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9 株綿羊肺炎支原體內(nèi)蒙古分離株P(guān)113 基因克隆及蛋白序列分析

2022-12-19 01:43戴伶俐張月梅達來寶力格李曉艷王根云趙世華
畜牧與飼料科學 2022年6期
關(guān)鍵詞:支原體基因組內(nèi)蒙古

戴伶俐,王 娜,白 帆,張 帆,宋 越,張月梅,達來寶力格,李曉艷,王根云,趙世華

(1. 內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)科學院, 內(nèi)蒙古 呼和浩特 010031;2. 呼和浩特市動物疫病防控中心, 內(nèi)蒙古 呼和浩特010020)

綿羊肺炎支原體(Mycoplasma ovipneumoniae,MO)是重要的羊呼吸道病原體,能引起綿羊和山羊非典型性肺炎。 患病羊只出現(xiàn)不同程度的臨床癥狀,主要表現(xiàn)為咳嗽、流鼻涕、漸進性消瘦、腹瀉和滲出性間質(zhì)性肺炎[1],給養(yǎng)羊產(chǎn)業(yè)造成巨大的經(jīng)濟損失。MO 在我國廣泛存在,主要集中在肉羊、奶羊主產(chǎn)區(qū),如內(nèi)蒙古、新疆、甘肅、四川等地[2]。羊只一旦感染MO,即便未出現(xiàn)明顯的臨床癥狀和肺部病變, 也會嚴重影響生產(chǎn)性能, 如日增重下降、胴體質(zhì)量降低等[3]。 應(yīng)用抗生素治療并不能降低MO 在羊體內(nèi)的定植率[4],通過抗生素治療無法達到有效的治療效果, 患病羊只常常出現(xiàn)反復發(fā)病的情況。 非典型性肺炎是影響?zhàn)B羊業(yè)健康發(fā)展的重要呼吸道疫病[5-6],因此,急需開發(fā)高效的診斷方法和疫苗產(chǎn)品,用于該病的有效防控。目前對于MO 的重要功能蛋白研究較少, 嚴重影響了其分子致病機制的研究以及防控技術(shù)的開發(fā)。

肺炎支原體入侵宿主造成感染的第1 步是黏附,因此,確定支原體黏附因子是防治感染的有效途徑。 P97 蛋白是豬肺炎支原體的黏附因子,介導豬肺炎支原體與呼吸道纖毛黏附[7],是重要的毒力因子[8]。 根據(jù)生物信息學分析結(jié)果推測MO 的P113 蛋白與豬肺炎支原體黏附蛋白P97 直系同源,可能與MO 的黏附相關(guān)[9]。P113 蛋白C 末端具有良好的免疫原性[10],且含有與P97 蛋白類似的重復序列。 楊發(fā)龍等[11]對MO 的P113 蛋白C末端重復區(qū)域進行原核表達, 證明該區(qū)域具有良好的免疫原性。 根據(jù)序列及結(jié)構(gòu)分析推測,P113 蛋白可能是MO 的黏附因子, 是潛在的毒力因子,因此,對該蛋白進行深入分析有利于進一步驗證其生物學功能。 該研究對9 株MO 內(nèi)蒙古分離株P(guān)113 基因序列進行擴增測序,分析P113 蛋白C 末端序列重復區(qū)域在不同菌株之間的變化情況, 為研究MO 黏附因子分子機制提供參考。

1 材料與方法

1.1 試驗材料

1.1.1 MO 菌株

MO 內(nèi)蒙古分離株9 株,由內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)科學院獸醫(yī)研究所分離、 鑒定, 菌株信息見表1。MO 標準株Y98,由內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)科學院獸醫(yī)研究所保存。

表1 MO 內(nèi)蒙古分離株信息

1.1.2 主要試劑

支原體培養(yǎng)基, 青島海博生物技術(shù)有限公司產(chǎn)品;馬血清,北京索萊寶科技有限公司產(chǎn)品;細菌基因組DNA 提取試劑盒,天根生化科技(北京)有限公司產(chǎn)品;2×高保真PCR Mix 預(yù)混液、氨芐西林、瓊脂糖、PCR 產(chǎn)物膠回收試劑盒,購自生工生物工程(上海)股份有限公司。

