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基于深度學(xué)習(xí)的微生物高階邏輯關(guān)系分析方法

2022-09-07 05:05劉芃蘭孫碩男
現(xiàn)代計(jì)算機(jī) 2022年13期
關(guān)鍵詞:編碼器高階聚類

劉芃蘭,孫碩男

(遼寧工程技術(shù)大學(xué)電子與信息工程學(xué)院,葫蘆島 125105)

0 引言

整個(gè)生物圈存在著多種多樣的微生物,從海洋湖泊、土壤大氣到人體的口腔腸道都有微生物的存在。在自然界,不同類群的微生物能在多種不同的環(huán)境中生長(zhǎng)繁殖,它們彼此聯(lián)系、相互影響。微生物復(fù)雜的生命活動(dòng)和相互作用對(duì)于微生物群落的動(dòng)態(tài)和功能起著重要的作用。

越來越多的證據(jù)表明物種間不僅存在成對(duì)的相互作用,也存在諸如循環(huán)交叉進(jìn)食和集體共生等大量的高階相互作用,這些高階相互作用不但可以使得競(jìng)爭(zhēng)網(wǎng)絡(luò)達(dá)到動(dòng)力學(xué)穩(wěn)定,而且對(duì)于研究新物種引進(jìn)也具有重要意義。Zelezniak 等使用基因組尺度的代謝建模方法,系統(tǒng)地調(diào)查了超過800個(gè)社區(qū)的資源競(jìng)爭(zhēng)和代謝交換的程度,對(duì)于所有可能的兩個(gè)、三個(gè)和四個(gè)物種組合的子群落,使用Fisher精確檢驗(yàn)來評(píng)估共現(xiàn)關(guān)系的顯著性,從而解釋了涉及兩個(gè)以上物種的高階相互作用的可能性。Bairey 等通過模擬隨機(jī)交互作用下群落的動(dòng)態(tài),發(fā)現(xiàn)兩兩相互作用對(duì)增加的物種敏感,而四項(xiàng)相互作用對(duì)刪除的物種敏感,它們共同產(chǎn)生了物種數(shù)量的上限和下限。實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)一步表明物種互作通常是以高階組合的形式發(fā)生的,兩個(gè)物種間的相互作用通常由一個(gè)或多個(gè)其他物種調(diào)節(jié),這些高階相互作用對(duì)自然生態(tài)系統(tǒng)多樣性十分重要。

傳統(tǒng)計(jì)算模型大多通過成對(duì)關(guān)系構(gòu)建微生物網(wǎng)絡(luò)。然而,由于微生物關(guān)系復(fù)雜多變,這種成對(duì)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建方式可能會(huì)遺漏大量高階相互作用,不能很好地捕捉微生物網(wǎng)絡(luò)的本質(zhì)特性。網(wǎng)絡(luò)基序是一種小巧、重復(fù)且保守的生物網(wǎng)絡(luò)單位,它是一個(gè)至少包含三個(gè)節(jié)點(diǎn)且常常出現(xiàn)的網(wǎng)絡(luò)子圖,在網(wǎng)絡(luò)中執(zhí)行各種計(jì)算任務(wù),通常被理解為一種高階功能結(jié)構(gòu)?;谶@些網(wǎng)絡(luò)基序來構(gòu)建高階網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu),有助于微生物高階關(guān)系的挖掘,并促使人們更好地理解微生物的功能。識(shí)別網(wǎng)絡(luò)模塊是執(zhí)行網(wǎng)絡(luò)分析的重要途徑,高模塊性表明網(wǎng)絡(luò)在某些節(jié)點(diǎn)組內(nèi)具有密集連接,并且模塊之間的連接稀疏。Girvan 等根據(jù)社區(qū)具有高內(nèi)聚、低耦合的屬性提出基于中心指數(shù)來尋找社區(qū)的算法。Benson 等提出張量譜聚類算法,根據(jù)網(wǎng)絡(luò)集群中指定的高階網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu),開發(fā)多線性譜方法對(duì)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行聚類。Perozzi 等提出了一種Deep-Walk 模型,該模型通過一種截尾隨機(jī)游走的均勻采樣模型將未加權(quán)圖轉(zhuǎn)化為線性序列集合,然后利用Mikolov 等提出的跳躍圖模型從這些線性結(jié)構(gòu)中學(xué)習(xí)頂點(diǎn)的低維表示,實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,該模型在聚類任務(wù)中要優(yōu)于常用的譜聚類和模塊度模型?;谖⑸锏目v向數(shù)據(jù),Shen等利用動(dòng)態(tài)貝葉斯模型(DBN)構(gòu)建微生物的加權(quán)有向網(wǎng)絡(luò),然后利用加權(quán)基序和未加權(quán)基序?qū)W(wǎng)絡(luò)的高階結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。聚類結(jié)果表明,加權(quán)基序可以獲得更好的聚類。Yu 等提出了一種基于類內(nèi)散射矩陣的超圖聚類方法,并利用譜聚類來實(shí)現(xiàn)社區(qū)探索,結(jié)果表明該方法在一定程度上可以有效地挖掘微生物的高階模塊。

