近年來(lái),隨著疾病譜的變化,癌癥已成為人類(lèi)健康的重大威脅和挑戰(zhàn),給全球公共衛(wèi)生帶來(lái)沉重負(fù)擔(dān)。預(yù)計(jì)到2040 年將發(fā)生超過(guò)2840 萬(wàn)例新癌癥病例,比2020年增加47%。癌癥是復(fù)雜的基因組疾病,根據(jù)其位置和細(xì)胞來(lái)源具有多種形式。泛癌研究的意義在于通過(guò)跨腫瘤相似性將診斷和治療應(yīng)用于更多的腫瘤。因此,識(shí)別不同癌癥類(lèi)型之間的關(guān)鍵基因有助于癌癥的診斷和治療。
隨著基礎(chǔ)研究及轉(zhuǎn)化研究的不斷深入,免疫治療的應(yīng)用開(kāi)啟了腫瘤治療的新紀(jì)元,其在肺癌、黑色素瘤、肝癌等多種腫瘤治療中取得令人鼓舞的治療效果,極大程度改善腫瘤患者的預(yù)后。目前的免疫療法,包括程序性死亡1(PD-1)、程序性死亡配體1(PD-L1)和細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞相關(guān)抗原4(CTLA-4)抑制劑,但在大部分腫瘤中其臨床療效有限。鑒于制約免疫治療療效的復(fù)雜性,迫切需要可以預(yù)測(cè)免疫治療療效和預(yù)后的標(biāo)志物。在癌癥基因組圖譜(TCGA)的幫助下,學(xué)者們可以通過(guò)進(jìn)行泛癌表達(dá)分析來(lái)尋找新的免疫治療靶點(diǎn),并研究它們與臨床病理特征、免疫浸潤(rùn)和與癌癥相關(guān)信號(hào)通路的相關(guān)性。
長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)是長(zhǎng)度大于200核苷酸的調(diào)節(jié)性RNA。越來(lái)越多的證據(jù)表明lncRNAs在轉(zhuǎn)錄、翻譯和表觀遺傳水平上調(diào)節(jié)腫瘤的生物學(xué)過(guò)程。lncRNA MIR22HG位于17p13.3,這是一個(gè)雜合性缺失或高甲基化染色體區(qū)域。現(xiàn)有研究表明,MIR22HG在胃癌、肝癌、肺癌及直腸癌中發(fā)揮抑癌基因作用進(jìn)而抑制腫瘤發(fā)生和發(fā)展,而在食管癌及膠質(zhì)瘤中則能促進(jìn)腫瘤進(jìn)展。鑒于MIR22HG在不同腫瘤中的差異表達(dá)及生物學(xué)功能,其可能對(duì)腫瘤的診斷、預(yù)后和治療具有重要的價(jià)值。盡管已有文獻(xiàn)報(bào)道MIR22HG與腫瘤進(jìn)展的關(guān)系,但其在大部分腫瘤中的表達(dá)、功能及其與預(yù)后的關(guān)系尚不清楚;尚未有文獻(xiàn)報(bào)道MIR22HG與腫瘤免疫微環(huán)境的關(guān)系。本研究借助癌癥基因組圖譜數(shù)據(jù)庫(kù),通過(guò)生物信息學(xué)的方法泛癌分析MIR22HG的表達(dá)及其與臨床特征的關(guān)系,并通過(guò)體外實(shí)驗(yàn)對(duì)結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。
1.1.1 細(xì)胞 人肝癌細(xì)胞株HCC-LM3 和MHCC-97H購(gòu)自中國(guó)科學(xué)院上海細(xì)胞庫(kù)。
1.1.2 藥品和試劑 DMEM培養(yǎng)基(Gibco)、胎牛血清(Gibco);MIR22HG慢病毒過(guò)表達(dá)及干擾系統(tǒng)由上海吉?jiǎng)P基因構(gòu)建并包裝;TRIzol(Invitrogen)、逆轉(zhuǎn)錄試劑盒(TAKARA)、SYBR熒光定量PCR試劑盒(TAKARA)、CCK-8試劑盒(日本同仁)。
瞳孔定位在視線(xiàn)追蹤、虹膜識(shí)別、醫(yī)療診斷中有著重要的作用。在視線(xiàn)追蹤中,可以根據(jù)瞳孔的運(yùn)動(dòng)狀態(tài)判斷視線(xiàn)方向或落點(diǎn),進(jìn)而可以獲知人的心理活動(dòng);在虹膜識(shí)別中,通過(guò)瞳孔定位來(lái)提取虹膜區(qū)域,進(jìn)而可以進(jìn)行特征提?。辉卺t(yī)療方面,可以通過(guò)監(jiān)測(cè)瞳孔情況判斷一個(gè)人的精神狀況??偠灾?,瞳孔定位具有很大的研究?jī)r(jià)值[1-2]。
