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基于體外藥效學(xué)結(jié)合網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對(duì)接對(duì)人參-桑椹改善骨質(zhì)疏松的機(jī)制研究

2021-10-24 03:14李春楠吳孟雅邊學(xué)峰
食品工業(yè)科技 2021年20期
關(guān)鍵詞:增殖率桑椹骨質(zhì)疏松癥

劉 玲,李春楠,蘭 夢(mèng),吳孟雅,張 輝, ,邊學(xué)峰,

(1.長春中醫(yī)藥大學(xué),吉林省人參科學(xué)研究院,吉林長春 130117;2.吉林省東北亞生物科技有限公司,吉林長春 130117)

骨質(zhì)疏松癥(osteoporosis,OP)以骨代謝紊亂、微結(jié)構(gòu)損壞為主要特征,并且由于骨量流失及強(qiáng)度降低,日后容易并發(fā)主要部位的脆性骨折[1]。OP的發(fā)病率隨著人口老齡化的加重而逐年上升。現(xiàn)已經(jīng)成為世界上第七大最常見的疾病[2]。研究顯示,中藥及其復(fù)方具有整體調(diào)節(jié)作用,調(diào)節(jié)激素水平,提高機(jī)體免疫力,促進(jìn)骨密度增加,改善和修復(fù)受損的小梁骨微結(jié)構(gòu),治療OP患者的疾病[3?4]。中藥及其復(fù)方在預(yù)防和治療OP方面具有較高的安全性和獨(dú)特的優(yōu)勢(shì),但其具體作用機(jī)制尚不清楚。隨著網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的發(fā)展和應(yīng)用,從靶向生物信號(hào)網(wǎng)絡(luò)的角度進(jìn)行深入分析,對(duì)中醫(yī)藥防治OP具有重要意義。

人參為五加科植物(Panax ginsengC. A. Mey)。2020版藥典記載,其具有大補(bǔ)元?dú)猓瑥?qiáng)精補(bǔ)腎之功效。桑椹為??浦参锷#∕orus albaL.)的干燥果穗,2015版藥典記載歸心、肝、腎精,具有治療肝腎陰虛,關(guān)節(jié)不利之功效。腎虛是骨質(zhì)疏松癥的主要病因,而腎精的升降決定了骨的強(qiáng)弱,因此補(bǔ)腎中藥被廣泛應(yīng)用于骨質(zhì)疏松癥的防治[5]。中醫(yī)認(rèn)為,腎藏精,精生髓,髓養(yǎng)骨。從生理上講,腎臟儲(chǔ)蓄先天的精華,可以轉(zhuǎn)化為骨髓。骨髓儲(chǔ)存在骨頭里,骨髓充實(shí)則骨骼生長強(qiáng)硬;病理上,腎精虧虛,骨髓不足,骨質(zhì)流失,導(dǎo)致各種骨病。近年來,大量研究表明人參、桑椹都具有改善骨質(zhì)疏松的作用,但目前研究主要集中于單味藥的藥性,二者聯(lián)合用藥后改善骨質(zhì)疏松的研究未見報(bào)道,且人參、桑椹藥食同源,對(duì)于食品開發(fā)的研究具有廣闊前景,相比于西藥治療毒副作用小。

網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)自2008年發(fā)出以來[6],其成為一門新興學(xué)科,在調(diào)控水平上揭示了中藥在人體調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)中的作用。由于其整體性,系統(tǒng)性的研究方法以及藥物與中藥的多靶點(diǎn),多病理特征共同作用的特點(diǎn),已成為系統(tǒng)分析多靶點(diǎn),多路徑機(jī)制的有效工具[7]。多項(xiàng)研究利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探索中藥作用機(jī)制已經(jīng)取得成功[8?9]。

本實(shí)驗(yàn)主要通過人參水提液(GW)、桑椹水提液(MW)、人參醇提液(GC)、桑椹醇提液(MC)、人參和桑椹水提物配伍(GMW)、人參和桑椹醇提物配伍(GMC)六個(gè)試驗(yàn)組及以H2O2溶液組為睪丸間質(zhì)細(xì)胞實(shí)驗(yàn)對(duì)照組,地塞米松為成骨細(xì)胞分化實(shí)驗(yàn)對(duì)照組,采用細(xì)胞實(shí)驗(yàn)并結(jié)合網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,探究人參、桑椹單味藥與藥對(duì)水提物及醇提物治療骨質(zhì)疏松作用的效果及其分子機(jī)制,為其后續(xù)開發(fā)應(yīng)用提供參考。

