由于其多成分、多靶點(diǎn)、多通路且副作用小的作用特點(diǎn),在臨床上的應(yīng)用越來越廣泛。有研究發(fā)現(xiàn),中藥及其活性成分可以調(diào)節(jié)DN的多種發(fā)病機(jī)制,在腎功能保護(hù)方面有著可觀的臨床效應(yīng)[4]。因此,研究中藥治療DN的相關(guān)機(jī)制是非常有必要的。人參為五加科植物人參的干燥根和根莖,據(jù)《神農(nóng)本草經(jīng)》記載人參“味甘微寒,主補(bǔ)五臟,安精神,定魂魄,止驚悸,除邪氣”?，F(xiàn)代藥理學(xué)研究[5]發(fā)現(xiàn),人參具有抗炎、抗氧化和調(diào)節(jié)免疫等藥理活性。由于中藥具有多成分、多靶點(diǎn)、多通路聯(lián)合發(fā)揮作用的特點(diǎn),

擔(dān)。AD是由不同靶點(diǎn)觸發(fā)的系統(tǒng)性多功能障礙疾病,且其發(fā)病機(jī)制尚不十分清楚[2-3]。因此,運(yùn)用多靶點(diǎn)治療方法將比單一靶點(diǎn)治療更具優(yōu)勢(shì)。中藥及其提取物在疾病的多靶點(diǎn)、多途徑治療中具有優(yōu)勢(shì)[4]。中藥補(bǔ)骨脂具有補(bǔ)腎固精、溫脾止瀉和平喘等功效[5]。有研究結(jié)果發(fā)現(xiàn),補(bǔ)骨脂二氫黃酮甲醚可有效治療AD,但其作用機(jī)制尚不明確[6-7]。隨著生物信息技術(shù)的迅速發(fā)展,網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在中藥機(jī)制研究中得到了廣泛應(yīng)用。本研究基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對(duì)接技術(shù),探討補(bǔ)骨脂二氫黃酮甲醚在AD

要活性成分、作用靶點(diǎn)與調(diào)控機(jī)制等尚不明確。因此，本研究以桑椹為研究對(duì)象，運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法篩選桑椹治療便秘的有效成分及潛在靶點(diǎn)，并進(jìn)行生物信息學(xué)分析，得到桑椹分子作用機(jī)制，為進(jìn)一步理論研究及臨床應(yīng)用提供科學(xué)依據(jù)。1 數(shù)據(jù)來源1.1 桑椹化學(xué)成分篩選及靶點(diǎn)獲取從TCMSP（https：//old.tcmsp-e.com/tcmsp.php）數(shù)據(jù)庫中輸入“桑椹”，檢索藥物化學(xué)組分及該組分靶基因，以口服生物利用度（OB）＞30%，并且化合物類藥性（DL）＞0.1

性成分、潛在作用靶點(diǎn)及作用機(jī)制,旨在為 DN 的臨床治療提供新的治療思路。1 材料與方法1.1 自擬益氣活血方中活性成分的獲得 益氣活血方組成:黃芪30 g,山藥30 g,五指毛桃30 g,菟絲子 20 g,補(bǔ)骨脂20 g,桃仁20 g,丹參15 g,三七15 g,益母草15 g。在 TCMSP 數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行檢索藥物活性成分,口服生物利用度(Oral bioavailability,OB)≥30%、類藥性(Drug-likeness,DL)≥ 0.18為篩

鍵分子通路及關(guān)鍵靶點(diǎn)，為臨床應(yīng)用提供分子機(jī)制基礎(chǔ)?，F(xiàn)報(bào)道如下。1 資料與方法1.1 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究收集天麻素抗偏頭痛靶點(diǎn)：在TCMSP 數(shù)據(jù)庫（https：// old. tcmsp. e. com/ index. php）中獲取天麻素的化學(xué)結(jié)構(gòu)；在SwissTargetPrediction 數(shù)據(jù)庫（https：//www.SwissTargetPrediction.cn/）中選擇的物種為“人”，獲取天麻素的作用靶點(diǎn)，以靶基因的縮寫表示；在GeneCard

RNA Regulation of Inflammatory Responses in Glia and Its Potential as a Therapeutic Target in Central Nervous System DisordersAbhishek Guha1,Mohammed Amir Husain1,Ying Si1,2,L Burt Nabors1,Natalia Filippova1,Grace Promer1,Reed Smi