國(guó)外有研究認(rèn)為大腸埃希菌菌株起源與系統(tǒng)發(fā)育群有關(guān),同一個(gè)系統(tǒng)發(fā)育群的菌株可能存在共同的祖先,不同系統(tǒng)發(fā)育群致病力亦不相同[12,27]。Wang等[5]研究發(fā)現(xiàn)血流感染中大腸埃希菌主要是B2群,其次是D群、B1群和A群。本研究結(jié)果顯示,引起血流感染的大腸埃希菌主要為B2群,而F群菌株數(shù)量?jī)H次于B2群,與Wang等[5]報(bào)道并不一致,原因可能是本研究采用最新的分群方法[16],更加細(xì)分出F群,目前采用這種新方法進(jìn)行血流感染大腸埃希菌分群的文獻(xiàn)報(bào)道罕見(jiàn),關(guān)于F群菌株的特征有待進(jìn)一步研究。
圖5A列舉了與免疫浸潤(rùn)相關(guān)性最強(qiáng)的3種癌癥。在BRCA中,MIR22HG表達(dá)水平與B細(xì)胞(R=0.113,<0.001)、CD4T細(xì)胞(R=0.371,<0.001)、CD8T細(xì)胞(R=0.344,<0.001)、樹(shù)突狀細(xì)胞(R=0.383,<0.001)、巨噬細(xì)胞(R=0.439,<0.001)和中性粒細(xì)胞(R=0.41,<0.001)的浸潤(rùn)呈正相關(guān);在結(jié)腸癌中,MIR22HG表達(dá)水平與B 細(xì)胞(R=0.272,<0.001)、CD4T 細(xì)胞(R=0.355,<0.001)、CD8T細(xì)胞(R=0.363,<0.001)、樹(shù)突狀細(xì)胞(R=0.57,<0.001)、巨噬細(xì)胞(R=0.32,<0.001)和中性粒細(xì)胞(R=0.584,<0.001)的浸潤(rùn)呈正相關(guān);在KIRP 中,MIR22HG 表達(dá)水平與B 細(xì)胞(R=0.162,<0.01)、CD4T細(xì)胞(R=0.19,<0.01)、CD8T細(xì)胞(R=0.229,<0.001)、樹(shù)突狀細(xì)胞(R=0.349,<0.001)、巨噬細(xì)胞(R=0.243,<0.001)和中性粒細(xì)胞(R=0.32,<0.001)的浸潤(rùn)呈正相關(guān)。而在HNSC中,MIR22HG表達(dá)水平與B細(xì)胞(R=-0.128,<0.01)和CD8T細(xì)胞(R=-0.155,<0.001)的浸潤(rùn)呈負(fù)相關(guān);在THYM中,MIR22HG表達(dá)水平與B 細(xì)胞(R=-0.22,=0.017)、CD4T 細(xì)胞(R=-0.356,<0.001)、CD8T細(xì)胞(R=-0.204,=0.027)和樹(shù)突狀細(xì)胞(R=-0.315,<0.001)的浸潤(rùn)呈負(fù)相關(guān)(圖5B)。
社會(huì)的不斷發(fā)展,新媒體技術(shù)已經(jīng)滲透到各個(gè)行業(yè),在激烈的競(jìng)爭(zhēng)中脫穎而出,改變了人們的審美以及思維方式,傳統(tǒng)的電視節(jié)目更加注重真實(shí)性,隨著人們審美水平的提高,人們對(duì)電視節(jié)目的要求也在逐漸增加,傳統(tǒng)的節(jié)目效果已經(jīng)不能滿(mǎn)足大眾的需求,十分容易使人產(chǎn)生審美疲勞。因此,在電視行發(fā)展過(guò)程中,應(yīng)該加強(qiáng)后制作。通常來(lái)說(shuō),后期制作的作用主要包括:(1)后期制作能夠及時(shí)剔除節(jié)目中一些不恰當(dāng)?shù)难哉摚苊猱a(chǎn)生錯(cuò)誤的輿論引導(dǎo);同時(shí),后期制作還能刪除一些多余的鏡頭,保留一些恰當(dāng)?shù)溺R頭。(2)后期制作可以對(duì)節(jié)目進(jìn)行適當(dāng)包裝、美化,提高電視節(jié)目的觀賞性,保證良好的收視率。
1.2.1 數(shù)據(jù)集下載及數(shù)據(jù)處理 從UCSC Xena(https://xena.ucsc.edu/)數(shù)據(jù)庫(kù)下載癌癥基因組圖譜(TCGA),該數(shù)據(jù)庫(kù)包括11069例、共33種不同腫瘤類(lèi)型的表達(dá)譜。從GTEx(https://commonfund.nih.gov/GTEx)網(wǎng)站下載31個(gè)正常組織的基因表達(dá)譜。利用Strawberry Perl(Version 5.32.0,http://strawberryperl.com/)軟件從上述數(shù)據(jù)集中提取MIR22HG的表達(dá)譜,并分析上述腫瘤組織及正常組織中MIR22HG 的表達(dá)情況。