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原發(fā)性肺癌與結(jié)直腸癌的孟德爾隨機化研究*

2023-05-29 01:27:46肖志寒王子辰趙嘯宇司銘軒張同禹陳錫儒曹靖戴俊程陳亮許晶
腫瘤預(yù)防與治療 2023年4期
關(guān)鍵詞:異質(zhì)性關(guān)聯(lián)遺傳

肖志寒,王子辰,趙嘯宇,司銘軒,張同禹,陳錫儒,曹靖,戴俊程,陳亮,許晶

210029 南京,南京醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院 胸外科(肖志寒、王子辰、司銘軒、張同禹、陳錫儒、曹靖、陳亮、許晶),病案統(tǒng)計科(趙嘯宇);211166 南京,南京醫(yī)科大學(xué) 公共衛(wèi)生學(xué)院(趙嘯宇、戴俊程)

原發(fā)性肺癌(primary lung cancer, PLC)是最常見的癌癥之一,也是全球癌癥相關(guān)死亡的主要原因[1-3]。非小細(xì)胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)是PLC的主要病理學(xué)類型,包括肺腺癌(lung adenocarcinoma, LUAD)和肺鱗癌(lung squamous cell carcinoma, LUSC)兩種優(yōu)勢亞型[4]。隨著低劑量胸部CT技術(shù)的發(fā)展和廣泛應(yīng)用,PLC的診斷率顯著提升,大量早期肺癌(lung cancer, LC)的患者得以診斷,日本LC登記聯(lián)合委員會的統(tǒng)計數(shù)據(jù)顯示,2010年共18 973例患者在日本接受PLC手術(shù)治療,其中I期為12 701例,占總體的78.9%,研究表明,隨著高危人群中低劑量胸部CT篩查的普及,早期LC將成為PLC的主要人群[5-6]。

手術(shù)是早期NSCLC患者的首選治療方案[7-8],以往以肺葉切除術(shù)為標(biāo)準(zhǔn)術(shù)式。近年來日本臨床腫瘤學(xué)協(xié)會針對早期LC的手術(shù)治療策略展開了一系列的前瞻性臨床研究,其中影響力最大的JCOG0802研究針對直徑小于2 cm,但實性成分大于50%的IA期LC患者進(jìn)行探索,結(jié)果表明,肺段切除術(shù)與肺葉切除術(shù)同樣有效,術(shù)后5年生存率均可達(dá)到90%以上(肺段切除術(shù)為94.3%,肺葉切除為91.1%)。進(jìn)一步死因分析發(fā)現(xiàn),第二原發(fā)癌(second primary cancer, SPC)的發(fā)生是僅次于LC本身的第二位死因,也是肺段切除術(shù)患者5年生存率優(yōu)于肺葉切除術(shù)的主要原因之一,其中結(jié)直腸癌(colorectal cancer, CRC)的發(fā)生居于所有 SPC 的首位[9]。此外,美國國立癌癥研究所設(shè)計了NSCLC多中心組間試驗,發(fā)現(xiàn)I期患者中約15%罹患SPC,CRC作為死亡率第二位的SPC,在早期NSCLC術(shù)后患者中受到廣泛關(guān)注[10]。以上研究表明,隨著PLC的早期診斷和治療體系的逐步完善,患者術(shù)后可以獲得長期生存,SPC的發(fā)生是患者術(shù)后生存的重大威脅。觀察性研究提示CRC作為PLC術(shù)后主要的SPC類型之一,與PLC的發(fā)生可能存在關(guān)聯(lián),由于觀察性研究存在混雜因素等固有局限性,在基因?qū)用鍼LC與CRC的發(fā)生是否存在關(guān)聯(lián)仍未明確[11]。

孟德爾隨機化(Mendelian randomization, MR)作為一種病因推斷方法在遺傳流行病學(xué)領(lǐng)域廣泛應(yīng)用[12]。近年來,隨著MR研究方法的深入挖掘,其作為一種較為理想的基因?qū)用嫜芯糠椒?,逐漸被應(yīng)用于兩種復(fù)雜疾病之間發(fā)病關(guān)聯(lián)的推斷。2021年Li等[13]基于大樣本的全基因組關(guān)聯(lián)研究(genome-wide association study, GWAS),使用兩樣本的 MR 分析方法,探索了類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎和帕金森氏病之間的相關(guān)性,研究發(fā)現(xiàn)類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎與帕金森氏病之間存在基因?qū)用娴娘@著負(fù)相關(guān)。同年,Zhu等[14]應(yīng)用MR的研究方法探討多囊卵巢綜合征和乳腺癌之間的發(fā)病關(guān)聯(lián),研究發(fā)現(xiàn)多囊卵巢綜合征與乳腺癌三種亞型的發(fā)生緊密關(guān)聯(lián)。本研究中,我們擬利用PLC及CRC的全基因組關(guān)聯(lián)研究數(shù)據(jù),通過兩樣本MR的研究方法揭示在遺傳水平上PLC和CRC之間的發(fā)病關(guān)聯(lián),為臨床工作中原發(fā)性早期LC術(shù)后SPCCRC的預(yù)防策略的制定奠定基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 研究設(shè)計