本文提出了一種基于深度學(xué)習(xí)的超圖聚類模型(hypergraph clustering model based on deep learning,DeepHC),用于挖掘微生物的高階邏輯關(guān)系,該模型基于人體18 個(gè)部位的微生物豐度數(shù)據(jù),計(jì)算滿足要求的8種邏輯類型的分布,并選取最普遍的邏輯類型來構(gòu)建高階微生物網(wǎng)絡(luò)。針對(duì)簡(jiǎn)單圖聚類方法不能有效挖掘高階關(guān)系,而網(wǎng)絡(luò)的線性嵌入不適用于復(fù)雜非線性關(guān)系挖掘的問題,提出了一種基于深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的超圖聚類模型,該模型通過計(jì)算偏移正點(diǎn)態(tài)互信息矩陣來獲得更為準(zhǔn)確的網(wǎng)絡(luò)表示,通過深度堆疊自編碼器來獲得樣本的非線性低維表示,并利用最大模塊度聚類來自適應(yīng)挖掘微生物的高階模塊。與其他方法的對(duì)比結(jié)果表明,DeepHC 得到的微生物模塊具有更好的類內(nèi)緊湊性和類間分離性,可以作為微生物高階模塊挖掘的有效工具。

1 數(shù)據(jù)與解決方案

1.1 數(shù)據(jù)

人類微生物組計(jì)劃研究了大量的微生物群落數(shù)據(jù),可以用來描述與人類相關(guān)的微生物群落的生態(tài)學(xué)特征。本文從HMP 數(shù)據(jù)庫中下載16s RNA 序列數(shù)據(jù),并經(jīng)過Mothur 處理得到了V13高質(zhì)量文件,涵蓋了5個(gè)人體區(qū)域(Gastrointestinal tract,Oral,Skin,Airways,Urogenital tract)的18 個(gè)部位,包括3242 個(gè)樣本,606 個(gè)微生物的豐度數(shù)據(jù)。Gastrointestinal tract 區(qū)域有214 個(gè)樣本,包含1 個(gè)部位Stool;Oral 區(qū)域有1807 個(gè)樣本,包含9 個(gè)部位,分別是Attached Keratinized, gingiva,Buccal mucosa,Hard palate, Palatine Tonsils, Saliva, Subgingival plaque,Supragingival,plaque,Throat,Tongue dorsum;Skin 區(qū)域有736 個(gè)樣本,包含4 個(gè)部位,分別是Left Antecubital fossa,Left Retroauricular crease,Right Antecubital fossa,Right Retroauricular crease;Airways 區(qū) 域 有188 個(gè) 樣 本,包含1個(gè)部位為Anterior nares;Urogenital tract區(qū)域有297個(gè)樣本,包含3個(gè)部位,分別是Mid vagina,Posterior fornix,Vaginal introitus。上述數(shù)據(jù)可以從http://hmpdacc.org/HMMCP/下載。

1.2 解決方案

本文提出的DeepHC 方法包含3 個(gè)步驟(如圖1 所示)。首先,從微生物豐度數(shù)據(jù)中計(jì)算八種邏輯關(guān)系,并提取最多的邏輯類型來構(gòu)建微生物高階邏輯網(wǎng)絡(luò)(如圖1 的step1)。其次,構(gòu)建加權(quán)超圖模型,并通過超圖約簡(jiǎn)得到微生物的連接網(wǎng)絡(luò)(如圖1 的step2)。最后,提出了一種基于深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的聚類模型用于微生物模塊挖掘(如圖1的step3)。