對(duì)MIR22HG的表達(dá)水平進(jìn)行l(wèi)og2轉(zhuǎn)化后行統(tǒng)計(jì)分析,<0.05表示有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。利用R語(yǔ)言包“ggpubr”繪制差異表達(dá)的小提琴圖。UALCAN portal(http://ualcan.path.uab.edu/analysis-prot.html)是一種開(kāi)放資源,可用于分析不同腫瘤基因表達(dá)與臨床特征的關(guān)系,我們使用該網(wǎng)站分析不同腫瘤中MIR22HG表達(dá)與臨床特征的關(guān)系。從GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)及ICGC(https://dcc.icgc.org/projects/LIRI-JP)數(shù)據(jù)庫(kù)下載肝癌及相應(yīng)癌旁組織的基因表達(dá)譜(GSE22058、GSE25097、STORM trial、ICGC-LIRI-JP),分析正常肝組織及癌旁組織中MIR22HG的表達(dá)情況,并分析索拉非尼治療有反應(yīng)及無(wú)反應(yīng)肝癌患者中MIR22HG的表達(dá)情況。
2.結(jié)合學(xué)生現(xiàn)有條件讓其自主選擇探究問(wèn)題。學(xué)生要有自主選擇權(quán),可以讓學(xué)生先對(duì)選擇的問(wèn)題評(píng)價(jià)和比較,結(jié)合不同的愛(ài)好興趣與特長(zhǎng),選取適宜自己的問(wèn)題加以研究,有利于發(fā)揮學(xué)生不同的潛能。課堂上不可能對(duì)學(xué)生所有的問(wèn)題全都解決,可針對(duì)性地自主選擇一個(gè)或多個(gè)開(kāi)展分析研究。
因此,由產(chǎn)品供應(yīng)鏈和物流服務(wù)供應(yīng)鏈構(gòu)成的系統(tǒng)內(nèi)各決策主體可根據(jù)自身所處市場(chǎng)的實(shí)際情況以及自身的競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)狀況進(jìn)行博弈,確定相應(yīng)的利益分配系數(shù),對(duì)利潤(rùn)進(jìn)行科學(xué)的分配,使得各自預(yù)期利潤(rùn)增加的同時(shí),實(shí)現(xiàn)整個(gè)系統(tǒng)整體利潤(rùn)達(dá)到集中決策下的利潤(rùn)水平。
ESTIMST算法免疫評(píng)分結(jié)果顯示,在包括BRCA、COAD及LIHC在內(nèi)的20中腫瘤中,MIR22HG的表達(dá)與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)呈正相關(guān),而在腎上腺皮質(zhì)癌(ACC)和THCA中,MIR22HG的表達(dá)與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)呈負(fù)相關(guān)(<0.05,圖4)。
1.2.4 微衛(wèi)星不穩(wěn)定(MSI)分析 MANTIS是用于識(shí)別腫瘤樣本MSI 的常用工具。我們使用MANTIS 從TCGA數(shù)據(jù)分析了33中腫瘤類(lèi)型的MSI,平均距離閾值=0.4用于區(qū)分微衛(wèi)星穩(wěn)定(MSS)和不穩(wěn)定(MSI-H)腫瘤。利用R 語(yǔ)言包“reshape2”和“RColorBrewer”繪制不同腫瘤中MIR22HG表達(dá)與微衛(wèi)星不穩(wěn)定相關(guān)基因MLH1、MSH2、MSH6、PMS2和EPCAM的相關(guān)性。
1.2.5 MIR22HG表達(dá)與免疫細(xì)胞的相關(guān)性 TIMER是系統(tǒng)分析不同腫瘤類(lèi)型免疫浸潤(rùn)的理想工具。TIMER采用統(tǒng)計(jì)反褶積方法從基因表達(dá)譜中推斷腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞的豐度。本研究利用TIMER分析MIR22HG表達(dá)與總共6種免疫浸潤(rùn)細(xì)胞(B細(xì)胞、CD4T細(xì)胞、CD8T細(xì)胞、中性粒細(xì)胞、巨噬細(xì)胞及樹(shù)突狀細(xì)胞)豐度之間的關(guān)系。ESTIMATE是一種可以預(yù)測(cè)腫瘤純度及腫瘤組織中浸潤(rùn)的基質(zhì)/免疫細(xì)胞的工具,本研究利用ESTIMATE算法來(lái)推斷不同腫瘤類(lèi)型中每個(gè)腫瘤樣本的免疫評(píng)分。
