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銀杏BBX 家族生物信息學(xué)鑒定及表達(dá)分析

2022-12-20 13:12王立芹曹振玉何長(zhǎng)流王小青李路文楊美玲
湖南農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年11期
關(guān)鍵詞:外顯子擬南芥銀杏

王立芹,曹振玉,何長(zhǎng)流,王小青,李路文,楊美玲

(1.臨沂市森林濕地保護(hù)中心,山東 臨沂 276001;2.臨沂科技職業(yè)學(xué)院,山東 臨沂 276025)

銀杏(Ginkgo biloba)為銀杏科銀杏屬落葉喬木,幾億年前就已出現(xiàn)在地球上,是第四紀(jì)冰川運(yùn)動(dòng)后遺留下來(lái)的裸子植物中最古老的孑遺植物,和它同綱的其他植物幾乎都已滅絕,因此銀杏又有“活化石”的美稱。它具有一系列迷人的特征,包括大基因組、對(duì)非生物和生物脅迫的出色抗性以及雌雄異株繁殖等,使其成為生物學(xué)研究的理想模型物種[1]。

鋅指蛋白是一類(lèi)具有手指狀結(jié)構(gòu)域的轉(zhuǎn)錄因子[2],對(duì)基因調(diào)控起重要的作用,并在促進(jìn)植物發(fā)育、增強(qiáng)植物抗逆性等方面發(fā)揮重要功能[3]。根據(jù)成員結(jié)構(gòu)和功能特征可將鋅指轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)一步分為幾個(gè)亞家族。近年來(lái),BBX 蛋白因其多種功能而備受關(guān)注[4]。植物中的BBX 蛋白在N 端由1 個(gè)或2 個(gè)保守的B-box結(jié)構(gòu)域組成,有時(shí)在C 端有一個(gè) CCT(CONSTANS、CO 樣和 TOC1)結(jié)構(gòu)域。其中,B-box 基序在蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用和轉(zhuǎn)錄調(diào)控中發(fā)揮重要作用,而CCT 結(jié)構(gòu)域參與核轉(zhuǎn)運(yùn)和轉(zhuǎn)錄調(diào)控[5-7]。在擬南芥中,已鑒定出 32 種BBX 蛋白,根據(jù)B-box 結(jié)構(gòu)域和CCT結(jié)構(gòu)域的差異可將這32 種BBX 蛋白分為5 個(gè)亞組[6]。

隨著研究的深入,有越來(lái)越多的證據(jù)表明,植物 BBX 蛋白在開(kāi)花誘導(dǎo)、光形態(tài)發(fā)生、避蔭反應(yīng)、類(lèi)胡蘿卜素生物合成和生物和非生物應(yīng)激反應(yīng)等多種生理和生化過(guò)程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用[8]。CONSTANS(CO)/AtBBX1是擬南芥中研究的首個(gè)BBX基因,是通過(guò)觸發(fā)開(kāi)花基因座T(FT)基因的表達(dá)來(lái)控制開(kāi)花時(shí)間的中心協(xié)調(diào)因子[9];研究還發(fā)現(xiàn)BBX4、BBX7和BBX32 基因也可調(diào)節(jié)開(kāi)花時(shí)間。另外,已有數(shù)十個(gè)BBX基因被確定為早期光形態(tài)發(fā)生的調(diào)節(jié)因子[7];BBX4、BBX21、BBX22和BBX23被證實(shí)可正調(diào)控植物光形態(tài)發(fā)生,而B(niǎo)BX19、BBX20、BBX24等可對(duì)擬南芥光形態(tài)發(fā)生進(jìn)行負(fù)調(diào)控[10]。一些BBX基因也通過(guò)介導(dǎo)細(xì)胞伸長(zhǎng)顯示出它們?cè)诒苁a反應(yīng)中的功能[11]。BBX 蛋白還參與非生物應(yīng)激反應(yīng)和激素信號(hào)網(wǎng)絡(luò)。例如,BBX18 和BBX23 是熱形態(tài)發(fā)生的正向調(diào)節(jié)因子,它們的缺陷突變將導(dǎo)致熱響應(yīng)性下胚軸伸長(zhǎng)受限[12]。BBX24 在擬南芥中最初是作為一種耐鹽蛋白(STO)被分離出來(lái)的,研究發(fā)現(xiàn)該蛋白增加了酵母細(xì)胞的耐鹽活性,當(dāng)其在擬南芥中過(guò)表達(dá)時(shí),可明顯促進(jìn)高鹽度條件下根的生長(zhǎng)[13]。BBX基因在植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)中的功能也有報(bào)道。AtBBX18(AtDBB1a)是赤霉素(GA)信號(hào)通路中的正調(diào)節(jié)劑[12]。有趣的是,BBX蛋白在果實(shí)發(fā)育過(guò)程中也發(fā)揮了重要作用。MdBBX22(MdCOL11)參與MdHY5介導(dǎo)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)并調(diào)節(jié)蘋(píng)果皮中花青素的積累[14],SlBBX20 蛋白通過(guò)直接激活PHYTOENE SYNTHASE 1 的表達(dá)促進(jìn)了番茄葉綠體的發(fā)育和類(lèi)胡蘿卜素的積累[8]。

