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熒光定量PCR鑒定胃酶種屬來源質(zhì)控方法研究

2021-07-17 12:23:06潘莎莎郭睿楊健宋博黃濤李幸朱棟徐燕妮戎春燕汪慶燕周翔
質(zhì)量安全與檢驗檢測 2021年2期
關(guān)鍵詞:專屬性種屬耐用性

潘莎莎 郭睿 楊健 宋博 黃濤 李幸 朱棟 徐燕妮 戎春燕 汪慶燕 周翔

(常州千紅生化制藥股份有限公司 江蘇常州 213125)

1 前言

胃酶由胃部的胃粘膜主細(xì)胞分泌的胃蛋白酶原在pH 1.5~5.0條件下活化而成,可將食物中的蛋白質(zhì)分解為小的肽片段。從豬、羊或牛的胃黏膜中提取的胃酶,均為白色或淡黃色的粉末,國內(nèi)生化藥廠常將其單獨制成胃酶片或復(fù)方制劑,用于治療消化不良、食欲不振等疾病。國家對于生化藥品的原材料來源進行了相關(guān)規(guī)定,要求選擇生化藥品的原材料時需要根據(jù)實驗?zāi)康拇_定原材料的種屬和器官組織類別,同時選取的原材料必須具有一定的代表性[1]。根據(jù)相關(guān)要求,本文選擇豬、牛、羊(包括綿羊和山羊)作為研究物種,通過設(shè)計針對這些物種基因的胃酶檢測方法來確定胃酶種屬來源。

本次研究主要依賴種屬鑒別實驗,圍繞專屬性和耐用性方面的問題,建立基于熒光定量PCR的方法來對胃酶種屬來源開展質(zhì)控研究,理論依據(jù)主要來自《藥品質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)分析方法驗證指導(dǎo)原則》(中國藥典2015年版四部通則9101)等相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)規(guī)范和醫(yī)學(xué)要典[2]。

2 方法原理

本次實驗的主要目的在于探究胃酶種屬來源問題。本文根據(jù)種屬不同則基因序列不同這一基本原理,通過引物和探針并結(jié)合聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)來提取待研究物種基因組特有的基因序列并進行適度擴增,通過研究擴增曲線及未知樣品的Ct值與起始模板拷貝數(shù)的數(shù)量對應(yīng)關(guān)系來確定未知樣品初始模板基因數(shù)量。

3 儀器與試劑

主要儀器為7500 Fast型實時定量PCR儀,檢測器見表1。

表1 主要檢測器

供試品主要是胃酶和基因標(biāo)準(zhǔn)品,其中胃酶采購自某生物制藥有限公司,基因標(biāo)準(zhǔn)品主要是豬基因、?;蚝脱颍êd羊和山羊)基因;胃酶、基因標(biāo)準(zhǔn)品、純化水和PCR試劑預(yù)制劑。

試劑盒是由Takara公司提供的DNAiso Reagent型。

為便于使用和標(biāo)記,分別對采購自某生物公司的引物和探針做了編號,見表2。

表2 引物探針序列

4 測試方法

4.1 溶液配制

首先進行溶液配制包括基因提取液和上下游引物與探針溶液。

基因提取液的配制比較簡單,主要是將供試品(酌量,本次實驗中取25 mg為宜)和DNSiso Reagent(酌量,本次實驗中取1 ml為宜)進行混合,并充分振蕩,然后利用離心機在室溫條件下將組織裂解液(10 000xg)進行離心操作10 min,并將上清轉(zhuǎn)移至新的離心管中,至此裂解液中的組織碎片、RNA和多糖類成分基本都能被過濾出去。然后將DNAiso Reagent 1/2體積量的無水乙醇加入到裂解液中,進行搖勻操作,直到出現(xiàn)云霧狀的DNA沉淀為止,這時使用槍頭將DNA纏繞出來轉(zhuǎn)移至新的離心管中,將DNA沉淀留在離心管底部。接著將75%乙醇(1 ml)沿離心管壁加入到離心管中,進行搖勻操作,在室溫下離心5 min后將乙醇棄去,然后將基因組的DNA在室溫下沉淀5~15 s,緩慢加入滅菌水溶解基因組DNA。

除了基因提取液,還需要配制上、下游引物與探針溶液。首先對上下游引物和探針溶液進行密封離心處理,離心處理完畢后,加入純化水進行稀釋,稀釋到標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定的濃度即行停止,留待他用。

