郭 靖,袁紅梅
橡膠樹蛋白激酶基因的克隆、蛋白表達純化及酶活分析
郭 靖,袁紅梅*
海南大學熱帶作物學院/海南省熱帶生物資源可持續(xù)利用重點實驗室,海南???570228
橡膠樹是天然橡膠的唯一材料來源。寒害是橡膠樹面臨的主要自然災害之一,嚴重限制了橡膠樹的生長發(fā)育和種植區(qū)域分布,克隆和鑒定橡膠樹低溫應答基因尤為重要。蛋白激酶BIN2(brassinosteroid insensitive 2)是一種絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶,在調控植物應對低溫脅迫中發(fā)揮重要作用,但橡膠樹蛋白激酶HbBIN2還未被克隆與鑒定。本研究從橡膠樹cDNA中成功克隆出,序列分析表明:的開放閱讀框為1143 bp,編碼380個氨基酸,蛋白的分子量為42.9 kDa,理論等電點為8.74,是親水性蛋白且無跨膜結構域。將構建到原核表達載體pET28a上,轉化大腸桿菌BL21(DE3)表達菌株,摸索合適的誘導條件后成功誘導表達出HbBIN2蛋白。比較HbBIN2在不同的誘導溫度(16、28、37℃)、誘導時間(3、6、12 h)和IPTG濃度(0.1、0.3、0.5 mmol/L)下的表達量,結果表明,HbBIN2在37℃,0.3 mmol/L IPTG誘導12 h的表達量最大。對HbBIN2蛋白體外純化條件進行探索,結果表明,100 mmol/L咪唑能將目的蛋白完全洗脫。純化HbBIN2蛋白并進行激酶活性鑒定,結果表明,該蛋白具有激酶活性。該研究為后續(xù)HbBIN2蛋白功能分析和橡膠樹應對低溫脅迫的調控機制研究提供參考,為橡膠樹耐寒品種分子育種提供重要的基因資源。
巴西橡膠樹;低溫脅迫;BIN2;蛋白純化;激酶活性
溫度是影響植物生長發(fā)育、產量以及地理分布的重要環(huán)境因素[1-2]。低溫能夠使細胞結構發(fā)生變化,導致定位在細胞膜上的蛋白不能正常發(fā)揮作用,嚴重時會導致植物死亡[3]。為了抵御低溫脅迫帶來的傷害,在長期自然選擇過程中,植物已經進化出一系列精密且復雜的防御機制來適應低溫脅迫,其中較為著名的是ICE-CBF-COR信號途徑[4]。ICE-CBF-COR轉錄級聯(lián)反應在植物應對低溫脅迫過程中發(fā)揮著至關重要的作用。當遭遇低溫脅迫時,被迅速誘導表達,進而激活下游一系列冷應答基因(cold responsive, COR)的轉錄,增強植物對低溫的耐受能力[4]。除了ICE-CBF-COR信號級聯(lián)反應外,包括油菜素內酯(brassinosteroid)在內的植物激素在調控擬南芥低溫脅迫應答過程中發(fā)揮重要作用[4]。油菜素內酯是一種植物甾體激素,在植物生長、發(fā)育以及應對生物脅迫和非生物脅迫中都發(fā)揮重要作用[4]。外源性施加油菜素內酯類似物EBR,可以降低低溫脅迫下番茄幼苗中基因的表達[5]。糖原合酶激酶GSK3類激酶BIN2(brassinosteroid insensitive 2)是BR(brassinosteroid)信號通路中的重要調控因子,也參與調控植物的生物脅迫和非生物脅迫。有實驗證明在棉花中,GhBIN2(brassinosteroid insensitive 2)與GhJAZ(jasmonate zim-domain)蛋白相互作用,在棉花抗黃萎病中起著負調節(jié)作用[6]。在大豆中,(brassinosteroid insensitive 2)提高了轉基因擬南芥和大豆毛狀根的耐鹽性和抗旱性[7]。同時也有研究表明植物激素BR信號通路中的幾個關鍵因子在植物抵御寒害中起重要作用。例如(brassinosteroid insensitive 1)和能夠正調控CBFs的表達,導致下游基因的上升,進而正調控植物的耐寒性[8-9];此外,通過降低的轉錄活性,導致的表達量下降,使植物對低溫脅迫更敏感[10]。因此,是油菜素內酯信號通路中的關鍵因子,參與調控包括低溫脅迫在內的多種逆境脅迫應答。