效應(yīng)譜推演的中藥靶點(diǎn)研究新模式及應(yīng)用李 鵬1，張浩然1，張?jiān)?，詹靈敏1，陳建新21. 山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 基礎(chǔ)部，中獸醫(yī)藥現(xiàn)代化山西省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，山西 太谷 030801 2. 北京中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)學(xué)院，北京 100029中藥的生物靶點(diǎn)是中藥和機(jī)體互作的核心元件，明確中藥靶點(diǎn)對(duì)闡明中藥的物質(zhì)基礎(chǔ)和作用機(jī)制至關(guān)重要。通過對(duì)中藥和靶點(diǎn)的作用方式進(jìn)行總結(jié)和定義，系統(tǒng)闡述了當(dāng)前中藥靶點(diǎn)研究發(fā)現(xiàn)的思路和方法，評(píng)述其特點(diǎn)和缺陷，在此基礎(chǔ)上，將幾種思路凝練整合，提出一種“基

是通過比較分散的靶點(diǎn)來探討其治療冠心病的作用機(jī)制，很少從整體的角度闡釋補(bǔ)陽還五湯的作用機(jī)制，且其藥效物質(zhì)基礎(chǔ)及分子機(jī)制等方面的研究也尚未完全闡明。故本研究基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)整合多成分、多靶點(diǎn)探究補(bǔ)陽還五湯治療冠心病的作用機(jī)制，為其臨床應(yīng)用提供科學(xué)依據(jù)，以期獲得新的研究思路。1 材料與方法1.1 復(fù)方靶點(diǎn)收集利 用BATMAM-TCM（http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/）和TCMSP數(shù)據(jù)庫（http://tcmspw.c

芩活性成分及相關(guān)靶點(diǎn)的篩選基于中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺(tái)(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform，TCMSP)[9]檢索柴胡、黃芩的化學(xué)成分，根據(jù)口服生物利用度(oral bioavailability，OB)≥30%且類藥性(drug-likeness，DL)≥0.18進(jìn)行初步篩選，獲得柴胡、黃芩的活性成分和其對(duì)應(yīng)的蛋白質(zhì)靶點(diǎn)，將

從蒙藥多成分、多靶點(diǎn)的特點(diǎn)出發(fā)，整體上分析闡述蒙藥的作用機(jī)制，利于推進(jìn)蒙藥作用機(jī)制的深入研究［14］。為了深入探討多葉棘豆總黃酮類成分抗炎藥效機(jī)理，筆者擬通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法和技術(shù)，預(yù)測(cè)蒙藥多葉棘豆總黃酮類成分發(fā)揮抗炎藥效的靶點(diǎn)和通路，進(jìn)而闡明蒙藥多葉棘豆總黃酮類成分抗炎作用機(jī)制。1 材料與方法1.1 材料本研究使用的數(shù)據(jù)庫、研究平臺(tái)等詳見表1。表1 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究使用的數(shù)據(jù)庫和平臺(tái)Tab. 1 Databases and platforms for net

能精準(zhǔn)地植入腦區(qū)靶點(diǎn)、刺激策略可調(diào)控等諸多技術(shù)優(yōu)勢(shì)，在帕金森病治療中廣泛使用[2,5-6]。近年研究將DBS應(yīng)用于TDR的治療上，meta分析和綜述顯示大約50%TRD患者使用DBS治療有效[7-9]。不同神經(jīng)解剖學(xué)靶點(diǎn)可作為DBS治療TRD的靶目標(biāo)，但最佳的治療靶點(diǎn)仍存在爭(zhēng)議，因此本文對(duì)DBS治療TRD的靶點(diǎn)研究進(jìn)行綜述，以期為進(jìn)一步研究提供參考。1 概述臨床研究已證實(shí)和嘗試的DBS靶點(diǎn)包括胼胝體扣帶回（Brodmann area 25/subcallo

現(xiàn)靈芝多成分-多靶點(diǎn)-多通路的作用特點(diǎn),以及化合物間、作用途徑間的協(xié)同作用。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)理念于2007 年由Hopkins 等[10]提出,該理念以系統(tǒng)生物學(xué)為基礎(chǔ),融合了藥理學(xué)、信息網(wǎng)絡(luò)學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué),從藥物和疾病間相互作用的整體性和系統(tǒng)性出發(fā),通過虛擬篩選潛在藥效物質(zhì)、作用靶點(diǎn)及通路等,預(yù)測(cè)藥物的作用機(jī)制,并結(jié)合體內(nèi)體外研究,對(duì)預(yù)測(cè)結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證,其研究的整體性與中藥 “多成分-多靶點(diǎn)-多途徑” 的特點(diǎn)吻合,已被廣泛用于中藥活性成分的靶點(diǎn)預(yù)測(cè)及中藥作用機(jī)制

