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乙肝病毒全S蛋白反式激活蛋白1相互作用蛋白的篩選和驗證①

2022-11-15 09:03:04林麗華吳秀珍馬菲菲黃紹娥卓德祥
中國免疫學(xué)雜志 2022年17期
關(guān)鍵詞:誘餌文庫膀胱癌

林麗華 錢 鋒 吳秀珍 馬菲菲 黃紹娥 卓德祥

(福建醫(yī)科大學(xué)附屬三明第一醫(yī)院檢驗科,三明 365000)

膀胱癌是泌尿系統(tǒng)中最常見的惡性腫瘤,近年來其發(fā)病率呈上升趨勢。根據(jù)不同的臨床表現(xiàn)和分子表達譜改變,膀胱癌可以分為兩大類,非肌肉浸潤性和肌肉浸潤性,其中75%~80%是非肌肉侵襲性膀胱癌,復(fù)發(fā)率高達50%~70%[1]。目前臨床上主要采用根治性膀胱切除術(shù)、保留膀胱的經(jīng)尿道切除術(shù)、化學(xué)療法和放射療法治療膀胱癌,但轉(zhuǎn)移性膀胱癌的預(yù)后仍不理想。因此,有必要進一步深入了解膀胱癌發(fā)生、發(fā)展相關(guān)的分子機制,以期為膀胱癌的診斷和治療提供新的思路和靶點。

乙肝病毒全S蛋白反式激活蛋白1(complete S transactivated protein 1,CSTP1)是近年發(fā)現(xiàn)的一個蛋白磷酸酶,其表達在膀胱癌組織中明顯降低。先前研究結(jié)果顯示,膀胱癌細(xì)胞中CSTP1過表達可以使Akt激酶第473位絲氨酸殘基去磷酸化而失活,導(dǎo)致下游Foxo3A轉(zhuǎn)錄因子活化,活化后的Foxo3A轉(zhuǎn)入細(xì)胞核,結(jié)合至IL-6基因啟動子并抑制其表達,抑制腫瘤細(xì)胞增殖、促進細(xì)胞凋亡,進而抑制裸鼠體內(nèi)腫瘤生長[2-3]。

為進一步了解CSTP1在腫瘤中的生物學(xué)功能,采用酵母雙雜交實驗篩選真核細(xì)胞中能與CSTP1相互結(jié)合的蛋白,從其可能的作用靶標(biāo)入手,探討其在腫瘤發(fā)生發(fā)展過程中的作用。

1 材料與方法

1.1 材料DNA聚合酶購自Thermo Fisher公司;人白細(xì)胞cDNA文庫、淋巴組織cDNA文庫、人胎肝cDNA文庫、人胎腦cDNA文庫、人腎cDNA文庫、人脾cDNA文庫、酵母雙雜交試劑盒、酵母轉(zhuǎn)化試劑盒、酵母質(zhì)粒提取試劑盒購自上海睿星基因技術(shù)有限公司。

1.2 方法

1.2.1 誘餌質(zhì)粒構(gòu)建PCR擴增得到CSTP1基因編碼區(qū)片段,引物序列分別為F:5'-TGACTGTATCGCCGGCCAATCCGGCCATGTCGGCTGCAGAGGCGGGGGGTGTTT-3';R:5'-GCGGCCGCTGCAGGGCCTCTAAGGCCTCATTTTTTCTTGATCAAATCCATG-3'。PCR產(chǎn)物膠回收酶切后連接入pGBKT7空載體得到誘餌質(zhì)粒pGBKT7-CSTP1。真核表達質(zhì)粒pcDNA3.1-3×Flag-CSTP1、pcDNA3.1-HA-RanBP9和pcDNA3.1-HA-PSMD7由湖南豐暉生物科技有限公司構(gòu)建。

1.2.2 誘餌質(zhì)粒毒性檢測將pGBKT7-CSTP1和pGBKT7質(zhì)粒分別轉(zhuǎn)化Y2HGold菌,涂布SD/-Trp平板,觀察酵母菌落生長情況;4 d后挑取菌落接種至5 ml SD/-Trp液體培養(yǎng)基,振蕩培養(yǎng),分光光度計檢測OD600值,每5 h檢測1次,共進行6次檢測。

1.2.3 誘餌質(zhì)粒自激活檢測將pGBKT7-CSTP1誘餌質(zhì)粒 和pGADT7(AD空載體)轉(zhuǎn)化Y2HGold菌,涂 布SD/-leu-Trp和SD/-leu-Trp-his-ade+ABA+X-a-gal平板,30℃培養(yǎng)箱倒置培養(yǎng);同時設(shè)pGBKT7-53和pGADT7-T為 陽性對照組,pGBKT7-Lam和PGADT7-T為陰性對照組,并將菌液涂布SD/-leu-Trp和SD/-leu-Trp-his-ade+ABA+X-a-gal平板,30℃倒置培養(yǎng)。

