陳成龍,劉蘭玲,史繼童,顏培正,李佳,趙東升
(山東中醫(yī)藥大學(xué)藥學(xué)院,山東 濟(jì)南 250355)
糖尿病(diabetes mellitus,DM)是一種伴隨因胰島 素分泌缺陷或生物作用受損引起的糖、脂肪和蛋白質(zhì)代謝紊亂的異質(zhì)性疾病[1],屬于中醫(yī)“消渴”、“消癉”和“三消”范疇[2]。中國糖尿病患者總數(shù)高居世界第一,大約11%的人患有糖尿病[3,4]。中藥由于毒性低、副作用小等特點(diǎn)在治療糖尿病方面有著不可替代的優(yōu)勢。
馬齒莧(Purslane oleracea,PO),味酸,對“消渴”病的病機(jī)陰虛燥熱具有清熱解毒、益氣生津及散血消腫的作用[5]。枳椇(Hovenia dulcis,HD),味甘、酸,具有清熱生津、止渴除煩等作用[6]。性味及功能主治提示兩味藥均可治療糖尿病,并已有研究報(bào)道證實(shí)[7-9],但其物質(zhì)基礎(chǔ)和潛在機(jī)制的異同點(diǎn)尚未得到闡釋。
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是在生物信息學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)與多向藥理學(xué)等學(xué)科的基礎(chǔ)上提出的一種新方法學(xué)科,并已在中藥物質(zhì)基礎(chǔ)和作用機(jī)制研究中廣泛應(yīng)用[10,11]?;诖耍覀兝镁W(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)技術(shù)研究馬齒莧、枳椇治療糖尿病的物質(zhì)基礎(chǔ)及作用機(jī)制差異,為進(jìn)一步深入研究開發(fā)和利用藥食同源中藥治療糖尿病提供一定的理論依據(jù)。
采用ETCM(http://www.tcmip.cn/)、TCMSP(https://tcmspw.com/tcmsp.php)數(shù)據(jù)庫收集PO與HD成分。利用Discovery Studio 2016對符合Lipinski規(guī)則的化合物進(jìn)行藥代動力學(xué)評價(jià):人類腸道吸收性(HIA)為0或1為優(yōu);水溶解度(AS)為3或4。Lipinski規(guī)則為分子量(MW)小于500,氫鍵供體(Hdon)數(shù)目小于5,氫鍵受體(Hacc)數(shù)目小于10,脂水分配系數(shù)(AlogP)小于5,可旋轉(zhuǎn)鍵(RK)的數(shù)量不超過10。
利用SwissTarget Prediction服務(wù)器預(yù)測PO與HD成分靶標(biāo),UniProt校正名稱。以probability>0為標(biāo)準(zhǔn)收集有效靶點(diǎn)。
以“Diabetes”、“Diabetes Mellitus”為關(guān)鍵詞分別在DisGeNET(https://www.disgenet.org/)、Genecards(https://www.genecards.org/)數(shù)據(jù)庫檢索疾病基因,并以score>0.5(DisGeNET)和score>50(Genecards)為標(biāo)準(zhǔn)篩選有效基因。
采用Venny2.1繪制韋恩圖獲取PO、HD治療DM共有靶點(diǎn)與特有靶點(diǎn)。運(yùn)用STRING數(shù)據(jù)庫構(gòu)建PO與HD調(diào)控DM共有靶點(diǎn)和特有靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)。Cytoscape3.7.0軟件進(jìn)行PPI網(wǎng)絡(luò)可視化。
將PO與HD防治DM的共有和特有靶點(diǎn)分別導(dǎo)入Cytoscape3.7.0,構(gòu)建“中藥成分靶點(diǎn)疾病”網(wǎng)絡(luò)。
使用R4.0.3軟件,利用Bioconductor(https://www.bioconductor.org/)的org.Hs.eg.db,colorspace,stringi,DOSE,clusterProfile,pathview,ggplot2和limma等程集包,對篩選的共有和特有靶點(diǎn)進(jìn)行GO功能和KEGG通路分析(校正P<0.05)。