圖1 基于DeepHC的高階邏輯關(guān)系分析框架圖

2 模型與方法

2.1 高階邏輯關(guān)系提取

不確定性推理已被廣泛應(yīng)用到機(jī)器學(xué)習(xí)、專家系統(tǒng)、智能決策等領(lǐng)域,概率邏輯是一種常用的不確定推理方法,它在原有邏輯研究的基礎(chǔ)上進(jìn)行一些概率推理,將概率論和邏輯表示完美融合。微生物的相互作用是群落結(jié)構(gòu)的驅(qū)動(dòng)因素之一,群落中物種的非隨機(jī)分布可以用來推斷這些相互作用?;谖⑸镓S度數(shù)據(jù),本文將概率邏輯應(yīng)用到微生物領(lǐng)域,進(jìn)而挖掘微生物的高階交互關(guān)系。

首先,對(duì)微生物的原始豐度矩陣離散化處理。當(dāng)微生物在樣本中的豐度值(,) >0,則對(duì)應(yīng)的(,) = 1;否則,(,) = 0,刪除∑m(,) <4的記錄。經(jīng)過以上操作,可以獲得最終的微生物豐度邏輯矩陣。

其次,計(jì)算任意三種微生物間的不確定系數(shù)(|)、(|) 和邏輯組合譜(|(,))。對(duì)于任意隨機(jī)變量和,(|)的計(jì)算方法如下:

其中,()和()分別表示和的獨(dú)立分布信息熵,(,)表示和聯(lián)合分布信息熵。由式(1)可知,(|)∈[0,1],當(dāng)完全由確定時(shí),(|)= 1;當(dāng)和完全獨(dú)立時(shí),(|)= 0。因此,對(duì)于任意微生物三元組{,,},(|)和(|)表示微生物和的個(gè)體對(duì)微生物的影響, 對(duì)應(yīng)成對(duì)關(guān)系;(|(,))表示微生物和的邏輯組合對(duì)微生物c 的影響,對(duì)應(yīng)高階關(guān)系。本文中,(,)表示微生物和的8 種邏輯組合。本文選擇成對(duì)關(guān)系較弱,而高階關(guān)系較強(qiáng)的三元組,即選擇滿足條件:{(,,)|(|)<0.4,(|)<0.4,(|(,))>0.6}的所有三元組。然后,統(tǒng)計(jì)18個(gè)部位中不同邏輯類型下三元組的發(fā)生情況,結(jié)果如圖2所示。

從圖2 可以看出有5 個(gè)部位(‘Right Antecubital fossa’,‘Left Retroauricular crease’,‘Left Antecubital fossa’,‘Right Retroauricular crease’,‘Anterior nares’)滿足要求三元組的總數(shù)大于2000,并且這些部位的邏輯類型‘=∧’占據(jù)絕對(duì)的優(yōu)勢(shì),即當(dāng)和共同存在時(shí),也存在。因此,基于邏輯類型‘=∧’,利用部位‘Right Antecubital fossa’,‘Left Retroauricular crease’,‘Left Antecubital fossa’,‘Right Retroauricular crease’,‘Anterior nares’中的所有三元組來構(gòu)建高階交互關(guān)系。

圖2 18個(gè)人體部位的8種邏輯類型的三元組統(tǒng)計(jì)圖

2.2 超圖構(gòu)建

圖聚類根據(jù)節(jié)點(diǎn)之間的成對(duì)相似性對(duì)節(jié)點(diǎn)集進(jìn)行劃分。然而,由于微生物的多樣性,且多樣性的社區(qū)很大程度依賴于高階相互作用的穩(wěn)定程度,因此研究微生物的高階相互作用對(duì)理解微生物群落的多樣性和穩(wěn)定性具有重要意義。Agarwal 等首先認(rèn)為聚類問題是超圖劃分的一個(gè)實(shí)例,該方法首先利用一個(gè)加權(quán)圖來逼近超圖,然后利用譜聚類算法來進(jìn)行超圖的節(jié)點(diǎn)劃分。Zhou 等將譜圖聚類技術(shù)推廣到超圖,提出了一種超圖歸一化切割準(zhǔn)則,得到一種歸一化超圖切割的聚類算法。