1 材料與方法

1.1 材料與儀器

小鼠睪丸間質(zhì)細(xì)胞TM3、小鼠成骨細(xì)胞MC3T3-E1 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所細(xì)胞資源中心;人參、桑椹 共二味藥材,吉林敖東世航藥業(yè),經(jīng)長春中醫(yī)藥大學(xué)張輝教授鑒定,均為《中國藥典》2020年版收載品種;胎牛血清 美國Gibco公司;胰蛋白酶、噻唑藍(lán)(MTT) 美國Amresco公司;MEM細(xì)胞培養(yǎng)液、雙抗(100 μg/mL的鏈霉素和100 U/mL的青霉素) 美國Hyclone公司;二甲基亞砜 天津市光復(fù)精細(xì)化工研究所;小鼠睪酮(T)酶聯(lián)免疫吸附檢測(cè)試劑盒 美國Rad公司;地塞米松索萊寶;BCA法蛋白定量試劑盒 中國碧云天;堿性磷酸酶(ALP)試劑盒 中國南京建成。

BSA124S-CW電子天平 德國Sartorius;KS-5200DB型清洗器 昆山潔力美超聲儀器有限公司;Microfuge.22RCentrifuge型高速低溫離心機(jī) 美國Beckman Coulter公司;BIO Memory ?86 ℃超低溫冰箱 法國Froilabo公司;YZ-875超凈工作臺(tái) 蘇州凈化設(shè)備廠;多規(guī)格培養(yǎng)皿 美國Corning公司;HERAEUS HERA cell 150二氧化碳培養(yǎng)箱 日本三洋公司;Milli-Q超純水儀 美國Bedford公司;Mode1680型酶標(biāo)儀 日本Takara公司。

1.2 實(shí)驗(yàn)方法

1.2.1 樣品制備 人參、桑椹單味藥及藥對(duì)1:1比例加入10倍量水,浸泡0.5 h,提取2次,每次提取1 h,合并2次濾液,得到人參水提液(GW)、桑椹水提液(MW)、人參和桑椹水提物配伍(GMW)藥液。再將人參、桑椹單味藥及藥對(duì)1:1比例加入8倍量乙醇,浸泡0.5 h,提取2次,每次提取2 h,合并2次濾液,得到人參醇提液(GC)、桑椹醇提液(MC)、人參和桑椹醇提物配伍(GMC)藥液。將六種樣品分別減壓濃縮再進(jìn)行烘干制成干膏,置4 ℃冰箱保存待用。

1.2.2 細(xì)胞培養(yǎng) 凍存的MC3T3-E1細(xì)胞和TM3細(xì)胞復(fù)蘇后,在37 ℃恒溫條件下,5% CO2培養(yǎng)箱中培養(yǎng)含10%胎牛血清和MEM培養(yǎng)基的細(xì)胞。當(dāng)細(xì)胞貼壁后,取出培養(yǎng)基,用PBS洗滌三次,直至無漂浮細(xì)胞。再次加入培養(yǎng)基繼續(xù)培養(yǎng)。當(dāng)細(xì)胞被80%~90%覆蓋時(shí),用0.25%胰蛋白酶傳代,每2~3 d傳代一次。取對(duì)數(shù)生長期細(xì)胞用于實(shí)驗(yàn)。

1.2.3 單味藥及藥對(duì)不同組分對(duì)TM3細(xì)胞增殖率和睪酮分泌的影響 實(shí)驗(yàn)分為給藥組GW、MW、GC、MC、GMW、GMC,模型組(MS)和空白組(Control)。將給藥組成分溶于少量二甲基亞砜中,用培養(yǎng)基稀釋成12.5、25、50、100、200 μg/mL,對(duì)照組加入相同體積的培養(yǎng)基。將TM3細(xì)胞接種于96孔板中,每孔加入200 μL細(xì)胞懸液(4×103細(xì)胞/孔),每組5復(fù)孔。培養(yǎng)24 h后,棄去培養(yǎng)基,分別加入12.5、25、50、100、200 μg/mL濃度樣品,對(duì)照組加入3.125 μmol/L的H2O2溶液。培養(yǎng)24 h后,收集細(xì)胞上清進(jìn)行睪酮檢測(cè)。每孔加入MTT(5 mg/mL),37 ℃暗孵4 h,于490 nm處檢測(cè),根據(jù)吸光度計(jì)算各組細(xì)胞增殖率和睪酮分泌量。

1.2.4 MC3T3-E1細(xì)胞增殖試驗(yàn) MC3T3-E1細(xì)胞接種于96孔板中,24 h后加入不同濃度的樣品,使各組的終濃度分別為12.5、25、50、100、200 μg/mL。每組5個(gè)復(fù)孔。將其置于37 ℃的5% CO2培養(yǎng)箱中連續(xù)培養(yǎng)。24 h后,每孔加入MTT(5 mg/mL)試劑,37 ℃暗孵4 h。根據(jù)測(cè)定的吸光度,計(jì)算各組細(xì)胞增殖率。

