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基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探究棘豆止咳散防治慢性阻塞性肺疾病的機(jī)制研究

2022-04-03 06:17:01盛松李婧扎拉嘎白乙拉
世界中醫(yī)藥 2022年4期
關(guān)鍵詞:川貝母藥理學(xué)甘草

盛松 李婧 扎拉嘎白乙拉

摘要目的:采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法研究棘豆止咳散(JDZKS)治療慢性阻塞性肺疾?。–OPD)的作用機(jī)制。方法:利用數(shù)據(jù)庫、基因芯片等預(yù)測JDZKS治療COPD的靶點(diǎn),構(gòu)建成分治療靶點(diǎn)(CT)網(wǎng)絡(luò)、治療疾病靶點(diǎn)(TD)網(wǎng)絡(luò)并計(jì)算網(wǎng)絡(luò)貢獻(xiàn)指數(shù)、Degree、Betweenness和Closeness篩選主要核心成分和靶點(diǎn)。對治療靶點(diǎn)進(jìn)行富集分析,最后對核心成分和靶點(diǎn)分子對接驗(yàn)證。結(jié)果:預(yù)測得到治療靶點(diǎn)116個(gè),根據(jù)網(wǎng)絡(luò)貢獻(xiàn)指數(shù)、Degree、Closeness和Betweenness篩選CT和TD網(wǎng)絡(luò)得到2個(gè)核心成分和5個(gè)核心靶點(diǎn)。GO和KEGG分析顯示JDZKS從炎癥、氧化應(yīng)激、細(xì)胞凋亡、抗感染、營養(yǎng)代謝等方面防治COPD,組織富集分析顯示治療靶點(diǎn)富集于多個(gè)器官組織。分子對接結(jié)果表明核心成分與核心靶點(diǎn)間具有較強(qiáng)的結(jié)合力。結(jié)論:JDZKS治療COPD具有多成分、多靶點(diǎn)的特點(diǎn),理論上可以從多角度、多層次防治COPD。

關(guān)鍵詞棘豆止咳散;網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué);慢性阻塞性肺疾病;基因芯片;網(wǎng)絡(luò)效能;貢獻(xiàn)指數(shù);核數(shù);分子對接

Mechanism of Jidou Zhike Powder in Treatment of Chronic Obstructive Pulmonary

Disease Based on Network Pharmacology

SHENG Song,LI Jing,ZHALAGA Baiyila

(1 Xiyuan Hospital,China Academy of Chinese Medical Sciences,Beijing 100093,China;

2 Kulun Banner Hospital of Mongolian Medicine,Tongliao 028200,China)

AbstractObjective:To explore the mechanism of Jidou Zhike Powder(JDZK) in the treatment of chronic obstructive pulmonary disease(COPD) by network pharmacology.Methods:Therapeutic targets of JDZK on COPD were predicted by the databases and gene microarray.According to the calculation of contribution index,degree,betweenness,and closeness,the core compounds and therapeutic targets were chosen in the compoundtarget network(CT) and the targetdisease(TD) network.Furthermore,therapeutic targets underwent enrichment analysis.Finally,the binding capacity between the core compounds and targets was verified by molecular docking.Results:A total of 116 therapeutic targets were obtained by prediction.In addition,two core compounds and five core targets were obtained in the CT network and the TD network according to the contribution index,degree,betweenness,and closeness.Furthermore,GO and KEGG analyses indicated that JDZK acted on COPD from inflammation,oxidative stress,cell apoptosis,infection resistance,and nutrition metabolism.Tissue enrichment analysis indicated that the therapeutic targets were enriched in multiple organs and tissues.Molecular docking results manifested excellent binding capacity between core compounds and core targets.Conclusion:JDZK treatment of COPD is characterized by multiple components and targets,which can prevent and cure COPD at multiple levels theoretically.

