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中華蜜蜂ZFP37基因的生物信息學(xué)分析及高溫下表達(dá)特性的研究

2022-09-22 01:49李新宇馬衛(wèi)華杜亞麗姜玉鎖
環(huán)境昆蟲學(xué)報 2022年4期
關(guān)鍵詞:位點蜜蜂高溫

李新宇,馬衛(wèi)華,杜亞麗,徐 凱,姜玉鎖

(1.山東輕工職業(yè)學(xué)院,山東淄博 255300;2.山西農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院,山西太原 030031;3.山西農(nóng)業(yè)大學(xué)動物醫(yī)學(xué)學(xué)院,山西太谷 030801;4.吉林省養(yǎng)蜂研究所,吉林吉林 132001;5.山西農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科學(xué)學(xué)院,山西太谷 030801)

溫度是影響昆蟲生理狀況和生存狀態(tài)的重要非生物因素。蜜蜂屬于變溫動物,其個體保持和調(diào)節(jié)體溫的能力不強,外界環(huán)境溫度的變化會對蜜蜂生理代謝產(chǎn)生影響,如導(dǎo)致蜜蜂的應(yīng)激反應(yīng)、改變生理代謝、影響成蟲的存活、幼蟲的發(fā)育等(Kiuchietal.,2008;Bauerfeind and Fischer,2013;Colinetetal.,2018)。當(dāng)外界環(huán)境溫度超過蜜蜂所能承受的范圍時,蜜蜂的各項生命活動和體內(nèi)的生理代謝都會受到嚴(yán)重的干擾。

高溫可以改變細(xì)胞的內(nèi)環(huán)境,對細(xì)胞骨架造成損傷,還會影響蛋白質(zhì)的合成過程(杜堯等,2007)。蜜蜂在長期的進(jìn)化過程中進(jìn)化出了一系列措施來應(yīng)對溫度脅迫,如調(diào)整自身代謝,合成保護(hù)蛋白等,以減緩或者修復(fù)高溫脅迫對機(jī)體造成的傷害。其中最顯著的機(jī)體響應(yīng)就是抗逆蛋白的誘導(dǎo)產(chǎn)生,目前來說,在眾多抗逆基因中,熱激蛋白基因家族發(fā)揮著極其重要的作用,它是生物細(xì)胞在面臨多種應(yīng)激條件下所產(chǎn)生的一類維持細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)平衡的蛋白(Feder and Hofmann,1999)。熱激蛋白具有能夠維持細(xì)胞骨架穩(wěn)定、抑制蛋白質(zhì)變性、恢復(fù)變性蛋白原有的空間結(jié)構(gòu)和生物活性的生物功能。目前的研究發(fā)現(xiàn)了很多參與昆蟲抗逆的基因,其中以熱激蛋白基因為主(Huangetal.,2007),其次還包括鋅指蛋白、絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶等(Krupaetal.,2004;Duanetal.,2008)。