莪術(shù)醇化學(xué)成分靶點(diǎn)預(yù)測(cè)本研究使用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)分析平臺(tái)(TCMSP)(http:ibts.hkbu.edu.hk/LSP/tcmsp.php)收集莪術(shù)醇藥效成分信息，保存為mol2格式文件，然后將其上傳PharmMapper(http://www.lilab-ecust.cn/pharmmapper/)。基于反向藥效團(tuán)匹配法，選擇藥物的藥效團(tuán)模型, 設(shè)置最終產(chǎn)生300個(gè)蛋白構(gòu)象，得到與化合物相關(guān)的靶點(diǎn)名稱、基因名稱、Uniprot ID等結(jié)果。借助Uni

，具有多成分、多靶點(diǎn)的特點(diǎn)，不同中藥的配伍有著不同的功效，目前大多數(shù)的研究方法仍是選取某個(gè)中藥或成分進(jìn)行研究，不能精準(zhǔn)解釋方劑發(fā)揮療效的物質(zhì)基礎(chǔ)及組方規(guī)律等問題[3]，而網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的出現(xiàn)，可作為疾病與中藥方劑之間的橋梁，整體、系統(tǒng)地對(duì)方劑進(jìn)行研究。方劑配伍組成的基本原則是君臣佐使，因此君臣佐使各藥物的配伍決定方劑治療及作用的方向。我院經(jīng)驗(yàn)方骨康方，在臨床上可顯著緩解OP患者腰腿痛及腎陽虛癥狀，并且已有研究[4]證明骨康方具有抑制骨吸收和促進(jìn)骨形成的雙重作用

限于單一的成分、靶點(diǎn)和疾病，來闡明中藥 “多組分-多靶點(diǎn)-多通路 ”的特點(diǎn)[5-6]。因此，本研究利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法，深入探討HSYA抗氧化的成分-多靶點(diǎn)-多途徑整體調(diào)節(jié)的作用機(jī)制，為后續(xù)基礎(chǔ)研究及臨床應(yīng)用提供一定的理論依據(jù)。1 材料與方法1.1 HSYA相關(guān)作用靶點(diǎn)的獲取通過 PubChem數(shù)據(jù)庫(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)[7]檢索HSYA 的 2D 結(jié)構(gòu)，保存為SDF格式文件；將SDF文件上傳至 SwissT

通路的多成分、多靶點(diǎn)、多途徑調(diào)節(jié)作用綜合分析,系統(tǒng)觀察藥物對(duì)疾病網(wǎng)絡(luò)的干預(yù)與影響[2-3]。本文采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法探討玉女煎治療糖尿病的生物學(xué)機(jī)制,為玉女煎治療糖尿病實(shí)驗(yàn)研究奠定了基礎(chǔ)。1 資料與方法1.1 玉女燕各中藥活性成分及靶點(diǎn)收集為收集玉女煎中5種藥材的化合物成分,利用TCMSP數(shù)據(jù)庫以玉女煎全方“石膏”“熟地黃”“麥冬”“知母”“牛膝”為關(guān)鍵詞,以口服生物利用度(Oral bioavailability,OB)N30%,類藥性(Drug like

藥具有多成分、多靶點(diǎn)、多途徑的特點(diǎn)。而網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是基于藥材、成分、靶點(diǎn)、疾病相互作用網(wǎng)絡(luò)的系統(tǒng)方法[12]。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)整合多種信息來源，采用生物信息學(xué)、網(wǎng)絡(luò)分析等計(jì)算方法，進(jìn)而分析藥物作用靶點(diǎn)及可能的機(jī)制。本研究利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法對(duì)黃芩治療PCa的潛在機(jī)制及靶點(diǎn)進(jìn)行了探索性分析，現(xiàn)報(bào)告如下。對(duì)象與方法一、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析流程本研究使用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法來探尋黃芩治療PCa的潛在機(jī)制及靶點(diǎn)，具體分析流程如圖1所示。該分析過程主要包括黃芩活性成分的篩選及作用靶點(diǎn)的

