★ 羅飛鳳 侯恩存 鄭景輝 唐友明 吳競(jìng) 熊佳惠 盧岳虹(.廣西中醫(yī)藥大學(xué)研究生院 南寧 53000;.廣西中醫(yī)藥大學(xué)附屬瑞康醫(yī)院 南寧 5300)
華蟾素(Cinobufotalin)為我國(guó)傳統(tǒng)中藥中華大蟾蜍或黑眶蟾蜍等干皮提煉出的有效成分。蟾蜍作為藥物治療疾病由來已久,其藥性理論記載,首見于我國(guó)第一部藥物學(xué)專著《神農(nóng)本草經(jīng)》“蝦蟆,味辛、寒,主邪氣,破癥堅(jiān)血,癰腫,陰瘡,服之不患熱病”。蟾皮單獨(dú)入藥,始見于《木經(jīng)逢原》“蟾皮,辛、涼,微毒”?!绑蛤堋敝?,首見于《名醫(yī)別錄》,陶弘景注云,螟蟆“一名蟾蜍”。蟾蜍藥性辛、涼,歸心、肝、脾、肺經(jīng)。當(dāng)代本草學(xué)巨著《中華本草》記載:蟾蜍“味辛、性涼,有毒。歸心、肝、脾、肺經(jīng)”,能“解毒散結(jié),消積利水,殺蟲消疳。主治癰疽、療瘡、發(fā)背、瘰疬、惡瘡、癥瘕癖積、臌脹、水腫、小兒疳積、破傷風(fēng)、慢性咳喘”,并進(jìn)一步指出“蟾蜍還被應(yīng)用于腫瘤治療,對(duì)胃癌、食管癌、膀膚癌、肝癌、白血病有一定療效”?,F(xiàn)代藥理學(xué)研究發(fā)現(xiàn)華蟾素的主要生物活性成分為蟾毒內(nèi)酸類,如蟾酥毒素、脂蟾蜍配基、華蟾素毒基等[1]。華蟾素因其具有低毒、高效,并且對(duì)多種腫瘤都具有良好的治療效果而受到國(guó)內(nèi)外研究人員的廣泛關(guān)注。
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)以系統(tǒng)生物學(xué)和多向藥理學(xué)為理論基礎(chǔ),構(gòu)建“成分-靶點(diǎn)-通路-疾病”之間的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系探討藥物的作用機(jī)制[2]。本研究使用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,以多成分-多靶點(diǎn)-多通路調(diào)控的思維為基礎(chǔ),通過構(gòu)建“成分-靶點(diǎn)-通路-”網(wǎng)絡(luò)研究華蟾素對(duì)腫瘤的作用機(jī)制,為臨床工作提供一定的指導(dǎo)依據(jù)。
1.1 數(shù)據(jù)庫(kù)檢索本研究涉及到的數(shù)據(jù)庫(kù)包括:Drugbank(www.drugbank.ca/);Batman(http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/);CTD(http://ctdbase.org/);uniprot(https://www.uniprot.org/);STRING(https://string-db.org/);Omicshare(http://www.omicshare.com/);cytoscape3.7.0(http://www.cytoscape.org/)。
1.2 華蟾素藥物活性成分及相關(guān)蛋白的收集在CTD(http://ctd.mdibl.org/)、Drugbank(www.drugbank.ca/) 以 及Batman(http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/)數(shù)據(jù)庫(kù),并篩選出符合條件的藥物活性成分,并收集合并去重。再通過CTD(http://ctdbase.org/)數(shù) 據(jù) 庫(kù)、OMIM(http://www.omim.org/)數(shù)據(jù)庫(kù)輸入相關(guān)檢索式檢索得到華蟾素藥物活性成分的相關(guān)蛋白,即該藥物的潛在抗腫瘤靶點(diǎn)。
1.3 制作華蟾素藥物活性成分蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖將1.2中收集到的相關(guān)蛋白利用STRING(https://stringdb.org/)在線平臺(tái)制作蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖,并以tsv格式導(dǎo)入cytoscape3.7.0(http://www.cytoscape.org/)對(duì)該蛋白互作圖進(jìn)行可視化處理及分析。
1.4 華蟾素抗腫瘤相關(guān)通路圖為了解華蟾素發(fā)揮抗腫瘤功效的作用機(jī)理,利用京都基因與基因組百科全書(the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG,http://www.genome. jp/kegg/)通路數(shù)據(jù)庫(kù)以及KOBAS3.0平臺(tái)軟件制作通路圖,并篩選出具有抗腫瘤作用的相關(guān)通路,然后進(jìn)行通路注釋和分析。