鋅指蛋白(Zinc finger proteins,ZFPs)通常是指蛋白結(jié)構(gòu)中含有一段自身折疊形成的手指狀結(jié)構(gòu),且常與Zn2+結(jié)合的一類蛋白質(zhì)。最早的鋅指蛋白是在非洲爪蟾卵母細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)的(Frankel and Pabo,1988),之后,許多其他鋅指蛋白又被陸續(xù)鑒定出來。鋅指蛋白在真核生物中廣泛分布,通常由半胱氨酸和組氨酸組成,通過與Zn2+結(jié)合來維持結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性;其結(jié)構(gòu)非常多樣,其中絕大多數(shù)鋅指蛋白為類C2H2鋅指、高音譜號鋅指、鋼卷尺狀鋅指(趙楠等,2009)。鋅指蛋白具有許多不同的功能,包括轉(zhuǎn)錄的調(diào)節(jié)、細(xì)胞凋亡的調(diào)控、蛋白質(zhì)折疊和組裝以及脂質(zhì)結(jié)合等。隨著對鋅指結(jié)構(gòu)研究的深入,許多具有新型拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的鋅指蛋白逐漸被人們認(rèn)識到,這些發(fā)現(xiàn)可幫助進(jìn)一步了解鋅指蛋白的生物學(xué)功能。例如,通過對經(jīng)典的C2H2結(jié)構(gòu)的鋅指蛋白的深入研究使人們對其與DNA結(jié)合的機(jī)制有了新的認(rèn)識(Johnetal.,2001)。鋅指蛋白作為一類轉(zhuǎn)錄因子,不僅可以調(diào)控基因的表達(dá)和細(xì)胞的分化,還在動植物抗逆方面發(fā)揮重要作用。鋅指蛋白能在轉(zhuǎn)錄水平上調(diào)控,是由于它能與生物大分子結(jié)合,或者通過鋅指蛋白間的結(jié)合,調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄。Zn2+是影響鋅指蛋白功能的關(guān)鍵因素,可以通過鋅指結(jié)構(gòu),使激活子蛋白與增強子序列特異性結(jié)合而調(diào)節(jié)基因的表達(dá)。鋅指蛋白參與生物體應(yīng)對多種生物或非生物因素脅迫的抗逆機(jī)制(Girietal.,2011),在機(jī)體應(yīng)對高溫脅迫時,多個鋅指蛋白基因在其轉(zhuǎn)錄后調(diào)控機(jī)制中發(fā)揮著重要的作用(Drolletal.,2013)。

ZFP37是C2H2型鋅指蛋白家族中的一員,被認(rèn)為在轉(zhuǎn)錄調(diào)控中發(fā)揮重要作用。有研究顯示,ZFP37主要在成年小鼠睪丸和大腦中表達(dá),這表明其可能在控制小鼠精子生成中發(fā)揮潛在的作用(Payenetal.,1998)。同樣的,ZFP37也被發(fā)現(xiàn)參與調(diào)控豬子宮內(nèi)膜上皮細(xì)胞的凋亡(Zhangetal.,2019)?,F(xiàn)階段,對于ZFP37的生物功能的研究多集中在小鼠和哺乳動物的生殖代謝上,在昆蟲中的作用鮮見報道。

中華蜜蜂Apisceranacerana是我國本土蜂種,其生活習(xí)性適應(yīng)了我國多變的自然環(huán)境,對于維持我國生態(tài)平衡起著重要作用(Zhangetal.,2014),相比其他常見蜂種,中華蜜蜂具有抗逆性和抗螨能力強等優(yōu)勢(曾志將等,2002;Yang,2005)。本試驗根據(jù)之前的研究結(jié)果,選取中華蜜蜂在高溫脅迫下響應(yīng)較強的一個基因ZFP37,對其蛋白結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測分析,研究脅迫溫度和脅迫時間對其表達(dá)的影響,以探究中華蜜蜂在遭受熱脅迫時ZFP37可能發(fā)揮的生理功能,為蜜蜂抗熱機(jī)制的研究提供理論基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 供試?yán)ハx

試驗所需中華蜜蜂由山西農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科技學(xué)院實驗蜂場提供,選取健康無病蜂群3群。每群各選取1~2張老熟的封蓋子脾,置于34℃±0.5℃和RH 75%~80%條件下孵育。待幼蜂大量出房后,收集出房幼蜂并標(biāo)記(N=500/群),將標(biāo)記的幼蜂放回原蜂群飼養(yǎng),采集20日齡的標(biāo)記蜜蜂作為試驗樣品。

