薩初拉,吳青海,,白蘇樂,其布日,,高 娃,,連海飛,蘇少鋒,常 琰,付紹印,呼 和
(1.內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)科學(xué)院,內(nèi)蒙古 呼和浩特 010031;2.天津科技大學(xué),天津 300457;3.巴彥淖爾市動(dòng)物疫病預(yù)防控制中心,內(nèi)蒙古 臨河區(qū) 015000)
乳酸菌被公認(rèn)為是安全的食品級(jí)微生物(GRAS)[1-2],植物乳桿菌在發(fā)酵飼料、青貯飼料、微生態(tài)制劑、醫(yī)藥及食品等領(lǐng)域廣泛應(yīng)用[3-5]。 使用基因工程手段修飾改造植物乳桿菌, 可釋放更大的應(yīng)用潛力。 植物乳桿菌具有高氧耐受能力和生長(zhǎng)發(fā)酵穩(wěn)定性, 作為宿主表達(dá)重組蛋白方面的應(yīng)用越來越受到人們的重視[6-8]。 隨著基因工程技術(shù)的迅猛發(fā)展,目前綜合利用基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)及細(xì)胞工程手段[9-10]提高化合物、代謝產(chǎn)物及酶產(chǎn)量的研究已成為熱點(diǎn)[11]。 Van Kranenburg 等[12]對(duì)來自植物乳桿菌隱蔽質(zhì)粒pWCFS101、pWCFS102進(jìn)行了分析,同時(shí)利用其復(fù)制子構(gòu)建了克隆載體。在植物乳桿菌表達(dá)系統(tǒng)中, 研究比較成熟的是pSIP 系統(tǒng)。 S?rvig 等[13-14]在pSIP300 和pSIP400 系列基礎(chǔ)上構(gòu)建了通用表達(dá)載體。在此基礎(chǔ)上,通過引入乳桿菌素A 及乳桿菌素P 基因的啟動(dòng)子進(jìn)一步構(gòu)建了pSIP500 系列載體。 pSIP 系統(tǒng)是以細(xì)菌素Sakacin A 為誘導(dǎo)物的誘導(dǎo)型表達(dá)系統(tǒng),該表達(dá)系統(tǒng)避免了宿主細(xì)胞過表達(dá)而中毒及新陳代謝的干擾,但需要添加細(xì)菌素Sakacin A 誘導(dǎo)表達(dá),因此,不適合應(yīng)用于飼料及食品的發(fā)酵和腸道環(huán)境[15]。
國(guó)內(nèi)植物乳桿菌作為外源基因表達(dá)宿主的研究起步較晚, 近些年來的研究主要集中在植物乳桿菌內(nèi)含質(zhì)粒研究及利用pSIP 系統(tǒng)表達(dá)異源蛋白上, 而自主研發(fā)植物乳桿菌表達(dá)載體方面報(bào)道較少。 鐘澤民等[16]以商品化乳桿菌表達(dá)載體pIAβ8 為骨架, 結(jié)合干酪乳桿菌超強(qiáng)組成型啟動(dòng)子SCP 以及M6 前體蛋白信號(hào)肽SP、豬表皮生長(zhǎng)因子pEGF 基因等元件, 構(gòu)建可以表達(dá)具有生物學(xué)活性pEGF 的植物乳桿菌表達(dá)載體pSCPS。 但表達(dá)載體pSCPS 的骨架pIAβ8 含有來源于大腸桿菌的復(fù)制子、 氨芐青霉素抗性基因和氯霉素抗性基因,不符合食品級(jí)應(yīng)用要求[17]。