4.控制零食的攝入量及時(shí)間,且盡量選擇健康的零食。很多零食盲目的追求口感,而忽略了營(yíng)養(yǎng)價(jià)值,所以要慎重選擇零食種類(lèi)。零食的攝入不應(yīng)該影響到正餐,要把握好攝入量及時(shí)間。
1.2.6 MIR22HG 表達(dá)與化療藥物敏感性的關(guān)系GDSC(https://www.cance rrxgene.org)是公共的腫瘤藥物敏感性基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù),從GDSC網(wǎng)站中下載腫瘤藥物敏感性基因組學(xué)數(shù)據(jù),利用R語(yǔ)言包“PharmacoGx”分析MIR22HG表達(dá)與化療藥物敏感性的關(guān)系。
1.2.7 Kaplan-Meier生存分析 Kaplan-Meier Plotter是用于評(píng)估21種癌癥類(lèi)型中54 000個(gè)基因?qū)ι嬗绊懙木€(xiàn)上工具。本研究利用Kaplan-Meier Plotter工具分析MIR22HG的表達(dá)與索拉非尼治療肝癌患者預(yù)后的關(guān)系,并計(jì)算了log-rank P值和95%置信區(qū)間(CI)的風(fēng)險(xiǎn)比率(HRs)。
1.2.8 熒光定量PCR(qRT-PCR)檢測(cè)MIR22HG的表達(dá)利用TRIzol抽提肝癌細(xì)胞RNA,純化后用紫外分光光度儀檢測(cè)RNA濃度。用逆轉(zhuǎn)錄試劑盒將RNA逆轉(zhuǎn)錄成cDNA。利用染料法(SYBR Green I)將反應(yīng)體系置于熒光定量PCR系統(tǒng)進(jìn)行熒光定量PCR 分析,U6作為內(nèi)參。本實(shí)驗(yàn)所用引物由上海生工公司設(shè)計(jì)并合成(表1)。
1.2.9 細(xì)胞培養(yǎng) 用含10%血清的DMEM培養(yǎng)基培養(yǎng)人肝癌細(xì)胞株HCC-LM3和MHCC-97H,并置于含5%CO,37 ℃的恒溫箱內(nèi)培養(yǎng),待細(xì)胞密度達(dá)到85%左右進(jìn)行常規(guī)傳代和后續(xù)實(shí)驗(yàn),1~2 d/次進(jìn)行換液。
1.2.10 CCK-8法檢測(cè)MHCC-97H和HCC-LM3細(xì)胞的IC值 將相應(yīng)處理后的MHCC-97H和HCC-LM3細(xì)胞分別制成1×10/mL的細(xì)胞混懸液,接種于96孔板中,加入200 μL用無(wú)血清培養(yǎng)基配制的10%CCK-8,培養(yǎng)2 h,用Bio-Rad酶聯(lián)免疫檢測(cè)儀檢測(cè)。每組重復(fù)3個(gè)復(fù)孔,取平均值,根據(jù)[(1-/)×100]計(jì)算細(xì)胞抑制率(%),以抑制50%細(xì)胞生長(zhǎng)的藥物濃度定義為IC。
雷達(dá)圖顯示MIR22HG的表達(dá)與COAD、OV、肉瘤(SARC)及胸腺瘤(THYM)的腫瘤突變負(fù)荷呈正相關(guān),而 與BRCA、KIRC、KIRP、LIHC、LUAD、LUSC 和PAAD等的腫瘤突變負(fù)荷呈負(fù)相關(guān)(<0.05);在其它腫瘤中未發(fā)現(xiàn)明顯相關(guān)性(圖3A)。MIR22HG的表達(dá)與彌漫大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBC)、LIHC、LUSC及STAD的微衛(wèi)星不穩(wěn)定呈負(fù)相關(guān),而與低級(jí)別膠質(zhì)瘤(LGG)的微衛(wèi)星不穩(wěn)定呈正相關(guān)(<0.05);而在其它腫瘤中未發(fā)現(xiàn)任何相關(guān)性(圖3B)。同時(shí),在包括BRCA、LIHC 和KIRP在內(nèi)的25種腫瘤中,MIR22HG的表達(dá)與微衛(wèi)星不穩(wěn)定相關(guān)基因的表達(dá)相關(guān)(<0.05,圖3C)。