將式(2)與隨機(jī)游走的公式=對(duì)照,可以得到微生物間的連接矩陣:

進(jìn)而,可得超圖拉普拉斯矩陣為:=1-DAD。

2.3 基于深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)聚類

基于微生物的拉普拉斯矩陣,傳統(tǒng)的譜聚類利用奇異值分解(SVD)和均值可以得到最終的聚類結(jié)果。在此過程中SVD 起到降維的作用,通過線性投影將原始表示空間映射到一個(gè)新的低秩表示空間。然而,由于實(shí)際問題的復(fù)雜性,線性投影可能會(huì)損失重要的信息。

Tian等利用稀疏自編碼器來代替譜聚類中的SVD,取得明顯的改進(jìn),在此基礎(chǔ)上,Cao等提出了一種深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型(deep neural networks for learning graph representations,DNGR)來學(xué)習(xí)圖的表示,該模型首先利用隨機(jī)沖浪模型直接捕捉圖形結(jié)構(gòu)信息,然后利用偏移正點(diǎn)態(tài)互信息(positive pointwise mutual information,PPMI)模型來增強(qiáng)圖的魯棒性,最后引入疊加去噪自動(dòng)編碼器來提取復(fù)雜的非線性特征。DNGR模型在很多聚類和圖表示問題中都取很好的效果。盡管DNGR 利用隨機(jī)沖浪通過轉(zhuǎn)移矩陣的迭代可以挖掘更多的間接交互,然而該過程也在一定程度上增加部分噪聲,同時(shí)傳播參數(shù)的選擇也增加模型的復(fù)雜性。基于以上分析,本文利用PPMI 來增強(qiáng)網(wǎng)絡(luò)表示,同時(shí)利用堆疊自編碼器來挖掘樣本的低維特征,最后利用均值聚類來計(jì)算聚類結(jié)果。首先,基于微生物的連接矩陣,計(jì)算偏移正點(diǎn)態(tài)互信息矩陣PPMI來產(chǎn)生網(wǎng)絡(luò)表示。PPMI 矩陣構(gòu)建方法如下:

由式(4)可看出,該計(jì)算過程保證PPMI 中元素的非負(fù)性。

然后,挖掘微生物的非線性低維表示。利用堆疊自編碼器從PPMI 矩陣中產(chǎn)生壓縮的、低維的向量表示,這個(gè)過程執(zhí)行了從高維向低維的映射。自編碼器包含兩個(gè)步驟,編碼步驟和解碼步驟。在編碼步驟,函數(shù)(·)應(yīng)用到輸入向量,并將其投影到新的特征空間。解碼步驟,重構(gòu)函數(shù)(·)從潛在表示空間來重構(gòu)原始的輸入向量。假定:(·)=(+),(·)=(+),其中(·)是激活函數(shù),={,}表示編碼步驟的權(quán)重參數(shù),={,}表示解碼步驟的權(quán)重參數(shù),和表示從輸入空間到輸出空間的線性投影,和表示偏置向量。目標(biāo)是通過找出和來最小化如下的重構(gòu)損失函數(shù):

其中,L 表示樣本損失函數(shù),x表示第個(gè)樣本。在這個(gè)過程中,激活函數(shù)通常用來建模輸入空間到輸出空間的非線性關(guān)系。堆疊自編碼器是由多層這樣的自編碼器組成的深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),它使用分層的訓(xùn)練方法來提取基本規(guī)律,從數(shù)據(jù)層逐層捕獲不同層次的抽象,高層從數(shù)據(jù)中傳遞更高層次的抽象。通過執(zhí)行以上過程,可以得到樣本的低維特征表示。