1.1.3 主要儀器設(shè)備

恒溫搖床(THZ-98AB,上海一恒科學儀器有限公司),PCR 儀(Verit,ABI 公司),凝膠成像系統(tǒng)(Universal HoodⅡ,Bio-Rad 公司), 電泳儀(DYCP-31DN,北京六一生物科技有限公司),生物安全柜(AirstreamRA2,Esco 公司)。

1.2 試驗方法

1.2.1 MO 培養(yǎng)及基因組DNA 提取

按照支原體培養(yǎng)基說明書配制培養(yǎng)基, 按照1∶10 比例接種MO 菌液, 在37 ℃、150 r/min 恒溫搖床培養(yǎng)箱中連續(xù)培養(yǎng)至培養(yǎng)基顏色變?yōu)槌赛S色;收集培養(yǎng)產(chǎn)物,4 ℃、13 000 r/min 離心20 min,棄盡上清液, 菌體沉淀用于提取基因組DNA,操作過程按照細菌基因組DNA 提取試劑盒說明書。獲得的各菌株基因組DNA 保存于-20 ℃,備用。

1.2.2 P113 基因克隆與測序

根據(jù)GenBank 公布的支原體GZ-QX1 株P(guān)113 基因序列 (GenBank 登錄號:KR270152.1),使用Oligo 7.37 軟件設(shè)計P113 基因片段擴增引物,上游引物P113-F:5′-CGCGGATCCGCGGCAAA ACAAGATTACTAT-3′;下游引物P113-R:5′-CCGG AATTCCGGTTATTCAAACTCTTTTAG-3′。

以各MO 菌株基因組DNA 為模板, 擴增P113 基因片段。 PCR 反應(yīng)體系:2×高保真PCR Mix 預(yù) 混 液25 μL,P113-F (10 μmol/L)1 μL,P113-R(10 μmol/L)1 μL,基因組DNA 模板1 μL,用無菌無酶水補至50 μL。 PCR 擴增條件為:95℃預(yù)變性5 min;95 ℃變性30 s,55 ℃退火30 s,72 ℃延伸80 s,30 個循環(huán);72 ℃最終延伸10 min;4 ℃保溫。 PCR 陽性對照模板為MO Y98 株基因組DNA,陰性對照模板為超純水。PCR 產(chǎn)物經(jīng)過1%瓊脂糖凝膠電泳, 切下目的片段凝膠塊,用PCR 產(chǎn)物膠回收試劑盒回收目的片段, 純化PCR 產(chǎn)物送生工生物工程(上海)股份有限公司測序。

1.2.3 P113 蛋白序列分析

測序獲得的各菌株P(guān)113 基因序列用NCBI 在線BLSAT 軟件進行初步序列比對。 從NCBI 下 載3 株MO 菌 株ATCC 29419 (Gen-Bank 登錄號:KR021380.1)、GZ-QX1(GenBank登 錄 號:KR270152.1)、NCTC 10151 (GenBank登錄號:LR215028.1)的P113 基因DNA 序列,采用DNASTAR 和MEGA 7.0 軟件將各菌株P(guān)113 基因序列翻譯為氨基酸序列并分析其進化關(guān)系。

2 結(jié)果與分析

2.1 P113 基因片段擴增結(jié)果

以不同MO 分離株基因組DNA 為模板擴增P113 基因片段, 各菌株擴增產(chǎn)物大小不完全一致,片段長度介于1 100~1 300 bp(見圖1),提示P113 基因具有一定的多樣性。