1.2 溫度脅迫

從每群隨機(jī)選取300頭標(biāo)記的20日齡工蜂,將蜜蜂隨機(jī)分為若干組,置于15 mL離心管中,每管放置1頭蜜蜂,離心管上扎有小孔,確保蜜蜂處于設(shè)置的溫濕度條件下,之后將試驗蜜蜂放入恒溫恒濕箱中,濕度設(shè)置為RH 30%,溫度分別為25℃、30℃、35℃、40℃和45℃,脅迫2 h。高溫不同脅迫時間的處理為:在45℃,RH 30%條件下分別脅迫處理0.5 h、1 h、1.5 h和2 h,其中0 h 處理組的蜜蜂直接采自蜂箱中的標(biāo)記蜜蜂。處理完成后,隨機(jī)選擇5頭蜜蜂作為1個生物學(xué)重復(fù)用于提取RNA,每個處理組包括3個生物學(xué)重復(fù),立即將蜜蜂投入液氮中,于-80℃下保存?zhèn)溆谩?/p>

1.3 主要試劑與儀器

Trizol試劑盒(Ambion),PrimeScriptTM RT-PCR reagent Kit試劑盒(TaKaRa),SYBR Premix Ex Taq TM 試劑盒(TaKaRa),HWS0358恒溫恒濕箱(江南儀器廠),Veriti?96 well梯度PCR儀(ABI),7500熒光定量PCR儀(ABI),ND-1000核酸蛋白測定儀(Nanodrop),紫外凝膠成像儀(BIO-RAD),DYCP-31DN瓊脂糖水平電泳儀,5810R高速冷凍離心機(jī)(Eppendorf)。

1.4 RNA的提取和cDNA第一鏈的合成

使用Trizol試劑盒提取不同樣品總RNA,通過1.5%瓊脂糖凝膠電泳分析提取的RNA質(zhì)量,最后將提取的RNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA。

1.5 引物設(shè)計

通過東方蜜蜂全基因組測序數(shù)據(jù)(NC_014295.1),查找中華蜜蜂ZFP37基因序列,根據(jù)所得序列的CDS區(qū)使用Primer 3軟件設(shè)計RT-qPCR引物。

表1 引物序列Table 1 Primer sequence

1.6 RT-qPCR反應(yīng)

將cDNA模板稀釋備用,使用SYBR Premix Ex TaqTMⅡ試劑盒進(jìn)行RT-qPCR反應(yīng)。反應(yīng)體系總體積為10 μL,其中包括5 μL SYBR Premix Ex TaqTMII,1 μL cDNA,0.2 μL ROX Reference Dye II (50×),上、下游引物各0.4 μL,無菌水 3 μL。qRT-PCR熱循環(huán)程序如下:95℃預(yù)變性30 s,95℃變性5 s,60℃退火及延伸34 s,45個循環(huán)。用β-actin作為內(nèi)標(biāo)基因,每個組織樣本重復(fù)測定3次。

1.7 序列分析

通過多種生物信息學(xué)軟件對中華蜜蜂ZFP37的序列進(jìn)行預(yù)測分析,所用各軟件如表2。

表2 生物信息學(xué)分析所用軟件Table 2 Software for bioinformatics analysis

1.8 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析

對于qRT-PCR試驗結(jié)果,根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線以及熒光曲線的Ct值,采用2-ΔΔCT法進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。運用SPSS 21軟件中的單因素ANOVA方法進(jìn)行數(shù)據(jù)分析(P<0.05),正態(tài)性檢驗,方差齊性檢驗,對于未通過這些檢驗的數(shù)據(jù),使用Kruskal-Wallis H檢驗(P<0.05)。

2 結(jié)果與分析

2.1 中華蜜蜂ZFP37編碼蛋白分析

分析中華蜜蜂ZFP37基因序列后發(fā)現(xiàn),其開放閱讀框(ORF)全長1 413 bp。該基因編碼123個氨基酸,分子量為13.7 kDa,其中包含19種常見氨基酸,不含Trp;Lys含量最高(8.1%),Tyr含量最低(1.6%),等電點為8.72,脂溶指數(shù)為53.09,平均親水力為-0.737,不穩(wěn)定系數(shù)為39.41。