1.5 制作成分-靶點(diǎn)-通路圖將上述步驟中得到的藥物活性成分、相關(guān)蛋白靶點(diǎn)以及信號(hào)通路共同 導(dǎo) 入cytoscape3.7.0(http://www.cytoscape.org/)軟件,以節(jié)點(diǎn)(node)表示成分、靶點(diǎn)和通路,邊(edge)表示兩者之間的相互作用,構(gòu)建并繪制出成分-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖。
2.1 華蟾素藥物活性成分及相關(guān)蛋白靶點(diǎn)的收集結(jié)果 通過CTD數(shù)據(jù)庫(kù)搜索關(guān)鍵詞“Cinobufotalin”,并將Drugbank、Batman數(shù)據(jù)庫(kù)的搜索結(jié)果進(jìn)一步篩選合并,得到華蟾素藥物活性成分共30個(gè),再利用CTD數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)一步預(yù)測(cè)出華蟾素潛在抗腫瘤相關(guān)靶點(diǎn)蛋白,BAX、BID、CASP2、CASP3、CASP8、CASP9、FAS共7個(gè)。成分及蛋白靶點(diǎn),見表1。
表1 華蟾素藥物活性成分及相關(guān)蛋白靶點(diǎn)
2.2 華蟾素抗腫瘤相關(guān)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建及分析為進(jìn)一步說明華蟾素相關(guān)蛋白靶點(diǎn)的相互作用機(jī)制,通過STRING在線平臺(tái),設(shè)定為人源相關(guān)性(Homo sapiens),導(dǎo)入上述相關(guān)蛋白靶點(diǎn)制作蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)圖。然后利用cytoscape3.7.0軟件對(duì)該網(wǎng)絡(luò)互作圖進(jìn)行可視化處理和分析。分析結(jié)果顯示,蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖中共有7個(gè) 節(jié) 點(diǎn)(Node),BAX、BID、CASP2、CASP3、CASP8、CASP9以及FAS,即7個(gè)相關(guān)蛋白靶點(diǎn),有42條邊(Edge),即42條相互作用關(guān)系,發(fā)現(xiàn)各相關(guān)蛋白靶點(diǎn)之間均具有緊密的聯(lián)系,見圖1。
圖1 華蟾素相關(guān)蛋白靶點(diǎn)互作網(wǎng)絡(luò)圖
2.3 華蟾素抗腫瘤相關(guān)通路圖制作與分析將上述7個(gè)相關(guān)蛋白靶點(diǎn)導(dǎo)入KOBAS3.0在線平臺(tái)軟件,即可得出華蟾素相關(guān)KEGG通路信息,進(jìn)一步篩選出具有抗腫瘤作用的生物信號(hào)通路,見表2。結(jié)果顯示華蟾素潛在抗腫瘤相關(guān)通路共計(jì)15條,主要涉及p53信號(hào)通路、癌癥通路、結(jié)直腸癌信號(hào)通路、非小細(xì)胞肺癌信號(hào)通路、前列腺癌信號(hào)通路、血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子信號(hào)通路等。其中,有6個(gè)蛋白靶點(diǎn)作用于p53信號(hào)通路(p53 signaling pathway)、6個(gè)蛋白靶點(diǎn)作用于癌癥通路(Pathways in cancer),另外,有3個(gè)蛋白靶點(diǎn)作用于結(jié)直腸癌信號(hào)通路(Colorectal cancer signaling pathway),見圖2。
圖2 各通路圖
表2 華蟾素抗腫瘤相關(guān)通路信息
利用Omicshare分析平臺(tái)制作高級(jí)氣泡圖,圖中氣泡從綠色到紅色表示P由大到小,氣泡面積大小反應(yīng)基因數(shù)量的多少。由富集分析結(jié)果可知,共有15條與腫瘤相關(guān)的KEGG通路,其中,富集程度最高的前三條通路分別是p53信號(hào)通路(p53 signaling pathway)、結(jié)直腸癌信號(hào)通路(Colorectal cancer signaling pathway)、腫瘤壞死因子信號(hào)通路(TNF signaling pathway)。見圖3。
圖3 華蟾素抗腫瘤作用相關(guān)信號(hào)通路的高級(jí)氣泡圖