KeywordsJidou Zhike Powder; Network pharmacology; Chronic obstructive pulmonary diseases; Gene microarray; Networkbased efficacy; Contribution index; Coreness; Molecular docking

中圖分類號:R289.5;R563文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:Adoi:10.3969/j.issn.1673-7202.2022.04.003

慢性阻塞性肺疾病(Chronic Obstructive Pulmonary Disease,COPD)是一種以呼吸道持續(xù)氣流受限為特征的肺部疾病,是呼吸系統(tǒng)的常見病和多發(fā)病。慢性阻塞性肺疾病全球創(chuàng)議(The Global Initiative for Chronic Obstructive Lung Disease,GOLD)預(yù)計(jì)COPD的發(fā)病率在未來40年仍會(huì)繼續(xù)上升,至2060年每年有超過540萬人死于COPD及其相關(guān)疾病[1]。中醫(yī)學(xué)從宏觀著手,整體施治,理論上可以從多角度、多層次出發(fā)防治COPD,更好地提高療效。棘豆止咳散(JDZKS)是內(nèi)蒙古通遼地區(qū)的常用蒙藥制劑,組方中多葉棘豆為君藥,川貝母為臣藥,石膏為佐藥,甘草為使藥,在長達(dá)30年的使用過程中發(fā)現(xiàn)JDZKS對于COPD導(dǎo)致的咳嗽、肺氣腫等具有較好療效[2]。

然而由于復(fù)方成分的復(fù)雜性和藥理作用的多靶點(diǎn)、多途徑、多環(huán)節(jié)的特點(diǎn),采用傳統(tǒng)單靶標(biāo)、單成分的研究思路來研究JDZKS干預(yù)COPD的作用機(jī)制很難體現(xiàn)復(fù)方的系統(tǒng)性,難以科學(xué)解釋JDZKS的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)[3]。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是從系統(tǒng)水平研究藥物與人體相互作用規(guī)律及機(jī)制的一門新興學(xué)科,因其整體性和系統(tǒng)性的特點(diǎn)已被廣泛應(yīng)用于復(fù)方主要活性成分篩選、作用靶點(diǎn)預(yù)測及作用機(jī)制研究[4]。因此我們借助網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法從整體角度探究JDZKS干預(yù)COPD的作用機(jī)制(圖1),為JDZKS的系統(tǒng)深入研究提供理論基礎(chǔ)。

1材料與方法

1.1篩選JDZKS的成分本研究通過中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺(tái)(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)(http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)檢索川貝母、甘草化學(xué)成分,并根據(jù)口服生物利用度(Oral Bioavailability,OB)和類藥性(Drug Likeness,DL)篩選得到符合條件的候選化合物[5]。因復(fù)方中多葉棘豆和石膏未在TCMSP中收錄,本研究通過TCMID(http://www.megabionet.org/tcmid/)及文獻(xiàn)檢索得到多葉棘豆和石膏的化學(xué)成分[67]。檢索日期截至2020年3月1日。

1.2獲取候選化合物的靶點(diǎn)首先將候選化合物分別導(dǎo)入TCMSP和PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)得到化合物的mol2結(jié)構(gòu)文件以及SMILES和InChI化學(xué)式,然后將其導(dǎo)入PharmMapper(http://www.lilabecust.cn/pharmmapper/)、SwissTargetPrediction(http://www.swisstargetprediction.ch/)、DrugBank(https://www.drugbank.ca/)、BatmanTCM(http://www.swisstargetprediction.ch/)分別依據(jù)反向藥效基團(tuán)、化合物結(jié)構(gòu)相似性及藥物靶點(diǎn)關(guān)系的方法預(yù)測化合物靶點(diǎn)[810],同時(shí)為保證預(yù)測靶點(diǎn)的準(zhǔn)確性,在上述4個(gè)網(wǎng)站中分別以Norm Fit≥0.7、Probability≥0.7、Similarity threshold=0.7、Score cutoff=20為條件進(jìn)一步篩選靶點(diǎn),最后將4個(gè)數(shù)據(jù)庫的預(yù)測靶點(diǎn)匯總?cè)ブ睾髮?dǎo)入U(xiǎn)niprot(https://www.uniprot.org/)中校正為Gene symbol,作為JDZKS的成分靶點(diǎn)。檢索日期截至2020年3月1日。

