黃靈芝,姜廣澤,丁艷菲,朱 誠,*
(1.中國計量大學(xué) 生命科學(xué)學(xué)院,浙江省特色農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)及危害物控制技術(shù)重點實驗室,浙江 杭州 310018; 2.杭州迪安醫(yī)學(xué)檢驗中心有限公司,浙江 杭州 310030)
近年來我國乳飲料行業(yè)迅猛發(fā)展,以核桃乳為代表的植物蛋白飲料產(chǎn)量、銷量成快速增長態(tài)勢。核桃乳是采用現(xiàn)代工藝、科學(xué)加工而成,不僅口感細膩、營養(yǎng)豐富,還是多種微量元素的良好來源,具有健胃、補血等功效,在我國一直屬于暢銷產(chǎn)品。然而,核桃乳摻雜使假現(xiàn)象層出不窮,手段和方式五花八門,檢測和鑒定困難重重,因過敏源成分不明對消費者的人身健康構(gòu)成威脅,影響乳飲料產(chǎn)業(yè)穩(wěn)定發(fā)展。因此,急需建立一種快捷、準(zhǔn)確的真?zhèn)舞b定方法。DNA條形碼(DNA barcoding)是一種新型的物種鑒定技術(shù),它利用標(biāo)準(zhǔn)的短基因區(qū)域作為標(biāo)記對物種進行快速、準(zhǔn)確和高效鑒定。近年來DNA條形碼已廣泛應(yīng)用于中草藥、水產(chǎn)品與加工食品等多領(lǐng)域的物種鑒定。Stoeckle等構(gòu)建了茶飲料通用條形碼和,并對涼茶進行鑒定。李梅閣利用DNA條形碼技術(shù)對漿果及其果汁飲料進行了種源物種真?zhèn)舞b定。但是目前基于DNA條形碼技術(shù)的核桃乳飲料真?zhèn)舞b定尚缺乏研究。
高質(zhì)量的核桃乳DNA對開展核桃乳DNA條形碼真?zhèn)舞b定尤為重要。核桃乳屬于深加工食品,繁瑣的加工過程使種源物種核桃的DNA嚴(yán)重破壞降解,且富含多種次生物質(zhì),DNA提取更加困難。國外至今尚無對核桃乳DNA提取方法的報道,有關(guān)乳制品DNA提取方法相關(guān)研究集中在牛奶、羊乳上。Psifidi等在基于PCR的綿羊乳基因分型研究中比較分析了6種提取綿羊乳DNA的方法。Usman等通過比較2種改良試劑盒和1種傳統(tǒng)試劑提取方法,得到了適合大量牛奶DNA提取的試劑盒方法。郭梁等通過比較3種DNA提取方法,得到適合乳制品DNA提取的試劑盒方法。總結(jié)國內(nèi)外文獻關(guān)于乳飲料DNA提取方法的研究,將DNA提取方法分為傳統(tǒng)試劑CTAB方法、試劑盒方法與改良試劑盒方法。任君安等對果蔬汁飲料DNA提取方法做了研究,通過比對CTAB與植物DNA提取試劑盒方法,得到了改良試劑盒方法。韓晴等在利用植物DNA條形碼技術(shù)對杏仁露中花生源性成分鑒別的研究中,采用改良深加工食品試劑盒方法,得到具備擴增條件的杏仁露DNA。楊碩等采用植物核酸提取試劑盒得到核桃乳DNA,質(zhì)量體積分?jǐn)?shù)為10~40 ng·μL,/為1.6~2.2。上述方法提取的DNA濃度偏低,純度不高,質(zhì)量不佳。因此,本研究篩選得到核桃乳DNA提取最佳預(yù)處理方式,比較不同核桃乳DNA提取方法,篩選出適合核桃乳DNA高質(zhì)量提取的最佳組合方法。在此基礎(chǔ)上,設(shè)計針對核桃的特異性基因--,對樣本進行核桃乳成分鑒定;并選取常見植物候選DNA條形碼基因-,測序比對以完成核桃乳摻假鑒定。
從國內(nèi)市場購得國內(nèi)一二線城市在售的10種核桃乳和10種堅果。該10種核桃乳中的核桃含量基本一致,均有蛋白沉淀,但色澤不同。每種樣品各取3個生物學(xué)重復(fù),且隨機排序并編號(1~30)。10種堅果分別為核桃、腰果、巴旦木、夏威夷果、碧根果、榛子、杏仁、大豆、花生、松子。樣品置于4 ℃保存。