MR研究的具體設(shè)計見圖1。遺傳工具變量來自于Mckay等[15]發(fā)表的目前樣本量最大的PLC GWAS,該研究包含14 803例LC病例和12 262例對照,并將其結(jié)果與之前發(fā)表的29 266例LC病例和56 450例對照的GWAS研究結(jié)果進(jìn)行匯總分析獲得最終數(shù)據(jù)集。CRC的匯總數(shù)據(jù)來自Gene ATLAS。Gene ATLAS (http://geneatlas.roslin.ed.ac.uk/)是一個擁有452 264名英國人群生物樣本(UK Biobank)的開放數(shù)據(jù)庫,已開展數(shù)百個性狀和數(shù)百萬個遺傳變異之間的關(guān)聯(lián)研究[16]。本研究經(jīng)南京醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院倫理委員會批準(zhǔn)(倫理號:2022-SR-046)。

1.2 遺傳工具變量篩選

根據(jù)以下標(biāo)準(zhǔn)構(gòu)建肺癌總體 (lung cancer overall,LCO), LUAD, LUSC 的遺傳工具變量:(1) 遺傳工具變量與LC發(fā)生的關(guān)聯(lián)強度達(dá)到全基因組顯著關(guān)聯(lián)水平(P < 5×10-8);(2) 遺傳工具變量之間無連鎖不平衡(linkage disequilibrium, LD) (r2< 0.001,windows = 500 kb);(3) 遺傳工具變量的最小等位基因頻率(minor allele frequency, MAF) > 0.01;(4) 排除位于回文序列中的工具變量;(5) 使用PhenoScanner數(shù)據(jù)庫剔除與混雜因素相關(guān)的遺傳工具變量;(6) 使用MR多效殘差和離群值(pleiotropy residual sum and outlier,MR-PRESSO)模型中的 Outlier-corrected方法剔除工具變量中離群值(圖1)。

1.3 MR分析

兩樣本MR分析采用了多種方法:(1)逆方差加 權(quán) 法(inverse variance weighted, IVW)[17]。IVW是基于基因型的匯總數(shù)據(jù),將每個遺傳工具變量的Wald估計值合并,獲得總體估計值; (2)遺傳風(fēng)險評分法(genetic risk score, GRS)。GRS 可代表所研究的暴露因素,進(jìn)而探討與結(jié)局之間的關(guān)聯(lián)。本研究使用R(版本4.2.1)中的 “gtx”包 (Windows版本0.0.8版) 進(jìn)行分析,包中的grs.summary模塊具有基于匯總數(shù)據(jù)的GRS分析功能[18];(3)加權(quán)中位數(shù)法(weighted median, WM)、簡單中位數(shù)法(simple median, SM)。WM法與SM法兩者類似,對遺傳工具變量的容忍度比較高,僅需50%以上的工具變量是有效工具變量,即可獲得穩(wěn)定的效應(yīng)值[19];(4)MR穩(wěn)健調(diào)整評分法(robust adjusted profile score, RAPS)。RAPS法重點考量了工具變量暴露效應(yīng)中的測量誤差,即使存在較多弱工具變量也不會產(chǎn)生總體效應(yīng)的偏倚,尤其是用于暴露因素和結(jié)局都較為復(fù)雜的MR研究;(5)MR-PRESSO。MR-PRESSO強調(diào)水平多效性在MR研究中的作用,建議存在水平多效性時剔除離群值,矯正水平多效性后再進(jìn)行效應(yīng)評估;(6)使用Cochran’s Q檢驗進(jìn)行異質(zhì)性分析及MR-Egger檢驗進(jìn)行水平多效性測試。

1.4 統(tǒng)計分析工具

本研究采用雙側(cè)統(tǒng)計分析,以P < 0.05為差異具有統(tǒng)計學(xué)意義。使用R 4.1.2軟件中的“Two-Sample MR”“Mendelian Randomization”“gtx”“RAPS”“PRESSO”軟件包進(jìn)行MR分析。