1.2.4 酵母雙雜交挑取5個Y2HGold酵母菌(pGBKT7-CSTP1)于1 ml SD/-Trp液體培養(yǎng)基,混勻后轉(zhuǎn)入150 ml SD/-Trp培養(yǎng)基,振蕩培養(yǎng)至OD600=1.2(約20 h),將培養(yǎng)液轉(zhuǎn)入YPDA中混勻,振蕩培養(yǎng)5 h,低速離心收集菌體。離心收集的菌液用500 ml雙蒸水洗滌1次,低速離心收集菌體。30 ml 1×TE/LiAC洗滌菌體,低速離心收集菌體。1×TE/LiAc重懸菌體,加入350μg混合cDNA文庫質(zhì)粒和已經(jīng)預(yù)變性的Carrier DNA,輕輕混勻。加1×TE/LiAc/PEG,劇烈渦旋混勻。30℃,45 min,每15 min混勻1次。加DMSO,輕輕混勻。42℃熱激20 min,每10 min混勻1次。冰浴5 min后低速離心收集菌體。加入1 000 ml YPDA,30℃振蕩培養(yǎng)60 min,低速離心收集菌體。加入3 ml 0.9%NaCl重懸菌體。將菌液涂布于15 cm SD/-leu-Trp-his-ade+ABA+X-a-gal平板上(200μl/塊)。第5天起觀察菌落生長。

1.2.5 陽性克隆驗證挑取陽性克隆擴菌抽提酵母質(zhì)粒(含誘餌質(zhì)粒和獵物質(zhì)粒),轉(zhuǎn)化DH5α感受態(tài)菌,涂布含氨芐青霉素的LB板,陽性克隆用LB液體培養(yǎng)基(Ampr)擴菌,提取質(zhì)粒,部分用于測序,部分與誘餌質(zhì)粒共轉(zhuǎn)化Y190酵母菌,菌液涂布SD/-Trp/-Leu平板,同時 設(shè) 置PGBKT7-53和pGADT7-T共轉(zhuǎn)為陽性對照及pGBKT7-Lam和pGADT7-T共轉(zhuǎn)為陰性對照。30℃培養(yǎng)。待菌落長至2 mm后進行β-半乳糖苷酶顯色實驗。

1.2.6 免疫共沉淀CSTP1、RanBP9和PSMD7基因開放閱讀區(qū)克隆真核表達質(zhì)粒載體,得到pcDNA3.1-CSTP1(3×Flag標(biāo) 簽)、pcDNA3.1-RanBP9(HA標(biāo)簽)和pcDNA3.1-PSMD7(HA標(biāo)簽)表達質(zhì)粒。將真核表達質(zhì)粒pcDNA3.1-3×Flag-CSTP1分別和pcDNA3.1-HA-RanBP9或pcDNA3.1-HA-PSMD7共轉(zhuǎn)膀胱癌EJ和RT4細(xì)胞;24 h后收集細(xì)胞于1.5 ml離心管,加預(yù)冷RIPA裂解液,冰上靜置裂解15 min;4℃,14 000 r/min離心15 min;留取30μl細(xì)胞裂解液作陽性對照,轉(zhuǎn)移其余上清到新的離心管;加沉淀抗體到上清液中,4℃緩慢搖動過夜;加Protein A瓊脂糖珠,4℃緩慢搖動過夜;14 000 r/min離心5 s后收集沉淀物,用預(yù)冷磷酸緩沖液清洗3次,2×上樣緩沖液將重懸沉淀物,煮沸變性5 min;anti-HA抗體蛋白印跡檢測。

2 結(jié)果

2.1 構(gòu)建誘餌質(zhì)粒用特異性引物從混合文庫中擴增目的基因編碼區(qū)片段,擴增產(chǎn)物用瓊脂糖電泳鑒定(圖1A),膠回收后克隆入空載體pGBKT7。挑取3個陽性克隆進行酶切鑒定(圖1B)和測序分析,3個克隆測序全部測通,在核苷酸722 bp位置均有1個相同的有義突變,核酸A-G,氨基酸lys-arg,判斷為物種本來的原始序列,成功將CSTP1裝入酵母表達載體中,可以進行下游蛋白質(zhì)篩選實驗。