十六烷基三甲基溴化銨(CTAB)、乙二胺四乙酸(EDTA)、Tris-HCl、氯化鈉(NaCl)、異丙醇、Tris飽和酚、氯仿購于杭州米克化工儀器有限公司;康為新型植物基因組DNA提取試劑盒(簡稱康為試劑盒)購于北京康為世紀(jì)生物科技有限公司,愛思進植物基因組DNA提取試劑盒(簡稱愛思進試劑盒)購于愛思進康寧生命科學(xué)有限公司,天根深加工食品DNA提取試劑盒(簡稱天根試劑盒)購于天根生化科技(北京)有限公司;核酸染料goldview購于北京莊盟國際生物基因科技有限公司,低電滲瓊脂糖購于生工生物工程(上海)股份有限公司;普通PCR試劑盒ExPrimix和DNA marker購于寶生物工程(大連)有限公司。引物與測序由生工生物工程(上海)股份有限公司完成。
快速PCR儀,AnalytikJenaAG德國耶拿;電泳儀與凝膠成像系統(tǒng),上海天能,EPS300,5200Multi;冷凍離心機,美國BeckmanCoulter,Microfuge20R;真空凍干儀,美國LABCONCO FreeZone2.5Plus;微量核酸蛋白測定儀,杭州奧盛儀器,Nanodrop-100。
1.3.1 核桃乳與堅果DNA提取
預(yù)處理方法篩選。方法1(靜置抽提):核桃乳靜置30 min,底部吸取0.5 mL沉淀乳直接提取。方法2(異丙醇沉淀):吸取1 mL核桃乳,加入等體積異丙醇,混合均勻,沉淀10 min,室溫12 500×離心5 min,棄上清后重復(fù)操作1次,所得沉淀進行DNA提取。方法3(抽真空凍干):將核桃乳混勻后分裝至一次性培養(yǎng)皿,真空凍干機冷凍48 h,所得干粉進行DNA提取。利用國家食品藥品監(jiān)督管理總局《植物蛋白飲料中植物源性成分鑒定》中的方法,分別對不同預(yù)處理的核桃乳進行DNA提取。
DNA提取方法比較。采用微量提取,每種方法對每個樣品進行3次重復(fù)實驗。對6種DNA提取方法進行比較,分別為2種CTAB裂解沉淀方法、3種試劑盒方法和CTAB與愛思進試劑盒結(jié)合方法。其中,2種CTAB裂解沉淀方法依照參考文獻和國家標(biāo)準(zhǔn)方法操作,CTAB方法1參照《果蔬汁飲料DNA提取方法比較研究》的方法;CTAB方法2根據(jù)國家食品藥品監(jiān)督管理總局《植物蛋白飲料中植物源性成分鑒定》提供的植物蛋白飲料DNA提取方法。3種試劑盒方法分別為康為試劑盒、愛思進試劑盒和天根試劑盒,操作流程以說明書為準(zhǔn)。CTAB與愛思進試劑盒結(jié)合方法詳細步驟如下:
1)稱取真空凍干樣品100 mg至研缽中,加液氮輕輕研磨,將研缽放于56 ℃水浴至樣品粉末剛開始融化,加入500 μL預(yù)熱的改良CTAB裂解液(質(zhì)量分?jǐn)?shù)3% CTAB、0.1 mol·LTris-HCl,pH調(diào)控為8.0,0.02 mol·LEDTA,1.4 mol·LNaCl,體積分?jǐn)?shù)0.2%-巰基乙醇,質(zhì)量分?jǐn)?shù)2%聚乙烯吡咯烷酮)、4 μL RNaseA和10 μL Proteinase K(20 mg·mL),混合成乳液,轉(zhuǎn)移至滅菌的2 mL Eppordorf管中,加入300 μL Buffer C-L,漩渦振蕩30 s。
2)56 ℃水浴孵育2 h,其間每隔5~10 min上下顛倒振蕩1次,裂解至越澄清越好。
3) 加入500 μL Tris飽和酚∶氯仿∶異戊醇(體積比25∶24∶1),混勻,加入500 μL Buffer P-D,輕輕振蕩1 min,室溫抽提10 min,12 500×離心10 min,離心溫度15 ℃。