目前,雖然植物應對低溫脅迫的分子機制在擬南芥中已經研究得比較透徹,但是橡膠樹如何應對低溫脅迫的分子機理研究仍處于起步階段。橡膠樹是天然橡膠的主要來源,原產地是亞馬遜熱帶雨林。作為典型的熱帶作物,橡膠樹對低溫脅迫非常敏感[11-12]。寒害是我國橡膠樹面臨的主要自然災害之一,嚴重影響橡膠樹的生長發(fā)育和地理分布。因此,研究橡膠樹的抗寒機制,選育抗寒性強的橡膠樹品種顯得尤為重要。橡膠樹應對低溫脅迫的機制研究還十分有限,目前橡膠樹中ICE-CBF信號通路的關鍵基因[13]、[12, 14]已被相繼克隆和鑒定,但橡膠樹中調控ICE-CBF信號通路的關鍵因子還有待深入研究。在擬南芥中,蛋白激酶BIN2能夠調控轉錄因子ICE1的穩(wěn)定性進而負調控植物的耐寒性[10],橡膠樹中的HbBIN2的功能如何尚不清楚。本研究克隆鑒定了橡膠樹中的基因并表達和純化了HbBIN2蛋白,同時分析了HbBIN2蛋白激酶的活性。該研究旨在為后續(xù)HbBIN2蛋白功能分析和橡膠樹應對低溫脅迫應答的調控機制研究提供參考,為橡膠樹耐寒品種育種篩選可靠的基因資源奠定基礎。
橡膠樹組培苗‘熱研7-33-97’購于中國熱帶農業(yè)科學院橡膠研究所。RNA提取試劑盒購于BioTEKE生物技術有限公司,反轉錄試劑盒購于北京天根生化科技有限公司,限制性內切酶購自NEB生物公司,酶、感受態(tài)細胞、蛋白預染Marker購自TRANS公司。質粒小提試劑盒和膠回收試劑盒購于諾唯贊生物科技股份有限公司,BeyoGold? His-tag Purification Resin、Kinase-Lumi?超強型化學發(fā)光法激酶活性檢測試劑盒購于碧云天生物技術公司。pET-28a載體由本實驗室保存。
1.2.1基因擴增與生物信息學分析 以擬南芥數據庫(TAIR)中的AtBIN2蛋白序列為誘餌,在NCBI中用tblastn搜索到橡膠樹中高度同源的基因。提取橡膠樹的總RNA,反轉錄為cDNA,用特異性引物(F: ggatc-cATGGCTGATGATAAG;R: ctcgag-TCATGTCCCAGCCA)擴增。用SeqBuil-der對HbBIN2的序列進行分析。利用在線軟件ProtParam(https://web.expasy.org/protparam)和ProtScale(https://web.expasy.org/protscale)對HbBIN2的理化性質及親疏水性進行分析,利用TMHMM對HbBIN2的跨膜結構域進行分析,并用SWISS-MODEL(https://swissmodel.expasy. org)同源建模HbBIN2蛋白的三級結構。
1.2.2 原核表達載體構建與鑒定 將擴增出的和pET-28a載體用HⅠ和Ⅰ兩種限制性內切酶進行酶切。膠回收酶切產物后用T4連接酶進行連接,并將連接產物轉化到大腸桿菌DH5α。挑取單菌落進行PCR擴增,并將PCR擴增結果為陽性的送測序。將測序正確的重組質粒pET28a-HbBIN2轉化到BL21(DE3)中,并利用菌落PCR驗證。
1.2.3 篩選和優(yōu)化原核表達條件 將重組質粒pET28a-HbBIN2轉化到BL21(DE3)中,將經菌落PCR鑒定為陽性的單克隆菌株轉接到含有Kan抗生素的LB培養(yǎng)基中過夜培養(yǎng)。將過夜培養(yǎng)的菌株按1∶100的比例轉接于LB液體培養(yǎng)基中,37℃搖床培養(yǎng)2~3 h后,測量值。當培養(yǎng)至值為0.6時,取出1 mL未加IPTG的菌液作為空白對照,剩余加入不同濃度的IPTG(0.1、0.3、0.5 mmol/L)進行誘導。在不同的誘導時間(3、6、12 h)及誘導溫度(16、28、37℃)進行取樣。將收集到的菌體用適量非變性裂解液(50 mmol/L NaH2PO4、300 mmol/L NaCl, pH 8.0)進行重懸,將重懸液和SDS上樣緩沖液混勻后高溫變性。每個樣品取20 μL,經SDS-PAGE電泳檢測pET28a-HbBIN2的原核表達情況,以找到最優(yōu)的表達濃度、表達時間及表達溫度。
1.2.4 重組蛋白純化 將IPTG加入到100 mL菌液中至終濃度為0.3 mmol/L,37℃過夜表達。將菌體收集在50 mL離心管中,加入5 mL非變性裂解液重懸,樣品置于冰盒內,超聲破碎15 min(每次超聲波破碎10 s,停止10 s,以防止樣品過熱導致蛋白降解),4℃離心,5000′,10 min。將上清加入平衡好的His-tag Purification Resin中進行蛋白純化,用不同濃度的咪唑(50、100、150 mmol/L)洗脫,收集洗脫液取20 μL進行SDS-PAGE電泳,其余存放至?80℃冰箱。
