邱天藝,徐 悅,甄錦程,司 璐,于洪佳,穆玉婷,徐利劍
(黑龍江大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)與生態(tài)環(huán)境學(xué)院,哈爾濱 150080)
現(xiàn)在地球上已知的真菌已經(jīng)超過14萬種[1],真菌是重要的天然資源,可以應(yīng)用在抗菌和纖維素降解等領(lǐng)域[2-5]。在森林中有大量的凋落物,凋落物的降解依賴于凋落物真菌及其他微生物,所以森林凋落物也被認(rèn)為是良好的真菌棲息地。在大興安嶺森林凋落物中有著豐富的且未被開發(fā)利用的真菌資源,本研究力求為這些資源的利用打下基礎(chǔ)。
森林凋落物包括植物枯根、樹林下枯死的一年生二年生草本植物和整個森林中樹木干枯的樹枝、敗葉、樹皮和其他繁殖器官[6]。凋落物給真菌提供有機(jī)質(zhì),真菌可以將有機(jī)質(zhì)分解。大興安嶺地處中國高緯度寒區(qū),屬于多年凍土帶南部,是中國保存最好、面積最大的原始森林[7]。劉博洋等[8]利用顆粒法在大興安嶺森林凋落物分離了40株真菌,其中有6株為未培養(yǎng)過真菌,有2株真菌的發(fā)酵產(chǎn)物具有抗細(xì)菌活性,還有2株真菌的提取物具有DPPH清除自由基活性。李澤宇等[9]在大興安嶺地區(qū)多年凍土樣品中分離得到可培養(yǎng)真菌66株,隸屬于55個分類單元,有5株為耐冷真菌,6株表現(xiàn)出抗菌活性,有1株表現(xiàn)出抗氧化活性和纖維素降解活性,并首次發(fā)現(xiàn)了Seltsamia屬真菌具有抗氧化和纖維素降解活性。張哲棟等[10]在大興安嶺地區(qū)中分離了88株真菌,測試了18株ITS相似性≤97%的真菌的抗菌活性,從KNFL008和KNFL040中分離到4個化合物,其中2個化合物是第一次在真菌中分離得到。纖維素是植物的重要組成成分,廣泛分布在自然界中,是地球重要的可再生資源[11]。纖維素作為大分子有機(jī)物經(jīng)過簡單的燃燒,利用率極低同時污染環(huán)境;若有效的將其降解不僅可以能源再利用,還可以減少環(huán)境污染[12-14]。最常被報道的3種可以降解纖維素的真菌分別為:青霉(Penicillium)屬、木霉(Trichoderma)屬和曲霉(Aspergillus)屬,相比之下新發(fā)現(xiàn)的真菌很少被報道纖維素降解活性[9]。
在大興安嶺森林凋落物有著豐富的真菌資源,而且真菌具有抗菌活性和纖維素降解活性,本研究目的在于為大興安嶺真菌資源的利用提供備選菌株。以大興安嶺凋落物為研究對象,嘗試對來自凋落物中的未培養(yǎng)真菌進(jìn)行分離鑒定,篩選出具有抗菌或降解纖維素活性的菌株,并且分離活性真菌的代謝產(chǎn)物,為其進(jìn)一步深入的研究打下基礎(chǔ)。
1.1.1 樣品采集 森林凋落物樣品來源于中國東北部大興安嶺林區(qū)(位于53°19′N,124°31′E),該批樣品于2019年9月采集,利用5點(diǎn)采樣法[15]進(jìn)行樣品的采集,將該采集地自下而上分為3層,分別為分解層、半分解層和未分解層[16],每層深度為3~5 cm。采集后放入提前滅菌的信封中。
1.1.2 試驗試劑 馬鈴薯葡萄糖固體培養(yǎng)基(PDA),200 g土豆煮沸20 min濾液,20 g葡萄糖,17 g瓊脂,加入蒸餾水定容至1 L;LB液體培養(yǎng)基(LB),10 g胰蛋白胨,5 g氯化鈉,5 g酵母浸粉,加入蒸餾水定容1 L;馬鈴薯葡萄糖液體培養(yǎng)基(PDB),200 g土豆煮沸20 min濾液,20 g葡萄糖,加入蒸餾水定容至1 L;LB固體培養(yǎng)基
(LBA),10 g胰蛋白胨,5 g氯化鈉,5 g酵母浸粉,17 g瓊脂,加入蒸餾水定容至1 L;酵母浸提物蔗糖培養(yǎng)基(YES),150 g蔗糖,20 g酵母浸粉,0.5 g七水硫酸鎂,0.01 g七水硫酸鋅,0.005 g五水硫酸銅,加入蒸餾水定容至1 L。羧甲基纖維素鈉培養(yǎng)基(CMC-Na),15 g羧甲基纖維素鈉,10 g蛋白胨,5 g氯化鈉,5 g酵母浸粉,1 g磷酸二氫鉀,0.2 g七水硫酸鎂,瓊脂20 g,加入蒸餾水定容至1 L。