1.3篩選COPD靶點(diǎn)COPD靶點(diǎn)預(yù)測來自數(shù)據(jù)庫和GEO基因芯片。以“chronic obstructive pulmonary disease”和“COPD”為關(guān)鍵詞檢索數(shù)據(jù)庫GeneCards(http://www.genecards.org/)、GAD(https://geneticCHDsociationdb.nih.gov/)、TTD(http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/)、DisGenet(http://www.disgenet.org/)和DrugBank得到COPD靶點(diǎn)。GSE37768是GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中收錄的一個(gè)包含18例COPD患者和9例未吸煙健康人周圍肺組織樣本的基因表達(dá)數(shù)據(jù)集。首先利用該數(shù)據(jù)集提供的GPL570平臺(tái)注釋文件將27個(gè)樣本的探針I(yè)D轉(zhuǎn)換為Gene symbol,然后使用R version3.6.0的Impute包、Affy包、Limma包進(jìn)行數(shù)據(jù)集的缺失數(shù)據(jù)插補(bǔ)、標(biāo)準(zhǔn)化以及差異基因識(shí)別,差異基因閾值設(shè)置為P<0.05且| Log2 fold change |≥1。為保證疾病靶點(diǎn)預(yù)測的準(zhǔn)確性,將上述6個(gè)來源的COPD靶點(diǎn)兩兩取交集得到疾病靶點(diǎn),最后將JDZKS成分靶點(diǎn)與COPD疾病靶點(diǎn)再取交集得到JDZKS治療COPD的靶點(diǎn),即治療靶點(diǎn)。檢索日期截至2020年3月1日。

1.4網(wǎng)絡(luò)分析和構(gòu)建Cytoscape(ver3.2.1)是一款圖形化顯示網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行分析和編輯的軟件,能更直觀地分析藥物治療疾病的作用機(jī)制[11]。網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)是成分或靶點(diǎn),邊代表成分靶點(diǎn)關(guān)系或靶點(diǎn)靶點(diǎn)關(guān)系。

1.5成分治療靶點(diǎn)(CT)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析利用候選化合物、治療靶點(diǎn)及其之間的聯(lián)系構(gòu)建CT網(wǎng)絡(luò),同時(shí)參考文獻(xiàn)本研究引入了貢獻(xiàn)指數(shù)(Contribution Index,CI)以評估候選化合物對CT網(wǎng)絡(luò)的單獨(dú)貢獻(xiàn)程度,CI的計(jì)算主要基于網(wǎng)絡(luò)效能(Network Based Efficacy,NE)和PubMed文獻(xiàn),如果排名前N個(gè)化合物的CI之和大于85%,則這N個(gè)化合物被認(rèn)為是對CT網(wǎng)絡(luò)貢獻(xiàn)度最大的核心成分[12],CI計(jì)算公式如下。

在公式(1)中,n是與化合物j連接的靶點(diǎn)數(shù)量,d(i)是與化合物j連接的靶點(diǎn)i的Degree值。在公式(2)中,m是網(wǎng)絡(luò)中的化合物數(shù)目,c(j)是化合物j與COPD的相關(guān)PubMed文獻(xiàn)數(shù)目,檢索策略為在Abstract/Title中以“chronic obstructive pulmonary disease”“COPD”和網(wǎng)絡(luò)中化合物英文名稱及別稱為關(guān)鍵詞聯(lián)合檢索PubMed中1990—2019年的文獻(xiàn)。

1.6治療疾病靶點(diǎn)(TD)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析將治療靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING(https://stringdb.org/),其中“organism”限定為“Homo sapiens”“minimum required interaction score”設(shè)定為“medium confidence(>0.400)”得到靶點(diǎn)間互作關(guān)系,然后用治療靶點(diǎn)及疾病靶點(diǎn)間的蛋白質(zhì)相互作用關(guān)系構(gòu)建TD網(wǎng)絡(luò),最后通過Cytoscape的Network Analyzer功能計(jì)算網(wǎng)絡(luò)中Degree、Betweenness和Closeness評估TD網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)的重要性,通常一個(gè)節(jié)點(diǎn)在網(wǎng)絡(luò)中的重要性與Degree、Betweenness和Closeness值成正比。參照既往文獻(xiàn)篩選網(wǎng)絡(luò)中大于2倍Degree均值的靶點(diǎn),在此基礎(chǔ)上再篩選同時(shí)大于Degree、Closeness和Betweenness均值的節(jié)點(diǎn)定義為核心靶點(diǎn)[13]。

1.7富集分析本研究使用R進(jìn)行基因本體(GO)富集分析和京都基因和基因組百科全書(KEGG)富集分析,首先應(yīng)用Org.Hs.eg.db包將治療靶點(diǎn)的gene symbol轉(zhuǎn)換為EntrzID,然后運(yùn)用ClusterProfiler包進(jìn)行富集分析,根據(jù)Adjusted P<0.05作為條件篩選富集條目,最后使用Enrichplot包和Ggplot2包繪制柱狀圖及氣泡圖展示富集結(jié)果。利用TissueEnrich平臺(tái)(https://tissue.gdcb.iastate.edu/)分析和可視化治療靶點(diǎn)的組織器官定位[14],根據(jù)Adjusted P<0.05作為條件篩選顯著富集的組織器官。