2.2 中華蜜蜂ZFP37的信號肽、跨膜結(jié)構(gòu)、糖基化位點、磷酸化位點預(yù)測

中華蜜蜂ZFP37信號肽預(yù)測結(jié)果顯示,其全部氨基酸的S值均在閾值以下,表明其無信號肽區(qū)域(圖1)??缒そY(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果顯示中華蜜蜂ZFP37各氨基酸的預(yù)測值均大于閾值1,說明蛋白全部在膜外,無跨膜結(jié)構(gòu),不屬于膜蛋白(圖2)。

圖1 中蜂ZFP37信號肽結(jié)構(gòu)的預(yù)測Fig.1 Predicted signal peptide of AcerZFP37

圖2 中蜂ZFP37跨膜結(jié)構(gòu)的預(yù)測Fig.2 Predicted transmembrane regions of AcerZFP37

蛋白糖基化位點預(yù)測結(jié)果表明,該蛋白Thr60的O糖基潛力值高于閾值0.5達(dá)到0.756,說明中華蜜蜂ZFP37存在O糖基化位點;N-糖基化位點預(yù)測顯示所有位點潛力值均小于閾值,未預(yù)測到帶相應(yīng)的N糖基化位點(圖3)。蛋白磷酸化位點預(yù)測結(jié)果表明:中華蜜蜂ZFP37存在磷酸化位點,且出現(xiàn)在絲氨酸Ser、蘇氨酸Thr以及酪氨酸Tyr這 3種氨基酸殘基上。包含12個磷酸化位點,分別是Ser20、Thr21、Ser29、Thr39、Thr60、Ser67、Ser68、Tyr69、Ser70、Tyr78、Ser83、Ser107(圖4)。

圖3 中蜂ZFP37糖基化位點的預(yù)測Fig.3 Predicted glycosylation of AcerZFP37

圖4 中蜂ZFP37磷酸化位點的預(yù)測Fig.4 Predicted phosphorylation sites of AcerZFP37

2.3 中華蜜蜂ZFP37蛋白二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)預(yù)測

中華蜜蜂ZFP37蛋白二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測結(jié)果顯示:中華蜜蜂ZFP37的二級結(jié)構(gòu)主要包括3種結(jié)構(gòu):α螺旋、股和環(huán),所占比例分別為8.13%、10.57%和81.3%。而三級結(jié)構(gòu)中主要包括α螺旋和β折疊(圖5)。

圖5 中蜂ZFP37二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)的預(yù)測Fig.5 Predicted secondary and tertiary structure of AcerZFP37注:A,中蜂ZFP37的二級結(jié)構(gòu);B,中蜂ZFP37的三級結(jié)構(gòu)。Note:A,Secondary structure of AcerZFP37;B,Tertiary structure of the AcerZFP37.

2.4 中華蜜蜂ZFP37的進(jìn)化樹分析

根據(jù)NCBI Blast檢索到若干膜翅目昆蟲ZFP37氨基酸序列,并利用MEGA 7.0軟件構(gòu)建包含中蜂在內(nèi)的系統(tǒng)進(jìn)化樹,系統(tǒng)進(jìn)化樹結(jié)果如圖6,結(jié)果顯示:構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹所用的昆蟲聚類主要分為3個分支,第一分支由中華蜜蜂、大蜜蜂Apisdorsata、迴條蜂Habropodalaboriosal、駝切葉蟻Cyphomyrmexcostatus和切葉蟻Acromyrmexechinatior組成,第二分支為小蜜蜂Apisflorea和美洲東部熊蜂Bombusimpatiens,而第三分支則為佛羅里達(dá)弓背蟻Camponotusfloridanus、歐洲熊蜂Bombusterrestris和西方蜜蜂Apismellifera。其中,中華蜜蜂ZFP37序列與大蜜蜂的相似性最高,而與其他膜翅目昆蟲的相似性存在差異,表明其具有較高的變異性。