目前,擬南芥、番茄、梨和蘋(píng)果中關(guān)于BBX 家族的研究報(bào)道較多,但有關(guān)銀杏中BBX基因的相關(guān)研究尚未見(jiàn)報(bào)道。2021 年,Liu 等[1]公布了銀杏基因組序列。這為BBX基因在銀杏中的功能研究提供了條件。該研究根據(jù)基于隱馬爾可夫模型(HMM)的圖譜(B-box 型鋅指結(jié)構(gòu)域,PF00643),使用SMART和Pfam 數(shù)據(jù)庫(kù)篩選和驗(yàn)證了銀杏全基因組注釋蛋白質(zhì),從中鑒定出12 個(gè)GbBBX基因,并對(duì)GbBBX 蛋白成員的保守結(jié)構(gòu)域、基因結(jié)構(gòu)、系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系和組織表達(dá)譜進(jìn)行了分析,以期為銀杏中BBX基因的進(jìn)一步功能表征提供依據(jù),同時(shí)也為進(jìn)一步揭示銀杏生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)理提供了堅(jiān)實(shí)的分子基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 銀杏GbBBX 轉(zhuǎn)錄因子的鑒定

為了識(shí)別BBX 轉(zhuǎn)錄因子家族,從Pfam 數(shù)據(jù)庫(kù)下載了B-box 型鋅指結(jié)構(gòu)域(PF00643)的隱馬爾可夫模型(HMM)譜。銀杏的參考基因組在GigaDB數(shù)據(jù)庫(kù)中下載[15]。使用截止E 值≤0.01 的HMMER SEARCH3.0 和SMART 數(shù)據(jù)庫(kù)確認(rèn)BBX 家族成員之間的保守域。使用ExPaSy 在線工具計(jì)算理論pI 和Mw 值。采用SWISS-MODEL 在線工具進(jìn)行蛋白質(zhì)建模,采用softberry 在線軟件預(yù)測(cè)基因的推定亞細(xì)胞定位(http://www.softberry.com)。

1.2 系統(tǒng)發(fā)育分析

GbBBX基因的蛋白序列來(lái)自銀杏參考基因組(http://gigadb.org/dataset/100613),SlBBX基因的序列來(lái)自番茄參考基因組SL4.0(https://solgenomics.net/organ ism/Solanum_lycopersicum/genome),而AtBBXs的蛋白序列來(lái)自擬南芥參考基因組 (https://www.arabidopsis.org/)。采 用MEGA-X 程 序 構(gòu) 建GbBBX、SlBBX 和AtBBX 蛋白的無(wú)根鄰接系統(tǒng)發(fā)育樹(shù),引導(dǎo)測(cè)試重復(fù)1 000 次。

1.3 保守基序、基因結(jié)構(gòu)和啟動(dòng)子區(qū)域順式作用元件分析

使用MEME 在線工具估計(jì)保守域,并使用DNAMAN進(jìn)行比對(duì)。采用Gene Structure Display Server預(yù)測(cè)GbBBX的基因結(jié)構(gòu)。選擇GbBBX基因CDS區(qū)2 000 bp 的上游序列作為啟動(dòng)子區(qū)域,并使用PlantGBRE 網(wǎng)絡(luò)工具預(yù)測(cè)每個(gè)基因中的順式元件。采用Tbtools 繪圖[15]。