1.8分子對接iGEMDOCK(http://gemdock.life.nctu.edu.tw/dock/,ver2.1)是一款開源的分子對接軟件,具有對接快速、準(zhǔn)確度高的優(yōu)點(diǎn)[15]。一般來說,結(jié)合親和力是由結(jié)合自由能決定的。當(dāng)結(jié)合構(gòu)象穩(wěn)定時(shí),能量相對較低[16]。在TCMSP中下載核心成分結(jié)構(gòu)的mol2格式文件,在PDB(https://www.rcsb.org/)中下載核心靶點(diǎn)蛋白結(jié)構(gòu)的PDB格式文件。對接前使用Discovery Studio(version 2016)對靶點(diǎn)蛋白進(jìn)行去水、加氫、刪除原始配體等預(yù)處理,刪除的配體另存為mol2格式文件。軟件采用“standard docking”對接,其余對接參數(shù)均為默認(rèn)。

2結(jié)果

2.1篩選JDZKS的成分篩選得到JDZKS成分144個(gè),其中在TCMSP中以“OB≥30%,DL≥0.18”作為篩選條件得到甘草成分75個(gè),川貝母成分11個(gè),通過TCMID及文獻(xiàn)得到多葉棘豆成分60個(gè),石膏成分1個(gè),其中Isorhamnetin和山柰酚為多葉棘豆和甘草共有成分,Sitosterol為川貝母和甘草共有成分。

2.2獲取候選化合物的靶點(diǎn)上述4個(gè)數(shù)據(jù)庫得到812個(gè)成分靶點(diǎn),包括甘草靶點(diǎn)688個(gè),川貝母靶點(diǎn)183個(gè),多葉棘豆靶點(diǎn)329個(gè),石膏靶點(diǎn)19個(gè)。

2.3篩選COPD靶點(diǎn)將上述6個(gè)來源的疾病靶點(diǎn)(5個(gè)數(shù)據(jù)庫和GEO芯片)兩兩取交集得到COPD靶點(diǎn)932個(gè),成分靶點(diǎn)與COPD靶點(diǎn)再取交集共得JDZKS治療COPD靶點(diǎn)168個(gè),包括靶點(diǎn)川貝母28個(gè),甘草144個(gè),多葉棘豆78個(gè),石膏6個(gè),其中川貝母、甘草、多葉棘豆共同靶點(diǎn)14個(gè),川貝母、甘草共同靶點(diǎn)13個(gè),川貝母、多葉棘豆共同靶點(diǎn)1個(gè),甘草、多葉棘豆共同靶點(diǎn)45個(gè),多葉棘豆、石膏共同靶點(diǎn)1個(gè),這表明JDZKS在治療COPD過程中既有特異性的作用靶點(diǎn)可單獨(dú)發(fā)揮作用,又有共同的作用靶點(diǎn)協(xié)同發(fā)揮作用,兩藥可“相須相使”治療COPD。

2.4CT網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析在CT網(wǎng)絡(luò)中有節(jié)點(diǎn)270個(gè),邊849條,代表106個(gè)化合物成分,其中川貝母9個(gè),甘草59個(gè),多葉棘豆34個(gè),石膏1個(gè),共有成分3個(gè)和164個(gè)成分靶點(diǎn)。見圖2A。圖2A網(wǎng)絡(luò)中不同顏色的圓圈代表JDZKS中各個(gè)藥物的成分,紫色方塊代表成分靶點(diǎn)。如上所述根據(jù)CT網(wǎng)絡(luò)中每個(gè)化合物的NE和PubMed文獻(xiàn)數(shù)計(jì)算CI,結(jié)果表明,槲皮苷和山柰酚這2個(gè)化合物的CI之和大于85%,是對CT網(wǎng)絡(luò)貢獻(xiàn)度最大的核心成分。見圖2B。即JDZKS抗COPD的主要活性化合物。