圖6 不同昆蟲ZFP37氨基酸序列所構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.6 Phylogenetic tree of ZFP37 from different insect species based on amino acid sequences注:中華蜜蜂,Apis cerana cerana,PBC34093.1;西方蜜蜂,Apis mellifera,XP 006562781.1;小蜜蜂,Apis florea,XP 003694613.1;大蜜蜂,Apis dorsata,XP 031367390.1;歐洲熊蜂,Bombus terrestris,XP 012166515.1;美洲東部熊蜂,Bombus impatiens,XP 003492637.1;佛羅里達(dá)弓背蟻,Camponotus floridanus,XP 025268432.1;迴條蜂,Habropoda laboriosal,KOC69890.1;駝切葉蟻,Cyphomyrmex costatus,KYN01212.1;切葉蟻,Acromyrmex echinatior,EGI62930.1。

2.5 不同溫度脅迫對中華蜜蜂ZFP37表達(dá)的影響

中華蜜蜂(20日齡成蜂)暴露于不同溫度下(25℃、30℃、35℃、40℃和45℃)2 h,ZFP37在不同溫度下的mRNA相對表達(dá)量會受高溫脅迫的影響,不同溫度處理間的表達(dá)存在顯著差異(P<0.05),ZFP37的表達(dá)模式,從25℃至45℃間總體上表現(xiàn)出前低后高的趨勢,高溫處理能使ZFP37表達(dá)上調(diào),尤其是45℃處理組。ZFP37在45℃時表達(dá)量最高,且顯著高于其他處理組(P<0.05)。

圖7 中華蜜蜂ZFP37在不同溫度下的mRNA相對表達(dá)量Fig.7 Relative expression levels of ZFP37 mRNA in response to different temperature treatments注:圖中數(shù)據(jù)為平均值±標(biāo)準(zhǔn)誤;柱上不同的字母表示不同溫度處理間差異顯著(P<0.05)。下圖同。Note:Data were mean±SE.Different letters above bars indicated significant difference at the 0.05 level between different temperature treatments.Same below.

2.6 不同脅迫時間對中華蜜蜂ZFP37表達(dá)的影響

中華蜜蜂(20日齡成蜂)暴露于45℃不同處理時間下(0 h、0.5 h、1 h、1.5 h和2 h),ZFP37在不同處理時間下的mRNA相對表達(dá)量會受高溫脅迫時間的影響,不同脅迫時間處理組的表達(dá)存在顯著差異(P<0.05),ZFP37的表達(dá)模式從0 h至2 h間總體上表現(xiàn)出前低后高的趨勢,說明處理時間的延長能使ZFP37表達(dá)上調(diào)。ZFP37在1.5 h表達(dá)水平最高,顯著高于0 h和1 h處理組(P<0.05),0 h表達(dá)量最低,且顯著低于其他處理組(P<0.05)。

圖8 中華蜜蜂 ZFP37在不同脅迫時間下的mRNA相對表達(dá)量Fig.8 Relative expression levels of ZFP37 mRNA in response to different process time

3 結(jié)論與討論

鋅指蛋白作為一類具有鋅指結(jié)構(gòu)的轉(zhuǎn)錄因子在真核生物中分布十分廣泛,在動植物、酵母等真菌中都有發(fā)現(xiàn)(Caoetal.,2016;Yuanetal.,2018)。鋅指蛋白參與生命調(diào)控的方式主要是與DNA、RNA或蛋白質(zhì)進(jìn)行結(jié)合,之后在轉(zhuǎn)錄水平或翻譯水平上對相關(guān)生命活動進(jìn)行調(diào)控。研究發(fā)現(xiàn)鋅指蛋白能夠參與到生物的基因調(diào)控、細(xì)胞分化、胚胎發(fā)育、應(yīng)激反應(yīng)等生命過程(Nakashimaetal.,2002;Jangetal.,2016;Imbeaultetal.,2017)。動植物在環(huán)境壓力脅迫下,其體內(nèi)多個調(diào)控蛋白的基因會表達(dá)增加,進(jìn)而調(diào)控下游效應(yīng)基因,改變機(jī)體的生理代謝并引發(fā)相應(yīng)的應(yīng)激反應(yīng),幫助生物體應(yīng)對環(huán)境脅迫(Hranitzetal.,2010;kerletal.,2010;Liuetal.,2012;Guanetal.,2016)。本研究發(fā)現(xiàn)中華蜜蜂ZFP37無跨膜結(jié)構(gòu)域,不屬于膜蛋白,這一結(jié)果也與其轉(zhuǎn)錄因子的身份相對應(yīng)。通過序列比對發(fā)現(xiàn)中華蜜蜂ZFP37的序列與蜜蜂科昆蟲的相似性最高,而與其他膜翅目昆蟲相似性存在差異,這可能與昆蟲的生活環(huán)境和習(xí)性有關(guān)。