進行各基因組標(biāo)準(zhǔn)品原液稀釋時,向標(biāo)準(zhǔn)品原液中加入無核酸純化水,按照標(biāo)準(zhǔn)曲線中對應(yīng)的溶液刻度進行稀釋,直到達到相應(yīng)的濃度刻度值位置。其中,豬基因濃度有5個數(shù)量級,分別是6 000、600、60、6和3 pg/μL,牛和羊基因濃度對應(yīng)著也有5個數(shù)量級,分別是6 000、600、60、0.6和0.3 pg/μL。

此外,還需要準(zhǔn)備能夠?qū)⒒驖舛瓤刂圃?5~100μg/mL的供試品溶液,以及濃度為6 ng/μL的豬基因溶液、濃度為0.06 ng/μL的?;蛉芤?、濃度為0.06 ng/μL的綿羊基因溶液和濃度為0.06 ng/μL的山羊基因溶液。

4.2 測試程序

首先需要對20μL PCR體系進行適當(dāng)?shù)呐渲?,主要是采?μL的DNA模板(DNA標(biāo)準(zhǔn)品或樣品或陰性空白溶液)與1μL的上游引物溶液(5μmol/L,終濃度是250 nmol/L)以及1μL的下游引物溶液(5 μmol/L,終濃度是250 nmol/L)進行混合,混合完畢后進行離心處理,離心完畢后依次加入20μL的純化水、1μL的探針溶液(2μmol/L,終濃度是100 nmol/L),最后再加入10μL的PCR試劑預(yù)混液。然后,安裝相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)規(guī)范中的要求,設(shè)置PCR反應(yīng)條件,具體見表3。

表3 PCR反應(yīng)條件

4.3 數(shù)據(jù)分析

進行實驗并采集到相關(guān)數(shù)據(jù)之后,需要利用這些數(shù)據(jù)對系統(tǒng)的適用性、專屬性和耐用性進行分析和判斷。首先需要對照標(biāo)準(zhǔn)曲線對應(yīng)的刻度值,將各種不同濃度的DNA標(biāo)準(zhǔn)品進行Ct值擴增,直到達標(biāo)為止;然后利用比較結(jié)果計算擴增效率,確保擴增效率在90%~110%(即標(biāo)準(zhǔn)曲線斜率應(yīng)為-3.1~-3.6)范圍內(nèi)時,表示系統(tǒng)適用性符合要求。專屬性判斷主要是利用上下游引物和探針對豬(6 ng/μL)、牛(0.06 ng/μL)、羊(含綿羊和山羊,均為0.06 ng/μL)的基因組標(biāo)準(zhǔn)品和純化水(即為無模板陰性對照)進行PCR擴增,利用擴增后的數(shù)據(jù)計算擴增效率。當(dāng)擴增效率符合標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定時,表示基因?qū)傩赃_到了要求;耐用性判斷主要是將供試品在室溫下放置0 h、2 d、4 d、6 d之后,利用陰性對照(空白溶液)和陽性對照(6 ng/μL豬基因標(biāo)準(zhǔn)品溶液)作為對照組進行對比。當(dāng)對比數(shù)據(jù)符合標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定時,表示耐用性符合要求。

5 結(jié)果

5.1 標(biāo)準(zhǔn)曲線溶液系統(tǒng)適用性

對不同種屬的DNA標(biāo)準(zhǔn)品擴增得到與Ct值相關(guān)的標(biāo)準(zhǔn)曲線和擴增效率計算,結(jié)果如圖1所示。

圖1 標(biāo)準(zhǔn)曲線和擴增效率計算結(jié)果

5.2 專屬性

采用引物P-F、P-R、P-P、B-F、B-R、B-P、O-F、O-R、O-P、C-F、C-R、C-P對豬(6 ng/μL)、牛(0.06 ng/μL)、綿羊(0.06 ng/μL)、山羊(0.06 ng/μL)的基因組標(biāo)準(zhǔn)品和純化水(陰性對照)進行擴增,結(jié)果見表4。各探針針對其特異性基因組模板的擴增結(jié)果為陽性,針對其它基因組模板和純化水的擴增結(jié)果均為陰性。

表4 專屬性檢測結(jié)果

5.3 耐用性

利用不同的探針,對各組溶液的Ct值進行耐用性檢測,分不同時間段進行檢測,結(jié)果見表5。

表5 耐用性檢測結(jié)果

6 結(jié)論

本文設(shè)計了胃酶種屬來源鑒定試驗,采用不同原材料的基因組進行了相關(guān)測試,并對測試數(shù)據(jù)進行了分析。試驗結(jié)果表明對于判斷胃酶種屬來源提供了支撐,說明了本文實驗方法的正確性。因此,本文設(shè)計的方法可以在實際應(yīng)用中進行推廣。

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