2.5TD網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析在TD網(wǎng)絡(luò)中有165個(gè)節(jié)點(diǎn)和668個(gè)邊。見圖3A。其中AKT1、TNF、EGFR、SRC、IL1B、PTGS2、CAPS3、EGF、ESR1、IGF1、MMP9、IL10、PPARG、ERBB2、ACTB、FGF2、APP、AR這18個(gè)靶點(diǎn)的Degree大于2倍Degree均值(Degree>40.44)。見圖3B。在18個(gè)靶點(diǎn)基礎(chǔ)上再篩選同時(shí)滿足大于Degree、Closeness和Betweenness均值(Degree>59.17,Closeness>0.58和Betweenness>0.035)的節(jié)點(diǎn)定義為核心靶點(diǎn),即AKT1、TNF、EGFR、SRC、IL1B。見圖3C。進(jìn)一步提取的5個(gè)核心靶點(diǎn)及其相鄰節(jié)點(diǎn)構(gòu)建核心靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò),該網(wǎng)絡(luò)顯示,5個(gè)核心靶點(diǎn)與網(wǎng)絡(luò)中74.5%(123/165)的治療靶點(diǎn)有互作關(guān)系。見圖3D。是網(wǎng)絡(luò)中的核心節(jié)點(diǎn)。在上述4個(gè)圖中節(jié)點(diǎn)的大小與Degree值成正比,顏色變化與節(jié)點(diǎn)Degree值相關(guān)。

及相鄰節(jié)點(diǎn)提取網(wǎng)絡(luò)

2.6富集分析本研究使用R對JDZKS治療COPD的168個(gè)靶點(diǎn)進(jìn)行GO和KEGG分析。根據(jù)Adjusted P<0.05確定2 791個(gè)GO富集條目,其中生物過程(BP)2 503個(gè),主要涉及類固醇代謝過程、氧化應(yīng)激反應(yīng)、營養(yǎng)反應(yīng)、對營養(yǎng)水平的反應(yīng)、類固醇激素反應(yīng)等方面;分子功能(MF)206個(gè),主要包括核受體活動(dòng)、轉(zhuǎn)錄因子活性和直接配體調(diào)控序列、類固醇結(jié)合、類固醇激素受體活性、血紅素結(jié)合等方面;細(xì)胞組分(CC)81個(gè),主要關(guān)于膜筏、膜微結(jié)構(gòu)域、膜區(qū)域、質(zhì)膜筏、小凹等。見圖4A。根據(jù)Adjusted P<0.05共得到146條通路,排名前30的通路中經(jīng)查找文獻(xiàn)確認(rèn)的COPD相關(guān)通路共9條,包括MAPK信號通路、PI3KAKT信號通路、黏著斑、人類巨細(xì)胞病毒感染、甲狀腺激素信號通路、IL17信號通路、叉頭轉(zhuǎn)錄因子信號通路、甾類激素生物合成、軍團(tuán)桿菌病。見圖4B。其余的KEGG通路絕大多數(shù)可歸屬于人類疾病通路。KEGG分析表明JDZKS活性成分的作用靶點(diǎn)分布于不同的通路,多成分、多靶點(diǎn)相互調(diào)節(jié)是COPD的可能作用機(jī)制。組織富集分析顯示168個(gè)治療靶點(diǎn)顯著富集于多個(gè)器官和組織,JDZKS治療COPD是對全身多個(gè)組織和器官綜合調(diào)控的結(jié)果,其中肝臟、胎盤、闌尾、骨髓、膀胱等組織器官在JDZKS治療COPD過程中發(fā)揮重要作用。見圖4C。

2.7分子對接對2個(gè)核心成分和5個(gè)核心靶點(diǎn)進(jìn)行分子對接驗(yàn)證,分子對接結(jié)果表明Quercetin和Kaempferol與EGFR、IL1B、TNF這3個(gè)靶點(diǎn)的結(jié)合力均優(yōu)于原配體,2個(gè)核心成分與5個(gè)核心靶點(diǎn)間具有較強(qiáng)的結(jié)合力,進(jìn)一步間接證明了網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)預(yù)測的準(zhǔn)確性。見圖5。