化學(xué)成分篩選及靶點(diǎn)預(yù)測(cè)以丹參、葛根藥對(duì)為研究對(duì)象，通過中藥系統(tǒng)藥理數(shù)據(jù)庫和分析平臺(tái)（TCMSP）（http：//tcmspw.com/tcmsp.php）進(jìn)行化學(xué)成分的查詢及篩選［3］，選取口服利用度（oral bioavailability，OB≥30% 且類藥性（drug-likeness，DL≥0.18 的化學(xué)成分作為候選成分，并查閱相關(guān)文獻(xiàn)資料對(duì)化學(xué)成分進(jìn)行補(bǔ)充［4，5］。篩選結(jié)束后，在Pubchem 數(shù)據(jù)庫（https：//pubchem.nc

著一種藥物—一個(gè)靶點(diǎn)—一種疾病的模式，無疑這種模式局限了研制藥物的思路，實(shí)際上臨床上許多疾病都是多基因多靶點(diǎn)的，治療起來十分的復(fù)雜，這時(shí)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)應(yīng)運(yùn)而生。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是以系統(tǒng)生物學(xué)和多學(xué)科藥理學(xué)為基礎(chǔ)，提供了一種“多靶點(diǎn)、多效應(yīng)、復(fù)雜疾病”的新型網(wǎng)絡(luò)模式[15]，中醫(yī)藥本身也遵循著整體觀和辨證論治，這與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)不謀而合，近年來，基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)對(duì)中藥的研究越來越多，也取得了較好的成效[16]。分子對(duì)接是應(yīng)用計(jì)算機(jī)模擬配體和受體的結(jié)合，通過結(jié)合能的大小來判斷

紫草活性成分和靶點(diǎn)篩選在TCMSP數(shù)據(jù)庫中收集紫草的化學(xué)成分，時(shí)間截至2021年1月。并以類藥性（drug-likeness，DL）≥0.18、口服生物利用度（oral bioavailability，OB）≥30%為條件篩選紫草的有效活性化合物，利用UniProt數(shù)據(jù)庫除去非人源基因，把相應(yīng)靶點(diǎn)蛋白名稱轉(zhuǎn)化為對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)的Uniprot ID。1.3 紫草活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建通過TCMSP數(shù)據(jù)庫收集“1.2”項(xiàng)下紫草中的活性成分的對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)，利用Cyt

分的特點(diǎn)，通過多靶點(diǎn)、多通路發(fā)揮治療作用[7]，其中傳統(tǒng)中藥穿山龍具有祛風(fēng)除濕、舒筋通絡(luò)、活血止痛的作用，各醫(yī)家在運(yùn)用其治療風(fēng)濕痹證、四肢麻木、血脈瘀滯等方面有較好的療效與經(jīng)驗(yàn)[8-11]；現(xiàn)代藥理學(xué)研究也證實(shí)了穿山龍部分活性成分具有治療糖尿病及其并發(fā)癥的作用[12-17]，但其藥效物質(zhì)基礎(chǔ)和作用機(jī)制尚不完全明確。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是醫(yī)學(xué)、生物學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、生物信息學(xué)等多學(xué)科基礎(chǔ)與研究手段綜合的結(jié)果，能夠系統(tǒng)反映藥物多成分對(duì)疾病的干預(yù)機(jī)制。本研究從網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)出發(fā)

通過構(gòu)建“藥物-靶點(diǎn)-通路”多層次網(wǎng)絡(luò)，系統(tǒng)綜合地觀察中藥對(duì)整個(gè)疾病網(wǎng)絡(luò)的調(diào)控作用，有利于闡明中藥多成分、 多靶點(diǎn)、 多途徑協(xié)同作用的機(jī)制[4-5].本研究通過TCMSP，SEA數(shù)據(jù)庫和文獻(xiàn)檢索，收集“當(dāng)歸-川芎”藥對(duì)活性成分及其靶點(diǎn)，構(gòu)建“成分-靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)，分析得到關(guān)鍵靶點(diǎn)，尋找其與美國食品藥品監(jiān)督管理局(FDA)批準(zhǔn)藥物靶點(diǎn)的共同靶點(diǎn)，利用TTD和TCMSP數(shù)據(jù)庫分析與共同靶點(diǎn)相關(guān)的疾病，建立“共同靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)．對(duì)關(guān)鍵靶點(diǎn)進(jìn)行基因功能和KEGG通路