1.2.5 HbBIN2激酶活性檢測 配制每孔反應液BIN2(5 μL)、激酶反應緩沖液(Tris-HCl 20 mmol/L、pH 7.5,MgCl210 mmol/L,NaCl 100 mmol/L,ATP 25 mmol/L,DTT 1 mmol/L)、激酶檢測試劑(50 μL),共100 μL。對照組為PBS(5 μL)、激酶反應緩沖液(45 μL)、激酶檢測試劑(50 μL)。每個實驗設置3組重復。根據Kinase- Lumi?超強型化學發(fā)光法激酶活性檢測試劑盒說明書制作ATP標準曲線。在0、0.25、0.5、0.75、1、2、4、8、12、24 h分別檢測ATP的剩余量。根據熒光強度得知ATP的剩余量,進而計算出ATP的消耗量。選取反應時間為1 h的熒光強度,根據ATP的標準曲線計算激酶活性。HbBIN2激酶活性(U/L)=(△×100 μL)/(斜率××HbBIN2),△=HbBIN2熒光強度-PBS熒光強度,斜率=ATP標準曲線斜率,=1 h,HbBIN2=5 μL。
利用特異性引物(F: ggatccATGGC-TGATGATAAG;R: ctcgag TCATGTCCC-AGCCA)和高保真酶Prime STARTM,以橡膠樹葉片cDNA為模板進行PCR擴增,瓊脂糖凝膠電泳檢測結果顯示,擴增產物條帶大小約1100 bp(圖1A)。經Sanger測序,擴增產物基因全長為1143 bp,與橡膠樹基因組注釋的序列完全相同。利用SeqBuilder對序列進行分析,編碼380個氨基酸,分子量為42.9 kDa(圖1B)。利用在線軟件ProtParam(https://web. expasy.org/ protparam)對HbBIN2蛋白的理化性質進行分析,發(fā)現HbBIN2理論等電點(pI)為8.74,不穩(wěn)定指數為42.16。利用ProtScale(https://web.expasy.org/ protscale)在線軟件對HbBIN2進行親水性和疏水性分析,結果表明HbBIN2為親水蛋白(圖1C)。利用SWISS-MODEL(https:// swissmodel. expasy. org)在線軟件構建HbBIN2蛋白的三維結構,a-螺旋占總氨基酸數的36.58%、β-折疊占22.9%、無規(guī)則卷曲占40.53%(圖1D)。對蛋白HbBIN2進行跨膜結構分析,發(fā)現該蛋白無跨膜區(qū)(圖1E)。
圖1 HbBIN2的擴增和生物信息學分析
為了研究蛋白激酶HbBIN2的功能,將HbBIN2構建到原核表達載體pET28a上,并將測序正確的重組質粒pET28a-HbBIN2轉化到BL21(DE3)中。利用引物HbBIN2F/HbBIN2R進行菌落PCR檢測,菌落PCR結果所得條帶大小與預期一致(圖2),表明pET28a-HbBIN2成功轉化到BL21(DE3)中,陽性克隆可以用于誘導和純化HbBIN2蛋白。
為了研究HbBIN2在大腸桿菌BL21中的表達條件,本研究設置了不同的誘導溫度、IPTG濃度以及誘導時間進行篩選。溫度篩選結果表明,在IPTG濃度為0.5 mmol/L時,于16、28、37℃誘導9 h均能誘導出目的蛋白,其中在37℃下HbBIN2誘導量最大,表明37℃為最優(yōu)誘導溫度(圖3A)。在最優(yōu)誘導溫度37℃誘導9 h條件下,比較分析了0.1、0.3、0.5 mmol/L 3個IPTG誘導濃度,結果表明,0.3 mmol/L IPTG為最適濃度(圖3B)。將pET28a-HbBIN2菌株在37℃、0.3 mmol/L IPTG濃度下分別誘導3、6、9、12 h,結果表明HbBIN2在12 h誘導表達量最大(圖3C)。綜上,HbBIN2蛋白表達的最優(yōu)條件為37℃,0.3 mmol/L IPTG誘導12 h。SDS-PAGE檢測結果表明,在該條件誘導的HbBIN2蛋白大部分為可溶性蛋白(圖3D)。
M: D2000 plus DNA marker.