1.2.5 MC3T3-E1細(xì)胞分化試驗(yàn) 用ELISA法檢測(cè)細(xì)胞ALP活力。以加入地塞米松(100 μmol/L)作為模型組(MS),以12.5、25、50、100、200 μg/mL濃度的GMW和GMC作為給藥組,MC3T3-E1細(xì)胞為空白組。將細(xì)胞轉(zhuǎn)移到12孔板并培養(yǎng)24 h后加入不同濃度的樣品,使各組的終濃度分別為12.5、25、50、100、200 μg/mL。24 h后,進(jìn)行檢測(cè)。具體方法按照BCA法蛋白定量試劑盒說明及ALP試劑盒說明操作進(jìn)行測(cè)定。

1.3 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析

1.3.1 人參-桑椹成分篩選、靶點(diǎn)預(yù)測(cè)及網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建在TCMSP[10](http://tcmspw.com/tcmsp.php)數(shù)據(jù)庫以“人參”、“桑椹”、“RenShen”、“SangShen”為關(guān)鍵詞,收集人參-桑椹中化學(xué)成分,并以口服生物利用度(Oral bioavailability,OB)及類藥性(Drug-likeness,DL)的篩選條件(OB≥30%,DL≥0.18)[11]進(jìn)行篩選作為吸收、分布、代謝、排泄參數(shù)篩選出符合條件的化學(xué)成分作為活性成分并得到相關(guān)靶點(diǎn),借助疾病靶點(diǎn)標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)庫(Universal protein,UniProt)(https://www.uniprot.org/)查詢相關(guān)靶點(diǎn)對(duì)應(yīng)的基因名,并利用Cytoscape3.7.0軟件構(gòu)建成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖,并對(duì)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋮?shù)進(jìn)行了分析,確定關(guān)鍵節(jié)點(diǎn),分析人參-桑椹改善骨質(zhì)疏松癥的物質(zhì)基礎(chǔ)。

1.3.2 骨質(zhì)疏松癥靶點(diǎn)收集 應(yīng)用GeneCards數(shù)據(jù)庫(https://www.genecards.org/)OMIM數(shù)據(jù)庫(https://www.omim.org/)輸入關(guān)鍵詞“Osteoporosis”收集骨質(zhì)疏松癥相關(guān)靶點(diǎn),并通過Uniprot(http://www.uniprot.org/)數(shù)據(jù)庫將靶點(diǎn)轉(zhuǎn)換為Uniprot Entry格式。應(yīng)用Venny 2.1在線軟件作圖工具平臺(tái)(http://www.Venn.org/)將活性成分作用靶點(diǎn)與骨質(zhì)疏松癥相關(guān)靶點(diǎn)取交集,得到人參-桑椹藥對(duì)治療骨質(zhì)疏松癥關(guān)鍵靶點(diǎn)。

1.3.3 關(guān)鍵靶點(diǎn)蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 將關(guān)鍵靶點(diǎn)導(dǎo)入蛋白質(zhì)相互作用分析數(shù)據(jù)庫STRING(https://string-db.org/),選擇“Homo sapiens”,設(shè)定置信度≥0.400,分析關(guān)鍵靶點(diǎn)的相互作用,并將收集的數(shù)據(jù)導(dǎo)入Cytoscape3.7.0軟件構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)。

1.3.4 GO功能富集和KEGG通路富集 為探索關(guān)鍵靶點(diǎn)的生物功能和作用通路,將關(guān)鍵靶點(diǎn)輸入到DAVID數(shù)據(jù)庫[12](https://david.ncifcrf.gov/),進(jìn)行GO(Gene Ontology,基因本體)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因與基因組百科全書)分析,并以P<0.05為條件進(jìn)行篩選,選取基因數(shù)目排名前20的通路,利用imageGP(http://www.ehbio.com /ImageGP/)工具繪制氣泡圖。利用Cytoscape3.7.0軟件構(gòu)建“成分-靶點(diǎn)-通路”網(wǎng)絡(luò)圖。