TCGA數(shù)據(jù)集的泛癌表達(dá)譜分析顯示,與癌旁組織相比,MIR22HG在16種癌癥組織中低表達(dá)(<0.05),包括膀胱尿路上皮癌(BLCA)、乳腺癌(BRCA)、結(jié)腸癌(COAD)、頭頸部鱗狀細(xì)胞癌(HNSC)、腎嫌色細(xì)胞癌(KICH)、腎透明細(xì)胞癌(KIRP)、腎乳頭狀細(xì)胞癌(KIRP)、低級(jí)別膠質(zhì)瘤(LGG)、肺腺癌(LUAD)、肺鱗癌(LUSC)、胰腺癌(PAAD)、前列腺癌(PRAD)、直腸腺癌(READ)、甲狀腺癌(THCA)及子宮內(nèi)膜癌(UCEC)(圖1A)。因TCGA數(shù)據(jù)集中部分癌癥類(lèi)型無(wú)相應(yīng)的正常組織表達(dá)譜,我們結(jié)合GTEx數(shù)據(jù)庫(kù)中31種正常組織的表達(dá)譜和TCGA數(shù)據(jù)集表達(dá)譜進(jìn)行綜合分析,結(jié)果顯示,除上述癌癥類(lèi)型外,MIR22HG 在腎上腺皮質(zhì)癌(ACC)、食管癌(ESCA)、肝細(xì)胞肝癌(LIHC)、卵巢癌(OV)、皮膚黑色素瘤(SKCM)、胃癌(STAD)、睪丸癌(TGCT)和子宮肉瘤(UCS)中的表達(dá)均較正常組織的表達(dá)明顯降低(<0.05);而在膠質(zhì)瘤(GBM)和急性髓細(xì)胞樣白血病(LAML)中MIR22HG的表達(dá)較正常組織明顯增高(<0.05,圖1B)。MIR22HG基因突變和拷貝數(shù)變異分析顯示,在多種腫瘤類(lèi)型中,MIR22HG基因存在不同程度基因突變,包括缺失突變、擴(kuò)增突變及融合突變,其中缺失突變最常見(jiàn);而STAD中MIR22HG突變頻率最高。缺失突變占拷貝數(shù)變化的0.59%(63/10 953)(圖1C)。生存分析顯示MIR22HG基因突變患者無(wú)病生存及無(wú)進(jìn)展生存時(shí)間較短(<0.05,圖1D)。
在BLCA、BRCA、KIRC、KIRP、LIHC、睪丸癌(TGCT)和THCA中,MIR22HG的表達(dá)隨臨床分期增加而逐漸降低(<0.05,圖2A)。同時(shí),在KIRC、KIRP、THCA和LUSC中,有淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移較無(wú)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移腫瘤MIR22HG的表達(dá)進(jìn)一步降低(<0.05,圖2B)。
1.2.2 MIR22HG 拷貝數(shù)變異和突變的泛癌分析cBioPortal癌癥基因組學(xué)門(mén)戶(hù)網(wǎng)站(http://cbioportal.org)是開(kāi)放式資源,可用于分析各種腫瘤樣本的基因組變化,我們應(yīng)用cBioPortal來(lái)識(shí)別MIR22HG拷貝數(shù)變化和突變的頻率,并行生存分析。
1.2.11 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法 Wilcoxon檢測(cè)用于評(píng)估正常組織和腫瘤組織間MIR22HG的表達(dá)差異。Kaplan-Meier方法用于計(jì)算總生存期(OS),并使用對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)比較生存曲線(xiàn)。Pearson相關(guān)性分析用于評(píng)估MIR22HG表達(dá)水平與免疫檢查點(diǎn)相關(guān)基因的相關(guān)性。用R 軟件(3.6.3版本)行統(tǒng)計(jì)分析,<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
云模型是一種能夠?qū)崿F(xiàn)定性與定量間相互轉(zhuǎn)換的數(shù)學(xué)模型,能夠充分體現(xiàn)事物的模糊性以及隨機(jī)性[13]。假設(shè)X是一個(gè)定量論域,C是定量論域相對(duì)應(yīng)的定性概念,其中x為X中的任意一個(gè)值,它也滿(mǎn)足定性概念C對(duì)其的定義,x對(duì)C的確定度為μ(x)∈0,1,是具有穩(wěn)定傾向的隨機(jī)數(shù),可表示為:
1.2.3 腫瘤突變負(fù)荷(TMB)估算 使用R 語(yǔ)言包“TCGAbiolinks”下載TCGA中突變注釋文件。每兆堿基組的體細(xì)胞變異數(shù)被定義為腫瘤突變負(fù)荷。
1.1.3 肝癌標(biāo)本收集 本研究通過(guò)了南方醫(yī)院倫理委員會(huì)的審批,批準(zhǔn)倫理號(hào):NFEC-201208-K3。所有標(biāo)本均來(lái)源于就診南方醫(yī)院的肝癌初診患者,患者均未接受過(guò)抗腫瘤治療;標(biāo)本收集前與患者簽署知情同意書(shū),標(biāo)本離體后,分別取癌組織和癌旁組織(與癌組織的距離>2 cm);并立即放入液氮保存。