最后,利用最大模塊度進(jìn)行類別數(shù)選擇?;诙询B自編碼器得到的樣本低維特征,利用均值可以得到最終的聚類結(jié)果。然而,在此過程中聚類數(shù)的選擇也是個(gè)問題。模塊性表現(xiàn)為模塊內(nèi)部的節(jié)點(diǎn)比較稠密,模塊間的節(jié)點(diǎn)比較稀疏。模塊性是生物網(wǎng)絡(luò)的重要特性,研究生物網(wǎng)絡(luò)的模塊性有助于理解復(fù)雜的功能和特性。超圖模塊度是簡(jiǎn)單圖模塊度在超圖中的推廣,令(,)表示頂點(diǎn)和頂點(diǎn)的期望邊數(shù),其計(jì)算方法如下:

其中,()表示加權(quán)超圖中頂點(diǎn)的度。令超圖模塊化矩陣為A-S,此時(shí),對(duì)于任意的聚類結(jié)果,可以得到超圖的模塊度,如下式所示:

其中,表示類別數(shù),(·)表示聚類指示函數(shù),即當(dāng)頂點(diǎn)和頂點(diǎn)為同一個(gè)類別時(shí),(,)=1;否則(,)=0。本文計(jì)算不同聚類數(shù)下的模塊度,并選取最大模塊度對(duì)應(yīng)的聚類數(shù)。

3 性能與實(shí)驗(yàn)分析

3.1 模型評(píng)估

3.1.1 RMSSTD指標(biāo)

RMSSTD是用來衡量聚類結(jié)果的同質(zhì)性,即緊湊程度。它指的是所有類內(nèi)樣本方差的平方根,具體計(jì)算公式如下:

其中,表示類別數(shù),表示樣本點(diǎn),C表示第個(gè)聚類的樣本集合,c表示第個(gè)聚類集合的中心, ||C表示C中樣本總數(shù),表示樣本的維度。由上式可以看出,越小,類內(nèi)樣本的方差越小,類內(nèi)樣本的緊湊程度越小,聚類效果越好。

3.1.2 RS指標(biāo)

RS 指標(biāo)用來評(píng)估類間差異程度,即分離程度。它用來衡量一個(gè)類別與其他類別的區(qū)分度,具體計(jì)算公式如下:

3.1.3 CH指標(biāo)

CH 是一種常用的內(nèi)部聚類評(píng)估指標(biāo),由Calinski 等提出,基于類間距離和類內(nèi)距離的平方和來評(píng)估聚類有效性。具體計(jì)算公式如下:

3.2 實(shí)驗(yàn)設(shè)置

為了全面評(píng)估模型的性能,實(shí)驗(yàn)選擇3種對(duì)比模型,分別是未加權(quán)的超圖譜聚類模型(HSC)、加權(quán)超圖譜聚類模型(HCWS)和基于類內(nèi)散度的超圖聚類模型(HCIS)。對(duì)于HSC,超邊權(quán)重矩陣W為單位矩陣,即所有超邊的權(quán)重為1,并通過譜聚類得到聚類結(jié)果。對(duì)于HCWS,超邊的權(quán)重為邏輯組合譜(|(,)),并利用譜聚類計(jì)算聚類結(jié)果。對(duì)于HCIS,按照論文的原始方法來計(jì)算結(jié)果。對(duì)于DeepHC(本文方法),利用3 層自編碼器來生成堆疊自編碼器,每層輸出樣本的維度分別為100、50、10。關(guān)于模型的評(píng)估,由于所有方法都是基于豐度邏輯矩陣執(zhí)行的,因此根據(jù)和每個(gè)模型的聚類結(jié)果計(jì)算評(píng)估指標(biāo)。此外,為了消除偶然因素對(duì)結(jié)果的影響,本文將每個(gè)實(shí)驗(yàn)執(zhí)行50次,并將評(píng)估指標(biāo)的均值作為最終的結(jié)果進(jìn)行評(píng)估。

3.3 結(jié)果對(duì)比

關(guān)于人體的五個(gè)位點(diǎn)(‘Left Antecubital fossa’,‘Right Retroauricular crease’,‘Left Retroauricular crease’,‘Right Antecubital fossa’和‘Anterior nares’),基于利用邏輯類型1 提取高階邏輯關(guān)系,將本文模型(DeepHC)與HSC、HCWS和HCIS 的聚類結(jié)果進(jìn)行對(duì)比。表1 展示部位‘Left Antecubital fossa’和‘Right Antecubital fossa’,四種計(jì)算模型關(guān)于三種指標(biāo)的結(jié)果對(duì)比。