4)將上層水相轉(zhuǎn)移至新的離心管中,加入等體積的氯仿∶異戊醇(體積比24∶1),充分混勻,靜置5 min,12 500×離心8 min。
5)將上清液轉(zhuǎn)移至新的離心管中,加0.8倍體積的異丙醇(4 ℃ 冰箱預(yù)冷),輕輕混合均勻,-20 ℃冰箱靜置20 min,12 500×離心10 min,棄上清液,保留沉淀。
6)加入500 μL的70%乙醇,上下顛倒,充分洗滌。12 500×g離心3 min,棄上清,加入500 μL的無水乙醇,上下顛倒,充分洗滌,12 500×g離心3 min。
7)用濾紙吸干多余水分,在超凈臺吹干或室溫晾干。加入50 μL預(yù)熱洗脫緩沖液TE,靜置15 min。測DNA濃度與質(zhì)量。
堅果DNA提取。堅果經(jīng)液氮研磨成粉末后取0.1 g,采用CTAB沉淀法提取DNA。
基因組DNA純度和濃度檢測。利用NanoDrop Lite微量核酸蛋白測定儀測定以上不同方法提取的核桃乳DNA,由/和濃度(ng·μL)判定DNA的純度和濃度;通過瓊脂糖凝膠電泳檢測所提DNA片段質(zhì)量。
1.3.2 PCR擴增與產(chǎn)物測序
采用文獻報道植物通用基因-03對不同方法所提核桃乳DNA進行PCR擴增,檢測所提DNA是否具備擴增條件。依據(jù)常見植物候選DNA條形碼基因-,設(shè)計核桃物種特異性基因--對10種核桃乳樣品DNA進行PCR擴增,對樣本進行造假情況鑒定。利用常見植物候選DNA條形碼基因-對10種市售核桃乳樣品DNA進行PCR擴增,對樣本進行摻假情況鑒定。引物序列見表1。
PCR擴增采用25 μL體系:12.5 μL的ExPrimix,正反引物各0.5 μL,DNA模板1 μL,無菌水10.5 μL。PCR程序為:95 ℃預(yù)變性5 min,共35個循環(huán)(95 ℃變性30 s、退火30 s、72 ℃延伸30 s);72 ℃終延伸10 min,最后4 ℃保溫。PCR產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠進行電泳,并由生工生物工程(上海)股份有限公司進行雙向測序。將測序結(jié)果在NCBI上進行BLAST比對,利用DNA條形碼分析鑒定核桃乳是否摻假。
核桃乳是深加工食品,DNA破壞嚴(yán)重。所得大部分DNA片段小,部分長片段DNA因濃度低,電泳圖上無清晰完整條帶。3種預(yù)處理方法DNA電泳圖差異明顯(圖1),方法1靜置沉淀方式處理后所得DNA只有個別存在DNA小片段,方法2異丙醇離心方式處理所提DNA全部呈現(xiàn)降解彌散狀,方法3抽真空凍干方式所提DNA存在明顯小片段。由表2可以看出,方法1與方法2的濃度高低不均,/普遍超出DNA標(biāo)準(zhǔn)范圍;方法3測定的濃度符合擴增要求且純度值接近DNA標(biāo)準(zhǔn)值1.80。因此,方法3抽真空凍干預(yù)處理方式最適合用于核桃乳DNA提取。
表1 基因引物序列
M,10 000 bp DNA 分子量標(biāo)準(zhǔn);N,空白對照;方法1,靜置沉淀;方法2,異丙醇沉淀;方法3,抽真空凍干;1~30,核桃乳樣品編號1~30。M, 10 000 bp DNA marker; N, Negative; Method 1, Static extraction; Method 2, Isopropanol precipitation; Method 3, Vacuum lyophilization; 1-30: Sample serial number 1-30.圖1 三種不同預(yù)處理方法提取的核桃乳DNA電泳圖Fig.1 DNA electrophoresis of walnut milk extracted by three different pre-treatment methods