1.3.5 分子對(duì)接驗(yàn)證 通過檢索TCMSP數(shù)據(jù)庫獲得活性成分MOL2格式化學(xué)結(jié)構(gòu),再利用 Pubchem數(shù)據(jù)庫(https://www.pubchem.org/)轉(zhuǎn)換為PDB格式。檢索RCSB PDB數(shù)據(jù)庫(http://www.rcsb.org/)獲得蛋白晶體結(jié)構(gòu),運(yùn)用Autodock[13]軟件進(jìn)行去水、加氫等操作后保存為PDB格式,應(yīng)用Pymol軟件對(duì)“活性成分-作用靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)中的度值大于平均值的化學(xué)成分和PPI網(wǎng)絡(luò)中的重要蛋白進(jìn)行分子對(duì)接。

1.4 數(shù)據(jù)處理

實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)使用SPSS23.0統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。所有數(shù)據(jù)用±s表示,多組間比較采用單因素方差分析。使用GraphPad Prism 8.0繪制統(tǒng)計(jì)結(jié)果圖。

2 結(jié)果與分析

2.1 人參、桑椹單味藥及藥對(duì)對(duì)小鼠睪丸間質(zhì)細(xì)胞及成骨細(xì)胞的作用

2.1.1 單味藥及藥對(duì)對(duì)小鼠睪丸間質(zhì)細(xì)胞TM3增殖率的影響 見表1,與空白組比較,模型組睪丸間質(zhì)細(xì)胞增殖率極顯著降低(P<0.01),表明小鼠腎衰模型建立成功。與模型組比較,當(dāng)濃度為100、200 μg/mL時(shí)GW、MW、GMW、GC、MC、GMC組增殖率顯著升高(P<0.01),并且呈濃度依賴性。GMW、GMC的增殖率明顯高于GW、MW、GC、MC的增殖率(P<0.05,P<0.01)。

表1 單味藥及藥對(duì)不同組分對(duì)小鼠睪丸間質(zhì)細(xì)胞的增殖作用(±s,n=3)Table 1 Proliferation effects of single drug and drug pair on mouse testicular TM3 cells (±s, n=3)

表1 單味藥及藥對(duì)不同組分對(duì)小鼠睪丸間質(zhì)細(xì)胞的增殖作用(±s,n=3)Table 1 Proliferation effects of single drug and drug pair on mouse testicular TM3 cells (±s, n=3)

注:與空白組比,#P<0.05,##P<0.01;與模型組比,*P<0.05,**P<0.01。

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2.1.2 GMW、GMC對(duì)小鼠睪丸間質(zhì)細(xì)胞TM3睪酮分泌量的影響 通過TM3細(xì)胞增殖率的實(shí)驗(yàn)可知,藥對(duì)增值率大于單味藥增值率,所以對(duì)藥對(duì)睪酮分泌進(jìn)行分析。見圖1,與空白組比較,模型組睪酮分泌顯著降低(P<0.01),表明小鼠腎衰模型建立成功。與模型組比較,GMW、GMC組在25~200 μg/mL睪酮分泌顯著升高(P<0.01),并且呈濃度依賴性。

圖1 藥對(duì)水提GMW和藥對(duì)醇提GMC對(duì)TM3細(xì)胞睪酮分泌量的影響(±s,n=3)Fig.1 Effects of water extraction of GMW and alcohol extraction of GMC on testosterone secretion of TM3 cells

2.1.3 GMW、GMC對(duì)小鼠成骨細(xì)胞MC3T3-E1增殖率的影響 見圖2,與空白組比較,GMW、GMC組的細(xì)胞增殖率顯著升高(P<0.05,P<0.01)。在GMW組中200 μg/mL濃度的細(xì)胞增殖率極顯著高于其他濃度組(P<0.01)。GMC組中100 μg/mL濃度的細(xì)胞,增殖率極顯著高于其他濃度組(P<0.01)。

圖2 藥對(duì)水提GMW和藥對(duì)醇提GMC對(duì)MC3T3-E1細(xì)胞增殖率的影響(±s,n=3)Fig.2 Effects of water extraction of GMW and alcohol extraction of GMC on proliferation rate of MC3T3-E1 cells

2.1.4 GMW、GMC 對(duì)小鼠成骨細(xì)胞 MC3T3-E1 ALP活力的影響 見圖3,與空白組比較,模型組ALP活力極顯著降低(P<0.01)。與模型組比較,GMW中25 μg/mL濃度時(shí)ALP活力極顯著高于其他濃度的ALP活力(P<0.01)。GMC中200 μg/mL濃度時(shí)ALP活力極顯著高于其他濃度ALP活力(P<0.01)。

圖3 藥對(duì)水提GMW和藥對(duì)醇提GMC對(duì)MC3T3-E1細(xì)胞 ALP 活力的影響(±s,n=3)Fig.3 Effects of water extraction of GMW and alcohol extraction of GMC on ALP activity of MC3T3-E1 cells