1.1.3 供試微生物 抗菌活性測試所用微生物為:水稻黃單胞水稻致病變種(Xanthomonas oryzaepv.Oryzae),青枯勞爾氏菌(Ralstonia solanacearum)和串珠鐮刀菌(Fusarium moniliforme)。
1.2.1 樣品處理 稱取10 g凋落物樣品,粉碎后用無菌水清洗離心3次,再加入30 mL的無菌水混懸,將顆粒懸浮液加入稀釋4倍PDA培養(yǎng)基中;涂布均勻后,放置于恒溫培養(yǎng)箱中培養(yǎng),每12 h觀察一次,在體式顯微鏡下挑出萌發(fā)出的真菌菌落,轉(zhuǎn)接到60 mm PDA培養(yǎng)基上培養(yǎng)純化。
1.2.2 真菌分子生物學(xué)初步鑒定 利用CTAB法提取分離得到的真菌總DNA,然后擴(kuò)增其內(nèi)部轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(Internal Transcribed Spacer,ITS)的序列,以 ITS1 和ITS4作為引物,其中PCR擴(kuò)增的體系和條件參見Liang等[17]的方法。ITS序列利用BLAST[Basic Local Alignment Search Tool,(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)]工具與數(shù)據(jù)庫中的菌種序列進(jìn)行比對分析。再利用Mega X軟件對真菌DNA序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生學(xué)分析。利用Clustal W工具進(jìn)行序列比對。測試最優(yōu)模型后,利用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生分析。
1.2.3 菌株的發(fā)酵及其粗提物的制備 將菌絲塊接種于PD液體培養(yǎng)基中,在180 r/min,27℃條件下振蕩培養(yǎng)4天。按照3%的接種量將發(fā)酵液接種于YES+蛭石培養(yǎng)基,在27℃培養(yǎng)箱中靜止放置培養(yǎng)21天。待發(fā)酵結(jié)束后,加入1.5倍體積的乙酸乙酯,浸沒靜止放置12 h。乙酸乙酯濾液減壓濃縮得到提取物,加入1 mL 10%的二甲基亞砜(Dimethyl sulfoxide,DMSO),放入4℃冰箱中保存。
1.2.4 抗菌活性測定 抗菌活性篩選均采用打孔藥劑擴(kuò)散法[18],在合適溫度下,將10 mL測試菌液加入到無菌培養(yǎng)基中,搖勻倒入培養(yǎng)基中,冷卻凝固后,用無菌打孔器均勻的打6個孔。在每個孔中加入10 μL的金霉素(陽性對照)、提取物液或10%DMSO水溶液(溶劑對照)。放入27℃培養(yǎng)箱中,3次重復(fù)。對于抗絲狀真菌活性的篩選,把帶有測試菌液的固體培養(yǎng)基換成無菌的PDA培養(yǎng)基,然后在培養(yǎng)基的正中央接入絲狀真菌,以兩性霉素b為陽性對照。
1.2.5 纖維素活性降解初步篩選 采用剛果紅染色法[19]對真菌的纖維素酶降解活性進(jìn)行了初步篩選。將菌餅接種至羧甲基纖維素鈉(CMC-Na)培養(yǎng)基正中間,將其置于27℃生化培養(yǎng)箱中培養(yǎng)96 h后,再倒入15 mL的1 mg/mL剛果紅溶液對CMC-Na培養(yǎng)基染色60 min后倒出染液,并用蒸餾水沖洗,再加入15 mL的1 mol/L NaCl溶液靜置40 min,以達(dá)到脫色的目的。觀察菌落生長情況、水解圈的大小和透明程度,并用D(cm)表示水解圈的直徑,d(cm)表示菌落的直徑,以D/d表示纖維素降解活性的能力大小。