接驗(yàn)證，明確作用靶點(diǎn)及分子機(jī)制，為進(jìn)一步探索DN的發(fā)病機(jī)制及開發(fā)新的治療藥物提供借鑒。1 材料與方法1.1 藥物相關(guān)靶點(diǎn)的篩選通過中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫尋找2 味中藥化學(xué)組成成分，并進(jìn)行ADME 篩選，按照口服生物利用度≥30%和類藥性≥0.18 兩個(gè)閾值初步獲得藥物有效活性成分及其作用的蛋白質(zhì)靶點(diǎn)，并通過TCMID 及中國知網(wǎng)、萬方搜集2015 年1 月至2020 年9 月的文獻(xiàn)補(bǔ)充未預(yù)測(cè)到的靶點(diǎn)，刪除未預(yù)測(cè)到的靶點(diǎn)有效活性成分，將篩選后得到的靶點(diǎn)統(tǒng)一在U

每種成分所對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)較多，該藥對(duì)多種疾病都有治療作用。目前已發(fā)表的文獻(xiàn)中基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法介紹了小柴胡湯治療發(fā)熱的作用機(jī)制，但是通過對(duì)symmap 數(shù)據(jù)庫（https：//www.symmap.org/search/）進(jìn)行檢索發(fā)現(xiàn)小柴胡湯中對(duì)發(fā)熱有效的中藥僅有柴胡一味，而且臨床中也廣泛的使用柴胡注射液治療發(fā)熱。為進(jìn)一步闡釋柴胡干預(yù)發(fā)熱的作用機(jī)制，本研究基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法從數(shù)據(jù)庫中提取藥物和疾病的靶點(diǎn)，對(duì)靶點(diǎn)進(jìn)行分析從而得出柴胡治療發(fā)熱的關(guān)鍵靶點(diǎn)及其可能的作

成分－疾?。饔?span id="syggg00" class="hl">靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)，從整體上揭示MP 治療PF 多靶點(diǎn)、多途徑的作用機(jī)制，為進(jìn)一步探討MP 治療PF 的療效提供參考?，F(xiàn)報(bào)道如下。1 資料與方法1.1 運(yùn)用數(shù)據(jù)庫和工具數(shù) 據(jù) 庫 ：PubChem（https：／ ／pubchem.ncbi.nlm.nih.gov ／），Swiss Target Prediction （http：／ ／www. swisstargetprediction.ch ／），GeneCards（https：／ ／www.Ge

究中藥多成分、多靶點(diǎn)作用機(jī)制成為研究熱點(diǎn)，本文擬采用該方法探究當(dāng)歸-川芎藥對(duì)治療PD 的作用機(jī)制，以期為其臨床應(yīng)用提供參考。1 資料與方法1.1 活性成分及靶點(diǎn)的篩選 基于TCMSP 數(shù)據(jù)庫，以“當(dāng)歸”“川芎”為關(guān)鍵詞檢索，收集藥材的化學(xué)成分，然后以O(shè)B≥30%和DL≥0.18 為條件篩選有效成分[6，7]。收集數(shù)據(jù)庫中成分對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)，并使用Uniprot 數(shù)據(jù)庫，將靶點(diǎn)轉(zhuǎn)換標(biāo)準(zhǔn)基因名。1.2 當(dāng)歸-川芎藥對(duì)治療PD 的靶點(diǎn)的篩選 基于Genecards

瀉心湯化學(xué)成分與靶點(diǎn)篩選通過TCMSP數(shù)據(jù)庫(http:∥tcmspw.com/tcmsp.php)，分別以“半夏”“黃芩”“干姜”“人參”“黃連”“甘草”“大棗”為關(guān)鍵詞進(jìn)行檢索，并調(diào)整條件為“OB≥30%、DL≥0.18”，得到所有化學(xué)成分及靶點(diǎn)。所得靶點(diǎn)通過UniProt(https:∥www.uniprot.org/)校正，去除非人及未收錄靶點(diǎn)。去重后，得到半夏瀉心湯化學(xué)成分及對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)。1.2 胃癌相關(guān)疾病靶點(diǎn)收集以“gastric cancer”

方法，研究藥物、靶點(diǎn)、通路之間的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系，旨在為闡明DNJ 治療T2DM 的作用機(jī)制提供理論參考。1 資料與方法1.1數(shù)據(jù)庫 PubChem 數(shù)據(jù)庫（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）；SwissTargetPrediction 網(wǎng) 站（http://www.swisstargetprediction.ch/）；Genecard 數(shù)據(jù)庫（https://www.genecards.org/）；OMIM 數(shù)據(jù)庫（https:

雖然明確，但是其靶點(diǎn)及作用機(jī)制尚有待探究。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)于2007年被提出，是建立在高通量組學(xué)數(shù)據(jù)分析、虛擬計(jì)算及網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫檢索基礎(chǔ)上，基于藥物、成分、靶點(diǎn)之間的關(guān)聯(lián)性，通過生物信息網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)分析，構(gòu)建“藥物-成分-靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)；基于藥物與藥物之間的相同成分、功效和內(nèi)在結(jié)構(gòu)，構(gòu)建“藥物-藥物”網(wǎng)絡(luò)，探索藥物有效成分的具體作用靶點(diǎn)和藥物功效。綜上，本次研究應(yīng)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法全面解析那如三味丸治療RA的機(jī)制，為后期生物學(xué)驗(yàn)證提供理論基礎(chǔ)。1 材料與方法1

.1 藥物成分與靶點(diǎn)的篩選 本研究采用計(jì)算系統(tǒng)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫和分析平臺(tái)(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform，TCMSP，http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php) 檢索熱毒寧(處方中含金銀花、青蒿、梔子)與血必凈(處方中含丹參、紅花、當(dāng)歸、赤芍、川芎)的潛在活性成分。根據(jù)化合物口服生物利用度

基礎(chǔ)，尋找其作用靶點(diǎn)和涉及的信號(hào)通路，探究黃素治療甲狀腺癌的具體作用機(jī)制，現(xiàn)報(bào)道如下。1 資料與方法1.1姜黃素作用靶點(diǎn)的預(yù)測(cè) 采用TCMSP 數(shù)據(jù)庫、檢索詞Curcumin檢索得到姜黃素相關(guān)靶點(diǎn)蛋白名稱，并通過Uniprot 數(shù)據(jù)庫轉(zhuǎn)換為相對(duì)應(yīng)的基因名稱。PubChem 數(shù)據(jù)庫中找出姜黃素的smile號(hào)和3D 結(jié)構(gòu)(保存為SDF模式)，在Swiss Target Prediction平臺(tái)中輸入該smile號(hào)預(yù)測(cè)姜黃素的靶點(diǎn)。3D結(jié)構(gòu)SDF模式文檔上傳至

成分并預(yù)測(cè)其作用靶點(diǎn),有助于深入理解中醫(yī)藥治療作用的物質(zhì)基礎(chǔ)[6]。本研究通過篩選、預(yù)測(cè)金匱腎氣丸組方中各中藥的有效活性成分及其治療PMOP的靶點(diǎn)基因,探索該藥物治療作用的物質(zhì)基礎(chǔ),以期為后續(xù)研究提供思路。1 材料與方法1.1 金匱腎氣丸 通過中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)分析平臺(tái)(TCMSP,http://tcmspw.com/tcmsp.php)收集金匱腎氣丸組成藥物的活性成分,以口服生物利用度(OB)＞30%、類藥性(DL)＞0.18為口服中藥的有效活性成分篩選

n數(shù)據(jù)庫預(yù)測(cè)藥物靶點(diǎn)，同時(shí)通過藥物數(shù)據(jù)庫（Drugbank）和在線人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫（OMIM）收集疾病靶點(diǎn)。將藥物靶點(diǎn)與疾病靶點(diǎn)取交集，拓展并拓?fù)浍@取關(guān)鍵靶點(diǎn)，利用DAVID數(shù)據(jù)庫對(duì)關(guān)鍵靶點(diǎn)進(jìn)行基因本體論（GO）分類富集分析和京都基因和基因組百科全書（KEGG）通路富集分析，通過Centiscape計(jì)算獲取hub節(jié)點(diǎn)。結(jié)果：從清熱活血方中篩選出活性成分31個(gè)，預(yù)測(cè)靶點(diǎn)419個(gè)，數(shù)據(jù)庫挖掘疾病靶點(diǎn)共430個(gè)。將藥物靶點(diǎn)與疾病靶點(diǎn)取交集、拓?fù)浞治霁@得清熱活