2.4 華蟾素的“成分-靶點(diǎn)-通路”圖構(gòu)建與分析將上述步驟中收集到的華蟾素藥物活性成分、蛋白靶點(diǎn)以及相關(guān)腫瘤信號(hào)通路信息,共同列入Excel表格,并設(shè)定對(duì)應(yīng)關(guān)系及屬性,分別導(dǎo)入cytoscape3.7.0軟件制作“成分-靶點(diǎn)-通路”圖,根據(jù)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)性質(zhì),選取度值(Degree)較高藥物活性成分節(jié)點(diǎn)(Node)進(jìn)行分析,連線(Edge)較多的節(jié)點(diǎn)在該網(wǎng)絡(luò)中可能起到主要抗腫瘤作用,利用 Network Analyzer插件對(duì)結(jié)果進(jìn)行分析。分析結(jié)果顯示,節(jié)點(diǎn)連線數(shù)量最多,即起到關(guān)鍵作用的蛋白靶點(diǎn)是促細(xì)胞凋亡蛋白BAX(Degree 17),另外,p53信號(hào)通路(p53 signaling pathway,Degree 4)是最主要的腫瘤相關(guān)通路。所得結(jié)果見圖4。
圖4 “成分-靶點(diǎn)-通路”網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是通過網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行的網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析來預(yù)測(cè)不同節(jié)點(diǎn)關(guān)聯(lián)性的一門學(xué)科。其打破了“一個(gè)藥物、一個(gè)靶點(diǎn)、一種疾病”的傳統(tǒng)理念,為中藥多成分、多靶點(diǎn)、多途徑效應(yīng)研究提供了可量化的數(shù)據(jù),有助于實(shí)現(xiàn)單味藥多成分或復(fù)方藥作用機(jī)制的整體化、系統(tǒng)化探索[3]。此次研究基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)對(duì)華蟾素有效成分抗腫瘤的作用機(jī)制進(jìn)行了探討。
華蟾素成分、作用機(jī)制較復(fù)雜。本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,篩選出華蟾素中 30 個(gè)活性成分和 7個(gè)相關(guān)蛋白靶點(diǎn)。此次研究中,從KEGG通路注釋圖分析結(jié)果顯示,與華蟾素有效成分抗腫瘤的潛在作用靶點(diǎn)相關(guān)的信號(hào)通路共有15條,其中,富集程度最高的前三條通路分別是p53信號(hào)通路(p53 signaling pathway)、結(jié)直腸癌信號(hào)通路(Colorectal cancer signaling pathway)、腫瘤壞死因子信號(hào)通路(TNF signaling pathway)。血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子信號(hào)通路與細(xì)胞的增殖與凋亡有關(guān)[4-7];非小細(xì)胞肺癌信號(hào)通路與內(nèi)分泌調(diào)節(jié)有關(guān)[8-9]等。張應(yīng)龍[10-13]等研究表明,p53信號(hào)通路可作用DNA損傷修復(fù)的多個(gè)過程,激活后可調(diào)控細(xì)胞凋亡及細(xì)胞周期。本研究網(wǎng)絡(luò)分析和核心靶點(diǎn)分析結(jié)果顯示,華蟾素有效成分抗腫瘤的作用主要與細(xì)胞的增殖與凋亡、內(nèi)分泌調(diào)節(jié)、調(diào)控細(xì)胞凋亡及細(xì)胞周期等靶點(diǎn)密切相關(guān)。
綜上所訴,本研究借助網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究方法,對(duì)華蟾素抗腫瘤的多成分、多靶點(diǎn)、多途徑的潛在作用機(jī)制進(jìn)行了分析。結(jié)果表明,華蟾素有效成分可能通過血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子信號(hào)通路、非小細(xì)胞肺癌信號(hào)通路、p53信號(hào)通路、結(jié)直腸癌信號(hào)通路、腫瘤壞死因子信號(hào)通路等作用于相應(yīng)靶點(diǎn),進(jìn)而發(fā)揮抗腫瘤的作用,為華蟾素防治腫瘤的開發(fā)利用提供了一定的參考依據(jù)。但由于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)主要依賴現(xiàn)有文獻(xiàn)和生物數(shù)據(jù)庫(kù)及在藥物有效成分及作用靶點(diǎn)的分布差異等生物網(wǎng)絡(luò)分析和定量檢測(cè)方面還有所欠缺[14-15],所以可用數(shù)據(jù)源具有一定的局限性和一定的片面性,研究結(jié)果有待進(jìn)一步探討。