通過檢索數(shù)據(jù)庫得到PO、HD成分分別為58個(gè)、45個(gè),經(jīng)篩選獲得PO、HD成分分別為24個(gè)、19個(gè)(表1),共有成分為芹菜素(apigenin)、槲皮素(quercetin)、山柰酚(kaempferol)和楊梅素(myricetin)。Swiss Target Prediction預(yù)測靶點(diǎn)數(shù)目分別為395個(gè)、367個(gè),數(shù)據(jù)庫匯總DM基因856個(gè)。將化合物靶點(diǎn)與DM相關(guān)基因取交集,得到PO、HD治療DM的特有靶點(diǎn)分別為42個(gè)、34個(gè),共有靶點(diǎn)66個(gè)(圖1)。
圖1 交集靶點(diǎn)韋恩圖Fig.1 Intersection targets from the Venn diagram
表1 成分基本信息Table 1 The basic information of components
續(xù)表
建立“中藥成分靶點(diǎn)疾病”網(wǎng)絡(luò)(圖2),包含182個(gè)節(jié)點(diǎn)和712條相互關(guān)系,平均每個(gè)化合物連接14個(gè)靶點(diǎn)。通過分析網(wǎng)絡(luò)拓?fù)湫再|(zhì),得到網(wǎng)絡(luò)中起到樞紐作用的化合物。PO中度值較大的成分為5,7-dihydroxy-2-(3-hydroxy-4-methoxyphenyl)chroman-4-one、芥子酸(sinapic acid)、木犀草素(luteolin)、咖啡酸(caffeic acid)和HD中為柚皮素(naringenin),共有成分為芹菜素(apigenin)、槲皮素(quercetin)、山柰酚(kaempferol)和楊梅素(myricetin),見表2。
圖2 “中藥-成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)Fig.2 The network of"Herb-Component-Target-Disease"
表2 關(guān)鍵成分排名(前10)Table 2 The rank of key components(Top 10)
Cytoscape3.7.0構(gòu)建藥材干預(yù)DM的主要作用靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)。共有靶點(diǎn)度值排名靠前的為AKT1(44)、EGFR(33)、PTGS2(31)、ESR1(30)、STAT3(26)、CXCL8(27)、PPARG(23)、PIK3CA(21)、IGF1R(19)和SERPINE1(17)(圖3 C),在二者防治DM的過程中占主要地位。PO特有靶點(diǎn)排名靠前的為GAPDH(20)、MAPK8(19)、MAPK1(19)和TLR4(10)(圖3 A),而HD為VEGFA(16)、ICAM1(9)、MAPK14(9)和HMOX1(8)(圖3 B)。
圖3 蛋白-蛋白互作網(wǎng)路Fig.3 The PPI network
2.4.1 共有靶點(diǎn)共有靶點(diǎn)調(diào)控DM涉及1 595條生物過程,與DNA結(jié)合、轉(zhuǎn)錄因子活性的調(diào)控、氧化應(yīng)激反應(yīng)RNA分解代謝過程和DNA代謝過程的調(diào)控等生物過程有關(guān);涉及134個(gè)細(xì)胞組分,與黏著、細(xì)胞-基底連接等細(xì)胞組分有關(guān),涉及162個(gè)分子功能,與泛素蛋白連接酶結(jié)合、泛素樣蛋白連接酶結(jié)合等分子功能有關(guān)(圖4 A)。涉及122條通路,主要有PI3K-Akt、糖尿病心肌病、RAGE(糖尿病并發(fā)癥)、脂質(zhì)與動脈粥樣硬化、cAMP和AMPK等信號通路(圖4 B)。
圖4 共有靶點(diǎn)生物功能注釋Fig.4 The biological function annotation of common targets
2.4.2 PO特有靶點(diǎn)PO特有靶點(diǎn)調(diào)控DM涉及1 432條生物過程,與RNA分解代謝過程和DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子活性的調(diào)控等生物過程有關(guān);涉及127個(gè)細(xì)胞組分,與黏著、細(xì)胞基底連接等細(xì)胞組分有關(guān);涉及154個(gè)分子功能,與泛素蛋白連接酶結(jié)合、泛素樣蛋白連接酶結(jié)合等分子功能有關(guān)(圖5 A);涉及117條通路,主要有PI3K-Akt、糖尿病心肌病、脂質(zhì)與動脈粥樣硬化、甲狀腺激素、鈣、RAGE(糖尿病并發(fā)癥)、cAMP、AMPK和Ⅱ型糖尿病等信號通路(圖5 B)。