1.4 表達(dá)模式分析

轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)是從 GigaDB 數(shù)據(jù)庫(kù)中下載,每百萬(wàn)外顯子模型的每千堿基片段數(shù)(FPKM)值代表相應(yīng)的基因表達(dá)量[16]。表達(dá)量熱圖通過(guò)R 語(yǔ)言pheatmap 包完成。為了深入了解GbBBX基因家族在銀杏植物整個(gè)發(fā)育階段的潛在功能,從銀杏基因組在線數(shù)據(jù)庫(kù)選擇了來(lái)自浙江省天目山的銀杏胚(雌樹(shù))、雄蕊(雄樹(shù))和幼苗(莖和葉混合樣)3 個(gè)部位的表達(dá)量數(shù)據(jù),并篩選GBBBX家族基因用于表達(dá)譜分析。

2 結(jié)果與分析

2.1 銀杏BBX 轉(zhuǎn)錄因子篩選及理化性質(zhì)分析

根據(jù)基于隱馬爾可夫模型(HMM)的圖譜(B-box型鋅指結(jié)構(gòu)域,PF00643),使用SMART 和Pfam 數(shù)據(jù)庫(kù)篩選和驗(yàn)證了全基因組注釋蛋白質(zhì)。在銀杏基因組中共鑒定出12 個(gè)GbBBX基因。基于它們的染色體位置區(qū)域排序,12 個(gè)GbBBX基因在基因亞家族中被命名為GbBBX1至GbBBX12。根據(jù)注釋的基因組中GbBBX基因家族的物理位置信息,發(fā)現(xiàn)12 個(gè)GbBBX基因廣泛分布在第2、3、9 號(hào)染色體以外的其他染色體中;其中,GbBBX1和GbBBX2基因位于1 號(hào)染色體上,GbBBX4、GbBBX5、GbBBX6基因位于5 號(hào)染色體,其它成員分別位于不同的染色體上(表1)。GbBBX 蛋白的分子量(Mw)在 29.595 59 kDa (GbBBX4編碼) 和 81.740 51 kDa (GbBBX10編碼) 之間變化。GbBBX 的理論等電點(diǎn)(PI)介于5.05(GbBBX4編碼)和8.07(GbBBX10編碼)之間,且大部分為弱酸性蛋白。亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)結(jié)果表明,GbBBX2、GbBBX4、GbBBX7、GbBBX8、GbBBX9和GbBBX12編 碼 的 蛋白質(zhì)主要定位于細(xì)胞核中,而GbBBX1、GbBBX3、GbBBX5、GbBBX6、GbBBX10和GbBBX11編 碼 的 蛋白質(zhì)定位于細(xì)胞核外結(jié)構(gòu),如葉綠體和線粒體等部位。

表1 GbBBX 基因家族信息

2.2 GbBBX 蛋白家族的保守結(jié)構(gòu)域

如圖1 所示,銀杏中B-box 鋅指結(jié)構(gòu)域的保守序列主要以2 種形式存在,分別為B-box1(C-X2-CX7-8-C-X2-D-X-A-X-L-C-X2-C-D-X3-H-X2-N-X4-H,以藍(lán)色表示)和B-box2[C-X2-C-X8-C-X7-C-X2-CX4-H(N)-X6-8-H 的,以綠色表示]。蛋白質(zhì)序列比對(duì)結(jié)果顯示,2 個(gè)B-box 結(jié)構(gòu)域具有高度相似的保守序列。例如,構(gòu)成鋅指的半胱氨酸(C)和天冬氨酸(D)殘基在B-box 結(jié)構(gòu)域中高度保守。然而,通過(guò)對(duì)GbBBX 家族成員保守結(jié)構(gòu)域的分析可知,由于B-box1 結(jié)構(gòu)域中的保守氨基酸殘基(Asn、Leu、His和 Arg)保守基序符號(hào)被反轉(zhuǎn),因此B-box1 結(jié)構(gòu)域基序比B-box2 結(jié)構(gòu)域的基序更加保守。此外,BBX家族還具有高度保守的CCT 結(jié)構(gòu)域(R-X5-R-Y-X2-KX3-R-X3-K-X2-R-Y-X2-R-K-X2-A-X2-R -X-R-X2-G-RF-X-K,圖1 中以紅色表示)。12 個(gè)GbBBX 蛋白中,GbBBX3、GbBBX4、GbBBX7、GbBBX8這4 個(gè)基因編碼的蛋白質(zhì)僅含有一個(gè)B-box2 結(jié)構(gòu)域,而其余8 個(gè)基因編碼的蛋白質(zhì)包含了完整的2 個(gè)B-box 結(jié)構(gòu)域和1 個(gè)CCT 保守結(jié)構(gòu)域。