表1 Left Antecubital fossa和Right Antecubital fossa的聚類結(jié)果對(duì)比

從表1 可以看出,無論是類內(nèi)緊湊度指標(biāo)(RMSSTD)、類間差異性指標(biāo)(RS)還是綜合評(píng)估指標(biāo)(CH),本文的模型(DeepHC)關(guān)于部位‘Left Antecubital fossa’和‘Right Antecubital fossa’的聚類結(jié)果均更好。具體來講,關(guān)于部位Left Antecubital fossa,DeepHC 的RMSSTD 指 標(biāo)為0.2562,小于其他模型,說明DeepHC 類內(nèi)樣本的緊湊程度更好;DeepHC 的指標(biāo)為0.1591,遠(yuǎn)大于其他模型,說明DeepHC 類間差異程度更大;DeepHC 的CH 取值為6.3647,相對(duì)于HSC、HCWS 和HCIS 的2.3326、2.3326 和2.1108 分別提升172.86%、172.86%和201.53%,進(jìn)一步說明DeepHC 具有更好的聚類效果。關(guān)于Right Antecubital fossa,DeepHC 的RMSSTD 指標(biāo)為0.2372,小于其他模型;RS和CH指標(biāo)分別為0.2200和9.7677,遠(yuǎn)高于其他模型,進(jìn)一步說明DeepHC 具有更高的聚類質(zhì)量。對(duì)于剩余的三個(gè)部位‘Left Retroauricular crease’,‘Right Antecubital fossa’和‘Anterior nares’,本文將每個(gè)部位的指標(biāo)歸一化處理,并將結(jié)果以堆疊柱狀圖的形式展示出來,如圖3所示。

圖3 位點(diǎn)‘Left Retroauricular crease’,‘Right Antecubital fossa’和‘Anterior nares’的聚類結(jié)果對(duì)比

由圖3 可以看出,對(duì)于這三個(gè)部位,DeepHC 幾乎各個(gè)指標(biāo)都取得了最好的結(jié)果。對(duì)于部位′Left Retroauricular crease′,如圖3(a)所示,DeepHC 的指標(biāo)最小,對(duì)應(yīng)類內(nèi)樣本的緊湊程度最好;RS指標(biāo)最大,說明DeepHC類間差異程度更大;同時(shí)綜合指標(biāo)HC 也最大,說明DeepHC 取得了最好的聚類結(jié)果。關(guān)于部位‘Right Antecubital fossa’,也得到了同樣的結(jié)論。對(duì)于部位‘Anterior nares’,DeepHC 除了RS 指標(biāo)不是最優(yōu)之外,RMSSTD 和HC 指標(biāo)都是四個(gè)模型中最優(yōu)的。以上結(jié)果表明,DeepHC 可以作為微生物高階模塊挖掘的有效工具。

4 結(jié)語

本文提出了一種基于深度學(xué)習(xí)的超圖聚類模型來分析微生物的高階邏輯關(guān)系。與傳統(tǒng)的根據(jù)微生物成對(duì)相關(guān)性構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)的方式不同,本文選擇那些兩兩關(guān)系較弱,而聯(lián)合關(guān)系較強(qiáng)的高階關(guān)系進(jìn)行分析,并統(tǒng)計(jì)八種邏輯類型在人體18 個(gè)部位的分布,利用出現(xiàn)最頻繁的邏輯類型來構(gòu)建高階網(wǎng)絡(luò)。針對(duì)一般聚類模型或者不能很好挖掘樣本間的高階關(guān)系(簡(jiǎn)單圖聚類),或者僅適應(yīng)于具有線性關(guān)系的樣本集合(基于SVD 的譜聚類模型),本文提出了一種基于深度學(xué)習(xí)的超圖聚類模型,該模型通過計(jì)算偏移正點(diǎn)態(tài)互信息矩陣來增強(qiáng)圖的表示,通過深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)來挖掘樣本的低維非線性表示,通過基于模塊度的K 均值聚類來自適應(yīng)地選擇聚類個(gè)數(shù)。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,本文提出的DeepHC 具有更好的聚類效果,可作為微生物的高階邏輯關(guān)系分析的有效工具。

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