圖1 誘餌質(zhì)粒構(gòu)建Fig.1 Construction of bait plasmids

2.2 誘餌質(zhì)粒毒性檢測將誘餌質(zhì)粒pGBKT7-CSTP1與pGBKT7轉(zhuǎn)入Y2HGold酵母菌,涂布SD/-Trp平板,觀察酵母菌生長狀態(tài),結(jié)果顯示,與轉(zhuǎn)化pGBKT7質(zhì)粒的酵母菌相比,表達誘餌蛋白的酵母生長狀態(tài)、數(shù)量和大小基本一致。5 d后挑取單克隆酵母菌落接種至SD/-Trp液體培養(yǎng)基,振蕩培養(yǎng),分光光度計每6 h檢測OD600nm值,含誘餌質(zhì)粒pGBKT7-CSTP1的酵母與含空載體的對照酵母生長無顯著差別(圖2)。結(jié)果表明誘餌質(zhì)粒表達的蛋白對酵母菌沒有毒性。

圖2 轉(zhuǎn)染了誘餌質(zhì)粒和空載體的酵母細(xì)胞的生長曲線圖Fig.2 Growth curves of yeast transformed with bait plasmids and empty vectors respectively

2.3 誘餌質(zhì)粒自激活檢測為檢測誘餌質(zhì)粒pGBKT7-CSTP1在酵母菌內(nèi)是否具有自激活活性,將pGBKT7-CSTP1質(zhì)粒和pGADT7空載質(zhì)粒轉(zhuǎn)化Y2HGold酵母菌,轉(zhuǎn)化后的酵母菌涂布平板,觀察菌落在選擇性固體培養(yǎng)基上的生長情況。如圖3所示,陽性對照的酵母菌落在SD/-leu-Trp和SD/-leu-Trp-his-ade+ABA+X-a-gal兩種培養(yǎng)基上均能正常生長,但在后者培養(yǎng)基上菌落顏色變藍;陰性對照在SD/-leu-Trp培養(yǎng)基上能正常生長,但在后者培養(yǎng)基上不能生長;含有誘餌蛋白的酵母能在SD/-leu-Trp培養(yǎng)基上正常生長,而無法在SD/-leu-Trp-his-ade+ABA+X-a-gal培養(yǎng)基上生長,提示基因PGB-CSTP1轉(zhuǎn)入Y2HGold酵母菌后不能自激活酵母細(xì)胞攜帶的報告基因,該蛋白不存在自激活現(xiàn)象,可以進行下游篩選實驗。

圖3 誘餌質(zhì)粒自激活檢測Fig.3 Autoactivation detection of bait plasmids

2.4 酵母雙雜交及陽性克隆測序分析 為篩選CSTP1相互作用蛋白,將6個人cDNA混合文庫質(zhì)粒轉(zhuǎn)化表達誘餌蛋白的Y2HGold宿主菌,轉(zhuǎn)化后的酵母菌涂布于選擇性培養(yǎng)基,觀察培養(yǎng)基上菌落的生長情況。如圖4,固體培養(yǎng)基上有7個酵母克隆生長,從7個陽性克隆抽提質(zhì)粒轉(zhuǎn)化感受態(tài)細(xì)菌后涂布LB(ampr)平板,挑取陽性克隆擴增細(xì)菌質(zhì)粒用于測序,得到2個宿主蛋白,分別是RAN結(jié)合蛋白9(RAN binding protein 9,RANBP9)及蛋白酶體26S非ATP酶調(diào)節(jié)亞基7(proteasome 26S subunit,non-ATPase 7,PSMD7)。

圖4 酵母雙雜交篩選CSTP1相互作用蛋白Fig.4 Screening of proteins interacting with CSTP1 by yeast two-hybrid assay

2.5 酵母雙雜交系統(tǒng)驗證蛋白相互作用為驗證2種獵物質(zhì)粒所表達的蛋白和CSTP1在酵母菌中相互作用,將獵物質(zhì)粒pGADT7-RANBP9和pGADT7-PSMD7分別和誘餌質(zhì)粒pGBKT7-CSTP1共轉(zhuǎn)化酵母菌Y190。菌落β-半乳糖苷酶顯色實驗顯示,陰性對照組β-半乳糖苷酶顯色實驗不顯色,而陽性對照組β-半乳糖苷酶顯色實驗顯藍色,同時pGADT7-RANBP9和pGADT7-PSMD7實驗組分別在1 h和3 h內(nèi)快速顯示藍色(圖5),結(jié)果提示,誘餌蛋白CSTP1和獵物蛋白RANBP9、PSMD7在Y190酵母菌中能夠發(fā)生較強的相互作用,激活酵母菌Y190 LacZ報告基因。