圖1 GbBBX 蛋白家族的結(jié)構(gòu)域

2.3 銀杏BBX 轉(zhuǎn)錄因子基因結(jié)構(gòu)分析

由圖2 可知,GbBBX基因家族的外顯子數(shù)量在1~5 個(gè)之間。其中,GbBBX5、GbBBX6、GbBBX9和GbBBX10這4 個(gè)基因有5 個(gè)外顯子,即銀杏BBX基因家族中33.3%的基因有5 個(gè)外顯子;GbBBX1、GbBBX4、GbBBX7、GbBBX8和GbBBX11這5 個(gè)基因有3 個(gè)外顯子,占比41.7%;GbBBX2和GbBBX12這2 個(gè)基因有2 個(gè)外顯子,占比16.7%;GbBBX3基因只有1 個(gè)外顯子,占比8.3%。此外,GbBBX基因家族各成員基因長(zhǎng)度具有明顯的差異,其中最長(zhǎng)的基因?yàn)镚bBBX9,而最短的基因?yàn)镚bBBX4。

圖2 GbBBXs 的基因結(jié)構(gòu)分析

2.4 不同物種BBX 轉(zhuǎn)錄因子的系統(tǒng)進(jìn)化分析

在進(jìn)化分類(lèi)中,GbBBX5、GbBBX6、GbBBX9和 GbBBX10 蛋白被發(fā)現(xiàn)是同源的,它們都包含2 個(gè)保守的B-box 結(jié)構(gòu)域和1 個(gè)CCT 保守結(jié)構(gòu)域;而GbBBX1、GbBBX11、GbBBX2、 和GbBBX12 蛋 白同源性較高,同樣包含2 個(gè)保守的B-box 結(jié)構(gòu)域和1個(gè)CCT 保守結(jié)構(gòu)域;GbBBX4 和GbBBX8 蛋白同源性較高,他們只有單一的1 個(gè)B-box 結(jié)構(gòu)域;特殊的是,GbBBX3 和GbBBX7 與其他GBBBX 成員的同源性較低,他們也只有單一的1 個(gè)B-box 結(jié)構(gòu)域。

為了研究GbBBX基因家族的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,基于銀杏中的GbBBX 蛋白序列、擬南芥中的AtBBX 蛋白序列和番茄中的SlBBX 蛋白序列構(gòu)建了鄰接(NJ)系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。如圖3 所示,所有BBX 蛋白被分為5個(gè)進(jìn)化枝,其中每個(gè)進(jìn)化枝均包含了來(lái)自3 個(gè)物種的BBX 蛋白,且各物種在各分支的蛋白數(shù)量相似;各進(jìn)化枝都對(duì)應(yīng)于它們指定的結(jié)構(gòu)域,而一些具有相似結(jié)構(gòu)域的 GbBBX 蛋白被聚集成不同的進(jìn)化枝,例如GbBBX3 和GbBBX7 被分別聚集在進(jìn)化枝II 和進(jìn)化枝III 中;大部分的GbBBX 蛋白被聚集在進(jìn)化枝I 中,而擬南芥和番茄的BBX 蛋白聚集在其他4 個(gè)進(jìn)化枝中,說(shuō)明在整個(gè)物種進(jìn)化當(dāng)中,銀杏的同源性與模式植物擬南芥和果實(shí)模式植物番茄同源關(guān)系較遠(yuǎn)。但特別的是,番茄的SlBBX26 被聚集在進(jìn)化枝I 當(dāng)中,說(shuō)明雖然物種間同源關(guān)系較遠(yuǎn),但是BBX 蛋白仍存在非常保守的結(jié)構(gòu)域,由此推測(cè),GbBBX 可能在銀杏的生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中扮演著番茄SlBBX26 類(lèi)似的功能。