2 結(jié) 果

2.1 遺傳工具變量篩選

PLC的GWAS研究中LCO、LUAD和LUSC達(dá)到顯著性差異的工具變量分別為3 910、1 121和2 755個。根據(jù)工具變量之間的LD情況,篩選出無LD關(guān)聯(lián)的73個獨立工具變量(r2< 0.001, window = 500 kb)。剔除存在回文序列中的5個工具變量(rs2010752、rs4468572、rs11571833、rs9259927、rs149543464)。使用PhenoScanner數(shù)據(jù)庫剔除與混雜因素相關(guān)的工具變量[BMI:rs34517439、rs-71658797、rs34517439、rs71658797;吸煙:rs28580532、rs55781567、rs56113850、rs56113850、rs8040868、rs55781567、rs56113850;糖尿?。簉s3129063、rs3132556、rs116667074、rs144447022、rs148696809、rs148696809,rs144447022、rs116667074、rs2853999;炎癥性腸?。簉s239935、rs501942、rs501942;體力活動(中等強度10分鐘以上的天數(shù)或周數(shù)):rs13201782、rs149866169]。最終47個獨立的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms,SNP)被納入為PLC的工具變量,其中LCO、LUAD和LUSC分別23個、12個和12個工具變量(圖1)。

2.2 MR主分析

IVW法分析發(fā)現(xiàn)PLC與CRC在基因?qū)用嫔喜淮嬖陲@著關(guān)聯(lián)(結(jié)腸癌:OR = 1.0003,95% CI:0.9995~1.0011,P = 0.52;直腸癌:OR = 0.9999,95% CI:0.9994~1.0005,P = 0.88)。 亞 組 分 析同樣未發(fā)現(xiàn)LUAD(結(jié)腸癌: OR = 0.9998,95% CI:0.9990~1.0005,P = 0.51;直腸癌:OR = 0.9998,95% CI:0.9993~1.0004,P = 0.54)及 LUSC(結(jié)腸癌:OR = 0.9997,95% CI:0.9991~1.0004,P = 0.39;直腸癌:OR = 0.9996,95% CI:0.9991~1.00001,P =0.054)與CRC存在關(guān)聯(lián)。GRS法的分析結(jié)果與IVW法一致,即PLC與CRC無關(guān)(表1,圖2、3)。

表1 原發(fā)性肺癌和結(jié)直腸癌發(fā)病關(guān)聯(lián)的孟德爾隨機化研究Table 1.Mendelian Randomization Study of Association between PLC and CRC

圖2 兩樣本孟德爾隨機化森林圖Figure 2. Forest Plots of Two-Sample MR Analysis

圖3 兩樣本孟德爾隨機化散點圖Figure 3.Scatter Plot of Two-Sample MR Analysis

2.3 水平多效性及異質(zhì)性檢驗

MR-Egger方法顯示LCO、LUAD及LUSC組均未見顯著水平多效性。MR-PRESSO模型中的Outlier-corrected在LCO、LUAD及LUSC均未發(fā)現(xiàn)離群SNP。Cochran’s Q檢驗發(fā)現(xiàn)在研究LCO與直腸癌關(guān)聯(lián)時存在異質(zhì)性(Cochran’s Q值 = 35.284,P =0.04),我們采用了IVW方法中的隨機模型進(jìn)行評估,其余各組均未見顯著異質(zhì)性(表2)。

表2 兩樣本孟德爾隨機化異質(zhì)性和水平多效性評估。Table 2.Heterogeneity and Horizontal Pleiotropy of Two-Sample MR Analysis

2.4 敏感性分析

SM、WM、RAPS和PRESSO四種敏感性分析方法進(jìn)一步驗證主分析的結(jié)論,四種方法均顯示PLC與CRC不存在關(guān)聯(lián),驗證了主分析的正確性及穩(wěn)健性(表 1,圖 2、3)。