圖5 PO特有靶點(diǎn)生物功能注釋Fig.5 The biological function annotation of PO specific targets
2.4.3 HD特有靶點(diǎn)HD調(diào)控DM涉及547條生物過程,與翻譯后蛋白修飾、蛋白質(zhì)DNA復(fù)合物組裝等生物過程有關(guān);涉及43個(gè)細(xì)胞組分,與主軸、黏著等細(xì)胞組分有關(guān);涉及55個(gè)分子功能,與泛素蛋白連接酶結(jié)合、泛素樣蛋白連接酶結(jié)合等分子功能有關(guān)(圖6 A);涉及11條通路,有PI3K-Akt、脂質(zhì)與動脈粥樣硬化、Ras、Rap1、MAPK和RAGE(糖尿病并發(fā)癥)等信號通路(圖6 B)。
圖6 HD特有靶點(diǎn)生物功能注釋Fig.6 The biological function annotation of HD specific targets
《千金要方·食治篇》記載:“知其所犯,以食治之,食療不愈,然后命藥”,且藥食同源治療DM能夠平衡各個(gè)器官功能,有效控制血糖和預(yù)防糖尿病并發(fā)癥[12]。馬齒莧、枳椇被收載于《國家藥食同源目錄》,藥用和食用歷史悠久。因此,采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)技術(shù)對二者治療糖尿病的物質(zhì)基礎(chǔ)及作用機(jī)制進(jìn)行對比,并分析其異同點(diǎn)。
“中藥成分靶點(diǎn)疾病”網(wǎng)絡(luò)顯示,PO、HD防治糖尿病的物質(zhì)基礎(chǔ)既存在共同點(diǎn)又具有明顯差異。PO與HD共同通過槲皮素、楊梅素等防治DM,此外,PO中的木犀草素、咖啡酸和芥子酸與HD中的柚皮素在防治DM過程中起到非常重要的作用。槲皮素能增加MAPK表達(dá)水平而減輕大鼠外周胰島素抵抗[13]。木犀草素通過抑制大鼠胰腺TLR4表達(dá)改善胰島素抵抗作用[14]。柚皮素能激活A(yù)MPK/Nrf2/HO-1信號通路,增強(qiáng)抗氧化反應(yīng),減輕糖尿病小鼠心肌損傷[15]。
分析PPI網(wǎng)絡(luò)發(fā)現(xiàn),PO與HD共有靶點(diǎn)度值排名靠前的靶點(diǎn)居多,有AKT1、PPARG、PIK3CA和SERPINE1等,說明兩者除共有成分外,二者的特有成分也能通過作用共同靶點(diǎn)來發(fā)揮療效。分析兩味藥材的特有靶點(diǎn),發(fā)現(xiàn)HD涉及靶點(diǎn)數(shù)目遠(yuǎn)遠(yuǎn)少于PO,說明PO發(fā)揮療效的物質(zhì)基礎(chǔ)更廣,干預(yù)的靶點(diǎn)與通路更多。富集分析結(jié)果顯示HD和PO集中在糖尿病并發(fā)癥、脂質(zhì)與動脈粥樣硬化、PI3K-Akt、cAMP和AMPK等信號通路。胰島素通過激活PI3K/AKT信號通路,調(diào)節(jié)血脂和葡萄糖代謝平衡[16]。PPARG的激活使機(jī)體外周組織對胰島素的敏感性增加,抑制肝臟糖異生,脂肪組織脂肪酸分解抑制、合成增加等[17]。PO特異地作用于甲狀腺激素、鈣和Ⅱ型糖尿病等信號通路,HD特異地作用于Ras、MAPK信號通路。胞內(nèi)Ca2+濃度升高觸發(fā)胰腺 細(xì)胞分泌胰島素,Ca2+通道和活性的改變對胞內(nèi)鈣濃度及胰島素的分泌都起到關(guān)鍵作用[18]。藥物干預(yù)cAMP信號通路可增加電活動和Ca2+信號,此外,cAMP還有助于胰島素合成、細(xì)胞分化和增殖[19]。
本研究通過共有成分和特有成分的靶點(diǎn)分析,闡釋了PO、HD在防治DM方面的物質(zhì)基礎(chǔ)和潛在作用機(jī)制差異,為進(jìn)一步研究開發(fā)和利用馬齒莧、枳椇資源提供參考,也為深入揭示藥食同源中藥的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)和作用機(jī)制研究提供一定的理論依據(jù)。