3討論

本研究發(fā)現(xiàn),其余的KEGG通路絕大多數(shù)可歸屬于人類疾病通路,說明這些疾病可能與COPD潛在相關(guān),如非小細(xì)胞肺癌(鱗癌)是COPD的獨(dú)立危險(xiǎn)因素,它們可能共享許多從疾病發(fā)生發(fā)展的病理演變過程[17]。COPD是近些年來備受關(guān)注的慢性疾病之一,近年來的研究表明COPD并不是單一的病理過程,氣道炎癥、氧化應(yīng)激、蛋白酶/抗蛋白酶失衡,造成氣道、肺實(shí)質(zhì)和肺血管反復(fù)損傷修復(fù)而引起結(jié)構(gòu)變化,最終導(dǎo)致氣流受限和氣體陷閉、黏液高分泌、氣體交換異常和肺動(dòng)脈高壓[18]。所以通過干預(yù)圖5分子對接自由結(jié)合能熱圖

某個(gè)特定靶點(diǎn)往往很難控制COPD進(jìn)展,通過某個(gè)單體化合物延緩COPD患者肺功能惡化往往難以取得理想臨床療效。由多種天然藥物組成的復(fù)方中含有各類生物活性成分,具有多成分、多靶點(diǎn)、多通路的作用特點(diǎn),是治療COPD這類由多種病理機(jī)制共同介導(dǎo)的慢性疾病的理想治療手段。

本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)從多個(gè)角度探究了JDZKS治療COPD的潛在的分子機(jī)制和靶點(diǎn)通路。CT網(wǎng)絡(luò)及CI計(jì)算結(jié)果顯示,甘草活性成分槲皮苷以及多葉棘豆和甘草共有成分山柰酚對網(wǎng)絡(luò)貢獻(xiàn)度最大,表示它們在JDZKS抗COPD中發(fā)揮主要作用,有著重要的潛在研究價(jià)值。既往研究證實(shí)槲皮苷是一種植物類黃酮,具有強(qiáng)大的抗氧化、抗炎、抗感染特性,在COPD小鼠模型中可顯著降低氧化應(yīng)激和肺部炎癥標(biāo)志物,并減少細(xì)菌計(jì)數(shù),能有效預(yù)防COPD疾病進(jìn)展[1920]。山柰酚可與抑制劑kappa B激酶2 (Inhibitor Kappa B Kinase 2,IKK2)ATP結(jié)合位點(diǎn)結(jié)合并通過磷酸化作用導(dǎo)致抑制IKK2,有助于預(yù)防COPD發(fā)生和惡化[21],以上結(jié)果為我們提供了更多的研發(fā)中藥單體治療COPD藥物的新線索。進(jìn)一步的TD網(wǎng)絡(luò)分析顯示AKT1、TNF、EGFR、SRC、IL1B等5個(gè)核心靶點(diǎn)在JDZKS治療COPD中尤為重要。后續(xù)的GO與KEGG分析顯示JDZKS從炎癥損傷、氧化應(yīng)激、細(xì)胞凋亡、抗感染、營養(yǎng)代謝等方面干預(yù)COPD,發(fā)揮其治療COPD并延緩患者肺功能惡化的作用。組織富集分析顯示JDZKS治療COPD是對全身多個(gè)組織和器官共同調(diào)控的結(jié)果,進(jìn)一步印證了之前GO和KEGG的分析結(jié)果,即表明JDZKS從多角度、多層次出發(fā)防治COPD。分子對接結(jié)果表明槲皮苷和山柰酚與核心靶點(diǎn)具有較強(qiáng)的結(jié)合力,也進(jìn)一步間接證明了網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)預(yù)測的準(zhǔn)確性。

本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法分析和探索了JDZKS治療COPD的潛在物質(zhì)基礎(chǔ)與治療靶點(diǎn),為揭示其作用機(jī)制提供了理論基礎(chǔ)以及為其后續(xù)試驗(yàn)的療效評價(jià)指標(biāo)篩選提供方向。但是需要注意的是,網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究尚存在一定局限性,如忽視了藥物劑量、中藥炮制、個(gè)體化差異帶來的影響,其次數(shù)據(jù)庫中成分靶點(diǎn)收錄不全、信息更新滯后,不能完全揭示其藥理作用,因此仍須進(jìn)一步試驗(yàn)結(jié)果的驗(yàn)證與支持。

參考文獻(xiàn)

[1]陳亞紅.2021年GOLD慢性阻塞性肺疾病診斷、治療及預(yù)防全球策略解讀[J].中國醫(yī)學(xué)前沿雜志(連續(xù)型電子期刊),2021,13(1):1637.