圖3 銀杏、番茄和擬南芥中BBX 蛋白的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(shù)

2.5 銀杏BBX 轉(zhuǎn)錄因子啟動(dòng)子區(qū)域順式作用元件分析

選擇編碼區(qū)上游的 2 000 個(gè)堿基對(duì)(bp)作為GbBBX中的啟動(dòng)子序列,以預(yù)測(cè)順式調(diào)控元件。在GbBBX基因家族的啟動(dòng)子區(qū)域中總共鑒定出32 類(lèi)順式元件類(lèi)型(圖4)。少數(shù)GbBBX基因具有與細(xì)胞發(fā)育相關(guān)的順式元件,例如參與胚乳表達(dá)的順式調(diào)節(jié)元GbBBX1 GbBBX11 GbBBX9 GbBBX7 GbBBX5 GbBBX6 GbBBX2 GbBBX8 GbBBX3 GbBBX4 GbBBX12 GbBBX10件、柵欄葉肉細(xì)胞分化的元素、與分生組織表達(dá)相關(guān)的順式調(diào)節(jié)元件、玉米醇溶蛋白代謝調(diào)節(jié)的順式調(diào)節(jié)元件等。此外,許多GbBBX基因含有與應(yīng)激反應(yīng)途徑相關(guān)的順式元件,包括對(duì)光的反應(yīng)、厭氧誘導(dǎo)、防御、缺氧特異性誘導(dǎo)有關(guān)的增強(qiáng)子、低溫反應(yīng)、干旱誘導(dǎo)、晝夜節(jié)律控制、防御和應(yīng)激反應(yīng)等。另外,GbBBX基因啟動(dòng)子區(qū)域中還存在部分典型的激素相關(guān)順式調(diào)節(jié)元件,包括脫落酸反應(yīng)元件、水楊酸和赤霉素以及生長(zhǎng)素反應(yīng)的元件。特別的是,在GbBBX家族基因啟動(dòng)子區(qū)域中,參與光反應(yīng)的順式作用元件最多,包括ACE、AE-box、Box 4、chs-CMA1a、GATA-motif、G-Box、GT1-motif、I-box、MRE、Sp1、TCT-motif(表2)。

圖4 預(yù)測(cè) GbBBX 基因家族的順式作用元件

表2 銀杏GbBBX 基因家族啟動(dòng)子保守順式作用元件

2.6 銀杏BBX 轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)模式分析

如圖 5 所示,大多數(shù)GbBBX基因在不同部位中表現(xiàn)出表達(dá)差異性,可將12 個(gè)GbBBX的表達(dá)模式分為3 組。其中,GbBBX2、GbBBX3和GbBBX8這3 個(gè)基因在胚中的表達(dá)量相對(duì)較高;而GbBBX5、GbBBX6、GbBBX9、GbBBX11和GbBBX12這5 個(gè) 基因在幼苗中的表達(dá)量較高,在其他組織類(lèi)型中不表達(dá)或低表達(dá);GbBBX1、GbBBX4、GbBBX7和GbBBX10這4 個(gè)基因在銀杏雄蕊和幼苗中均有高量的表達(dá)。這些結(jié)果表明,GbBBX基因在銀杏植株的生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中具有多種功能。

圖5 銀杏不同部位的GbBBX 基因的表達(dá)模式

3 討 論

B-box(BBX)轉(zhuǎn)錄因子是鋅指蛋白家族的一個(gè)亞家族,具有多種生物學(xué)功能,近年來(lái)引起了學(xué)者的廣泛關(guān)注[7]。隨著二代測(cè)序技術(shù)的不斷完善,大多數(shù)物種的參考基因組測(cè)序完成,越來(lái)越多的BBX 轉(zhuǎn)錄因子家族被鑒定出來(lái)。例如,擬南芥中包含32 個(gè)BBX 成員[6]、番茄中包含29 個(gè)BBX 成員[17]、辣椒中包含23 個(gè)BBX 成員[18]。該研究結(jié)果顯示,銀杏中鑒定出12 個(gè)GbBBX 蛋白。GbBBX基因在銀杏的12條染色體上分布不均勻,并且相對(duì)于擬南芥和番茄來(lái)說(shuō)成員數(shù)量較少。推測(cè)這可能是因?yàn)檫M(jìn)化過(guò)程中物種特異性的重復(fù)或缺失導(dǎo)致了不同物種間BBX 轉(zhuǎn)錄因子家族數(shù)量存在差異。