微生物基因表達(dá)水平主要與啟動(dòng)子強(qiáng)度[18]、基因拷貝數(shù)[19]、表達(dá)蛋白分泌到胞外效率[20]等有關(guān)。 組成型啟動(dòng)子即持續(xù)性啟動(dòng)基因轉(zhuǎn)錄的啟動(dòng)子,可用作調(diào)控元件構(gòu)建表達(dá)載體,實(shí)現(xiàn)目的蛋白在胞內(nèi)外大量表達(dá)。 但目前在植物乳桿菌基因工程改造中, 可實(shí)際應(yīng)用的組成型啟動(dòng)子資源很有限。為構(gòu)建植物乳桿菌高效特異表達(dá)載體,該研究以綠色熒光蛋白基因(GFP)作為報(bào)告基因,使用啟動(dòng)子Pefp(來自布赫內(nèi)氏乳桿菌)、Ptuf34(來自布赫內(nèi)氏乳桿菌)、Ptuf33 (來自植物乳桿菌)、P11(來自植物乳桿菌)替換pMG36e 載體原有P32 啟動(dòng)子。隨后將該載體轉(zhuǎn)化至植物乳桿菌H18 中,檢測(cè)啟動(dòng)子在植物乳桿菌中啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄的有效性、廣泛性和強(qiáng)弱特性, 從而為后續(xù)構(gòu)建高表達(dá)植物乳桿菌載體提供良好的研究基礎(chǔ)和基因元件。
1.1.1 菌種大腸桿菌Top10 感受態(tài)細(xì)胞(CB104)購自天根生化科技(北京)有限公司;植物乳桿菌H18 由內(nèi)蒙古農(nóng)牧業(yè)科學(xué)院生物技術(shù)研究中心提供。
1.1.2 主要試劑紅霉素(A600192)購自上海生工生物工程 (上海) 股份有限公司,LB 培養(yǎng)基(HB0128)和MRS 培養(yǎng)基(HB0384)購自青島海博生物技術(shù)有限公司, 瓊脂 (N8290) 和瓊脂糖(A8201) 購自北京索萊寶科技有限公司,EcoRⅠ限 制 性 內(nèi) 切 酶 (1611),Hind Ⅲ限 制 性 內(nèi) 切 酶(1615) 購自寶日醫(yī)生物技術(shù) (北京) 有限公司。pMG36e 表達(dá)載體(VECT75336)購自北京興華越洋生物科技有限公司, 中量質(zhì)粒提取試劑盒(DP106)購自天根生化科技有限公司。
1.2.1 序列合成與測(cè)序委托南京金斯瑞生物科技有限公司依照表1 完成序列合成, 一代測(cè)序由上海生工生物工程(北京)股份有限公司完成。 合成的正確片段于-20 ℃保存,用于后續(xù)載體構(gòu)建。
表1 啟動(dòng)子、熒光素酶報(bào)告基因及引物的合成
1.2.2 亞克隆的制備及鑒定將合成的正確片段利用EcoRⅠ和HindⅢ雙酶切連接至pMG36e 載體,轉(zhuǎn)化至Top10 感受態(tài)細(xì)胞,利用含有紅霉素的LB 瓊脂培養(yǎng)基篩選陽性克隆。 取生長(zhǎng)的陽性克隆進(jìn)行擴(kuò)培, 進(jìn)一步利用天根質(zhì)粒提取試劑盒依照說明書進(jìn)行質(zhì)粒提取。 取約300 ng 質(zhì)粒, 利用EcoRⅠ和HindⅢ限制性內(nèi)切酶進(jìn)行37 ℃水浴酶切40 min,將質(zhì)粒和酶切產(chǎn)物進(jìn)行1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)。 將電泳正確的克隆質(zhì)粒送至上海生工北京分部進(jìn)行目的片段的測(cè)序,測(cè)序正確的克隆質(zhì)粒于-20 ℃保存,用于后續(xù)植物乳桿菌轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)。
1.2.3 植物乳桿菌感受態(tài)制備取20 mL 培養(yǎng)至OD600nm值為0.6 左右的經(jīng)甘氨酸處理的H18 植物乳桿菌培養(yǎng)物,離心收集菌體,用冷的SG 緩沖液洗滌并離心收集菌體,重復(fù)2 次。 利用500 μL SG緩沖液重懸菌體, 每離心管分裝60 μL,-80 ℃冷凍保存,待用。