表2 三種預(yù)處理方法提取的核桃乳DNA濃度和純度
分別采用CTAB方法1、CTAB方法2、康為試劑盒、愛思進試劑盒、天根試劑盒和CTAB與愛思進試劑盒結(jié)合這6種方法,對真空凍干預(yù)處理的核桃乳進行DNA提取,并進行瓊脂糖凝膠電泳。結(jié)果(圖2)顯示,天根試劑盒方法和CTAB與愛思進試劑盒結(jié)合2種方法所提核桃乳DNA質(zhì)量優(yōu)于其他方法,尤其是CTAB與愛思進試劑盒結(jié)合方法,所提DNA條帶明亮且片段長,相對完整性好。表3顯示:CTAB與愛思進試劑盒結(jié)合方法所得DNA純度最高,最接近DNA標(biāo)準(zhǔn)值1.80,且濃度高于其他3種試劑盒方法;CTAB方法1雖濃度高,但純度差。利用植物通用基因-03對6種方法所提核桃乳DNA進行PCR擴增,擴增結(jié)果如圖3所示。與其他提取方法比較,CTAB與愛思進試劑盒結(jié)合方法、天根試劑盒方法提取的核桃乳DNA的擴增效率較高。其中,CTAB與愛思進試劑盒結(jié)合方法所提核桃乳DNA在123 bp處有明顯條帶,條帶單一且無引物二聚體,與-03基因片段大小相符,擴增效率為100%,符合DNA條形碼后期實驗擴增要求。因此,CTAB與愛思進試劑盒結(jié)合方法為核桃乳DNA的最佳提取方法。
M,10 000 bp DNA分子量標(biāo)準(zhǔn);N,空白對照;1,樣品編號1-3;2,樣品編號4-6;3,樣品編號7-9;4,樣品編號10-12;5,樣品編號13-15;6,樣品編號16-18;7,樣品編號19-21;8,樣品編號22-24;9,樣品編號25-27;10,樣品編號28-30。M, 10 000 bp DNA marker; N, Negative; 1, Sample serial number 1-3; 2, Sample serial number 4-6; 3, Sample serial number 7-9; 4, Sample serial number 10-12; 5, Sample serial number 13-15; 6, Sample serial number 16-18; 7, Sample serial number 19-21; 8, Sample serial number 22-24; 9, Sample serial number 25-27; 10, Sample serial number 28-30.圖2 六種方法提取核桃乳DNA電泳圖Fig.2 DNA extraction of walnut milk by six methods
表3 六種方法提取核桃乳DNA濃度與純度(n=3)
M,500 bp DNA 分子量標(biāo)準(zhǔn);N,空白對照;編號1-10同圖2。圖5同。M, 500 bp DNA marker; N, Negative; Numbers 1-10 were the same as in figure 2. The same as figure 5.圖3 六種方法提取核桃乳CP-03基因擴增結(jié)果Fig.3 Amplication results of CP-03 gene from walnut milk by six methods
對樣本進行核桃乳成分鑒定,設(shè)計核桃物種特異性引物Wal-F和Wal-R,對10種不同品牌核桃乳和10種堅果的DNA樣品進行PCR擴增,3次生物學(xué)重復(fù)。結(jié)果顯示,10種堅果(圖4-A)中只在核桃的3組DNA樣本(樣品編號1-3)中有擴增條帶,說明引物特異性良好;10種核桃乳(圖4-B)中有29個DNA樣品中有擴增條帶,第25號樣品沒有擴增出條帶,第26和27號成功擴增出條帶,說明該樣品含有核桃成分;而第25號樣品可能在實驗操作上出現(xiàn)了問題,故沒有擴增出條帶。表明這10種核桃乳均含有核桃成分。