1.2.6 活性物質(zhì)分離 對目標(biāo)菌株進(jìn)行大量發(fā)酵,發(fā)酵體積為2 L,并制備乙酸乙酯提取物,稱取和提取物相同重量的100~200目硅膠與其攪拌均勻,烘干。稱取粗提物20倍重量的200~300目硅膠填裝在正相硅膠柱中,然后干法上樣。使用二氯甲烷和甲醇進(jìn)行梯度洗脫,每個梯度分別洗脫1 L,減壓濃縮后得到正相硅膠柱分離組分。對正相硅膠柱分離組分進(jìn)行活性追蹤。然后,葡聚糖凝膠柱(Sephadex-LH20)分離,洗脫液為二氯甲烷和甲醇1:1。再使用半制備型高效液相制備單體化合物。將單體化合物進(jìn)行核磁共振分析(Nuclear Magnetic Resonance,NMR),結(jié)合相關(guān)文獻(xiàn),推定化合物的結(jié)構(gòu)。
本研究一共分離得到76株真菌,經(jīng)過GenBank上的ITS序列比對,發(fā)現(xiàn)76株真菌的最相近菌隸屬于3個門,9個綱,15個目,25個科,59個分類單元。其中有覆蓋率在99%及以上的、相似度在98.5%以下的真菌有21株,見表1。
表1 真菌相似度
續(xù)表1
對21株ITS相似性≤98.5%菌種的乙酸乙酯提取物進(jìn)行抗菌活性測定,其中7株真菌表現(xiàn)出至少對1株測試菌表現(xiàn)出抑菌活性,如表2。通過對比發(fā)現(xiàn)FLF409的提取物對水稻黃單胞水稻致病變種和青枯勞爾氏菌都有較強(qiáng)的活性;因此,選擇FLF409進(jìn)行高效液相色譜分析進(jìn)行單體化合物的分離與純化。
表2 菌種粗提物抗菌活性篩選
利用剛果紅染色法對分離得到的21株新型真菌進(jìn)行降解纖維素活性的定性測試,形成的降解圈較明顯清晰,其菌落直徑、水解圈直徑大小和降解能力見表3,說明4株真菌具有纖維素降解活性。FLF468的降解纖維素活性最好,降解圈與菌落直徑比值為1.87,F(xiàn)LF367和FLF449次之。
表3 真菌降解纖維素的活性
2.4.1 菌株FLF409代謝物的分離與鑒定 FLF409的最相近菌種為子囊菌門的Subulispora biappendiculata。將得到的8 g乙酸乙酯提取物,經(jīng)正向硅膠柱層析洗脫,共得到16個組分,利用TLC和HPLC分析結(jié)果,對分離組分進(jìn)行合并。組分經(jīng)過Sephedax LH-20柱層析分離和半制備型高效液相色譜分離,得到了1個單體化合物,記為FLF409A。
FLF409A是白色晶體,易溶于二氯甲烷、甲醇和氯仿等有機(jī)試劑。其碳譜的化學(xué)位移值為:δ 135.37、132.19、117.55、75.97、73.69、67.74、56.00、54.77、43.78、43.49、42.82、40.4、39.49、39.23、37.15、33.09、32.98、30.88、27.91、22.90、22.06、21.12、19.95、19.65、18.85、17.59、12.34。通過和文獻(xiàn)中的波譜數(shù)據(jù)進(jìn)行對比后,發(fā)現(xiàn)該化合物的1H-NMR、13C-NMR與文獻(xiàn)[20]中的波譜數(shù)據(jù)基本一致,推定FLF409A為6,9-表氧基-7,22-烯-3-麥角甾醇(分子式為C28H44O2),其結(jié)構(gòu)如圖1所示。
圖1 化合物FLF409A的結(jié)構(gòu)圖
2.4.2 菌株FLF449代謝物的分離與鑒定 FLF449菌隸屬于Parapyenchaeta屬,經(jīng)文獻(xiàn)查閱至今為止該屬尚未被分離鑒定過代謝物。所以本研究嘗試對其主要代謝物進(jìn)行分離純化。經(jīng)大量發(fā)酵,得到乙酸乙酯提取物5 g。經(jīng)過分離和純化后,鑒定了1個單體化合物,記為FLF449A。
FLF449A是白色晶體,易溶于甲醇。其碳譜的化學(xué)位移值為:δ 170.46、158.8、157.40、140.23、135.70、106.57、100.85、81.33、69.48、60.87、18.12。通過和文獻(xiàn)中的波譜數(shù)據(jù)進(jìn)行對比后,發(fā)現(xiàn)該化合物的1HNMR、13C-NMR與文獻(xiàn)[21]中的波譜數(shù)據(jù)一致,推定FLF449A為4,6,8-三羥基-7-甲氧基-3-甲基二氫異香豆素(分子式為C11H12O6),結(jié)構(gòu)如圖2所示。