挖掘蟲草素的抗癌靶點(diǎn)，進(jìn)行靶點(diǎn)的蛋白互作分析、基因本體(GO)功能分析，以及京都靶點(diǎn)與靶點(diǎn)組百科全書(KEGG)通路分析，并對(duì)主要靶點(diǎn)進(jìn)行分子對(duì)接驗(yàn)證，以期全面闡明蟲草素的抗癌機(jī)制。1 材料與方法1.1數(shù)據(jù)庫與軟件①活性成分靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫：BATMAN-TCM (http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/)、CTD(http://ctdbase.org/)；②疾病靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫：GeneCards(https://www.genecar

實(shí)驗(yàn)室研究前預(yù)測(cè)靶點(diǎn)與通路，以期探索在雷公藤多苷與呋塞米共同進(jìn)入人體后可能發(fā)生的藥物相互作用機(jī)制。1 資料與方法1.1 主要活性成分預(yù)測(cè) 通過檢索TCMSP、ChEMBL、PubChem Compound數(shù)據(jù)庫和已發(fā)表文獻(xiàn)獲得TG的化學(xué)成分、分子結(jié)構(gòu)及其化學(xué)性質(zhì)和呋塞米的分子結(jié)構(gòu)及其化學(xué)性質(zhì)。保存兩種藥所包含化學(xué)成分的結(jié)構(gòu)式（.sdf格式）或Smiles號(hào)。根據(jù)類藥五原則[5]篩選TG主要活性成分。類藥五原則要求化合物分子質(zhì)量（MW）≤500、氫鍵給體（n

獻(xiàn)報(bào)道，但是對(duì)于靶點(diǎn)誤差的范圍，手術(shù)中靶點(diǎn)相關(guān)指標(biāo)對(duì)靶點(diǎn)誤差的影響報(bào)道寥寥無幾。本研究利用顱骨模型，建立模擬靶點(diǎn)模擬立體定向手術(shù)過程，采用Leksell-G手術(shù)方法，測(cè)量靶點(diǎn)誤差范圍，分別對(duì)不同靶點(diǎn)位置的誤差進(jìn)行分析，探索靶點(diǎn)相關(guān)指標(biāo)對(duì)立體定向活檢術(shù)誤差的影響因素，為臨床工作中目標(biāo)靶點(diǎn)的設(shè)置及穿刺路徑的選擇提供參考。1 材料與方法1.1 模擬靶點(diǎn)制作選取成人顱骨標(biāo)本沿冠狀縫、雙側(cè)頂骨鱗縫、乙狀縫去掉頂骨，完全暴露顱腔內(nèi)部，其內(nèi)設(shè)計(jì)模擬靶點(diǎn)，模擬靶點(diǎn)以特制鈦

中藥的多成分、多靶點(diǎn)的協(xié)同作用[9]。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究思路與中醫(yī)藥整體觀念一致，可應(yīng)用于解決中藥及復(fù)方研究中多成分、多靶點(diǎn)、協(xié)同作用特點(diǎn)帶來的難題[10]。目前已經(jīng)建立了若干數(shù)據(jù)庫，提供有關(guān)中藥的各方面信息，包括疾病、方劑、草藥或天然產(chǎn)物、生物活性成分和靶點(diǎn)。這些數(shù)據(jù)庫成為中醫(yī)藥與現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)之間的橋梁，在中藥藥理學(xué)研究中發(fā)揮了重要作用。本研究利用中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究方法，探究金蓮花抗炎功能的作用靶點(diǎn)和相關(guān)基因，為金蓮花抗炎的機(jī)制研究和臨床應(yīng)用提供理論依據(jù)。

COPD的成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)，分析該方多成分-多靶點(diǎn)間復(fù)雜網(wǎng)狀關(guān)系，預(yù)測(cè)其防治COPD的潛在靶標(biāo)和作用機(jī)制，為臨床研究和實(shí)驗(yàn)研究提供依據(jù)。1 資料與方法1.1 金水六君煎方源金水六君煎出自《景岳全書·新方八陣》：“治肺腎虛寒，水泛為痰，或年邁陰虛，血?dú)獠蛔?，外受風(fēng)寒，咳嗽嘔惡，多痰喘急等證”[5]，由熟地、當(dāng)歸、陳皮、半夏、茯苓、炙甘草、生姜組成。1.2 金水六君煎的化學(xué)成分及其對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)挖掘采用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫和分析平臺(tái)(TCMSP：Traditional