M: Protein marker;CK:E. coli BL21(轉化有pET28a-HbBIN2)菌株在IPTG誘導前的全蛋白。
將轉化有pET28a-HbBIN2的BL21(DE3)菌株在37℃、0.3 mmol/L IPTG條件下誘導12 h,收集菌體并進行超聲波破碎,取上清,利用Ni柱進行純化。Wash buffer洗滌后,用50、100、150 mmol/L咪唑進行梯度洗脫。收集洗滌液及洗脫液,取20 μL樣品進行SDS-PAGE檢測。結果表明,50 mmol/L和100 mmol/L咪唑洗脫液(泳道4~5)均能洗脫出目的蛋白HbBIN2, 其中100 mmol/L咪唑將目的蛋白完全洗脫(圖4)。
為了研究HbBIN2的激酶活性,本研究利用激酶活性檢測試劑盒檢測純化的HbBIN2蛋白激酶活性。通過測定ATP的標準曲線,得出標準方程=5954+2122,2=0.9945,為ATP的剩余量。在1 h時,根據1.2.5中的公式算出HbBIN2的激酶活性為1.098 U/L。反應12 h以后,ATP的消耗量趨于平穩(wěn),不再上升,說明HbBIN2的磷酸化狀態(tài)趨于平穩(wěn)(圖5)。
橡膠樹()是典型的熱帶雨林樹種,對低溫非常敏感[11]。低溫顯著限制了橡膠樹的地理分布、生長發(fā)育和膠乳產量[11, 15]。我國是非傳統(tǒng)植膠區(qū),橡膠樹經常遭遇低溫寒害的影響,提高橡膠樹品種的耐寒性具有重要意義。由于橡膠樹全基因組測序相對較晚,并且橡膠樹轉基因技術還不成熟,橡膠樹應對低溫冷脅迫的分子機制研究還處于起步階段,嚴重阻礙了利用分子生物學手段提高橡膠樹冷耐受性的研究??寺『丸b定橡膠樹低溫應答過程中的關鍵基因及闡明其調控橡膠樹應對低溫脅迫的機制對橡膠樹耐寒品種的選育具有重要意義。為了抵御低溫脅迫帶來的傷害,在長期自然選擇過程中,植物已經進化出一系列精密且復雜的防御機制來適應低溫脅迫,其中研究最為廣泛的是ICE-CBF低溫應答信號途徑[3, 16]。最近研究表明植物激素油菜素內酯(BR)能協(xié)調ICE/CBF冷信號通路調控植物耐冷性[3, 17]。例如,BR信號中的轉錄因子BZRⅠ/ BESⅠ和可以激活CBFs和下游基因的表達進而調控植物低溫耐受性。此外,BR信號通路中的關鍵激酶BIN2可以通過磷酸化BZRⅠ/BESⅠ,降低和基因的表達,導致植物的耐寒性降低[8]。進一步研究表明,擬南芥的BIN2還能夠磷酸化ICE1,從而導致抑制下游的表達負調控植物低溫耐受性[10]。以上研究表明擬南芥中BIN2是調控植物低溫應答的關鍵基因,但橡膠樹中的基因還未被克隆與鑒定。本研究成功克隆出,其開放閱讀框為1143 bp,編碼380個氨基酸。
M:Protein marker;1:經IPTG誘導的細菌裂解液結合鎳柱后的穿流液;2~3:Wash buffer洗脫雜蛋白的流出液;4~6:50、100、150 mmol/L咪唑洗脫液。
圖5 HbBIN2自身磷酸化動力學曲線
蛋白質的磷酸化修飾是調控植物低溫脅迫應答的重要蛋白質翻譯后修飾調控方式。ABA信號通路中關鍵蛋白激酶OST1(open stomata 1),是第一個被證明能夠磷酸化ICE1蛋白的激酶,正調控擬南芥抵御低溫脅迫的能力[18]。在水稻中,OsMPK3可以增強OsICE1蛋白的穩(wěn)定性和轉錄活性[19]。與此相反的是,擬南芥中的3個蛋白激酶MPK3、MPK6和GSK3-like BIN2通過磷酸化ICE1,降低ICE1蛋白的穩(wěn)定性及其與下游靶標的結合能力,負調控擬南芥的耐寒能力[10, 20-21]。本研究在.BL21(DE3)菌株中成功誘導表達和純化HbBIN2蛋白。在研究蛋白質磷酸化修飾的實驗中,需要利用標簽將目的蛋白純化出來,因此經常會將目的蛋白與標簽融合。標簽的帶電荷情況、大小、親水性等是影響目的蛋白可溶性表達的重要因素。本研究采用的是His蛋白標簽,研究表明使用His蛋白標簽后,HbBIN2在上清和沉淀中均有表達,且在上清中的表達量比沉淀中多。在純化HbBIN2蛋白的過程中,增加融合蛋白與鎳柱基質低溫結合時間,可提高His標簽蛋白與鎳柱的結合效率。在wash buffer中添加2 mmol/L咪唑,可提高目的蛋白純度。激酶活性實驗證明所純化的HbBIN2蛋白具有激酶活性,并且本課題組未發(fā)表數據證明HbBIN2可以和橡膠樹低溫應答途徑中的關鍵蛋白相互作用,暗示HbBIN2可能通過磷酸化該蛋白來調控橡膠樹的耐寒性。我們將利用Phos-tag gel電泳-免疫印跡結合的蛋白質磷酸化分析方法做進一步的驗證。
激酶調控自身活性的最普遍方式之一就是自身磷酸化。有報道表明,擬南芥中的AtBIN2能夠磷酸化自身的Y200位點來改變自身的激酶活性[22]。Y200位點自身磷酸化后能夠導致蛋白激酶BIN2活化,使其能夠磷酸化特異性底物[23]。但融合蛋白的標簽、蛋白的穩(wěn)定性等都可能影響激酶活性。本研究表明,HbBIN2蛋白具有自身磷酸化的激酶活性,His標簽并不影響B(tài)IN2的激酶活性,為進一步研究其磷酸化位點和功能,探究BIN2在橡膠樹抗寒中的分子機理奠定基礎,為橡膠樹耐寒品種育種提供可靠的基因資源。
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Cloning, Expression, Purification and Enzyme Activity Analysis of Protein Kinase HbBIN2 from
GUO Jing, YUAN Hongmei*