2.2 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析

2.2.1 人參-桑椹活性成分篩選及“成分-靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 通過檢索TCMSP數(shù)據(jù)庫,在TCMSP數(shù)據(jù)庫檢索到人參化學(xué)成分190種,桑椹中化學(xué)成分91種;通過設(shè)置OB≥30%,DL≥0.18,人參中篩選出活性成分22種,桑椹中活性成分6種,其中兩者共有活性成分28種,見表2。并獲得活性成分相關(guān)作用靶點(diǎn)99個(gè)。將28種活性成分與2.2.2中所得到的交集69個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn)通過Cytoscape 3.7.0軟件構(gòu)建“活性成分-靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò),見圖4。圖4中共有節(jié)點(diǎn)(Node)97個(gè),邊(Edge)137條,綠色四邊形節(jié)點(diǎn)為人參-桑椹兩者共有成分,藍(lán)色三角形節(jié)點(diǎn)為靶標(biāo)蛋白。通過分析網(wǎng)絡(luò)性質(zhì),活性成分M04、M14、M16、M27、M28的度值(Degree)高于平均值,M04、M14、M16是人參的活性成分,M27、M28是桑椹的活性成分,說明這些成分可能是人參-桑椹治療骨質(zhì)疏松癥關(guān)鍵成分。

圖4 人參-桑椹藥對(duì)活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖Fig.4 Compound-target network of herbal pair ginseng and mulberry

表2 人參-桑椹中活性化合物的基本信息Table 2 Basic information of active compounds in ginseng-mulberry

2.2.2 藥物靶點(diǎn)基因篩選及關(guān)鍵基因獲取 通過檢索GeneCards數(shù)據(jù)庫、OMIM數(shù)據(jù)庫刪除重復(fù)項(xiàng)后得獲骨質(zhì)疏松癥相關(guān)靶點(diǎn)4204個(gè),與活性成分相關(guān)靶點(diǎn)取交集后共獲得69個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn),見圖5。藍(lán)色圓形為活性成分靶點(diǎn),紅色圓形為骨質(zhì)疏松癥靶點(diǎn),兩者交集為關(guān)鍵靶點(diǎn)。

圖5 活性成分靶點(diǎn)和骨質(zhì)疏松癥靶點(diǎn)Venn圖Fig.5 Venn diagram of bioactive compound targets and Osteoporosis related targets

2.2.3 PPI網(wǎng)路構(gòu)建與分析 將69個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn),導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫,基因類型改為“Homo sapiens”,并將置信度設(shè)置為medium confidence 0.400,獲得PPI網(wǎng)絡(luò)圖TSV格式文件,將其導(dǎo)入Cytoscape 3.7.0軟件進(jìn)行可視化處理,其中有4個(gè)蛋白沒有互作關(guān)系,見圖6。圖6中共涉及65個(gè)節(jié)點(diǎn)(Node),638條邊(Edge)。PPI網(wǎng)路圖中,節(jié)點(diǎn)顏色從淡黃色漸變至深藍(lán)色表示Closeness Centrality從小到大變化。共有30個(gè)蛋白度值高于平均值(19.6),見表3,其中度值前五的蛋白為IL6、ALB、MAPK8、VEGFA、CASP3說明這5種蛋白在網(wǎng)絡(luò)中與其他蛋白相互作用較多,在網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮了重要作用。

表3 30個(gè)關(guān)鍵靶蛋白Table 3 30 key target proteins

圖6 65個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)圖Fig.6 PPI network of 65 key targets

2.2.4 GO功能富集和KEGG靶點(diǎn)通路富集分析經(jīng)過DAVID數(shù)據(jù)庫分析,以P<0.05為條件共收集到257個(gè)生物過程(biological process),34個(gè)分子功能(cell compound),62個(gè)細(xì)胞組分(molecular function)和109條KEGG通路,將GO功能富集排名前30的生物過程、分子功能、細(xì)胞組分及前20的KEGG通路繪圖從數(shù)據(jù)庫導(dǎo)出。見圖7。所包含基因數(shù)最多的前20的通路詳細(xì)信息結(jié)果,見表4。將DAVID分析結(jié)果導(dǎo)入Cytoscape 3.7.0構(gòu)建“活性成分-靶點(diǎn)-通路”網(wǎng)絡(luò)圖,見圖8。圖8中藍(lán)色(左圖)菱形節(jié)點(diǎn)為兩者共有成分,綠色(中圖)四邊形節(jié)點(diǎn)為關(guān)鍵靶標(biāo)蛋白,紫色(右圖)長方形為通路。共有117個(gè)節(jié)點(diǎn),406個(gè)邊,平均Degree值為6.719(該值是表示與該節(jié)點(diǎn)相連的邊的條數(shù),節(jié)點(diǎn)度越高,其參與的生物過程越多),≥6.719的有44個(gè),其介數(shù)(Betweenness Centrality)、接近中心性(Closeness Centrality)、平均最短路徑長度(Average Shortest Path Length)表明了其重要性,網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋮?shù),見表5。由此可知,相同成分可對(duì)應(yīng)一個(gè)或多個(gè)靶點(diǎn),而不同成分又可作用于同一靶點(diǎn),具有協(xié)同作用。