[2]黃敏燁,李振雨,童培珍,等.基于UPLC指紋圖譜和一測多評法的土貝母藥材質(zhì)量評價(jià)[J].中國中藥雜志,2020,45(14):34593466.

[3]Hopkins AL.Network pharmacology:the next paradigm in drug discovery[J].Nat Chem Biol,2008,4(11):682690.

[4]Hao da C,Xiao PG.Network pharmacology:a Rosetta Stone for traditional Chinese medicine[J].Drug Dev Res,2014,75(5):299312.

[5]Ru J,Li P,Wang J,et al.TCMSP:a database of systems pharmacology for drug discovery from herbal medicines[J].J Cheminform,2014,6:13.

[6]海平,蘇雅樂其其格.蒙藥多葉棘豆化學(xué)成分的研究[J].中草藥,2015,46(21):31623165.

[7]楊立國,明明,武爽,等.蒙藥材多葉棘豆化學(xué)成分和藥理作用研究進(jìn)展[J].中國現(xiàn)代應(yīng)用藥學(xué),2019,36(8):10071011.

[8]Wang X,Shen Y,Wang S,et al.PharmMapper 2017 update:a web server for potential drug target identification with a comprehensive target pharmacophore database[J].Nucleic Acids Res,2017,45(W1):W356W360.

[9]Daina A,Michielin O,Zoete V.SwissTargetPrediction:updated data and new features for efficient prediction of protein targets of small molecules[J].Nucleic Acids Res,2019,47(W1):W357W364.

[10]Wishart DS,F(xiàn)eunang YD,Guo AC,et al.DrugBank 5.0:a major update to the DrugBank database for 2018[J].Nucleic Acids Res,2018,46(D1):D1074D1082.

[11]Shannon P,Markiel A,Ozier O,et al.Cytoscape:a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks[J].Genome Res,2003,13(11):24982504.

[12]Yue SJ,Liu J,F(xiàn)eng WW,et al.System PharmacologyBased Dissection of the Synergistic Mechanism of Huangqi and Huanglian for Diabetes Mellitus[J].Front Pharmacol,2017,8:694.

[13]Yu G,Wang W,Wang X,et al.Network pharmacologybased strategy to investigate pharmacological mechanisms of Zuojinwan for treatment of gastritis[J].BMC Complement Altern Med,2018,18(1):292.

[14]Jain A,Tuteja G.TissueEnrich:Tissuespecific gene enrichment analysis[J].Bioinformatics,2019,35(11):19661967.

[15]Yang JM,Chen CC.GEMDOCK:a generic evolutionary method for molecular docking[J].Proteins,2004,55(2):288304.

[16]Morris GM,LimWilby M.Molecular docking[J].Methods Mol Biol,2008,443:365382.

[17]Durham AL,Adcock IM.The relationship between COPD and lung cancer[J].Lung Cancer,2015,90(2):121127.

[18]Rabe KF,Watz H.Chronic obstructive pulmonary disease[J].Lancet,2017,389(10082):19311940.

[19]Farazuddin M,Mishra R,Jing Y,et al.Quercetin prevents rhinovirusinduced progression of lung disease in mice with COPD phenotype[J].PLoS One,2018,13(7):e0199612.

[20]FernándezCalvet A,Euba B,Caballero L,et al.Preclinical Evaluation of the AntimicrobialImmunomodulatory Dual Action of Xenohormetic Molecules against Haemophilus influenzae Respiratory Infection[J].Biomolecules,2019,9(12):891.

[21]Tsou YA,Huang HJ,Lin WW,et al.Lead Screening for Chronic Obstructive Pulmonary Disease of IKK2 Inhibited by Traditional Chinese Medicine[J].Evid Based Complement Alternat Med,2014,2014:465025.

(2020-09-02收稿本文編輯:張雄杰)實(shí)驗(yàn)研究

基金項(xiàng)目:內(nèi)蒙古自治區(qū)應(yīng)用技術(shù)研究與開發(fā)資金計(jì)劃項(xiàng)目(201701111)——蒙藥復(fù)方制劑棘豆止咳散的開發(fā)研究

作者簡介:盛松(1987.01—),男,碩士,主治醫(yī)師,研究方向:中西醫(yī)結(jié)合防治心血管疾病,Email:747367050@qq.com

通信作者:扎拉嘎白乙拉(1972.02—),男,本科,主任醫(yī)師,研究方向:蒙醫(yī)防治脾胃疾病,Email:188638400@qq.com

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