蜜蜂在面對各種環(huán)境脅迫時會作出相應(yīng)的應(yīng)激反應(yīng),其中合成抗逆蛋白是最主要的抗逆方式,常見的抗逆蛋白主要有熱激蛋白和鋅指蛋白等。而研究發(fā)現(xiàn),昆蟲遭受溫度脅迫后,一些抗逆基因的高表達(dá)能提高昆蟲耐受性,在眾多抗逆基因中,熱激蛋白基因家族發(fā)揮著極其重要的作用,在多種應(yīng)激條件下機(jī)體產(chǎn)生的熱激蛋白可以顯著提高生物的耐受性(Huangetal.,2007)。鋅指蛋白的轉(zhuǎn)錄調(diào)控作用在昆蟲響應(yīng)環(huán)境脅迫中發(fā)揮重要作用(Andrewetal.,2006),因此,鋅指蛋白是幫助生物體應(yīng)對各類脅迫的重要抗逆蛋白,在生物體抗逆過程中的調(diào)控作用一直受到研究者的關(guān)注。

本研究結(jié)果表明ZFP37在不同溫度下的表達(dá)模式存在顯著差異,在45℃處理下表達(dá)水平最高,說明高溫能顯著提高ZFP37的表達(dá)水平,中華蜜蜂ZFP37的表達(dá)受高溫脅迫的誘導(dǎo),ZFP37能對高溫脅迫做出快速的響應(yīng)。同樣的,高溫下不同脅迫時間的處理結(jié)果顯示,中華蜜蜂ZFP37的表達(dá)受脅迫時間的誘導(dǎo),長時間的高溫脅迫可以導(dǎo)致ZFP37表達(dá)增加。因此在高溫脅迫下,多個鋅指蛋白基因被激活,其中既有表達(dá)上調(diào)的,也有表達(dá)下調(diào)的,推斷ZFP37的活化可能是蜜蜂調(diào)節(jié)耐受性的一項重要機(jī)制。參考對意大利蜜蜂ApismelliferaligusticaZFP37的研究結(jié)果,發(fā)現(xiàn)兩者ZFP37的氨基酸組成及蛋白各項理化性質(zhì)非常相似,中華蜜蜂和意大利蜜蜂的ZFP37均無信號肽區(qū)域,都屬于無跨膜結(jié)構(gòu)的膜外蛋白,都含有相應(yīng)的O糖基化位點和磷酸化位點,且兩者的二、三級結(jié)構(gòu)也較為相似,這一結(jié)果也與兩者親緣關(guān)系較近這一情況相對應(yīng)。本研究認(rèn)為ZFP37在中華蜜蜂和意大利蜜蜂體內(nèi)的作用是相似的,都可能參與了蜜蜂抗逆過程的代謝調(diào)節(jié)。蜜蜂調(diào)節(jié)耐受性的一項重要機(jī)制鋅指蛋白對蜜蜂的耐熱性具有重要的調(diào)節(jié)作用,但其具體的調(diào)節(jié)機(jī)制仍不清楚,還需要進(jìn)一步的深入研究。

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