表5 網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋮?shù)(Degree≥6.719)Table 5 Network topology parameters (Degree≥6.719)

圖8 活性成分-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)路圖Fig.8 Active ingredient target pathway network diagram

表4 基因數(shù)目前20的KEGG通路基本信息Table 4 Basic information of the top 20 pathways with the most genes

圖7 GO功能富集和KEGG通路富集Fig.7 GO analysis and KEGG pathways

GO功能富集表明,人參-桑椹藥對(duì)可正調(diào)控RNA聚合II啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄(positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter)、凋亡過程負(fù)調(diào)控(negative regulation of apoptotic process)、腫瘤壞死因子細(xì)胞反應(yīng)(cellular response to tumor necrosis factor)、血管生成的正向調(diào)節(jié)(positive regulation of angiogenesis)、神經(jīng)元凋亡過程(neuron apoptotic process)、上皮細(xì)胞增殖的陽性調(diào)節(jié)(positive regulation of epithelial cell proliferation)等生物過程。KEGG通路分析表明人參-桑椹藥對(duì)可能通過PI3K-Akt信號(hào)通路(PI3K-Akt signaling pathway)、乙型肝炎通路(Hepatitis B)、前列腺癌通路(Prostate cancer)、MAPK 信號(hào)通路(MAPK signaling pathway)、糖尿病并發(fā)癥中的AGE-RAGE信號(hào)通路(AGERAGE signaling pathway)等信號(hào)通路發(fā)揮治療骨質(zhì)疏松癥的作用?!俺煞?靶標(biāo)-通路”網(wǎng)絡(luò)圖分析結(jié)果顯示,槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、β-胡蘿卜素(beta-carotene)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)四種化合物在網(wǎng)絡(luò)圖中度值高于平均度值,提示這些化合物可能在人參-桑椹藥理作用的發(fā)揮中扮演重要角色。

2.2.5 分子對(duì)接驗(yàn)證 利用Autodock軟件,選取“活性成分-靶點(diǎn)-通路”網(wǎng)絡(luò)圖中度值高于平均值的四個(gè)化合物(kaempferol、quercetin、beta-carotene、beta-sitosterol),與PPI網(wǎng)絡(luò)中度值排名前四的靶點(diǎn)(CASP3、ALB、IL6、MAPK8)對(duì)接,除beta-carotene與靶點(diǎn)對(duì)接后binding energy大于0 kcal/mol外,其余結(jié)果均小于0 kcal/mol,說明活性成分和靶蛋白能形成較為穩(wěn)定的結(jié)合,見表6。利用Pymol軟件對(duì)活性化合物結(jié)果進(jìn)行可視化處理結(jié)果,見圖9。由圖可知,A、B、C分別為kaempferol、quercetin、betasitosterol與CASP3蛋白對(duì)接模式圖,D、E、F分別為kaempferol、quercetin、beta-sitosterol與ALB蛋白對(duì)接模式圖,G、H、I分別為kaempferol、quercetin、beta-sitosterol與IL6蛋白對(duì)接模式圖,J、K、L分別kaempferol、quercetin、beta-sitosterol與MAPK8蛋白對(duì)接模式圖。

圖9 活性成分與CASP3、ALB、IL6、MAPK8的分子對(duì)接模式Fig.9 Molecular docking pattern of bioactive compounds with CASP3、ALB、IL6、MAPK8 main protease

表6 活性成分與關(guān)鍵靶點(diǎn)對(duì)接結(jié)果(kcal/mol)Table 6 Docking results of active ingredients and key targets (kcal/mol)