MIR22HG表達(dá)在包括BRCA、COAD和LIHC在內(nèi)的28中腫瘤中與大多數(shù)免疫檢查點(diǎn)相關(guān)基因相關(guān),其中相關(guān)性最強(qiáng)的為COAD、LGG和UVM(<0.05);而在ACC、BLCA、CESC、ESCA 和SARC 中,未發(fā)現(xiàn)MIR22HG與免疫檢查點(diǎn)基因相關(guān)(圖6)。
相關(guān)性分析顯示MIR22HG的表達(dá)與164種化療藥物IC50呈正相關(guān)(<0.05),圖7A呈現(xiàn)正相關(guān)且相關(guān)性最強(qiáng)的9種藥物,包括AZD1208(Pim激酶抑制劑,=0.45,<0.05)、AZD5991(Mcl-1抑制劑,=0.44,<0.05)、Zoledronate(唑來(lái)膦酸,=0.43,<0.05)、Entinostat(恩替諾特,=0.44,<0.05)、JQ1(BET抑制劑,=0.47,<0.05)、MIRA-1(p53激動(dòng)劑,=0.43,<0.05)、sorafenib(索拉非尼,=0.43,<0.05)、Venetoclax(BCL-2抑制劑,=0.45,<0.05)和Vorinostat(HDAC 抑制劑,=0.52,<0.05);而MIR22HG 表達(dá)水平與Dasatinib(達(dá)沙替尼,=-0.24,<0.05)和Trametinib(曲美替尼,=-0.16,<0.05)的IC呈負(fù)相關(guān)(圖7B)。
莫里森戲擬了現(xiàn)實(shí)主義文學(xué)的敘事模式,利用人們?cè)诜磸?fù)強(qiáng)化中生成的期待心理,故意反其道而用之,讓讀者的閱讀期待在接受的過(guò)程中不斷生成而又不斷落空,達(dá)到了互動(dòng)式的戲擬效果,而這一戲擬特點(diǎn)本身就是互文特征的具體體現(xiàn)。
多數(shù)據(jù)集分析結(jié)果證實(shí),與癌旁組織相比,MIR22HG在肝癌組織中低表達(dá)(<0.05,圖8A)。qRTPCR結(jié)果進(jìn)一步證實(shí)MIR22HG在肝癌中低表達(dá)(<0.05,圖8B)。MIR22HG的表達(dá)隨著疾病進(jìn)展逐漸降低(<0.05,圖8C、D)。MIR22HG與臨床特征的相關(guān)性分析顯示MIR22HG 表達(dá)與肝癌TNM 分期相關(guān)(=0.036,表2)。相關(guān)性分析顯示MIR22HG的表達(dá)與索拉非尼IC呈正相關(guān),因此,本研究探討MIR22HG表達(dá)與索拉非尼治療肝癌患者預(yù)后的關(guān)系,生存分析顯示MIR22HG低表達(dá)的肝癌患者經(jīng)索拉非尼治療后總生存期明顯延長(zhǎng)(HR=2.94,=0.075,圖8E)。相似地,與索拉非尼治療無(wú)效患者相比,索拉非尼治療有效的患者M(jìn)IR22HG的表達(dá)明顯降低(<0.05,圖8F),MIR22HG低表達(dá)能有效預(yù)測(cè)肝癌患者索拉非尼治療效果(AUC=0.8095,圖8G)。與對(duì)照組相比(HCC-LM3-NC),過(guò)表達(dá)MIR22HG組(HCC-LM3-MIR22HG)細(xì)胞的對(duì)索拉非尼的IC明顯增高(ICIC=7.73115.61,圖8H);反之,與對(duì)照組相比(MHCC-97H-NC),敲除MIR22HG組細(xì)胞(MHCC-97H-sh-MIR22HG)對(duì)索拉非尼的IC能明顯降低(ICIC=7.9865.085,圖8I)。
盡管越來(lái)越多的文獻(xiàn)報(bào)道MIR22HG在腫瘤進(jìn)展中發(fā)揮重要的作用,尚無(wú)任何從整體角度對(duì)MIR22HG進(jìn)行泛癌分析的研究。因此,本研究基于TCGA 和GEO數(shù)據(jù)庫(kù),通過(guò)基因表達(dá)、突變頻率和拷貝數(shù)變化等角度對(duì)不同腫瘤中的MIR22HG基因進(jìn)行綜合分析。我們旨在探討MIR22HG在腫瘤組織和正常組織的表達(dá)高低,而TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中某些癌癥組織缺少正常組織及癌旁組織,或者相應(yīng)癌旁組織樣本量較少,比如腎上腺皮質(zhì)癌(ACC)、食管癌(ESCA)和卵巢癌(OV)等,因此我們將TCGA與含有31個(gè)正常組織表達(dá)譜的GTEx數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合分析。