圖2 化合物FLF449A的結(jié)構(gòu)圖
該菌的形態(tài)學(xué)特征與其ITS最相近菌屬Parapyenchaeta菌屬特征描述吻合。Parapyenchaeta屬建立于2018年,目前該屬包含2個物種:P.acaciae和P.protearum[22]。
FLF449菌株在PDA培養(yǎng)基上,培養(yǎng)14天,菌落直徑23 mm;菌落表面為白色到灰色,菌落背部為黃色至白色,有橄欖色的斑塊(如圖3);菌落呈圓形,扁平及羊毛狀,具有不規(guī)則凹槽,邊緣規(guī)則,有氣生菌絲,分生孢子器呈黑色至深棕色在菌絲內(nèi),分生孢子橢圓形至圓柱形。劉博洋[23]分離并研究的SGSF130具有以下特征:在PDA培養(yǎng)基上,SGSF130菌落正面灰白色或綠白色,背面深綠色;而分生孢子器為深棕色球形,卵圓形或近圓柱形分生孢子。FLF449和SGSF130相似而又不同,從形態(tài)學(xué)上看它們是同為一個屬的不同真菌。同時,進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)生分析(如圖4),F(xiàn)LF449與Parapyenchaeta屬2個已知物種的最為相近,位于它們形成的單系群的基部,獲得了81%的支持率,結(jié)合FLF449號菌株的分生孢子器以及菌落特點(diǎn),推斷FLF449號菌株可能為Parapyenchaeta屬新物種。
圖3 FLF449菌落形態(tài)(PDA培養(yǎng)基正反面)
前人有關(guān)興安嶺凋落物真菌的研究[8,10,23],多集中在對其抗菌活性的研究,而本研究在測定抗菌活性的同時,增加了纖維素降解活性的研究,發(fā)現(xiàn)了1株真菌(FLF367)同時具有抗菌與纖維素降解活性。本試驗嘗試分離鑒定2株凋落物真菌FLF409與FLF449的次生代謝產(chǎn)物,共得到2個單體化合物。FLF409最相近菌種為Subulispora biappendiculata,未見有關(guān)該菌種的次生代謝的報道,本研究為首次分離該物種的代謝物。6,9-表氧基-7,22-烯-3-麥角甾醇,該天然產(chǎn)物最初分離于石斛小菇中[24],也曾在韌革菌(Stereumsp.)和蜜環(huán)菌(Armillaria mellea)的相關(guān)研究中發(fā)現(xiàn)該天然產(chǎn)物[25-26]。菌株FLF449最相近菌種是Parapyenchaeta acaciae。Parapyenchaeta屬建立于2018年,目前包含兩個物種。劉博洋[23]也曾在大興安嶺凋落物中分離過Parapyenchaeta屬真菌,說明大興安嶺凋落物中富含該屬真菌,但FLF449在ITS序列及其分生孢子器的形態(tài)上與劉博洋發(fā)現(xiàn)的真菌及兩個該屬已知物種不同,說明FLF449為該屬新發(fā)現(xiàn)菌株。目前未見Parapyenchaeta屬的代謝物的相關(guān)研究。本研究首次研究Parapyenchaeta屬的天然產(chǎn)物,從其發(fā)酵物中分離到聚酮類化合物4,6,8-三羥基-7-甲氧基-3-甲基二氫異香豆素,該化合物首次分離于柱頂孢霉(Scytalidium)屬真菌,被命名為lignicol[27]。同時本研究測試了21株新型真菌的纖維素降解活性,發(fā)現(xiàn)了4株具有纖維素降解活性。本研究發(fā)現(xiàn)Lophiostoma屬、Coleophoma屬、Parapyrenochaeta屬和圓盤屬(Orbilia)有降解纖維素的活性。其中Parapyrenochaeta屬真菌的纖維素降解活性為首次發(fā)現(xiàn)。
本研究共分離得到76株真菌,其中有21株為疑似新菌種。7株有抗菌活性,4株具有纖維素降解活性,共分離得到2個單體化合物。本研究說明大興安嶺凋落物中可培養(yǎng)真菌資源豐富,其中不乏具有活性的可培養(yǎng)真菌,通過進(jìn)一步的研究,有望為真菌資源的開發(fā)利用提供備選菌株。