為了驗證核桃乳是否存在摻假行為,以CTAB與愛思進試劑盒結(jié)合方法提取的10種品牌30個核桃乳DNA為模板,分別用DNA條形碼基因-進行PCR擴增檢測,并將產(chǎn)物進行測序。核桃乳DNA均能擴增出單一且清晰、長度為350 bp的目的條帶(圖5)。將擴增序列在NCBI數(shù)據(jù)庫進行BLAST分析,結(jié)果顯示,絕大部分核桃乳樣品(1-21號、25-30號)測序比對結(jié)果為核桃,與標(biāo)簽中的優(yōu)質(zhì)核桃仁相符。22-24號品牌標(biāo)簽為優(yōu)質(zhì)核桃仁,但是其DNA擴增測序比對結(jié)果為花生,比對結(jié)果相似度為100%,與標(biāo)簽標(biāo)注的原材料不一致,存在標(biāo)簽錯誤標(biāo)注行為。
M,500 bp DNA分子量標(biāo)準(zhǔn);N,陰性對照。圖A中:1~3,核桃;4~6,腰果;7~9,巴旦木;10~12,夏威夷果;13~15,碧根果;16~18,榛子;19~21,杏仁;22~24,大豆;25~27,花生;28~30,松子。圖B中:1-30為核桃乳樣品編號,同表2。M, 500 bp DNA marker; N, Negative; In figure A: 1-3, Walnuts; 4-6, Cashews; 7-9, almonds; 10-12, Queensland nuts; 13-15, Pecans; 16-18, Hazelnuts; 19-21, Apricots; 22-24, Soybeans; 25-27, Peanuts; 28-30, Pine nuts. In figure B, 1-30 were sample serial number of walnut milk, and were the same as in Table 2.圖4 十種堅果和十種核桃乳樣品的特異性引物Wal-F和Wal-R PCR擴增結(jié)果Fig.4 PCR amplification results of 10 kinds of nuts and 10 kinds of walnut milk samples using specific primer Wal-F and Wal-R
圖5 核桃乳DNA條形碼基因psbA-trnH的PCR擴增結(jié)果Fig.5 PCR amplification results of DNA barcode gene psbA-trnH of walnut milk
目前食品真?zhèn)蔚蔫b定已從傳統(tǒng)形態(tài)學(xué)發(fā)展到依賴蛋白質(zhì)和DNA序列分析的分子生物學(xué)方法。在飲料真?zhèn)舞b定中應(yīng)用蛋白質(zhì)檢驗的主要方法包括免疫學(xué)檢測、新型電泳和質(zhì)譜色譜技術(shù)。這些技術(shù)雖然在檢測新鮮產(chǎn)品時非常有效,但應(yīng)用于深度加工食品時效率較低。而以DNA為基礎(chǔ)的方法可以對殘存量非常低的有機原料進行提取和鑒定,目前,該方法已應(yīng)用于對多種食品材料組合的檢測。DNA條形碼技術(shù)是利用一段或幾段標(biāo)準(zhǔn)DNA序列實現(xiàn)動物、植植物和真菌物種快速鑒定的方法,彌補了傳統(tǒng)鑒定方法的不足,具有檢測范圍廣、操作簡單、準(zhǔn)確度高、鑒別效率高、信息化等優(yōu)點。DNA條形碼技術(shù)已廣泛應(yīng)用于食品等各個領(lǐng)域的鑒定。Lee等利用DNA條形碼技術(shù)對茶的品種與來源進行了鑒定。Uncu等利用DNA條形碼基因?qū)﹂蠙煊蛽郊龠M行了研究,結(jié)果表明,利用DNA條形碼技術(shù)可對植物油中植物源成分進行鑒定??梢妵庵饕羌性诓枧c油產(chǎn)品,而對植物蛋白飲料尚未進行真?zhèn)舞b定研究。