我們觀察到MIR22HG在大多數(shù)腫瘤中低表達(dá),包括BRCA、COAD、LUAD、LUSC、PRAD、READ 和LIHC 等;而在腦膠質(zhì)瘤中MIR22HG的表達(dá)較正常組織明顯增高。我們的分析結(jié)果與已有文獻(xiàn)報(bào)道相一致,MIR22HG在不同腫瘤中的表達(dá)水平及生物學(xué)功能不同。已有報(bào)道MIR22HG在結(jié)直腸癌中顯著低表達(dá),其作為抑癌基因能通過(guò)調(diào)控TGF-β/SMAD信號(hào)通路增強(qiáng)免疫治療療效。在肺癌中,抑制MIR22HG表達(dá)能激活YBX1/MET/p21信號(hào)通路進(jìn)而促進(jìn)肺癌進(jìn)展。而腦膠質(zhì)瘤中,高表達(dá)的MIR22HG能通過(guò)wnt/beta-catenin信號(hào)通路促進(jìn)膠質(zhì)瘤進(jìn)展。這些爭(zhēng)議的結(jié)果強(qiáng)調(diào)了MIR22HG在不同腫瘤類(lèi)型發(fā)揮特定作用的可能性?;蚪M突變及拷貝數(shù)變異在一定程度上影響基因的表達(dá)水平,我們觀察到MIR22HG在多種腫瘤中均存在不同程度缺失突變,因此,我們推測(cè)基因組缺失突變可能是MIR22HG在不同腫瘤中低表達(dá)的原因之一,而MIR22HG在不同腫瘤中差異表達(dá)的原因仍需進(jìn)一步探討。
異常表達(dá)的lncRNA可以通過(guò)多種途徑調(diào)控腫瘤的發(fā)生和發(fā)展,除了調(diào)控腫瘤細(xì)胞本身的之外,lncRNA還能通過(guò)調(diào)控不同信號(hào)通路影響腫瘤微環(huán)境。腫瘤微環(huán)境由腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、免疫細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞等細(xì)胞成分以及非細(xì)胞成分組成。免疫細(xì)胞可塑性極強(qiáng),容易受到腫瘤微環(huán)境的影響,可以被激活并促進(jìn)腫瘤發(fā)生和發(fā)展。針對(duì)免疫細(xì)胞和腫瘤細(xì)胞相互作用的免疫治療已成為近年的研究熱點(diǎn),并已成功應(yīng)用于臨床。然而,只有在某些特定腫瘤如黑色素瘤中,有限比例的患者對(duì)免疫治療有效。因此,尋找新的免疫治療靶點(diǎn)至關(guān)重要。越來(lái)越多的研究表明,腫瘤免疫細(xì)胞浸潤(rùn)水平和免疫治療療效及患者預(yù)后密切相關(guān)。為了闡明MIR22HG與免疫浸潤(rùn)的關(guān)系,我們首先利用ESTIMAT算法計(jì)算TCGA隊(duì)列中MIR22HG表達(dá)水平與免疫評(píng)分的關(guān)系,結(jié)果顯示在包括BRCA、COAD及LIHC在內(nèi)的20中腫瘤中,MIR22HG的表達(dá)與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)呈正相關(guān),而在ACC和THCA中,MIR22HG的表達(dá)與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)呈負(fù)相關(guān),表明在大多數(shù)腫瘤中,MIR22HG的表達(dá)水平與高免疫細(xì)胞浸潤(rùn)相關(guān)。利用TIMER分析我們發(fā)現(xiàn),對(duì)于不同腫瘤類(lèi)型,MIR22HG表達(dá)與腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞之間的相關(guān)性不同。進(jìn)一步探討了MIR22HG表達(dá)與免疫檢查點(diǎn)相關(guān)基因的相關(guān)性,發(fā)現(xiàn)MIR22HG表達(dá)在包括BRCA、COAD和LIHC在內(nèi)的28中腫瘤中與大多數(shù)免疫檢查點(diǎn)相關(guān)基因相關(guān);而在ACC、膀BLCA、CESC、ESCA和SARC中,未發(fā)現(xiàn)MIR22HG與免疫檢查點(diǎn)基因相關(guān)。這些結(jié)果提示MIR22HG的表達(dá)水平與腫瘤免疫細(xì)胞浸潤(rùn)及免疫細(xì)胞的功能密切相關(guān),MIR22HG有可能成為免疫治療的有效靶點(diǎn)。