3 討 論

SPC是指個體在罹患原發(fā)性癌癥一段時間后再次診斷出另一種原發(fā)性的癌癥。近年來,隨著癌癥在預(yù)防、診斷以及治療方面的進(jìn)步,海量的早期癌癥患者得到及時有效的治療,治療后患者生存期顯著延長,美國僅2014年一年就有1 450萬的早期癌癥患者獲得長期生存[20]。既往研究顯示,癌癥人群中SPC的患病比例較正常人群顯著增高,且隨著存活時間的推移呈上升趨勢,隨訪時間達(dá)到20年以上的,超過19%的患者可能罹患SPC[21]。在PLC方面,早期患者罹患SPC的風(fēng)險是正常人群的1.7倍[22],約13.4%~22%的患者將罹患SPC[3]。隨著早期LC術(shù)后SPC發(fā)生比例的逐漸增高,SPC的發(fā)病、治療及預(yù)后引起了研究者們的廣泛關(guān)注,CRC作為發(fā)病率及死亡率位居前列的SPC,研究PLC與CRC之間的發(fā)病關(guān)聯(lián),有助于早期LC術(shù)后CRC高?;颊叩暮Y查,及時開展有效的治療,從而提高患者的生存率。

SPC發(fā)病的病因目前仍不明確,觀察性研究提示遺傳因素,環(huán)境因素,生活習(xí)慣等均可能與SPC的發(fā)生相關(guān)。以往的觀察性研究發(fā)現(xiàn),PLC和CRC之間可能存在關(guān)聯(lián)[23],但由于混雜因素多樣、大樣本病例對照研究和隊列研究難以開展等原因,PLC和CRC之間是否存在關(guān)聯(lián),存在何種水平的關(guān)聯(lián)仍然是一個有待探索的臨床問題。Zhou等[24]發(fā)表的基于SEER數(shù)據(jù)庫的研究發(fā)現(xiàn),PLC治療后CRC的患病風(fēng)險較正常人群增加19%。Giopanou等[25]進(jìn)行的PLC與CRC基因?qū)Ρ葘嶒灡砻鳎?%~8%的NSCLC和13%的CRC患者存在BRAF基因突變,且15%的NSCLC和34%的CRC患者存在KRAS突變。然而Su等[26]進(jìn)行的回顧性研究揭示,PLC存活者中CRC的患病風(fēng)險并未增加[27]。本研究創(chuàng)新性地利用兩樣本MR的研究方法進(jìn)行PLC與CRC發(fā)病關(guān)聯(lián)的探索,研究證實PLC與CRC不存在基因水平上的關(guān)聯(lián)。

本研究首次采用兩樣本MR的研究方法探討兩種腫瘤類型之間的潛在關(guān)聯(lián),與觀察性研究相比,該方法具有明顯優(yōu)勢。首先,我們利用PhenoScanner數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)性地篩選了與PLC以及CRC發(fā)生相關(guān)的混雜因素,并剔除與混雜因素有關(guān)聯(lián)的工具變量,避免遺傳工具變量存在潛在的水平多效性,并采用MR-Egger及MR-PRESSO (outlier-corrected)離群SNP評估法進(jìn)一步檢驗多效性的影響,保證了結(jié)果的可靠性[27-28]。此外,我們采用 Cochran’s Q 方法進(jìn)行工具變量的異質(zhì)性檢驗,若Cochran’s Q檢驗不存在顯著異質(zhì)性,通過IVW線性回歸進(jìn)行無偏倚的關(guān)聯(lián)估計;若存在顯著異質(zhì)性,則采用隨機效應(yīng)的IVW模型進(jìn)行分析[29-30],保證了分析結(jié)果的正確性。第二,本研究除了應(yīng)用IVW法及GRS法作為主分析方法外,還應(yīng)用了多種敏感性分析法,包括WM方法、SM方法、RAPS方法及MR-PRESSO方法來驗證結(jié)果的準(zhǔn)確性。第三,我們首次對PLC采用分層分析的方法,鑒定了CRC與LUAD和LUSC的發(fā)生均無明顯關(guān)聯(lián)。

綜上所述,本研究鑒定了PLC與CRC不存在基因?qū)用娴年P(guān)聯(lián)。本研究的結(jié)果將為早期PLC術(shù)后SPC-CRC精準(zhǔn)防治策略的制定奠定基礎(chǔ)。

作者聲明:本文全部作者對于研究和撰寫的論文出現(xiàn)的不端行為承擔(dān)相應(yīng)責(zé)任;并承諾論文中涉及的原始圖片、數(shù)據(jù)資料等已按照有關(guān)規(guī)定保存,可接受核查。

學(xué)術(shù)不端:本文在初審、返修及出版前均通過中國知網(wǎng)(CNKI)科技期刊學(xué)術(shù)不端文獻(xiàn)檢測系統(tǒng)的學(xué)術(shù)不端檢測。

同行評議:經(jīng)同行專家雙盲外審,達(dá)到刊發(fā)要求。

利益沖突:所有作者均聲明不存在利益沖突。

文章版權(quán):本文出版前已與全體作者簽署了論文授權(quán)書等協(xié)議。

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