圖1 MO 不同分離株P(guān)113 基因片段PCR 擴增結(jié)果

2.2 P113 蛋白序列比對結(jié)果

將測序獲得的不同菌株P(guān)113 基因片段序列翻譯為氨基酸序列進行比對,與NCBI 下載的3 株MO 菌 株ATCC 29419、GZ-QX1、NCTC 10151 的P113 蛋白序列相比,9 株MO 內(nèi)蒙古分離株P(guān)113蛋白序列存在缺失或者插入。 缺失或者插入的序列存在一定的規(guī)律,P113 蛋白序列內(nèi)部存在重復序列,以KKAEGA(S)QNQG 為主要重復序列單元(見圖2)。

圖2 截短P113 蛋白序列比對結(jié)果

不同菌株包含的KKAEGA (S)QNQG 重復序列單元數(shù)量不完全相同。 從NCBI 下載的3 株MO菌株P(guān)113 蛋白序列中, 該重復序列單元含有10個;MO 內(nèi)蒙古分離株NM01-MO、CK-MO、NM03-MO、DMQ-ZM-MO 所含重復序列單元數(shù)量均高于10 個, 其余分離株所含重復序列單元數(shù)量較少,出現(xiàn)序列缺失(見表2)。

表2 MO 內(nèi)蒙古分離株及參考菌株P(guān)113蛋白C 末端氨基酸重復序列單元數(shù)量 單位:個

2.3 P113 蛋白序列進化樹分析

MO 不同分離株P(guān)113 蛋白序列進化樹分析結(jié)果表明,ATCC 29419、GZ-QX1 和NCTC 10151的遺傳距離最近,內(nèi)蒙古分離株DMQ-ZM-MO 和LK-MO 與前述3 株菌的遺傳距離最近,同屬一個分支;D00188-MO、SZW03-MO 和DMQ-BT-MO與其他菌株遺傳距離較遠(見圖3)。

圖3 截短P113 蛋白序列遺傳進化樹

3 討論

黏附蛋白是支原體侵害宿主機體的關(guān)鍵毒力因子之一[12]。 目前已有MO 分子致病機制相關(guān)研究[13-16],但通過探究MO 關(guān)鍵蛋白功能來解析其分子致病機制方面的研究還十分有限。

由于MO 的P113 蛋白與豬支原體黏附因子P97 蛋白存在較高的同源性, 且C 末端都具有重復序列,因此,推測P113 蛋白是MO 潛在的黏附因子,但是目前缺少其直接影響MO 黏附作用的證據(jù)。已有研究證明MO 的P113 蛋白具有良好的免疫原性,具有開發(fā)為亞單位疫苗的潛力[10,17]。 由于P113部分基因序列較為保守,屬于MO 特異性序列,研究者們已經(jīng)據(jù)此研發(fā)相應(yīng)的檢測方法,例如:制備P113 蛋白單克隆抗體,用于MO 間接免疫熒光檢測和血清抗體檢測[18];建立基于P113 基因的常規(guī)PCR 檢測方法和熒光定量PCR 檢測方法[19-20]。

該研究通過對2017—2022 年在內(nèi)蒙古地區(qū)分離的MO 菌株P(guān)113 基因片段克隆測序,發(fā)現(xiàn)不同菌株P(guān)113 基因片段長度存在一定差異,這種差異主要是由于C 末端重復區(qū)域的長度不一致而引起。 該研究發(fā)現(xiàn),MO 內(nèi)蒙古分離株P(guān)113 蛋白C末端重復序列單元為KKAEGA(S)QNQG,不同分離株的重復數(shù)量并不完全相同,但是這種差異與MO分離株分離的時間和地點沒有明顯的相關(guān)性,可能與菌株自身的生物學特性相關(guān)。由于P113 蛋白是潛在的毒力因子,因此,重復序列單元的數(shù)量可能與MO 的毒力強弱有關(guān),這有待于進一步研究。

4 結(jié)論

成功擴增9 株MO 內(nèi)蒙古分離株的P113 基因片段,這些菌株的P113 蛋白C 末端重復序列單元數(shù)量存在一定差異,該結(jié)果可為后續(xù)研究MO P113蛋白生物學功能以及MO 致病機制提供參考。

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