3 討論

人參和桑椹為補(bǔ)氣補(bǔ)陰補(bǔ)肝腎的中藥。骨質(zhì)疏松癥現(xiàn)已在全球成為非常常見的疾病,并且對(duì)于抗骨質(zhì)疏松癥的藥物研發(fā)迫在眉睫。中醫(yī)理論中“腎主骨生髓”證實(shí)人參-桑椹有改善骨質(zhì)疏松的作用。然而其作用機(jī)制并不明確,同時(shí)缺乏分子水平實(shí)驗(yàn)研究。本研究以小鼠睪丸間質(zhì)細(xì)胞TM3為模型,考察了人參、桑椹單味藥和聯(lián)合藥對(duì)對(duì)睪丸間質(zhì)細(xì)胞增殖及睪酮分泌的影響。結(jié)果顯示,聯(lián)合藥對(duì)對(duì)細(xì)胞增殖及睪酮分泌量具有顯著增加作用,說明藥對(duì)比單味藥具有明顯補(bǔ)腎的作用。以小鼠成骨細(xì)胞MC3T3-E1為模型,考察不同組分藥對(duì)對(duì)細(xì)胞增殖及ALP活力的影響,結(jié)果顯示水提取的藥對(duì)組分具有明顯細(xì)胞增殖的作用,而醇提取的藥對(duì)則對(duì)ALP活力具有明顯增強(qiáng)的作用。

本文基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對(duì)接技術(shù)研究了人參-桑椹改善骨質(zhì)疏松癥的活性成分、潛在作用靶點(diǎn)和作用通路。發(fā)現(xiàn)人參-桑椹藥對(duì)可能通過 kaempferol、quercetin、beta-carotene、beta-sitosterol等 活性產(chǎn)物,作用于 IL6、ALB、MAPK8、VEGFA、CASP3、EGFR等靶點(diǎn),正調(diào)控RNA聚合II啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄、凋亡過程負(fù)調(diào)控、腫瘤壞死因子細(xì)胞反應(yīng)、血管生成的正向調(diào)節(jié)、神經(jīng)元凋亡過程、上皮細(xì)胞增殖的陽性調(diào)節(jié)等生物過程,通過PI3K-Akt信號(hào)通路、乙型肝炎通路、前列腺癌通路、MAPK信號(hào)通路、糖尿病并發(fā)癥中的AGE-RAGE信號(hào)通路等發(fā)揮多成分,多靶點(diǎn)、多通路治療骨質(zhì)疏松癥的藥理作用。

PPI網(wǎng)絡(luò)圖參數(shù)顯示,人參桑椹治療骨質(zhì)疏松關(guān)鍵靶點(diǎn)主要有IL6、ALB、MAPK8、VEGFA、CASP3、EGFR等,30種蛋白度值高于平均值,這些結(jié)果表明,關(guān)鍵靶點(diǎn)與其它蛋白質(zhì)關(guān)系密切,在PPI網(wǎng)絡(luò)中具有較強(qiáng)的相互作用。其中,白介素-6(IL-6)與OP密切相關(guān),血清IL-6的升高是OP發(fā)病的重要危險(xiǎn)因素[14],IL-6能促進(jìn)成骨細(xì)胞釋放白介素-1(IL-1)、前列腺素E2(PGE2)等下游信號(hào)分子,降低OPG表達(dá),升高RANKL表達(dá),從而促進(jìn)破骨細(xì)胞形成,增強(qiáng)骨吸收[15]。目前認(rèn)為營養(yǎng)不良是OP發(fā)病的重要危險(xiǎn)因素[16],而血清白蛋白(ALB)是衡量機(jī)體營養(yǎng)狀況的重要指標(biāo),臨床及實(shí)驗(yàn)研究顯示[17?18],血清中ALB水平降低與骨密度下降呈明顯正相關(guān),證實(shí)低水平ALB與OP的發(fā)病密切相關(guān)。徐會(huì)金[19]在體外培養(yǎng)人的巨噬細(xì)胞實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)MAPK可通過調(diào)控IRF-3來上調(diào)IFN-P基因的表達(dá),從而起到抑制破骨分化,減弱骨吸收作用,對(duì)延緩骨質(zhì)疏松癥進(jìn)程起著重要作用。血管內(nèi)皮生長因子A(VEGFA)是血管內(nèi)皮生長因子家族中一種重要的細(xì)胞因子,可增加血管通透性,誘導(dǎo)血管生成。研究發(fā)現(xiàn)[20],正常健康人群體內(nèi)VEGF表達(dá)較OP患病人群中高的多,證實(shí)其在維持骨代謝中起到重要的作用。其治療骨質(zhì)疏松癥的作用機(jī)制可能是通過刺激血管內(nèi)皮,增強(qiáng)成骨細(xì)胞的活性以此促進(jìn)成骨生成[21],動(dòng)物實(shí)驗(yàn)也已證實(shí)了[22]。將表達(dá)VEGF的腺病毒載體注射到新西蘭兔股骨遠(yuǎn)端,結(jié)果表明,表達(dá)VEGF的腺病毒載體能顯著增加兔股骨遠(yuǎn)端的骨量和成骨細(xì)胞數(shù)量。胱冬酶3(CASP3)是細(xì)胞線粒體凋亡通路中的關(guān)鍵蛋白,正常情況下以非活化的形式存在,當(dāng)細(xì)胞凋亡程序啟動(dòng)時(shí),CASP3被蛋白水解酶激活并與下游蛋白級(jí)聯(lián)以促進(jìn)細(xì)胞凋亡[23],因此調(diào)節(jié)成骨細(xì)胞及破骨細(xì)胞凋亡是許多中藥治療OP的重要作用機(jī)制[24]。EGFR是erbb家族四個(gè)成員之一的跨膜糖蛋白,構(gòu)成酪氨酸激酶受體。EGFR是一種重要的生長蛋白因子,能穩(wěn)定淺表軟骨細(xì)胞數(shù)量,增加邊界潤滑劑的分泌,潤滑軟骨表面,從而增強(qiáng)關(guān)節(jié)軟骨的力學(xué)強(qiáng)度[25]。研究[26]表明,EGFR的活化能高度刺激EGR-1、EGR-2和EGR-3的表達(dá),通過促進(jìn)大鼠成骨細(xì)胞和原代顱骨細(xì)胞的增殖和抑制其凋亡來維持其數(shù)量。