1.2.4 H18感受態(tài)轉(zhuǎn)化取約1 μg 測(cè)序正確的質(zhì)粒與H18 植物乳桿菌感受態(tài)混合, 利用伯樂電轉(zhuǎn)儀, 選擇1.5 kV、400 Ω、25 μF 參數(shù)進(jìn)行植物乳桿菌的電轉(zhuǎn)。 電轉(zhuǎn)物重懸于MRS 培養(yǎng)基內(nèi),32 ℃培養(yǎng)2 h 后涂布于含有紅霉素抗性的MRS 瓊脂固體培養(yǎng)基,32 ℃培養(yǎng)篩選。
1.2.5 H18重組子鑒定利用天根質(zhì)粒提取試劑盒對(duì)長(zhǎng)出的克隆進(jìn)行質(zhì)粒提取, 并利用36echeck1-1 引物檢測(cè)目的片段。
1.2.6 熒光強(qiáng)度的測(cè)定取1 mL PCR 檢測(cè)呈陽性的H18 植物乳桿菌重組子培養(yǎng)物, 離心收集菌體后利用生理鹽水洗滌收集菌體,200 μL 生理鹽水重懸菌體。取少量重懸菌體利用Nikon 熒光顯微鏡觀察綠色熒光表達(dá)情況, 結(jié)果如圖3 所示。 取100 μL 重懸菌液至96 孔板,利用Thermo Varioskan Flash 酶標(biāo)儀在激發(fā)光395 nm 和發(fā)射光509 nm 條件下測(cè)定熒光強(qiáng)度,同時(shí)檢測(cè)600 nm 下的OD 值。通過計(jì)算單位OD600nm下的熒光強(qiáng)度獲得樣本的相對(duì)熒光強(qiáng)度(RFI),野生型H18 為陰性對(duì)照。
1.2.7 統(tǒng)計(jì)分析利用GraphPad Prism 軟件對(duì)測(cè)得的熒光強(qiáng)度值進(jìn)行Ordinary One-Way ANOVA分析,并標(biāo)注顯著性差異。
由圖1 可知, 所有合成片段獲得酶切正確的陽性克隆。 通過測(cè)序結(jié)果得知構(gòu)建的表達(dá)載體均含有序列完全正確的陽性克隆。
圖1 pMG36e-promoter-GFP 載體質(zhì)粒及酶切產(chǎn)物電泳圖
由圖2 可知,PCR 結(jié)果顯示每個(gè)表達(dá)載體均獲得部分陽性克隆。 革蘭陽性細(xì)菌具有特殊的細(xì)胞壁結(jié)構(gòu), 所以提取高純度和濃度的質(zhì)粒有一定難度,部分陽性克隆條帶較弱。
圖2 H18 重組子目的片段PCR 產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)圖
由圖3 可知, 在熒光顯微鏡下可以觀察到植物乳桿菌重組子均有熒光信號(hào), 除了轉(zhuǎn)化pMG36e_Pefp-GFP 質(zhì)粒的H18 重組子均具有較強(qiáng)的熒光信號(hào)。 為更好地定量熒光信號(hào),利用酶標(biāo)儀檢測(cè)600 nm 下的OD 值, 并據(jù)此計(jì)算相對(duì)熒光強(qiáng)度, 結(jié)果如圖4 所示。 由結(jié)果可知轉(zhuǎn)化pMG36e_Ptuf33-GFP 和pMG36e_Ptuf34-GFP 質(zhì)粒H18 重組子相對(duì)熒光信號(hào)最強(qiáng), 其相對(duì)熒光強(qiáng)度平均值分別為3.35 和3.51, 極顯著 (P<0.01)高于其他組。 而轉(zhuǎn)化pMG36e_P11-GFP 質(zhì)粒H18 重組子平均相對(duì)熒光強(qiáng)度為2.699,同樣極顯著(P<0.01)高于轉(zhuǎn)化pMG36e_Pefp-GFP 質(zhì)粒H18 重組子和陰性對(duì)照組的相對(duì)熒光強(qiáng)度。該研究中轉(zhuǎn)化pMG36e_Pefp-GFP 質(zhì)粒H18 重組子相對(duì)熒光強(qiáng)度與陰性對(duì)照無顯著差異,說明Pefp 啟動(dòng)子無法在植物乳桿菌H18 中強(qiáng)表達(dá)目的基因。