College of Tropical Crops, Hainan University / Hainan Key Laboratory for Sustainable Utilization of Tropical Bioresource, Haikou, Hainan 570228, China
Rubber tree (Muell. Arg) is the exclusive commercial source of natural rubber because of its high productivity and superior product quality. Low temperature is a major abiotic stress that disadvantageously affect rubber tree growth and development, and ultimately limit ecological distribution. However, the underlying mechanisms ofcold stress response remain elusive. Identifying cold response genes in rubber tree and understanding the mechanisms regulating cold stress is of great potential value. BIN2 (Brassinosteroid Insensitive 2), a serine/threonine protein kinase, plays an important role in plant responses to cold stress, but HbBIN2 inhas not been cloned and characterized. In this study,gene was successfully cloned from. The open reading frame ofincluded 1143 nucleotides and encoded 380 amino acids, with predicted molecular mass of 42.9 kDa. The theoretical isoelectric point (pI) of HbBIN2 was 8.74. HbBIN2 was a hydrophilic protein, which had no transmembrane domain. The full-length CDS ofwas inserted into the polyclone sites betweenHⅠ andⅠ of the prokaryotic expression vector pET-28a for generating the recombinant plasmid pET28a-HbBIN2. The recombinant plasmid pET28a-HbBIN2 was transformed intoBL211 (DE3) strain to induceHbBIN2 protein expression. By comparing the expression levels of HbBIN2 at different induction temperatures (16, 28, 37℃), induction time (3, 6, 12 h) and IPTG concentration (0.1, 0.3, 0.5 mmol/L), The results demonstrated that the optimal induction expression condition of HbBIN2 was at 37℃ for 12 h with 0.3 mmol/L IPTG. In addition, the purification conditions of HbBIN2 proteinwere then explored, and the optimal concentration of imidazole for purifying HbBIN2 was 100 mmol/L. The kinase activity assay demonstrated that the purified HbBIN2 had kinase activity i. This study would lay a foundation for further research on the functional analysis of HbBIN2 protein and the regulatory mechanism ofcold stress response, and provide elite gene resource forrubber tree breeding for cold resistance.
;low temperature stress; BIN2; protein purification; kinase activity
S794.1
A
10.3969/j.issn.1000-2561.2022.10.001
2022-01-28;
2022-02-28
國家自然科學基金項目(No. 31870245);海南省自然科學基金項目(No. 321RC478)。
郭 靖(1995—),女,碩士研究生,研究方向:作物遺傳育種。*通信作者(Corresponding author):袁紅梅(YUAN Hongmei),E-mail:yuanhongmei@hainanu.edu.cn。