圖5 共轉(zhuǎn)化驗證誘餌蛋白和獵物蛋白相互作用Fig.5 Co-transformation of bait and prey plasmids to verify protein interaction

2.6 膀胱癌細(xì)胞內(nèi)驗證蛋白相互作用將pcDNA3.1-CSTP1質(zhì)粒分別和pcDNA3.1-RanBP9或pcDNA3.1-PSMD7質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染膀胱癌EJ細(xì)胞和RT4細(xì)胞,免疫共沉淀檢測CSTP1是否和RanBP9或PSMD7蛋白相互作用。如圖6結(jié)果顯示,在用Flag抗體共沉淀得到的復(fù)合物中能檢測到攜帶HA標(biāo)簽的RanBP9和PSMD7蛋白。

圖6 免疫共沉淀CSTP1和RanBP9或PSMD7Fig.6 Coimmunoprecipitation between CSTP1 and Ran-BP9 or PSMD7

3 討論

蛋白質(zhì)磷酸化與去磷酸化是重要的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)分子活性調(diào)節(jié)機制之一,廣泛參與腫瘤的發(fā)生、發(fā)展和轉(zhuǎn)移。目前至少已經(jīng)發(fā)現(xiàn)500多種蛋白激酶,如Akt、Ras、BRAF、PIM-1等,并且對其在腫瘤發(fā)生發(fā)展過程中的作用已經(jīng)有較深入的研究,但關(guān)于蛋白磷酸酶的研究則相對較少[4-7]。研究顯示,蛋白磷酸酶往往具有腫瘤抑制基因的特性,如PTEN,PP2A等[8-9]。先前研究結(jié)果證實CSTP1是一新的蛋白磷酸酶,并發(fā)現(xiàn)Akt激酶是其下游底物之一,為進一步探討CSTP1在腫瘤發(fā)生發(fā)展過程中的作用,本研究采用酵母雙雜交方法篩選并驗證與CSTP1相互作用的蛋白,以期通過與其相互作用蛋白的功能線索來深入研究CSTP1的功能。

本研究中,首先在人正常組織cDNA文庫中用PCR方法調(diào)取CSTP1基因序列,測序發(fā)現(xiàn)3個克隆在核苷酸722 bp位置均存在相同的一個有義突變,腺嘌呤(A)突變成鳥嘌呤(G),最終導(dǎo)致編碼的氨基酸從賴氨酸突變成精氨酸,判斷為物種本來的原始序列。以調(diào)取的CSTP1基因序列構(gòu)建pGBKT7-CSTP1誘餌質(zhì)粒,細(xì)胞生長毒性試驗和自激活實驗證實誘餌質(zhì)粒對酵母細(xì)胞的生長不存在毒性,且誘餌質(zhì)粒本身不能自激活酵母細(xì)胞攜帶的報告基因,說明CSTP1蛋白不存在自激活現(xiàn)象。用轉(zhuǎn)化法酵母雙雜交實驗篩選人白細(xì)胞、淋巴組織、人胎肝、人胎腦、人腎組織、人脾組織cDNA混合文庫,得到7個陽性酵母克隆,經(jīng)測序分析得到2條基因序列分別為RANBP9和PSMD7。免疫共沉淀實驗進一步證實在哺乳動物細(xì)胞內(nèi)CSTP1能和RANBP9或PSMD7相互作用。

RANBP9最初是作為RAN的結(jié)合蛋白而發(fā)現(xiàn)的,參與微管成核現(xiàn)象,并因此而命名為RANBPM[10]。研究表明RANBP9參與結(jié)直腸癌、胃癌、骨肉瘤、肺癌和乳腺癌的發(fā)生發(fā)展,但其具體的分子機制尚未明確[11-16]。PSMD7是JAMM家族的去泛素化酶,位于19S蛋白酶體蓋子亞復(fù)合體的核心部位[17]。PSMD7是否參與腫瘤的發(fā)生、發(fā)展目前尚不清楚,但已有報道其在食管鱗癌細(xì)胞EC9706和Eca109中呈高表達,并且敲除PSMD7表達抑制腫瘤細(xì)胞增殖,促進細(xì)胞凋亡,提示其可能參與了食管癌的發(fā)生、發(fā)展[18]。綜上,通過酵母雙雜交技術(shù)篩選并鑒定2個CSTP1相互作用蛋白,分別是RANBP9和PSMD7,為研究CSTP1在腫瘤發(fā)生發(fā)展過程中的作用提供了下一步的研究思路。

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