圖3 酶標(biāo)儀檢測(cè)H18 植物乳桿菌重組子綠色熒光結(jié)果
已知原核微生物基因的表達(dá)水平主要與啟動(dòng)子強(qiáng)度[18]、基因拷貝數(shù)[19]、表達(dá)蛋白分泌到胞外效率[20]等有關(guān)。 已報(bào)道的乳酸菌表達(dá)系統(tǒng)中所用啟動(dòng)子大多為誘導(dǎo)型啟動(dòng)子, 如細(xì)菌素Sakacin A、木糖等誘導(dǎo)型啟動(dòng)子。 雖然這些誘導(dǎo)物為食品級(jí)的,但在大規(guī)模發(fā)酵生產(chǎn)中,誘導(dǎo)物的添加往往會(huì)使得工藝變得繁瑣,生產(chǎn)成本增加。而組成型啟動(dòng)子在這方面具有一定的優(yōu)勢(shì),能夠簡(jiǎn)化工藝,節(jié)約成本。 強(qiáng)啟動(dòng)子P11 是植物乳桿菌WCSF1 的rRNA 啟動(dòng)子, 應(yīng)用于pSIP 表達(dá)系統(tǒng)。 Ptuf33 和Ptuf34 分別為植物乳桿菌CD033 和布氏乳桿菌(L. buchneri)CD034 轉(zhuǎn)錄延伸因子TU(translation elongation factor TU)基因啟動(dòng)子序列。Pefp 為布氏乳桿菌(L.buchneri)CD034 延伸因子P(translation elongation factor P)基因啟動(dòng)子序列。 為更好地檢測(cè)啟動(dòng)子特性, 選擇了具有廣泛寄主特性的pWVO1 復(fù)制子的乳酸菌穿梭表達(dá)載體pMG36e[21]。依照Tauer 等[22]的報(bào)道,啟動(dòng)子SD 序列與報(bào)告基因起始?jí)A基的距離最佳為8 bp, 所以在該研究中為更好地比較啟動(dòng)子特性, 設(shè)計(jì)此間隔序列為8 bp 進(jìn)行合成。 由圖4 可知,啟動(dòng)子P11、Ptuf33 和Ptuf34 所表達(dá)GFP 熒光信號(hào)顯著高于Pefp 和對(duì)照組,而啟動(dòng)子Pefp 所表達(dá)GFP 熒光信號(hào)與對(duì)照組無顯著差異,說明啟動(dòng)子Pefp 不能在植物乳桿菌中有效表達(dá)目的基因。 Ptuf33 與Ptuf34 啟動(dòng)子在該研究中顯著高于P11 啟動(dòng)子表達(dá)報(bào)告基因,雖然這兩個(gè)強(qiáng)啟動(dòng)子取自不同的植物乳桿菌種,但其轉(zhuǎn)錄效率無顯著差異, 這可能是由于它們?cè)醋韵嗤颉?/p>
圖4 酶標(biāo)儀檢測(cè)H18 植物乳桿菌重組子綠色熒光結(jié)果
通過該研究可知P11、Pefp、Ptuf33 和Ptuf34 4個(gè)啟動(dòng)子中轉(zhuǎn)錄延伸因子TU 基因啟動(dòng)子Ptuf33和Ptuf34 在受體植物乳桿菌中表達(dá)目的基因水平顯著高于其他啟動(dòng)子, 可以作為后續(xù)構(gòu)建高表達(dá)植物乳桿菌載體的基因元件, 為開發(fā)植物乳桿菌高效表達(dá)系統(tǒng)奠定良好的研究基礎(chǔ)。
綜上所述, 植物乳桿菌的基因工程展現(xiàn)出廣闊的應(yīng)用前景。然而,植物乳桿菌表達(dá)系統(tǒng)還處于研究和完善階段, 缺少有效的商業(yè)化的表達(dá)載體和受體菌株, 建立一種高效表達(dá)外源蛋白且達(dá)到食品級(jí)的表達(dá)系統(tǒng)是使其發(fā)揮更重要作用的關(guān)鍵。該研究主要對(duì)植物乳桿菌啟動(dòng)子進(jìn)行研究,從而為通過提高啟動(dòng)子強(qiáng)度和復(fù)制子的拷貝數(shù)提升工程菌的表達(dá)水平提供理論依據(jù)。