人參桑椹治療骨質(zhì)疏松癥的KEGG通路富集結(jié)果顯示,磷脂酰肌醇三激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信號(hào)通路作為細(xì)胞分化、增殖、遷移過程中一個(gè)重要的調(diào)節(jié)者,在骨質(zhì)疏松病理過程中扮演著重要角色[27]。Adapala等[28]發(fā)現(xiàn)抑制PI3K/Akt信號(hào)通路活性,將使破骨細(xì)胞骨吸收能力減弱,從而達(dá)到延緩骨質(zhì)疏松癥進(jìn)程的作用,其機(jī)制可能與激活下游的核因子κB受體活化因子(RANK)和巨噬細(xì)胞集落刺激因子受體(c-Fms)信號(hào)相關(guān)。已有研究證明病毒性肝炎患者骨質(zhì)疏松癥發(fā)生率顯著增高,且與肝損害的程度呈正相關(guān)[29?30]。研究發(fā)現(xiàn)去勢(shì)治療前列腺癌能降低雄激素,同時(shí)經(jīng)雄激素芳香化而來的雌激素也減少,雌激素通過調(diào)節(jié)核因子κB體活化因子、核因子κB受體活化因子配體、骨質(zhì)疏松癥G通路,促進(jìn)破骨細(xì)胞增殖、分化,促進(jìn)骨吸收,從而導(dǎo)致骨質(zhì)疏松[31?32]。目前對(duì)骨重塑機(jī)制的深入研究,慢性炎癥一定程度上參與了骨質(zhì)疏松癥的發(fā)展,而這種慢性炎癥狀態(tài)及相關(guān)的氧化應(yīng)激可以通過激活晚期糖基化終末產(chǎn)物受體抑制WNT、ERK和PI3K信號(hào)抑制成骨細(xì)胞增殖[33?34]。研究表明,骨關(guān)節(jié)炎的軟骨細(xì)胞具有更高的晚期糖基化終產(chǎn)物受體表達(dá)。晚期糖基化終產(chǎn)物激活受體可通過激活MAPK和核因子κB信號(hào)通路促進(jìn)軟骨細(xì)胞的分解代謝。由此可見,糖尿病并發(fā)癥中的AGE-RAGE信號(hào)通路也有可能成為治療骨質(zhì)疏松癥的潛在靶點(diǎn)。

通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)篩選,發(fā)現(xiàn)kaempferol、quercetin、beta-carotene、beta-sitosterol化合物在“成分-靶點(diǎn)-通路”網(wǎng)絡(luò)中度值高于平均值。因此將這四種成分與PPI網(wǎng)絡(luò)中度值前四的分子IL6、ALB、MAPK8、CASP3進(jìn)行分子對(duì)接,結(jié)果顯示,除beta-carotene與靶點(diǎn)對(duì)接后binding energy大于0 kcal/mol外,其余binding energy結(jié)果均小于0 kcal/mol,說明人參-桑椹的活性化學(xué)成分可以和IL6、ALB、MAPK8、CASP3蛋白進(jìn)行較穩(wěn)定的結(jié)合。同時(shí),已研究表明[35?38],kaempferol、quercetin、beta-sitosterol均 表現(xiàn)出較好的抗癌、抗炎、抗氧化、抑制腫瘤及清除氧自由基的活性,表明這些成分在人參-桑椹藥對(duì)改善骨質(zhì)疏松癥作用中扮演了重要角色。

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