GDSC是公共的腫瘤藥物敏感性基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù),利用該數(shù)據(jù)庫(kù)可分析基因表達(dá)與常用化療藥物敏感性的關(guān)系。我們發(fā)現(xiàn),MIR22HG 的表達(dá)水平與MIR22HG的表達(dá)與包括索拉非尼在內(nèi)的164種化療藥物IC5成正相關(guān);而與2種化療藥物(達(dá)沙替尼和曲美替尼)的IC呈負(fù)相關(guān)。以上結(jié)果提示盡管MIR22HG在多種腫瘤中顯著低表達(dá),但是低表達(dá)MIR22HG的腫瘤患者可能對(duì)包括索拉非尼在內(nèi)的化療藥物更敏感。
盡管在TCGA、GTEx和GDSC數(shù)據(jù)庫(kù)中整合了信息,單純生物信息學(xué)分析仍有局限性。為了克服這一問(wèn)題,我們利用基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)對(duì)泛癌分析結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。本課題組長(zhǎng)期致力于肝癌發(fā)生發(fā)展機(jī)制研究,索拉非尼是晚期肝癌一線(xiàn)治療手段,泛癌分析結(jié)果提示MIR22HG在肝癌顯著低表達(dá),且尚無(wú)文獻(xiàn)報(bào)道其表達(dá)水平與索拉非尼治療的關(guān)系,因此,我們?cè)诟伟┲序?yàn)證MIR22HG的表達(dá)及其與索拉非尼治療的相關(guān)性。我們重新整合GEO(GSE22058、GSE25097和STORM trial)及ICGCLIRI-JP數(shù)據(jù)庫(kù)信息初步驗(yàn)證MIR22HG在肝癌中低表達(dá),接著,利用qRT-PCR法檢測(cè)12對(duì)新鮮肝癌標(biāo)本及對(duì)應(yīng)癌旁組織中MIR22HG的表達(dá)情況,結(jié)果再次驗(yàn)證MIR22HG在肝癌中低表達(dá)。MIR22HG表達(dá)與藥物敏感性分析提示MIR22HG高表達(dá)與索拉非尼耐藥相關(guān),提取TCGA數(shù)據(jù)集中經(jīng)索拉非尼治療肝癌患者行生存分析,我們觀察到,MIR22HG低表達(dá)的患者經(jīng)索拉非尼治療后生存期明顯延長(zhǎng),差異未達(dá)到統(tǒng)計(jì)學(xué)意義可能與樣本例數(shù)不足相關(guān)(=29)。利用肝癌索拉非尼治療的經(jīng)驗(yàn)臨床研究(STORM trial)的基因譜數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,也提示相較于索拉非尼治療無(wú)效的患者,索拉非尼治療有效的患者M(jìn)IR22HG 表達(dá)水平較低,且MIR22HG能有效預(yù)測(cè)索拉非尼治療的有效性。這些結(jié)果初步驗(yàn)證MIR22HG表達(dá)與索拉非尼治療敏感性相關(guān)。利用體外實(shí)驗(yàn)進(jìn)行驗(yàn)證,結(jié)果顯示過(guò)表達(dá)MIR22HG能降低肝癌細(xì)胞對(duì)索拉非尼的敏感性;而敲除MIR22HG的表達(dá)則能增加肝癌細(xì)胞對(duì)索拉非尼的敏感性。綜上所述,MIR22HG在肝癌中低表達(dá),且其低表達(dá)與肝癌進(jìn)展密切相關(guān),而MIR22HG低表達(dá)的患者更能從索拉非尼治療中獲益。因此,治療前檢測(cè)MIR22HG的表達(dá)水平有助于篩選索拉非尼治療的潛在獲益人群。
總之,本研究闡明了MIR22HG在多種癌癥類(lèi)型中顯著低表達(dá),其表達(dá)水平與多種腫瘤的分期、有否淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、腫瘤突變負(fù)荷、微衛(wèi)星不穩(wěn)定、免疫細(xì)胞浸潤(rùn)及化療藥物敏感性相關(guān),因此,MIR22HG有望成為免疫療法的潛在靶點(diǎn)和篩選化療獲益人群的生物標(biāo)志物。
南方醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào)2022年4期