表4 psbA-trnH基因擴增序列比對結(jié)果
高質(zhì)量的DNA是進行DNA條形碼鑒定研究的基礎(chǔ)。目前乳、飲料類食品的DNA提取方法主要分為傳統(tǒng)試劑法與商業(yè)試劑盒兩種方法。商業(yè)化的植物DNA提取試劑盒有適用范圍廣、時間短和操作簡單的優(yōu)點,但不同食品尤其是深加工食品對試劑盒的適用性不同,所提DNA質(zhì)量存在明顯差異。夏義苗等通過對大豆油不同DNA提取方法進行比較分析,總結(jié)有益經(jīng)驗,得到大豆油最佳提取方法。不同的加工工藝對食品DNA提取也存在不同程度的影響。深加工食品核桃乳DNA破壞嚴(yán)重,多糖多酚與色素生物堿等次生物質(zhì)的存在提高了DNA提取難度。多酚能被氧化褐變,與DNA結(jié)合形成不可逆復(fù)合物,使最終提取的DNA呈褐色現(xiàn)象,降低DNA活性。為了防止酚類褐變,本研究在CTAB裂解液中加入β-巰基乙醇。選擇合適濃度的NaCl可以增加多糖在乙醇中的溶解度,避免與DNA產(chǎn)生共沉淀現(xiàn)象,從而除去DNA中的多糖物質(zhì)。增加乙醇洗滌力度,以求最大程度去除雜質(zhì)??紤]到試劑盒吸附柱無法存留小片段DNA,采用離心沉淀方法代替吸附柱。本研究從靜置抽提、異丙醇沉淀、抽真空凍干3種不同預(yù)處理方式中,篩選得到了抽真空凍干方法為核桃乳DNA提取的最佳預(yù)處理方式。并選擇6種DNA提取方法或試劑盒進行實驗,其中,愛思進試劑盒是一種多源植物基因組DNA提取試劑盒,利用特殊的裂解液C-L和沉淀緩沖液P-D,能有效地把蛋白質(zhì)、色素、碳水化合物和脂質(zhì)與基因組DNA分開,DNA制備膜會選擇性吸附DNA,所提取的DNA雜質(zhì)少,從而達到基因組DNA純化目的。但愛思進試劑盒存在裂解能力弱的缺點,而CTAB裂解沉淀方法正好可以彌補此弱點,故在此基礎(chǔ)上利用CTAB與愛思進試劑盒結(jié)合方法來提取核桃乳的DNA。結(jié)果顯示,CTAB與愛思進試劑盒結(jié)合的新方法能夠得到高質(zhì)量的核桃乳DNA,純度值在1.7~1.9,濃度在60~140 ng·μL,且擴增效率好,符合DNA條形碼對核桃乳目的種源成分真?zhèn)舞b定的后續(xù)實驗要求。
-序列是植物分子系統(tǒng)發(fā)育研究中常用且可靠的葉綠體條形碼基因,有著較快的進化速率和較高的物種鑒別效率。Sun等利用7個候選DNA條形碼對44個金銀花及其近源物種進行鑒定,發(fā)現(xiàn)-鑒定效率高達100%。本研究利用DNA條形碼基因-對10種核桃乳DNA進行PCR擴增測序檢測。擴增測序結(jié)果顯示10種核桃乳樣品中有1款核桃乳成分測序比對結(jié)果為花生,該樣品屬于摻假產(chǎn)品。
抽真空凍干方法為核桃乳DNA提取的最佳預(yù)處理方式,CTAB與愛思進試劑盒結(jié)合的方法更適合從核桃乳中提取DNA。利用自行設(shè)計的特異性基因--鑒定核桃乳樣品中是否含有核桃成分,確定造假情況;選擇常見植物候選基因-鑒定核桃乳樣品中是否含有其他成分,確定摻假情況?;?基因的DNA條形碼建立的核桃乳摻假造假鑒定方法,可以在植物蛋白飲料的鑒定應(yīng)用中貢獻綿薄之力。