fā)現(xiàn),HCC組織中OY-TES-1 和PKM2 都呈高表達,兩者具有較強的表達相關性。隨后,收集36例HCC和配對癌旁組織進行qPCR驗證,結果顯示HCC組織中OY-TES-1 和PKM2 的表達都顯著高于癌旁組織,且兩者的表達呈正相關關系(P<0.05)。統(tǒng)計學分析未發(fā)現(xiàn)OY-TES-1 和PKM2的表達與HCC患者臨床參數有顯著相關性,可能與研究樣本數量偏少有關,仍有待進一步探索。
本研究中,在HCC 細胞株HepG2 和BEL-7404中干擾OY-TES-1 的表達,結果顯示,PKM2 的mRNA 和蛋白表達也隨之下調。已知腫瘤細胞為了維持自身的生長和增殖,對葡萄糖的攝取遠大于正常細胞,更偏向于利用糖酵解途徑生成乳酸而取代正常細胞的有氧氧化,這種現(xiàn)象被稱為瓦博格效應(warburg effect)[16]。已有研究表明,HCC 中PKM2 表達升高能夠促進HCC 瓦博格效應的發(fā)生[17]。本研究的實驗雖然證實OY-TES-1 可影響PKM2的表達,但是OY-TES-1是否通過調節(jié)PKM2的表達從而影響HCC 細胞的能量代謝,導致HCC瓦博格效應的發(fā)生仍有待研究。