成分、多途徑和多靶點(diǎn)進(jìn)行較為全面地揭示。故本研究擬應(yīng)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析方法，分析、預(yù)測(cè)梔子柏皮湯治療肝炎的作用機(jī)制，進(jìn)一步分析其作為肝病治療用藥的合理性及針對(duì)性，以期為后續(xù)實(shí)驗(yàn)研究及為臨床用藥提供參考依據(jù)。1 資料與方法1.1 梔子柏皮湯藥物靶點(diǎn)篩選通過中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫和分析平臺(tái)(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform，TCMSP)(

用，構(gòu)建“成分-靶點(diǎn)-疾病”之間的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)來探討藥物的作用機(jī)制[6]。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究策略的整體性、系統(tǒng)性特點(diǎn)與中藥及其方劑的多成分、多途徑、多靶點(diǎn)協(xié)同作用的原理異曲同工。與此同時(shí)，網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究方法與中醫(yī)藥理論相結(jié)合，可以推動(dòng)單藥物單靶點(diǎn)向多組分多靶點(diǎn)的研究模式轉(zhuǎn)變，從整體上預(yù)測(cè)藥物靶點(diǎn)信息，為藥物研發(fā)提供了新的途徑和方法[7]?！爱惒⊥巍笔侵嗅t(yī)臨床的重要治則，以“辨證論治”理論為基礎(chǔ)，也是中醫(yī)學(xué)區(qū)別于現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的基本特征之一[8]，其科學(xué)內(nèi)涵為異病-同

5年全球第一個(gè)多靶點(diǎn)藥物索拉非尼上市以來，多靶點(diǎn)藥物的研發(fā)就開始進(jìn)入到了高速發(fā)展階段，由于多靶點(diǎn)藥物對(duì)癌癥、神經(jīng)系統(tǒng)疾病、糖尿病、高血壓及艾滋病等復(fù)雜性疾病有較好的治療效果，且相對(duì)單靶點(diǎn)藥物而言，有著同時(shí)調(diào)節(jié)多靶點(diǎn)、調(diào)節(jié)疾病網(wǎng)絡(luò)多個(gè)環(huán)節(jié)、毒副作用低的優(yōu)勢(shì)，近年來更是成為藥物研發(fā)的主要方向；多靶點(diǎn)藥物有著不良反應(yīng)未知、藥物作用于多個(gè)靶點(diǎn)的濃度不同等問題的存在，早期多靶點(diǎn)藥物研發(fā)主要以化學(xué)合成或者通過對(duì)已有物質(zhì)的篩選而獲得，而天然產(chǎn)物因結(jié)構(gòu)多樣性、多靶點(diǎn)活性較

于平臺(tái)井口位置與靶點(diǎn)的分配問題[3］，國內(nèi)外學(xué)者以“水平位移之和最小”、“總井深之和最小”、“總井深與總水平位移之和最小”[4］等作為評(píng)價(jià)指標(biāo)進(jìn)行了相關(guān)的分析研究[5-6］，得出了一些有價(jià)值的結(jié)論。而在進(jìn)行叢式井設(shè)計(jì)時(shí)，設(shè)計(jì)人員大多憑借經(jīng)驗(yàn)對(duì)井口和靶點(diǎn)進(jìn)行分配，沒有科學(xué)的計(jì)算方法和手段。因此，筆者在借鑒前人研究成果的基礎(chǔ)上，根據(jù)現(xiàn)場(chǎng)實(shí)際需要，對(duì)靶點(diǎn)的分配問題進(jìn)行了研究，提出了井口與靶點(diǎn)的連線在水平面上的投影不相交且水平位移平方和最小的方法，即不相交水平位移

術(shù)的進(jìn)步, 基于靶點(diǎn)的藥物發(fā)現(xiàn)模式逐漸取代了傳統(tǒng)的基于藥物化學(xué)結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)模式，成為現(xiàn)代創(chuàng)新藥物研發(fā)的主流模式。本文主要總結(jié)了藥物靶點(diǎn)篩選的全部流程，并重點(diǎn)介紹了靶點(diǎn)確認(rèn)及驗(yàn)證的成熟方法。1 藥物靶點(diǎn)篩選的三個(gè)階段1.1 小分子藥物的篩選藥物靶點(diǎn)的篩選首先要篩選感興趣的藥物，主要有兩種基本方式：基于靶點(diǎn)的篩選和表型篩選。1.1.1 基于靶點(diǎn)的篩選 到目前為止，很多藥物都是通過這種方法篩選得到的，基于靶點(diǎn)的篩選可以有效的篩選到具有生物活性的小分子物質(zhì)，這種篩選