在銀杏中,根據(jù)結(jié)構(gòu)域的數(shù)量和類(lèi)型將12 個(gè)成員分為2 類(lèi),包括4 個(gè)具有單一B-box 結(jié)構(gòu)域的基因和8 個(gè)具有2 個(gè)B-box 結(jié)構(gòu)域和1 個(gè)CCT 結(jié)構(gòu)域的基因。B-box 保守基序在蛋白質(zhì)相互作用和轉(zhuǎn)錄調(diào)控中起關(guān)鍵作用,而CCT 結(jié)構(gòu)域主要參與核轉(zhuǎn)運(yùn)和轉(zhuǎn)錄調(diào)控[19]。此外,外顯子-內(nèi)含子結(jié)構(gòu)也影響基因的功能。GbBBX家族的外顯子數(shù)量從 1 個(gè)到 5 個(gè)不等,整個(gè)家族中僅有1 個(gè)基因沒(méi)有內(nèi)含子。通過(guò)聚類(lèi)分析構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)將銀杏、番茄和擬南芥的BBX 蛋白分為5 個(gè)進(jìn)化枝。由于高度保守的外顯子-內(nèi)含子特征,相同進(jìn)化枝中的BBX 蛋白可能具有相似的功能。功能多樣性的另一個(gè)原因是啟動(dòng)子區(qū)域中不同的順式調(diào)節(jié)元件[20]。啟動(dòng)子區(qū)域的大量順式元件與光反應(yīng)有關(guān),包括Box4、G-Box、GT1-motif 等。許多BBX 蛋白在光信號(hào)通路中發(fā)揮關(guān)鍵作用,例如,AtBBX20 是光信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的正調(diào)節(jié)因子[21]。此外,GbBBX基因啟動(dòng)子區(qū)域中還存在與激素相關(guān)的順式調(diào)節(jié)元件,如ABRE參與對(duì)脫落酸的反應(yīng),TCA-element 參與水楊酸反應(yīng),CGTCA-motif 和TGACG-motif 是參與茉莉酸甲酯反應(yīng)所必需的順式作用元件。啟動(dòng)子區(qū)域中多樣化的結(jié)構(gòu)域、結(jié)構(gòu)和順式調(diào)節(jié)元件可能導(dǎo)致GbBBX轉(zhuǎn)錄因子家族的多種功能。

多項(xiàng)研究表明,BBX基因廣泛參與植物的生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程。例如,擬南芥中的B-box 蛋白STH2 是光形態(tài)發(fā)生的正調(diào)節(jié)因子,在轉(zhuǎn)錄激活中起直接作用[21]。沉默PpBBX16可減少梨(Pyrus pyrifolia)中花青素的積累[22]。擬南芥中含有B-box 結(jié)構(gòu)域的AtBBX19轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子參與了光形態(tài)發(fā)生[10]。COP1 介導(dǎo)的AtBBX22基因降解促進(jìn)了擬南芥幼苗的發(fā)育[23]。擬南芥的AtBBX21基因可以與COP1 相互作用來(lái)調(diào)節(jié)植株的避蔭反應(yīng),并促進(jìn)長(zhǎng)下胚軸的形成[4]。然而,迄今為止,BBX 家族基因在銀杏中的具體作用仍不清楚。該研究以來(lái)自浙江省天目山的銀杏胚(雌樹(shù))、雄蕊(雄樹(shù))和幼苗(莖和葉混合樣)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行GbBBX基因表達(dá)量的分析。所有12 個(gè)GbBBX基因都參與了銀杏生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程的調(diào)控,并且在各組織中組成型表達(dá)。這說(shuō)明GbBBX基因可能在銀杏雄樹(shù)雌樹(shù)的生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程、新陳代謝和響應(yīng)外界脅迫等方面扮演重要的角色。但是具體的調(diào)控機(jī)制和功能需要進(jìn)一步的分子生物學(xué)試驗(yàn)來(lái)驗(yàn)證。該研究為篩選參與銀杏生長(zhǎng)發(fā)育的轉(zhuǎn)錄因子提供了有力的參考,為進(jìn)一步表征GbBBX的功能奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。

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